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关键词： 非小细胞肺癌   COB-187   网络药理学   分子对接   糖原合成酶激酶-3β  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探究COB-187治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法通过蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体(GO)生物过程富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析、分子对接等方法分析COB-187治疗NSCLC的作用机制。结果COB-187通过影响GSK-3β、EGFR及CASP3等蛋白的表达,进而调控PI3K、MAPK等信号通路,干预蛋白质磷酸化、肽基酪氨酸磷酸化等生物过程,起到抗癌效果。结论通过网络药理学和分子对接技术发现COB-187靶向抑制GSK-3β,起到抗癌效果,有望成为NSCLC潜在治疗药物。

关键词： 急性脑梗死   芪红通脑合剂   网络药理学   分子对接   机制研究  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术预测芪红通脑合剂治疗急性脑梗死的作用靶点和分子机制。方法:依托中药系统药理学数据库与分析平台预测芪红通脑合剂活性成分和药物潜在靶点,从GeneCards数据库中检索到急性脑梗死疾病潜在靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集,以获取芪红通脑合剂抗急性脑梗死的潜在作用靶点。通过基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析筛选潜在靶点中的核心靶点。从RCSB PDB数据库下载关键靶点蛋白的晶体构象,进行分子对接和可视化处理。结果:预测芪红通脑合剂有12种有效活性成分及35个疾病相关潜在靶点,关键成分为槲皮素、β-谷甾醇、芒柄花黄素、杨梅酮、木樨草素等,作用于C-C基序趋化因子配体2(C-C Motif Chemokine Ligand 2,CCL2)、白细胞介素(Interleukin,IL)-1β、IL-6、人纤溶酶原激活物抑制因子1(Plasminogen Activator Inhibitor 1,SERPINE1)和肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)这5个核心靶点。GO分析揭示了该药物可能主要通过对外部刺激反应的正向调节、细胞对脂多糖的反应、上皮细胞凋亡过程、对细菌来源分子的反应、伤口愈合等多种生物过程发挥作用。KEGG揭示了芪红通脑合剂可能通过晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End Product Receptor,RAGE)信号通路、流体剪应力与动脉粥样硬化、脂质与动脉粥样硬化、IL-17信号通路等潜在通路发挥治疗急性脑梗死的作用。分子对接结果提示5个关键靶点与核心活性成分有良好的结合能力。结论:芪红通脑合剂可能通过抗炎、改变血液流变学达到治疗急性脑梗死的目的。

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关键词： 补中益气汤   有效成分   能量代谢   研究进展  

摘要： 补中益气汤最早记载于《内外伤辨惑论》,由黄芪、人参、白术、炙甘草、陈皮、当归、升麻、柴胡等组成,具有补中益气,升阳举陷的功用。研究分别从调节线粒体功能、糖酵解、脂代谢及能量代谢的信号途径4个方面综述了补中益气汤及其有效成分调节能量代谢的药理作用的研究进展。补中益气汤中的有效成分能够调节线粒体功能,提高细胞的能量供应和抗氧化能力,对改善代谢性疾病有一定帮助;可调节脂肪合成、分解和血脂水平,有望预防动脉粥样硬化、冠状动脉粥样硬化性心脏病等心血管疾病的发生和发展,对保护心血管健康具有积极意义;能够调节腺苷单磷酸活化蛋白激酶(AMP-activated Protein Kinase,AMPK)和过氧化物酶体增殖物激活受体(Peroxisome Proliferator Activated Receptor,PPAR)等信号通路,促进葡萄糖和脂质的代谢平衡,有助于预防和改善糖尿病、肥胖等代谢性疾病。总之,补中益气汤及其化学成分通过多种途径调节能量代谢,对糖酵解、线粒体功能及能量信号途径等关键环节进行干预,有望成为治疗能量代谢相关疾病的潜在药物。

