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关键词： 红芪   淫羊藿   骨质疏松症   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:采用网络药理学与分子对接技术探究红芪-淫羊藿治疗骨质疏松症(OP)的机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)获取并筛选红芪和淫羊藿的有效活性成分,检索整合潜在作用靶点。从3个数据库(GeneCards、DrugBank和OMIM)获取OP的相关靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集绘制韦恩图,构建“药物-成分-靶点”关系图,使用STRING数据平台对交集靶点进行分析,构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心靶点。建立基因本体(GO)功能富集与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对红芪-淫羊藿主要活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。结果:分析确定红芪-淫羊藿活性成分33个,作用靶点538个,与OP交集靶点146个,主要活性成分包括柚皮素、甘草素、淫羊藿A、木犀草素等,核心靶点包括酪氨酸激酶(SRC)、钙黏蛋白相关蛋白(CTNNB1)、信号传导转录激活因子3(STAT3)等。红芪-淫羊藿可能通过调节炎症反应、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路和磷脂酰肌醇3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶(PI3K/AKT)信号通路等通路发挥抗骨质疏松作用。分子对接结果显示红芪-淫羊藿核心活性成分与核心靶蛋白SRC和表皮生长因子受体(EGFR)有很强的亲和力。结论:红芪-淫羊藿治疗OP的作用机制是多成分、多靶点、多通路参与的。

关键词： 三阴性乳腺癌   紫杉醇耐药   生物信息学   网络药理学  

摘要： 目的通过生物信息学和网络药理学方法探讨三阴性乳腺癌紫杉醇(TNBC-PTX)耐药机制及其活性药物筛选。方法利用GEO2R在线分析工具对耐紫杉醇的三阴性乳腺癌相关数据集进行差异分析,获得差异表达基因。随后使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,在此基础上使用DAVID数据库分析其生物学过程。使用Cytoscape 3.9.1中的cytoHubba插件筛选枢纽基因,并借助Coremine Medical数据库预测枢纽基因关联中药。使用Autodock 4.6软件进行分子对接模拟,验证活性药物与枢纽基因的结合程度。最后采用PyMOL和ligPlus软件对结果行可视化处理。结果共获得122个差异表达基因,主要参与平滑肌细胞增殖、细胞间信号、促进NO合成、细胞增殖及IL-6反应等生物学过程,参与的信号通路包括癌症通路、磷脂酰肌醇3-蛋白激酶B信号通路、利什曼病和ErB信号通路等。PPI网络中的8个枢纽基因为TLR4、PTGS2、AREG、AR、MMP1、EDN1、EREG和TLR3,其中TLR4分值最高。茯苓的活性药物与TLR4关联性好,分子对接模拟验证去氢齿孔酸与TLR4结合牢固。结论TNBC-PTX耐药机制受多个基因共同调控,其中TLR4在其中起到关键作用,其表达上调与耐药性关系密切,茯苓中的去氢齿孔酸有望成为逆转TNBC-PTX耐药的活性药物,仍需进一步实验验证其干预效果。

关键词： 高级兽医药理学   德育体系建设   教学方法   教学评价  

摘要： 研究生课程德育体系建设是研究生人才培养中的一个重要环节。贵州大学兽医学硕士点以《高级兽医药理学》为载体的课程实践表明,研究生课程德育建设要根据研究生教育教学的特点,围绕“立德树人”的使命,着重抓住教育者思想观念的转变、课程资源的挖掘、教学目标的设定、教学方法和教学评价的选择等关键环节,在更深层次上帮助学生树立正确的世界观、人生观和价值观。

关键词： 网络药理学   分子对接   菟丝子   2型糖尿病  

摘要： 目的:基于网络药理学与分子对接技术探究菟丝子干预2型糖尿病的潜在作用机制。方法:课题组前期采用液质联用技术分析鉴定出12种菟丝子提取液灌胃大鼠后血浆化学成分。通过PubChem、Swiss Target Prediction数据库获取入血成分作用靶点,与疾病靶点取交集。在此基础上进行共同靶点的蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建,并进行GO和KEGG富集分析,将核心成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:获得111个潜在靶点;GO与KEGG富集分析显示菟丝子核心成分可能参与脂质和动脉粥样硬化、前列腺癌、癌症等信号通路来干预2型糖尿病;分子对接显示,菟丝子核心成分龙胆苦苷、染料木素和大豆苷元与关键靶点CYP19A1、EGFR、MMP2、MMP9和PTGS1具有较好的结合力。结论:菟丝子核心成分龙胆苦苷、染料木素和大豆苷元等作用于CYP19A1、EGFR、MMP2、MMP9和PTGS1等关键靶点,通过脂质和动脉粥样硬化、前列腺癌、癌症等信号通路来发挥干预2型糖尿病的作用,这为菟丝子的开发利用提供了理论依据。

