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关键词： 网络药理学   分子对接   人参-茯苓   2型糖尿病  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接技术探讨健脾益气药对“人参-茯苓”干预2型糖尿病的作用机制。方法通过检索TCMSP数据库获得人参-茯苓药对的活性成分,借助TCMSP及BATMAN数据库预测活性成分的靶点,通过OMIM、CTD和GeneCards数据库检索2型糖尿病相关疾病靶点,获取人参-茯苓药对防治2型糖尿病的疗效相关靶点。利用Cytoscape构建药物-靶点网络,再通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)并进行网络基因的GO分析和KEGG通路富集分析,构建中药-成分-靶点-通路-生物过程网络。利用AutoDock软件将主要的活性成分与核心靶点进行分子对接。结果共筛选出人参-茯苓药对211个活性成分、1047个药物靶点以及7690个疾病靶点,其中药物-疾病共同靶点415个。通过PPI网络拓扑分析,可知人参-茯苓药对调控2型糖尿病,主要通过TP53、JUN、SRC、RXRA、AKT1等靶点发挥作用。GO分析和KEGG通路富集分析结果显示,其作用机制主要涉及生物过程,如对细胞外刺激的响应、对营养水平的响应、对药物的响应、对脂多糖的响应等过程。KEGG通路富集分析发现参与调节通路为脂质与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、cAMP信号通路、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗等。分子对接结果表明,关键活性成分与核心靶点有较好的结合力。结论“人参-茯苓”药对可通过多成分、多靶点、多通路发挥其对2型糖尿病的干预作用,为后续深入研究该药对防治2型糖尿病的作用机制提供科学依据。

关键词： 桑椹   多酚   多糖   保肝   调血脂   抗糖尿病   抗动脉粥样硬化   神经保护  

摘要： 桑椹Mori Fructus是使用历史悠久的药食两用中药,有滋阴补血及生津润燥之功效。现代研究表明桑椹主要含有黄酮、酚酸、生物碱、苯丙素、苯并呋喃、萜类及多糖等化学成分。药理学研究证实其主要具有调血脂、抗糖尿病、保肝、抗氧化、抗衰老、神经保护、免疫调节、抗炎、抗肿瘤、骨保护及抗便秘等作用。通过对近年来国内外关于桑椹化学成分和药理作用研究报道进行总结,为桑椹药用价值的深入挖掘和相关产品的开发提供参考。

关键词： 肺癌   靛玉红   抗肿瘤   细胞周期蛋白A2   细胞周期阻滞   网络药理学   中药研究  

摘要： 目的研究中药成分靛玉红在体内外对小鼠Lewis肺癌(LLC)的抑制效果及对细胞周期的调节作用。方法通过细胞毒性实验探究靛玉红在体外对小鼠LLC细胞的抑制作用。构建肺癌原位小鼠模型,随机分为模型组(磷酸盐缓冲液灌胃,每天1次)和靛玉红低、中、高剂量组(25 mg/kg、50 mg/kg、100 mg/kg灌胃,每天1次)、顺铂组(2 mg/kg腹腔注射,每3天1次),连续3周,记录生存期和体质量。通过活体成像法记录小鼠肺癌进展,取肺肿瘤组织,称重并计算抑瘤率。通过网络药理学预测靛玉红治疗肺癌的核心靶点和通路。Western blot法分别验证靛玉红在体外对LLC细胞及在体内对小鼠肺癌组织中细胞周期蛋白A2(Cyclin A2)表达的影响;免疫组织化学染色(IHC)法和实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)法分别检测靛玉红对小鼠肺癌组织中Cyclin A2蛋白及其编码基因CCNA2表达的影响。流式细胞术和IHC法分别检测靛玉红对小鼠肺癌肿瘤细胞的细胞周期和肺癌肿瘤增殖抗原Ki-67表达的影响。结果靛玉红在体外对小鼠LLC细胞的抑制作用呈剂量和时间依赖性,24 h、48 h、72 h的半抑制浓度(IC_(50))分别为188.7μmol/L、109.0μmol/L、58.3μmol/L。与模型组比较,靛玉红中剂量组小鼠肺部荧光表达降低(P<0.05),生存率提高(中位生存期延长7 d),肿瘤抑制率较高(37.76%),且对小鼠体质量没有明显影响(P>0.05)。网络药理学分析表明,靛玉红抑制肺癌可能通过调控细胞周期及Cyclin A2实现。进一步研究证明,靛玉红通过抑制Cyclin A2,导致细胞周期S期阻滞,抑制肿瘤细胞增殖。结论靛玉红体外抑制小鼠LLC细胞,体内通过下调肺癌肿瘤细胞Cyclin A2导致细胞周期阻滞,抑制肿瘤进展,延长肺癌小鼠生存期。

