课程文献中心 更多>>

关键词： 千斤拔   芦丁   乳腺发育   网络药理学   作用机制  

摘要： 采用网络药理学探讨千斤拔和芦丁对乳腺发育的分子成分解析。方法 借助TCMIP、BATMAN-TCM数据库筛选千斤拔和芦丁相关活性成分及作用靶点;OMIM、Pharmg Kb、Gene Cards数据库筛选乳腺发育相关靶点;STRING 数据库构建药物成分靶点与疾病靶点PPI网络;在 Cytoscape 软件中选择Network Analysis 插件对PPI 网络进行拓扑分析,筛选核心节点;Venny 软件获得千斤拨-芦丁活性成分靶点、乳房发育靶点和核心节点的交集靶点,进一步拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;DAVID 数据库进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果 获得千斤拨-芦丁与乳腺发育相交靶点126个,在MCODE聚类分析中获得7个核心基因和 7 个基因簇,6种关键活性成分,GO富集分析得到175项生物过程,66项分子功能,48项细胞组成,KEGG通路富集后得到97条相关信号通路。结论 初步判断千斤拨-芦丁以多组分、多靶点、多通路干预乳腺发育的分子机制,为进一步药效学研究奠定基础。

关键词： 茯苓酸   心肌纤维化   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学与体外验证实验探讨茯苓酸治疗心肌纤维化(myocardial fibrosis,MF)的作用机制。方法:借助SwissTargetPrediction、GeneCards等数据库预测茯苓酸、氧化应激及MF靶点,取三者交集靶点于STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,借助Cytoscape 3.7.2软件进行可视化分析,筛选出核心靶点,使用Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析,预测茯苓酸治疗MF的作用机制,采用分子对接技术及大鼠心肌成纤维细胞(cardiac fibroblasts,CFs)实验加以验证。结果:预测发现,茯苓酸潜在靶点164个、氧化应激靶点3040个、MF靶点4441个,三者交集靶点84个,涉及Bcl-2、PTGS2、Bcl-2L1、MMP-2等9个核心靶点。GO分析发现,生物过程主要作用于抗氧化活性、对缺氧的反应。KEGG分析显示,茯苓酸治疗MF的主要信号通路为PI3K/Akt。分子对接结果显示,茯苓酸与Bcl-2、PTGS2、Bcl-2L1、MMP-2等9个核心靶点均具有良好的结合活性。体外实验结果显示,茯苓酸(5、10、20μmol/L)能显著抑制CFs迁移能力(P<0.01),降低ROS、MDA水平(P<0.05),升高SOD水平(P<0.05),下调CollagenⅠ、CollagenⅢ、MMP-9、MMP-2、PTGS2 mRNA水平(P<0.05)和CollagenⅠ、CollagenⅢ、α-SMA蛋白表达(P<0.05),上调PI3K、Akt、Bcl-2、Bcl-2L1 mRNA水平(P<0.05)和p-PI3K、p-Akt蛋白表达(P<0.05)。采用PI3K抑制剂(LY294002)后,茯苓酸对CFs细胞中ROS、SOD、MDA、CollagenⅠ、CollagenⅢ、α-SMA、p-PI3K、p-Akt作用被逆转(P<0.05)。结论:表明茯苓酸能够抑制CFs氧化应激损伤和心肌纤维化,该作用与其调控PI3K/Akt信号通路密切相关。

