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关键词： 慈丹胶囊   原发性肝癌   网络药理学   芹菜素   CTNNB1  

摘要： 目的:探讨慈丹胶囊治疗原发性肝癌的关键成分与作用靶点。方法:借助网络药理学相关数据库和分析平台(HERB、OMIM、Cytoscape等)预测慈丹胶囊治疗原发性肝癌的潜在靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,进行GO和KEGG富集分析,采用Autodock软件进行分子对接,预测关键成分与作用靶点。进一步通过细胞增殖、细胞划痕、RT-qPCR等实验验证预测结果。结果:经网络药理学分析,筛选得到慈丹胶囊-原发性肝癌共同靶点32个,慈丹胶囊中发挥作用的主要核心成分为芹菜素、山豆根碱、槲皮素和山奈酚。分子对接结果表明慈丹胶囊对原发性肝癌有治疗作用的关键成分为芹菜素,靶点为CTNNB1蛋白,两者结合能为-1.537 kcal/mol。CCK-8细胞增殖和细胞划痕实验表明芹菜素对HepG2细胞增殖和迁移具有抑制作用,RT-qPCR实验表明芹菜素对HepG2细胞中CTNNB1基因的表达具有抑制作用。结论:慈丹胶囊治疗原发性肝癌的关键成分可能是芹菜素,作用靶点为CTNNB1蛋白;芹菜素能抑制HepG2细胞的增殖、迁移和CTNNB1基因的表达。

关键词： 网络药理学   分子对接   三叶青   EGFR-TKI相关性皮疹  

摘要： 目的:应用网络药理学与分子对接技术探究三叶青治疗EGFR-TKI相关性皮疹的潜在活性成分、靶点及作用机制。方法:基于文献调研查找三叶青的活性成分,综合利用公共数据库收集三叶青活性成分及EGFR-TKI相关性皮疹对应的靶点,将二者的共有靶点引入STRING数据库,以获取蛋白-蛋白相互作用的调控网络,借助Cytoscape软件对其展开拓扑分析,进而获取核心靶点,完成核心靶点GO和KEGG富集分析。采用AutoDockTools和PyMOL软件进行分子对接验证。结果:筛选出三叶青活性成分57个、作用靶点609个,与1326个EGFR-TKI相关性皮疹的靶点取交集,共获得药物-疾病共同靶点152个,主要涉及AKT_(1)、TNF、TP53及IL-6等关键靶蛋白。KEGG分析提示靶点较多富集于Cancer、AGE-RAGE、PI3K-Akt、EGFR-TKI resistance等信号通路中,核心靶点与主要活性成分分子对接结果较稳定。结论:三叶青可能通过多组分、多靶点和多通路治疗EGFR-TKI相关性皮疹。

关键词： 网络药理学   分子对接计算   通窍耳聋丸   眩晕  

摘要： 目的采用网络药理学及分子对接技术,研究通窍耳聋丸治疗眩晕的作用机制。方法利用TCMSP和其他网络数据得到通窍耳聋丸中有效成分及其治疗眩晕的靶点,构建靶点-靶点及药物-靶点间相互作用网络,然后对靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析及分子对接研究。结果通窍耳聋丸中共有108种成分与眩晕相关的132个潜在靶点存在相互作用。这些靶点主要分布于钙离子信号、神经活性配体-受体相互作用、多巴胺能突触、多种神经退行性疾病、血清素突触、人类巨细胞病毒感染、瞬时受体电位(TRP)通道的炎症介质调节、血脂和动脉粥样硬化等8条通路。分子对接计算表明通窍耳聋丸中部分有效成分对丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、血管紧张素转化酶(ACE)、血管紧张素Ⅱ受体1(AGTR1)和钙调蛋白1(CALM1)具有较强的亲和力。结论通窍耳聋丸可通过降血压、降血脂、抗炎、抗病毒、神经保护等途径发挥治疗眩晕的作用,可作为抗眩晕药物进行进一步开发和研究。

关键词： 菊苣   化学成分   网络药理学   抗氧化  

摘要： 目的:对菊苣有效成分的抗氧化作用机制进行网络药理学分析。方法:通过文献检索和在线数据库获取成分及作用靶点,利用韦恩在线分析工具将药物靶点和疾病靶点取交集;运用Cytoscape软件构建“成分-靶点”网络图,依据其度值筛选出核心靶点;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,运用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果:筛选出度值较高的活性成分有木犀草素、β-谷甾醇、厚朴木酚素A、毒扁豆胺等;degree值排名在前列的关键靶点为Akt-1、TP53、TNF、CASP3、IL6等;KEGG通路富集分析主要涉及肿瘤信号通路、前列腺癌、PI3K/AKT信号通路、脂质和动脉粥样硬化等。结论:菊苣具可通过多组分、多靶点、多通路协同发挥抗氧化作用。

