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关键词： 芪参益气滴丸   网络药理学   动脉粥样硬化   炎症  

摘要： 目的 利用网络药理学分析方法探讨芪参益气滴丸治疗动脉粥样硬化的分子-靶点机制。方法 参考高效液相色谱法研究获取芪参益气滴丸成分,利用TCMSP并结合文献筛选有效成分,在TCMSP、SwissTarget Prediction数据库、SEA数据库中获取有效成分靶点,GEO数据库获取动脉粥样硬化靶点,Cytoscape绘制有效成分-交集靶点网络,STRING平台构建蛋白质互作网络图,Metascape平台进行GO/KEGG富集分析,分子对接软件Autodock将核心靶点对应的有效成分进行分子对接验证。结果 筛选12种芪参益气滴丸有效成分及其对应靶点478个,动脉粥样硬化靶点370个,得到7个核心靶点,KEGG通路7条,分子对接验证核心靶点和对应成分之间均具有良好的结合活性。结论 芪参益气滴丸可通过调控趋化因子、血小板激活、细胞黏附分子等信号通路,并调节免疫反应、抑制炎症及单核细胞细胞向内皮下迁移治疗动脉粥样硬化。

关键词： 慢性心力衰竭   益气复脉注射液   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的:应用网络药理学探讨益气复脉注射液治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法:应用TCMSP、PubChem、BATMAN-TCM数据库获取药物的活性成分及靶点,运用GeneCards和OMIM数据库筛选CHF的靶点;Ven2.1.0软件筛选益气复脉注射液与CHF的交集靶点,构建药物-有效成分-关键靶点网络,使用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络;通过Metascape数据库对交集靶点进行富集分析。结果:共筛选出益气复脉注射液的活性成分有人参皂苷Rh2、五味子乙素、五味子内酯E等;关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶3、基质金属蛋白酶9、胱天蛋白酶3等;主要包括肿瘤相关、缺氧诱导因子-1信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论:益气复脉注射液通过多成分-多靶点-多通路治疗CHF,为更加深入研究益气复脉注射液的药效物质奠定基础。

关键词： 甲型流感   网络药理学   分子对接   麻杏石甘汤  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨麻杏石甘汤(MXSGD)对甲型流感的抗病毒作用与机制研究。方法首先通过TCMSP、PubChem、Swiss Target Prediction数据库及文献筛选出MXSGD的活性成分和潜在靶点;采用GeneCards、OMIM筛选疾病相关靶点;通过UniProt数据库标准化靶蛋白基因名称,String数据库获取交集靶蛋白互作关系,运用Cytoscape 3.9.1软件可视化网络图和拓扑分析;David数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集;采用分子对接技术对主要活性成分与核心靶点进行验证。结果共筛出MXSGD的135个潜在化合物成分与250个对应靶点。经拓扑分析得到25个关键活性成分(包括槲皮素、甘草查尔酮A等)和66个关键靶点(涉及TNF、TP53、RELA及VEGFA等)与甲型流感密切相关。GO富集得到生物过程、细胞组成和分子功能分别406、32、60条信息;KEGG通路富集得到TNF、AGE-RAGE、IL-17信号通路等161条结果;分子对接显示槲皮素与TNF、TP53具有强烈结合活性,甘草查尔酮A与RELA、VEGFA具有较好结合活性。结论MXSGD具有多成分、多靶点、多通路等抗甲型流感的特点,槲皮素和甘草查尔酮A可以通过作用于核心靶点TNF、TP53、RELA及VEGFA等发挥抗流感的作用。

关键词： 补肾益气活血方   炎癌转化   抗炎   抗肿瘤   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学和细胞实验探讨补肾益气活血方对宫颈炎癌转化的作用机制。方法通过TCMSP、Swiss Target Prediction和GeneCards数据库检索药物活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库检索炎症相关基因,GEO数据库获取宫颈癌相关数据集(GSE63678、GSE63514),差异分析后筛选炎癌转化基因作为疾病治疗靶标;采用Cytoscape软件构建药物-成分-疾病调控网络及筛选核心靶点;R语言进行KEGG和GO富集分析;对核心靶点及其对应成分进行分子对接验证。体外通过CCK-8、Griess法、Transwell实验、CBA实验、Western blot等验证补肾益气活血方的抗炎作用。结果共筛选得到117种活性成分,对应靶点1801个;炎癌转化基因189个;疾病与药物共同靶点82个。KEGG富集分析显示TNF、AGE-RAGE、Toll样受体信号通路等参与补肾益气活血方的抗炎癌转化作用。体外实验结果显示,补肾益气活血方可抑制LPS诱导的巨噬细胞的增殖(P<0.05,P<0.01),促进其迁移(P<0.01),降低NO、IL-6、TNF-α、MCP-1水平(P<0.05,P<0.01),并抑制iNOS蛋白表达及PI3K、Akt蛋白的磷酸化(P<0.01),升高IL-10、IFN-γ、IL-12p70水平(P<0.05)。结论本研究揭示了补肾益气活血方通过多靶点、多途径发挥抗炎癌转化作用,为该方治疗宫颈炎癌转化提供理论及实验支持。