关键词： 网络药理学   硒化物   肺炎   靶点   富集分析   作用机制  

摘要： 利用网络药理学及分子对接技术分析硒化物对肺炎的作用靶点及机制。运用Pubchem、Swiss Target Prediction等数据库筛选常见硒化物及其靶点,再通过GeneCards、TTD数据库获取肺炎相关靶点,两者交集获得共同靶点;利用String数据库获得蛋白质相互作用网络图,得到各靶点相互作用关系并获得关键靶点;通过Metascape数据库对关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析,并运用Cytoscape作互作网络图;最后运用AutoDock Vina进行分子对接验证。结果显示:筛选出常见硒化物所得常见硒化物32个,硒化物与肺炎共同靶点79个;经拓扑学分析以及GO与KEGG通路富集分析,最终筛选得到2-甲氧基-2-苯基丙基(苯基)硒、(4-乙酰氨基苯基)二羟基硒和硒-丙基硒代半胱氨酸(PSC)三个关键硒化物和STAT3、SRC、PTGS2、MAPK3四个核心靶点,并揭示其通过抑制STAT3、PI3K/Akt、MAPK等信号通路来作用于肺炎。分子对接结果显示结合效果良好,说明硒化物具有一定治疗肺炎的作用,为进一步探究硒化物治疗肺炎的作用机制奠定了理论基础。

关键词： 中药药理学   体外实验   含药血清/浆   含药肠吸收液   含药肝孵育液法  

摘要： 体外实验是中药药理学研究不可或缺的方法,但由于中药来源广泛、成分多样、理化性质不稳定等因素阻碍了其体外实验的开展。因此,寻找更为科学、合理的体外药理学研究方法已成为亟待解决的问题。目前中药药理学体外实验常用的方法有直接给药法和间接给药法,间接给药法又包括含药血清/浆法、含药肠吸收液法、含药肝孵育液法等。随着计算机技术和系统生物学的发展,将高效液相色谱-质谱法(HPLC-MS)、组学、网络药理学、计算机/人工智能辅助药物设计等技术与中药体外实验方法相结合,不仅大大降低了科研实验成本,还明显提高了中药药理作用探索、有效成分筛选及药物研发的效率,已逐渐被认可并广泛应用。该文就目前常用的中药药理学体外实验方法及其进展做一梳理,以期为选择合理的研究方法提供帮助。

关键词： 痛风性关节炎   余甘子   网络药理学  

摘要： 目的:本研究应用网络药理学探究余甘子治疗临床难治性疾病GA的主要活性成分和潜在机制,为云南特色药用植物余甘子用于GA的防治提供科学参考。方法:按照《网络药理学评选方法指南》采用网络数据库TCMSP和DisGeNET等获取余甘子的主要活性成分及其相关的蛋白质靶点和GA相关病理靶点。应用Venny2.1.0获取余甘子和GA靶点的集合,继而构建PPI网络,利用Cytoscape 3.9.1基于MCC算法得到核心靶点。进一步对靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:筛选获得余甘子有效成分18个,余甘子和GA交集39个靶点,PPI网络中Degree值排序最重要的是TNF、VEGFA、MAPK14。GO分析表明余甘子治疗GA涉及小胶质细胞分化、凋亡细胞清除的正调节等生物过程。KEGG分析表明余甘子治疗GA的关键信号通路为Toll-like受体信号通路、NF-κB信号通路及IL-17信号通路。结论:通过本研究揭示了余甘子中槲皮素、木犀草素、山奈酚、鞣花酸等重要功效物质,通过调控关键炎症免疫信号通路及蛋白靶点,降低血液尿酸水平、减轻尿酸所致关节炎反应作为防治GA的潜在分子机制。Objective: This study used network pharmacology to explore the main active ingredients and potential mechanisms of Phyllanthus emblica in the treatment of clinical refractory disease GA and to provide a scientific reference for the use of Phyllanthus emblica, a Yunnan specialty medicinal plant, in the prevention and treatment of GA. Method: According to the “Guidelines for Network Pharmacology Selection”, the main active ingredients of Phyllanthus emblica and their related protein and GA-related pathological targets were obtained using network databases such as TCMSP and DisGeNET. Venny2.1.0 was used to obtain the set of Phyllanthus emblica and GA targets, and then a PPI network was constructed. The core targets were obtained using Cytoscape 3.9.1 based on the MCC algorithm. GO and KEGG enrichment analyses were performed on the targets further. Results: A total of 18 active ingredients of Phyllanthus emblica and 39 targets in the intersection of Phyllanthus emblica and GA were screened and obtained. The most important degree values in the PPI network were TNF, VEGFA, and MAPK14. GO analysis showed that Phyllanthus emblica in the treatment of GA involved biological processes such as positive regulation of microglia differentiation and apoptotic cell clearance. KEGG analysis showed that the key signaling pathways of Phyllanthus emblica in treating GA were the Toll-like receptor signaling pathway, NF-κB signaling pathway, and IL-17 signaling pathway. Conclusion: This study revealed that quer