关键词： 茶   功能成分   茶黄素   代谢综合征   多靶点   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 为研究4种主要茶黄素干预代谢综合征的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、GeneCards、DisGeNET等数据库筛选相关靶点,利用David进行GO富集及KEGG通路分析,采用Cytoscape 3.10软件构建茶黄素干预代谢综合征的“成分-靶点-通路图”,最后通过Autodock Vina软件对核心靶点进行分子对接实验验证。结果表明,通过数据库筛选得到73个茶黄素与代谢综合征交集靶点基因。GO富集分析显示,有293个生物过程、35个细胞组分和75个分子功能被富集;KEGG通路富集分析显示,有105个信号通路被富集。经过PPI互作得到ALB、IGF1、HIF1A、AKT1、PPARG、EGFR、PPKACA、NOS3等14个核心靶点。分子对接表明茶黄素与核心靶点(NOS3、EGFR、ALB)之间具有较高结合亲和力。同时茶黄素主要通过氢键、π-π共轭作用与靶点蛋白结合,进而达到干预代谢综合征的目的。这表明茶黄素可通过多个靶点以及多条通路干预代谢综合征。

关键词： 绿原酸   抗肿瘤   药理活性   机制  

摘要： 绿原酸(chlorogenic acid,CGA)是由多种植物产生的膳食多酚酸,其具多种药理作用,如抗氧化、抗肿瘤、降低血脂、控制血糖、调节免疫、抗菌等,目前已广泛应用于食品、医疗等多个行业。CGA可通过诱导肿瘤细胞凋亡、阻滞细胞的周期、抑制肿瘤的血管生成、抑制癌细胞增殖等发挥抗癌作用。本文对CGA抗肿瘤的机制进行综述,以期为进一步研究和临床应用提供参考。

关键词： 原阿片碱   肺纤维化   A549细胞   上皮-间质转化   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学和体外实验探究原阿片碱(protopine,PTP)抑制肺纤维化的作用机制。方法:采用网络药理学筛选出PTP抗肺纤维化的核心靶点,对PTP抗肺纤维化的相关通路进行预测。通过转化生长因子-β1(transforming growth factor beta1,TGF-β1)诱导人A549细胞构建体外肺纤维化模型,对网络药理学的研究结果进行验证。实验分为对照组、TGF-β1组、吡非尼酮(pirfenidone,PFD)处理组、PTP处理组。CCK8法检测细胞增殖活性;倒置显微镜观察细胞形态;细胞划痕实验检测细胞迁移能力;实时荧光定量PCR检测E-钙黏蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)、纤维连接蛋白(fibronectin,FN)mRNA及Ⅰ型胶原(collagenⅠ)mRNA的表达水平;蛋白质印迹技术(Western blotting)评估E-cadherin、Vimentin、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)以及纤维连接蛋白(FN)的表达量。正置荧光显微镜下观察E-cadherin、FN蛋白的表达情况。结果:网络药理学结果显示PTP主要作用于ALB、AKT1、EGFR、HSP90AA1、SRC等核心靶点和癌症通路、PI3K-Akt等信号通路。体外研究发现,相较于未处理的对照组,经TGF-β1处理后,A549细胞呈现出从典型的上皮细胞形态向成纤维细胞样形态的转换,间质细胞标志物α-SMA、Vimentin、FN及CollagenⅠ表达升高,上皮细胞标志物E-cadherin表达降低,细胞迁移能力增强。经PTP处理后,PTP能显著抑制TGF-β1诱导的A549细胞的增殖及迁移能力;上调细胞中E-cadherin的蛋白及基因表达水平,同时下调Vimentin、α-SMA、FN的蛋白表达水平。结论:PTP可能通过抑制TGF-β1诱导的上皮-间质转化改善肺纤维化。