关键词： 芍药苷   烧伤   网络药理学   分子对接   作用机制   动物实验   信号通路   富集分析  

摘要： 目的:研究芍药苷对烫伤大鼠的治疗作用,并基于网络药理学和分子对接技术探讨芍药苷治疗烧伤的作用机制。方法:建立大鼠深Ⅱ度烫伤模型,通过观察芍药苷对大鼠创面外观、计算创面愈合率,创面组织病理学变化;并运用Pubchem、Pahrmmapper、GeneCards等数据库获取芍药苷及烧伤相关靶点,利用STRING数据库和Cytoscape软件,构建并可视化中药(化合物)-靶点-疾病多层次分子网络,通过MCODE分析进行核心基因的筛选,并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后,利用AutoDock Vina进行分子对接验证。结果:芍药苷能明显促进烫伤大鼠的创面愈合,并促进血管生成及新生上皮形成,减少局部炎症细胞浸润;进一步筛选出芍药苷潜在化学靶点337个,芍药苷与烧伤疾病之间共有靶点138个,主要包括基质金属蛋白酶1(MMP1),肿瘤坏死因子(TNF)等。富集分析结果显示,芍药苷治疗烧伤的核心靶点主要通过PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路等,分子对接计算结果表明,芍药苷与蛋白激酶B1(AKT1)、白蛋白(ALB)、白细胞介素-1β(IL-1β)、TNF、血管内皮生长因子A(VEGFA)等核心靶点有着较好的结合活性。结论:芍药苷通过抑制炎症反应、调控早期微循环、促进血管生成来达到治疗烧伤的目的。本研究证实了芍药苷对烧伤的治疗作用,并揭示相关分子机制。

关键词： 颞下颌关节   骨关节炎   颞下颌关节骨关节炎细胞模型   高山金莲花素   网络药理学   分子对接   黄酮类化合物   下颌髁突软骨细胞   细胞凋亡   细胞外基质降解   白细胞介素⁃1β   B淋巴细胞瘤2   天冬氨酸特异的半胱氨酸蛋白酶3  

摘要： 目的运用网络药理学与分子对接方法探讨高山金莲花素(alpinumisoflavone,AIF)对颞下颌关节骨关节炎(temporomandibular joint osteoarthritis,TMJOA)细胞模型的作用机制,为AIF治疗TMJOA提供研究基础。方法运用GeneCards、OMIM、DisGeNET和PharmGKB数据库获取TMJOA疾病靶点,PharmMapper和HERB获取AIF作用靶点,取化合物与疾病交集靶点上传至STRING数据库得到关键靶点后做GO和KEGG富集分析,分子对接评估相关信号通路中关键靶点。获得医院伦理委员会的审批,提取3周龄SD大鼠髁突软骨细胞。CCK8检测AIF对髁突软骨细胞的毒性。用10 ng/mL白细胞介素⁃1β(interleukin 1β,IL⁃1β)诱导髁突软骨细胞24 h构建TMJOA细胞模型。实验分为3组,其中,对照组:DMEM培养基培养髁突软骨细胞48 h;IL⁃1β组(TMJOA细胞模型):预使用DMEM培养基培养髁突软骨细胞24 h后,保留原培养基的情况下加入IL⁃1β使终浓度达10 ng/mL继续培养24 h;IL⁃1β+10μmol/L AIF组:预使用含10μmol/L AIF的DMEM培养基培养髁突软骨细胞24 h,保留原培养基情况下加入IL⁃1β使终浓度达10 ng/mL继续培养24 h,流式细胞术检测AIF对TM⁃JOA细胞模型中的髁突软骨细胞凋亡的影响。进一步,实验分为对照组、IL⁃1β组、IL⁃1β+10μmol/L AIF组和IL⁃1β+30μmol/L AIF组共4组,其中,IL⁃1β+30μmol/L AIF组:预使用含30μmol/L AIF的DMEM培养基培养24 h,保留原培养基情况下加入IL⁃1β使终浓度达10 ng/mL继续培养24 h;其余3组方法同前。以qPCR与Western blot分别检测AIF对TMJOA细胞模型中与细胞凋亡相关的B淋巴细胞瘤2(B⁃cell leukemia/lymphoma⁃2,Bcl2)、天冬氨酸特异的半胱氨酸蛋白酶3(cysteinyl aspartate specific protease 3,Caspase⁃3)及基质降解相关的解聚蛋白样金属蛋白酶4(a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4,ADAMTS4)、基质金属蛋白酶3(matrix metalloproteinase 3,MMP3)和基质金属蛋白酶13(matrix metalloproteinase 13,MMP13)mRNA和蛋白的表达。结果PharmMapper与HERB数据库检索得到AIF化合物靶点300个,GeneCards、OMIM、DisGeNET和PharmGKB数据库检索得到TMJOA疾病靶点378个,将化合物与疾病靶点交集得33个潜在靶点,将其上传至STRING数据库得31个关键靶点,主要与细胞凋亡和细胞外基质降解相关。这一过程可能涉及丝裂原活化蛋白激酶(mitogen⁃activated protein kinase,MAPK)、雌激素及肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等信号通路。分子对接结果表明AIF与MAPK和雌激素信号通路中的关键靶点细胞外信号调节激酶1/2(extracellular sig⁃nal⁃regulated kinase 1/2,ERK1/2)和雌激素受体基因1/2(estrogen receptor gene 1/2,ESR1/2)具有较好的结合活性。CCK8结果表明AIF对髁突软骨细胞无明显细胞毒性。与IL⁃1β组相比,IL⁃1β+10μmol/L AIF组中AIF可抑制髁突软骨细胞凋亡;与IL⁃1β组相比,IL⁃1β+10μmol/L AIF组和IL⁃1β+30μmol/L AIF组中AIF可上调Bcl2和下调Caspase⁃3 mRNA和蛋白表达,抑制ADAMTS4、MMP3和MMP13 mRNA和蛋白表达。结论AIF可通过上调Bcl2与下调Caspase⁃3 mRNA和蛋白表达抑制TMJOA细胞模型中髁突软骨细胞凋亡,同时抑制由IL⁃1β诱导的细胞外基质降解,延缓TMJOA进展。