关键词： “脑-心-肾-精室”轴   勃起功能障碍   远志   郁金   沉香   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过“脑-心-肾-精室”轴及网络药理学探究远志-郁金-沉香治疗勃起功能障碍(ED)的作用机制。方法:查询TCMSP、ETCM及相关文献,筛选远志、郁金和沉香的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;运用GeneCards、OMIM及GisGeNET获取ED的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。使用STRING进行PPI分析并使用Cytoscape构建网络图,利用David数据库进行GO和KEGG分析。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-通路”网络图。利用PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。结果:远志-郁金-沉香中的17个有效成分通过多条通路直接作用于65个疾病靶点,从而治疗ED,其中柚皮素、波尔定、鹅掌揪碱、沉香醇、槲皮素等是核心成分,蛋白激酶B(Akt)1、白细胞介素(IL)-6、雄激素受体(AR)、表皮生长因子受体(EGFR)、纤溶酶原激活物抑制剂-1(PAI-1)是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示,交集基因最可能相关的生物过程主要涉及对缺氧的反应、肽基丝氨酸和蛋白质磷酸化的积极调节、对细胞凋亡的调节等,细胞组分主要涉及膜筏、质膜、细胞质等,分子功能主要涉及蛋白质的结合、酶的结合、一氧化氮合酶活性等。通路富集分析结果提示远志-郁金-沉香主要参与晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGES-RAGE)、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G(cGMP-PKG)等信号通路。分子对接结果提示核心成分与重要靶点间的结合性较好。结论:远志-郁金-沉香主要通过调节AGES-RAGE、cGMP-PKG等信号通路的Akt1、IL-6、AR、EGFR、PAI-1等疾病靶点,干预酶的活性、炎症、氧化应激、血管内皮功能等生物学过程,进而治疗ED。

关键词： 急性肺损伤   益肺解毒颗粒   网络药理学   脂多糖   炎症因子   免疫功能  

摘要： 目的:通过网络药理学和动物实验探讨益肺解毒颗粒对脂多糖(LPS)所致急性肺损伤(ALI)小鼠的影响及保护作用。方法:利用Swiss Target Prediction等平台,对药物的靶点进行筛选;利用Gene Cards数据库以“acute lung injury”为关键词整理疾病靶点;利用STRING平台进行蛋白互作分析,Cytoscape 3.7.2可视化交集靶点网络图并对核心靶点筛选;微生信平台进行KEGG通路富集和GO分析,Cytoscape 3.7.2构建成分-靶点-通路网络图。将30只C57小鼠随机分为空白组、模型组和低、中、高剂量组,模型及给药组采用LPS气管内滴注的方法建立ALI模型。记录小鼠体重变化;测定胸腺与脾脏指数;测定血清和肺泡灌洗液(BALF)中白介素-6(IL-6)、白介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的含量;HE染色法观察肺组织病理变化。结果:筛选后获得药物靶点277个,成分与疾病的交集靶点146个,关键靶点有CASP3、EGFR、ESR1等,GO功能结果共1766个,KEGG富集结果有178条通路,PI3K-Akt信号通路为关键通路。相较空白组,模型组的胸腺与脾脏指数显著下降(均P<0.05);血清与BALF中IL-6、IL-1β、TNF-α含量显著增加(均P<0.05);肺组织明显出现炎性细胞浸润和出血。与模型组相比,给药组的胸腺指数显著增加(均P<0.05);高剂量组血清和BALF中炎症因子含量显著降低(均P<0.05)。结论:益肺解毒颗粒能改善因LPS所致的ALI小鼠肺组织病理损伤,其机制可能与增强免疫功能和抑制炎症因子分泌有关。

关键词： 复发性阿弗他溃疡   白及   网络药理学   信号通路  

摘要： 利用中药网络药理学方法预测白及治疗复发性阿弗他溃疡的主要活性成分及相关的作用靶点。方法 通过检索中医药系统药理学数据库和分析平台数据库,筛选并获取白及有效活性化学成分;同时基于SwissTarget Prediction 数据库进行对白及有效成分进行靶点预测;结合GeneCard 数据库筛选复发性阿弗他溃疡(RAU)的疾病作用靶点;采用Cytoscape软件构建白及-有效成分靶点与RAU作用靶点相互作用网络;采用String 数据库绘制交集靶点蛋白-靶点蛋白的相互作用网络;并对靶点蛋白进行GO和KEGG富集分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图。结果 从白及中筛选出6个有效成分,涉及治疗RAU的靶点共14个;GO分析结果表明其涉及多个分子功能及细胞组成;KEGG富集分析结果表明白及可能通过JAK-STAT、IL-17信号通路等治疗RAU。结论 白及通过多成分、多靶点、多通路治疗RAU,为阐明研究白及成分治疗RAU的药理机制提供理论依据。