关键词： 大肠癌   健脾益胃祛邪方   网络药理学   作用机制   富集分析   信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学研究方法探讨健脾益胃祛邪方治疗大肠癌的作用机制。方法:应用中药系统药理学平台和中药分子机制生物信息学分析工具筛选健脾益胃祛邪方的活性成分及其靶点。利用药物靶标数据库、比较毒理基因组学数据库、在线人类孟德尔遗传数据库以及GeneCards数据库检索大肠癌的靶点。通过Venny2.1平台得出健脾益胃祛邪方和大肠癌的共同靶点,绘制韦恩图。将健脾益胃祛邪方与大肠癌的共同靶点录入STRING数据库中进行分析,构建大肠癌和健脾益胃祛邪方的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。借助DAVID数据库,对健脾益胃祛邪方与大肠癌的共同靶点进行基因本体(GO)功能富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape3.82软件构建“药物-成分-作用靶点-通路-疾病”网络模型。结果:通过筛选,得到126个健脾益胃祛邪方的主要活性成分,1014个与大肠癌相关的人类靶点,59个健脾益胃祛邪方与大肠癌的共同靶点。PPI网络分析提示前列腺素内过氧化物合酶1、核受体辅活化因子2、雄激素受体、热休克蛋白90α、雌激素受体1、胰蛋白酶-1、过氧化物酶体增殖物激活受体γ、丝氨酸/苏氨酸激酶β、雌激素受体2、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Chk1是健脾益胃祛邪方治疗大肠癌的核心靶点。GO功能富集分析得到1133项生物过程条目,93项分子功能条目,27项细胞组分条目;KEGG通路富集分析共得到140条信号通路。健脾益胃祛邪方的主要活性成分如槲皮素、山奈酚、木犀草素、汉黄芩素等,通过靶向调控机制与化学致癌-受体激活、细胞凋亡、结直肠癌、p53信号通路、人巨细胞病毒感染以及内分泌抵抗等信号通路,发挥治疗大肠癌的作用。结论:健脾益胃祛邪方治疗大肠癌具有多成分、多靶点、多通路的特点。

关键词： 青风藤   网络药理学   分子对接   类风湿关节炎  

摘要： 采用网络药理学与分子对接技术,探究了青风藤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.从TCMSP数据库中筛选出青风藤主要活性成分,通过PubChem数据库和Swiss Target Prediction获得活性成分所对应的药物靶点,再通过GeneCards, DisGeNET,OMIM数据库得到RA疾病的靶点.利用Venny 2.1.0平台绘制韦恩图,运用Cytoscape 3.10.0绘制药物活性成分-靶点网络图,借助DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最后通过Autodock软件进行分子对接模拟.结果表明,青风藤主要活性成分6种,对应的药物靶点268个,RA疾病的靶点5 706个,青风藤药物活性成分与RA疾病的交集靶点178个;NR3C1,AKT1,SRC,PPARG,JUN为青风藤抗RA的关键靶点蛋白;生物过程主要包括蛋白偶联受体信号通路和环状核苷酸第二信使、循环系统中的血管过程、腺苷酸环化酶调节G蛋白偶联受体信号通路、肽基丝氨酸磷酸化等;细胞成分主要包括突触前膜的组成部分、突触前膜固有成分、膜筏、膜微区等;分子功能主要涉及核受体活性、配体激活的转录因子活性、儿茶酚胺结合、蛋白酪氨酸激酶活性等;影响通路主要包括癌症通路、神经活性配体-受体相互作用通路、TRP通道的炎症介质调节通路等;主要活性成分(β-谷甾醇、拉兹马宁碱、木香内脂、青藤碱、左旋千金藤啶碱)与核心靶点(NR3C1,AKT1,SRC,PPARG,JUN)对接较稳定.青风藤通过调节炎性细胞因子、免疫细胞、细胞周期、成骨细胞和破骨细胞来治疗RA,这是一个多成分、多靶点、多通路的过程.

关键词： 十一味维命胶囊   索隆病   网络药理学  

摘要： “索隆病”是由藏医维命隆紊乱引起的一种综合征,对应于现代医学的失眠症、抑郁症、焦虑症。本研究通过网络药理学方法探讨藏药十一味维命胶囊治疗“索隆病”的作用机制,使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、化学信息检索平台(Chemicalbook)等筛选并确定出十一味维命胶囊专属性、成药性的活性成分。根据基因信息数据库(GeneCards、OMIM),筛选十一味维命胶囊和“索隆病”的交集基因,得到十一味维命胶囊治疗抑郁症的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药材-成分-靶点”网络,STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,并使用DAVID数据库对其进行GO和KEGG通路富集分析。通过网络药理学研究发现十一味维命胶囊对治疗“索隆病”有多成分、多靶点、多途径的作用特点,为十一味维命胶囊治疗“索隆病”的作用机制研究提供了一定的理论依据。