关键词： 骨质疏松症   补肾健脾法   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学探讨补肾与健脾中药配伍治疗骨质疏松症(OP)的潜在作用机制。方法阅读文献,选用出现频率较高的补肾药与健脾药,从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中筛选出其有效成分,并搜集有效靶点。结果补肾药共筛选出有效成分60个、预测靶点199个,健脾药筛选出有效成分40个、预测靶点195个;检索并筛选出OP疾病靶点1531个,预测靶点与OP共有交集72个;蛋白质互作网络(PPI)分析提示核心靶点为肿瘤蛋白p53基因(TP53)等;其中糖尿病并发症中的高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)信号通路、流体剪应力与动脉粥样硬化等可能为治疗OP的关键通路。结论补肾药与健脾药可通过多成分、多靶点、多通路作用于OP的治疗。

关键词： 凤尾草   分子对接   炎症性肠病   网络药理学   作用机制   信号通路  

摘要： 【目的】旨在通过网络药理学和分子对接的方法,研究凤尾草Pteris multifida Poir(.PMP)治疗动物炎症性肠病(IBD)的活性物质、分子靶点及作用机制,为后期研究凤尾草替代抗生素治疗动物IBD提供科学依据。【方法】通过TCMSP数据库检索凤尾草的有效化学成分和作用靶点,以“inflammatory bowel disease”为检索词通过GeneCards数据库检索疾病靶点,使用jvenn网站筛选出交集靶点。使用Cytoscape软件构建凤尾草治疗IBD的药物-有效成分-靶点网络图,并以凤尾草与IBD的交集靶点作为预测靶点,利用STRING数据库构建PPI蛋白互作网络,筛选出前6个核心靶点。通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析。利用AutoTools软件对活性物质与核心靶点进行对接,并使用PyMOL2.6可视化。【结果】凤尾草的活性成分共11种,利用TCMSP及Swiss Target Prediction等多个数据库得到活性成分对应靶点共计209个。PPI网络拓扑显示,凤尾草主要作用于AKT1、TNF、IL 6等多个靶点。GO分析结果显示其主要作用于对外源性刺激的反应、细胞外区等通路。KEGG通路分析表明其可能通过p53信号通路、癌症信号通路等信号通路共同发挥作用治疗IBD。分子对接结果显示,除芦丁外,凤尾草中关键活性成分槲皮素、芹菜素、邻苯二甲酸二丁酯和木犀草素与AKT1、TNF、IL6等核心靶点均表现出稳定的结合能力。【结论】研究结果初步预测了凤尾草主要通过木犀草素、槲皮素、芹菜素等多种活性成分,调控AKT1、TNF、IL6、INS、IL1B和TP53等关键靶点,共同调节p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等通路共同治疗IBD。

关键词： 护胃散   化疗性恶心和呕吐   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 目的利用网络药理学和分子对接技术探讨护胃散治疗化疗性恶心和呕吐(CINV)的关键靶点及通路,挖掘作用机制。方法通过TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选出护胃散活性成分,并通过SwissTargetPrediction预测靶点。运用OMIM、GeneCards、TTD数据库筛选CINV疾病基因,将筛选的药物靶点与疾病基因取交集,作为护胃散治疗CINV的潜在靶点。通过STRING数据库筛选结合Cytoscape3.7.2软件构建中药成分-CINV-靶点蛋白相互作用(PPI)网络图,采用Metascape数据库对交集靶点进行GO与KEGG富集分析,利用AutoDock Vina分子对接验证药物与靶点的结合力。结果共筛选出护胃散潜在靶点384个,CINV相关靶点413个,交点靶点基因109个。经Network Analyzer工具网络拓扑参数分析共获得10个核心靶点信息。GO富集分析共得到1173条相关条目,结果显示,生物过程主要与蛋白质磷酸化的正向调节、腺体发育和凋亡信号通路的调控有关;细胞组分主要涉及对氮化物的反应、细胞及其成分迁移正向调节、增殖负调节、凋亡信号通路的正向调节;分子功能包括蛋白结合、相同蛋白结合、酶结合、神经递质受体活性。KEGG信号通路共得到198条,富集程度最高通路为癌症通路、乙型肝炎等。分子对接结果表明,STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1、HSP90AA1与活性成分β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚、连翘苷、汉黄芩素及白桦脂酸结合能≤-5 kcal/mol,结合能力稳定。结论护胃散通过调节STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1、HSP90AA1等潜在靶点,参与癌症通路、细胞凋亡、细胞衰老等通路延缓细胞衰老凋亡及抗氧化来治疗CINV,多通路、多靶点地发挥药理作用。