关键词： 酒精性脂肪肝   茵陈蒿汤   网络药理学   靶点   信号通路   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术,探索茵陈蒿汤治疗酒精性脂肪性肝病(AFL)的可能分子作用机制。方法:通过TCMSP数据库获得茵陈蒿汤的主要活性成分,利用Uniprot数据库获取物基因靶点;通过Genecards、DisGeNET、PharmGKB平台检索和筛选AFL相关疾病基因靶点,使用R语言筛选出共同靶点并可视化绘图;与中药成分靶点取交集,获得茵陈蒿汤治疗酒精性脂肪肝的潜在作用靶点;应用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络图,再通过STRING数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析;通过DAVID平台对关键靶点进行GO功能注释和KEGG富集分析;对上述获取的药物活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选出茵陈蒿汤活性成分42个,潜在作用靶点126个;获取酒精性脂肪肝病相关靶点基因6564个,药物-疾病共同靶点99个,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素等核心成分;度值较高的靶点蛋白包括TP53、IL-6、MYC、ESR1、CASP3、HIF1A、PPARG、EGFR、CCND1、FOS等;GO富集功能分析显示涉及生物过程1317条,分子功能131条,细胞组分17条,关键靶标主要在膜筏、膜微域、肌质网、肌浆等位置,涉及炎症反应、氧化应激反应、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合型转录因子结合、转录核心调节因子结合等多种生物过程。KEGG结果显示共有112条信号通路,包括脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路、化学致癌-活性氧、细胞凋亡、TNF信号通路、催乳素信号通路等信号通路。分子对接结果显示5个有效活性成分(槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇)与前6个相关核心蛋白TP53、IL-6、MYC、ESR1、CASP3、PPARG结合稳定。结论:茵陈蒿汤中槲皮素、β-谷甾醇、异鼠李素等核心成分,可能作用于TP53、IL-6、MYC、ESR1、PPARG等关键靶点,通过参与MAPK、TNF、催乳素等多种信号通路发挥治疗作用。

关键词： 葛根芩连汤   银屑病   UHPLC-QE-MS   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学及分子对接技术探究葛根芩连汤治疗银屑病的作用机制。方法通过UHPLC-QE-MS技术对葛根芩连汤中药溶液样本进行活性成分分析,将得到的活性成分在TCMSP中进行匹配;在GEO数据库中筛选出GSE166388芯片数据,对其进行差异分析后获得银屑病差异表达基因(DEGs),再通过GeneCards、Drugbank、TTD、OMIM数据库检索得到银屑病相关致病基因,与DEGs取交集;在STRING平台进行蛋白互作分析,Cytoscape构建PPI网络并进行拓扑分析;利用Metascape平台进行GO和KEGG富集分析,用clusterProfiler包绘图;最后通过Autodock对核心成分与核心靶点进行分子对接验证,运用Pymol软件进行可视化。结果得到活性成分19个,对应靶点131个,银屑病DEGs 1043个,银屑病相关致病基因1364个,取交集后获得62个治疗靶标;GO富集分析得到583个条目,KEGG富集分析主要涉及脂质与动脉粥样硬化通路、Th17细胞分化通路等;核心成分与核心靶点分子对接活性较好,其中基质金属蛋白酶-9(MMP9)与所有核心成分的对接能力均最强。结论葛根芩连汤可能从脂质代谢、炎症、细胞和免疫调节等方面发挥治疗银屑病的作用,对于肥胖相关性银屑病的治疗也可能具有重要意义。

关键词： 网络药理学   分子对接技术   雷公藤多甙   类风湿性关节炎  

摘要： 目的基于网络药理学探讨雷公藤多甙治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制。方法利用SwissTargetPrediction、STITCH、Comparative Toxicogenomics等数据库检索筛选雷公藤多甙靶点基因。从GEO数据库中获取RA与药物的差异表达基因(DEG)。使用STRING数据库构建雷公藤多甙与DEG交集靶点的PPI网络,采用Cytoscape(v3.7.2)软件对PPI网络进行可视化分析。交集靶基因采用GO功能富集和KEGG通路分析。结果共鉴定出雷公藤多甙靶点基因260个,获取DEG 3687个。雷公藤多甙与DEG相交集的靶基因共99个,雷公藤多甙的靶蛋白中识别出5个关键靶点。GO富集分析结果显示,生物过程主要富集于药物应答、平滑肌细胞增殖正向调控和炎症反应;细胞成分主要富集于胞外空间、胞质和胞外区域;分子功能主要富集于相同的蛋白结合、细胞因子活性和转录因子结合。KEGG通路主要富集于脂质和动脉粥样硬化、癌症通路、癌症中的蛋白聚集糖等等。结论雷公藤多甙可能通过5个关键靶点,调节多条信号通路,发挥抑制炎症、调节免疫反应、保护关节组织等作用,为其治疗RA提供了新的理论支持。