关键词： 二至丸   多发性骨髓瘤   网络药理学   分子对接   木犀草素   槲皮素   GSK-3β   Akt/GSK-3β/CCND1/c-Myc通路   RPMI-8226细胞  

摘要： 【目的】基于网络药理学、分子对接及细胞实验验证探讨二至丸治疗多发性骨髓瘤(MM)的潜在作用机制。【方法】应用网络药理学、分子对接筛选药物-疾病-靶标-通路关键指标。培养多发性骨髓瘤细胞株RPMI-8226,给予二至丸干预,采用膜联蛋白V(Annexin V)-异硫氰酸荧光素(FITC)染色法检测细胞凋亡,Transwell实验测定细胞侵袭能力,实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测蛋白激酶B(Akt)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、糖原合酶激酶3β(GSK-3β)、c-MycmRNA表达,Western Blot法检测细胞Akt、磷酸化蛋白激酶B(p-Akt)、CCND1、c-Myc、GSK-3β、磷酸化糖原合酶激酶3β(p-GSK-3β)蛋白表达。【结果】获得二至丸14个有效成分。二至丸治疗MM涉及靶点142个,通路富集分析结果显示关键靶点可能主要集中在癌症通路、脂质与动脉粥样硬化等。分子对接结果显示,木樨草素和槲皮素与GSK-3β有较好的结合活性及稳定性。进一步细胞实验验证发现,与空白组比较,二至丸低、中、高剂量组细胞凋亡率显著升高,细胞侵袭数减少,GSK-3β的mRNA和蛋白水平显著升高,CCND1、Akt和c-Myc的mRNA和蛋白水平显著降低,呈剂量依赖性,其中,中、高剂量组差异均有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。【结论】二至丸对MM的治疗作用可能是通过木犀草素和槲皮素等关键活性成分,促进GSK-3β表达,并抑制Akt/GSK-3β/CCND1/c-Myc信号通路来实现的。