关键词： 肝细胞癌   代谢组学   网络药理学   生物标志物  

摘要： 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是我国常见的恶性肿瘤之一,具有起病隐匿、进展快和预后差等特点。HCC的早筛早诊是提高肝癌患者治疗效果和生存率的关键,但目前HCC的特异性诊断和有效治疗策略仍然缺乏。网络药理学使HCC的治疗研究开启了“药物-基因-靶点-疾病”多层次网络构建的新模式,从整体、系统的角度去探索药物与疾病间的关联性。代谢组学是系统生物学的重要组成部分,它利用色谱、质谱、核磁共振等技术对机体所有低相对分子质量代谢产物进行定性和定量分析,发现潜在的代谢标志物、治疗靶点等并探讨其机制和价值。本文针对近年来代谢组学在HCC的早期筛查、诊断和中药网络药理学的研究现状和进展进行综述。

关键词： 脓毒症心功能障碍   红花   网络药理学   信号通路  

摘要： 目的 基于网络药理学探讨红花治疗脓毒症心功能障碍(sepsis induced myocardial dysfunction,SIMD)的机制。方法 检索中药系统药理学平台(traditional chinese medicines systems pharmacology platform,TCMSP)、Swiss Target Prediction数据库,获得红花的有效成分和靶点;检索Genecards、OMIM数据库获取SIMD的相关基因,利用Jvenn平台分析得到重复靶点。运用String数据库和Cytoscape 3.10.1软件构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络。通过DAVID软件对治疗SIMD的核心靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 药物靶点与疾病靶点交集后获得64个靶点,64个基因靶点对应10个活性成分,核心靶点有肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6)、白细胞介素-1β(interleukin-1β)等。GO富集分析显示,红花参与的生物过程主要为RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;KEGG富集分析显示,红花治疗SIMD的信号通路主要富集在癌症信号通路、脂质代谢等信号通路。结论 红花可通过多途径、多成分、多靶点治疗SIMD,为进一步研究红花的疗效奠定了基础。

关键词： 非酒精性脂肪性肝病   脂康饮   网络药理学   分子对接   分子动力学  

摘要： 目的:探究脂康饮治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP和HERB数据库获得脂康饮的活性成分,通过SwissTargetPrediction平台预测脂康饮作用靶点,GeneCards、Dis-GeNET数据库收集疾病靶点,取药物和疾病靶点交集作用为脂康饮治疗NAFLD的潜在靶点。通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用DAVID数据平台进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,AutoDock软件进行分子对接、Gromacs 2020.6_GPU软件进行分子动力学模拟验证。结果:获得脂康饮的有效成分140种,治疗NAFLD的作用靶点269个,PPI网络核心蛋白为白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG),GO功能富集分析结果显示,生物过程(BP)主要包括RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的调控、信号转导等,细胞组成(CC)包括胞质溶胶、细胞质等,分子功能(MF)涉及蛋白激酶活性、酶结合等,主要信号通路为糖脂代谢通路、炎症与氧化应激通路、肿瘤通路等。分子对接发现活性成分泽泻醇B及泽泻醇B乙酸酯、ω-羟基大黄素-8-甲醚、木犀草素、柚皮素与靶点基因编码蛋白之间的结合良好,为脂康饮治疗NAFLD的主要成分。分子动力学模拟结果表明泽泻醇B与TNF、PPARG易形成稳定复合物,为脂康饮治疗NAFLD的主要成分。结论:脂康饮主要通过调节糖脂代谢、减轻肝脏炎症及氧化应激、抑制肿瘤通路治疗NAFLD,为研究脂康饮的作用机制提供了新的研究思路。