关键词： 自闭症   冬虫夏草   蚕沙   蚕蛾   基因靶点   信号通路   分子机制   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学对自闭症关键基因进行初步筛选,探讨与自闭症的潜在靶点、生物学过程和信号通路相关的中药。方法以从GEO数据库选取GSE29691数据集作为研究样本,基于GEO2R筛选差异基因,利用微生信网络工具对差异基因进行GO和KEGG分析,利用Cytoscape软件筛选关键靶点并构建模块,将关键靶点导入Coremine医学数据库进行可视化分析,筛选潜力中药。结果对来自GSE29691的原始数据集进行处理,筛选出164个与自闭症患儿显著不同的基因。GO和KEGG分析表明,差异基因主要参与调控EPK1和EPK2蛋白连接、正向调节T细胞活化和白细胞介导的细胞毒性等生物学过程,并与沙门氏菌感染途径、糖尿病心肌病相关。PPI网络图表明,调控粒溶蛋白(GNLY)、T细胞调节趋化因子(CCL5),溶酶体关联膜蛋白1(LAMP1)、自然杀伤细胞颗粒蛋白7(NKG7)、T细胞表面单程膜糖蛋白(CD3E)、半胱氨酸蛋白酶抑制剂(CST7)、穿孔素1重组蛋白(PRF1)、组织蛋白酶(CTSW)、成纤维细胞成长因子结合蛋白(FGFBP2)等可作为治疗自闭症的潜在靶点。冬虫夏草、蚕沙、蚕蛾与多个自闭症关键基因相关,蚕沙、蚕蛾均与CCL5、钙连蛋白(CANX)、LAMP1等多个关键基因相关联;冬虫夏草与GNLY、CCL5、LAMP1等多个关键基因相互映射;另外冬虫夏草、蚕沙等活性成分通过肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)间接参与GNLY、CCL5、LAMP1、CANX等自闭症关键基因,这可能成为治疗自闭症的潜在目标中药。结论冬虫夏草、蚕蛾、蚕沙中的活性化合物可通过作用于CCL5、LAMP1、CANX等多个靶点调节炎症和免疫系统,对自闭症起到治疗作用。

关键词： 知母   生姜   炮制   肺寒湿咳   急性支气管炎   网络药理学  

摘要： 基于网络药理学、分子对接技术和实验验证探讨姜知母干预“肺寒湿咳”的作用机制,为姜知母治疗肺寒湿咳这一传统用法提供现代药理学依据。使用中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP),根据类药性原则选择口服生物利用度(OB≥30%)、药物相似性(DL≥0.18)作为筛选条件并结合相关文献来获得姜知母活性成分,建立姜知母活性成分库;采用SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点;通过SymMap数据库筛选到中医证候“肺寒湿咳”对应西医症状为急性支气管炎;从人类基因数据库(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获得急性支气管炎疾病的相关靶点;利用Venny数据库获取成分与疾病的交集靶点;利用STRING平台和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;借助DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析;采用AutoDock等软件对部分活性成分与潜在靶点进行分子对接验证;最后采用烟熏加寒冷刺激法制备小鼠急性支气管炎疾病模型进行验证。该研究共筛选出姜知母活性成分潜在作用靶点557个,药物-疾病共同靶点157个,富集分析得到1072个GO功能富集条目和169个KEGG通路富集条目;分子对接结果显示活性成分和MAPK14、MMP3蛋白有较好的结合能力,活性成分中结合能力最强的是timosaponin AⅢ;体内动物实验表明,除生知母低剂量组、生知母高剂量组、姜汤组外,其余各给药组均可减轻小鼠肺组织病变,减轻炎症细胞浸润,降低小鼠支气管肺泡灌洗液(BALF)中IL-1β、IL-18、TNF-α炎症因子水平,下调小鼠肺组织MAPK14、MMP3 mRNA及MAPK14、MMP3蛋白的表达,且姜知母的改善效果优于生知母。该研究利用网络药理学和实验验证初步揭示了姜知母可通过调控IL-17、TNF等信号通路,抑制炎症反应,达到治疗肺寒湿咳的作用,验证了姜知母治疗肺寒湿咳这一传统用法的科学性,为姜汤浸知母传统特色炮制工艺的传承和临床应用提供科学依据。

关键词： 雷公藤   糖尿病肾病   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学和分子对接技术,探究了雷公藤治疗糖尿病肾病的作用靶点及分子机制。在雷公藤中筛选得到12种活性成分,对应靶点427个,糖尿病肾病靶点876个,两者交集靶点103个,其中核心靶点为SRC、TP53、EGFR、MAPK1、PIK3CA、JUN。富集通路主要为Rap1 signaling pathway、Insulin resistance、Focal adhesion、TNF signaling pathway等。雷公藤中活性成分与核心靶点结合较好,结合能较低。雷公藤中活性组分作用于SRC、TP53等重要靶点,调控Rap1 signaling pathway、Insulin resistance、TNF signaling pathway等信号通路,通过抗炎、抗氧化等作用治疗糖尿病肾病。