关键词： 网络药理学   分子对接   慢性阻塞性肺疾病   富集通路   分子机制  

摘要： 利用网络药理学方法结合分子对接技术,研究山防感冒颗粒中药组分配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。利用中药系统网络药理学数据库、分析平台(TCMSP)及现有相关文献(CNKI和PubMed)挖掘山防感冒颗粒中山银花、防风、山楂和生姜的有效成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.8.2构建化合物靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索慢性阻塞性肺疾病的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(STRING)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白互作网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO功能分析和KEGG通路富集分析,探究山防感冒颗粒治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到山房感冒颗粒中药的24种活性成分,258个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目1313个,细胞组分(CC)条目62个,分子功能(MF)条目122个;KEGG通路富集分析筛选得到163条信号通路主要涉及癌症相关通路、乙型肝炎病毒、松弛信号通路、PI3K/Akt信号通路及结核病等信号通路;分子对接结果表明,主要活性成分与AKT1、TNF和TP53均有较强的结合能力,其中槲皮素(Quercetin)、山楂酸(Maslinic acid)和植物甾醇(Bate-sitosterol)为最强的3个有效成分。山防感冒颗粒主要通过调节癌症相关通路、乙型肝炎病毒、PI3K/Akt信号通路、对细胞氮化合物反应、对激素的反应和蛋白质磷酸化的正调控等来辅助消炎治疗COPD,该研究进一步证明了山防感冒颗粒可通过多靶点、多通路发挥抗炎作用,初步阐明了山防感冒颗粒治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制。

关键词： 沉香   药理作用   CiteSpace   可视化分析  

摘要： 目的本文在综述近年来沉香药理作用的基础上,通过CiteSpace分析2013年5月31日—2023年5月31日关于沉香(Aquilariae Lignum Resinatum)的发文趋势、作者及机构合作网络、研究现状、研究热点、发展趋势。方法检索中国知网(CNKI)2013年5月31日—2023年5月31日关于沉香的文献,使用CiteSpace软件对发文情况、作者及科研机构的合作网络、关键词、研究概况、研究趋势、研究热点进行关联或聚类分析,并绘制可视化图谱。结果纳入1133篇文献,年发文量呈现较为稳定的增长趋势;作者共现分析得出了以戴好富、魏建和、高晓霞为主的三大研究团队;机构合作网络密度为0.0046;形成了用药规律、沉香、化学成分、沉香四醇等共10个关键词聚类。结论目前关于沉香的研究还处于发展阶段,作者、机构较为松散,各地区需加强合作,为进一步研究提供基础。

关键词： 木香五味散   胃溃疡   高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱   移行成分   网络药理学  

摘要： 目的分析鉴定木香五味散血清移行成分,结合网络药理学探究其治疗胃溃疡的作用机制。方法采用HPLC-Q-Exactive-MS技术,质谱采用正、负离子扫描,扫描范围m/z 110~1200,结合Xcalibur 3.0分析软件,鉴别木香五味散血清移行成分,利用Swiss Target Prediction数据库预测血清移行成分作用靶点,采用Genecards、OMIM、TTD数据库预测胃溃疡疾病靶点,通过Cytoscape 3.9.1软件构建“移行成分-潜在靶点”网络,运用STRING数据分析平台对潜在靶点进行蛋白互作网络分析,使用David数据库对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG富集分析,采用Auto Docktools 1.5.6和Pymol 2.3.0软件对移行成分和关键靶点进行分子对接。结果确定11个血清移行成分,通过网络药理学分析获得木香五味散治疗胃溃疡潜在靶点109个。对109个潜在靶点进行GO功能注释和KEGG通路分析,木香五味散治疗胃溃疡的信号通路主要涉及PI3K-AKT、HIF-1信号通路等分子对接结果显示,主要活性成分与主要靶点结合良好。结论木香五味散中异鼠李素、木犀草素、阿魏酸、鞣花酸、甘草次酸、去氢木香内酯等可能为发挥药效的活性物质,以上活性成分可能通过调节STAT3、AKT1、EGFR、IL6、TNF等关键蛋白,进而调节PI3K-AKT、HIF-1等信号通路发挥治疗疾病的作用。

关键词： 当归   川芎   银屑病   网络药理学   分子对接   富集分析   信号通路  

摘要： 目的:运用网络药理学方法和分子对接技术,预测当归-川芎药对治疗银屑病的潜在分子作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选出当归和川芎的有效活性成分以及具体的功效靶点,通过检索GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库、DrugBank和DisGeNET数据库,获得银屑病相关靶点。利用Venn网页工具获取药物疾病共同靶点,将其输入Cytoscape 3.9.1软件绘制当归、川芎-共同靶点-银屑病网络图。运用STRING数据库及Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过DAVID数据库进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,用微生信绘制富集分析的气泡图。利用AutoDock软件对分子对接进行验证,并用PyMOL软件对分子对接进行可视化。结果:获取当归、川芎治疗银屑病的有效活性成分9个,潜在作用靶点28个,关键作用靶点为胱天蛋白酶3、环氧化酶2、雌激素受体1、转录因子AP-1和丝裂原激活的蛋白激酶14。主要涉及药物的反应信号通路、细胞内类固醇激素受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路和白细胞介素17信号通路等。结论:当归-川芎药对通过多通路、多种有效活性成分和多种有效靶点实现对银屑病的治疗。