关键词： 羽扇豆酮   2型DN   香蕉皮   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:为了系统全面地阐明羽扇豆酮原料药材香蕉皮防治2型DN的潜在分子机制。方法:通过中国知网、维普网、万方数据知识服务平台、Pubmed等文献数据检索香蕉皮的化学成分,根据文献对活性成分防治DN的报道,同时在TCMSP数据库中以口服生物利用度(OB ≥ 30%)和类药性分析(DL ≥ 0.18)参数,筛选香蕉皮的活性成分。从TCMSP、Swiss Target Prediction、PhamMapper数据库中获取活性成分的蛋白靶点,在OMIM、GeneCards数据库检索2型DN相关靶点,通过UniProt数据库将活性成分和疾病靶点转换为基因名称。取活性成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库建立蛋白互作网络(PPI)。在Cytoscape软件中对PPI网络进行分析,根据网络拓扑参数筛选出关键靶点,进行可视化,并建立“成分–靶点–疾病”网络。同时将关键靶点导入到Metascape数据库进行GO及KEGG富集分析,获取香蕉皮防治2型DN的生物过程及信号通路。最后,从PDB数据库获取靶点蛋白晶体结构,利用AutoDock软件对活性成分及靶点蛋白进行分子对接模拟验证,并将结果可视化。结果:通过OB、DL筛选及文献对化学成分防治2型DN的报道,获得9个活性成分分别为槲皮素、儿茶素、β-胡萝卜素、新叶黄素、羽扇豆酮、阿魏酸、芦丁、没食子酸、柚皮苷;并筛选得到共计960个活性成分靶点和1078个疾病靶点,通过取两者的交集共得到179个香蕉皮防治2型DN的潜在作用靶点,绘制得到蛋白互作网络图。在Cytoscape软件中根据网络拓扑参数进一步筛选出INS、ALB、AKT1、IL6、TNF、VEGFA、TP53、EGFR、CASP3、MAPK8、CXCL8、MAPK1等28个关键靶点。GO功能富集分析得到氧化应激、细胞对氧化应激的反应、DNA结合转录因子活性的正调控、细胞对活性氧的反应、细胞对脂多糖的反应等1178个条目,涉及生物过程1102条,细胞组成34条,分子功能45条。KEGG信号通路富集得到AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF-信号通路、Toll样受体信号通路、FoxO信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、催乳素信号通路等130条信号通路。分子对接结果显示,除化合物芦丁、柚皮苷与靶蛋白ALB结合活性较差外,网络药理学所预测的其他活性成分与关键靶点INS、ALB、AKT1均具有较好的结合活性。结论:运用网络药理学方法初步揭示了香蕉皮防治2型DN的活性成分除羽扇豆酮外,还有多种活性成分在共同发挥作用,表明香蕉皮多成分、多靶点、多途径防治2型DN的整体调节作用特点,为香蕉皮活性成分与实验研究提供科学依据。

关键词： 肉豆蔻挥发油   低氧肺动脉高压   网络药理学   转录组学   7,9-二叔丁基-1-氧杂螺[4.5]癸-6,9-二烯-2,8-二酮   异榄香脂素   乙酸香叶酯   细胞周期信号通路  

摘要： 目的基于转录组学和网络药理学探讨肉豆蔻挥发油(volatile oil from Myristica fragrans,VOMF)干预低氧性肺动脉高压(hypoxic pulmonary artery hypertension,HPAH)的作用机制。方法通过SwissTargetPrediction数据库获取VOMF活性成分和药物潜在靶点,应用GEO数据库获取HPAH疾病相关靶点,Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络;运用Pymol和MOE软件对VOMF关键活性成分与作用靶点进行分子对接。采用雄性SD大鼠制备肺动脉平滑肌细胞(pulmonary artery smooth muscle cells,PASMCs),低氧处理并给予VOMF干预后,进行转录组学分析获取差异表达基因,采用Western blotting验证VOMF对细胞周期信号通路相关蛋白表达的影响。结果网络药理学分析共得到VOMF潜在作用靶点512个,HPAH疾病相关差异靶点2912个,交集基因80个;转录组学分析共得到40个共同差异表达基因。以P<0.05为筛选条件将转录组学和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析结果进行交集,得到交集通路8条,其中与HPAH密切相关的包括细胞周期信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路。结合文献报道和课题组前期研究,选取细胞周期信号通路进行验证。Western blotting结果显示,与对照组比较,模型组细胞周期蛋白依赖性激酶2(cyclin dependent kinase 2,CDK2)、CDK4、细胞周期蛋白D1(cell cycle protein D1,Cyclin D1)、Cyclin A2蛋白表达水平升高(P<0.01、0.001),p27Kip1蛋白表达水平降低(P<0.01);与模型组比较,VOMF组CDK2、CDK4、Cyclin D1、Cyclin A2蛋白表达水平降低(P<0.05、0.01、0.001),p27Kip1蛋白表达水平升高(P<0.05、0.01)。结论从网络药理学和转录组学角度初步阐明了VOMF能够通过干预细胞周期信号通路,进而干预HPAH的发生,可为后续的药理学研究和临床应用提供依据与参考。

关键词： 网络药理学   蒙药森登-9汤   布鲁氏菌病   信号通路   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学的方法,探讨蒙药森登-9汤(布病Ⅱ号)治疗布鲁氏菌病的作用机制。方法:运用BATMAN-TCM数据库分析蒙药森登-9汤的活性成分及潜在靶点;通过Genecards、OMIM、DisGeNET数据库筛选布鲁氏菌病相关靶点;构建韦恩图,得到疾病交集靶点与蒙药森登-9汤治疗布鲁氏菌病的交集靶点;用Cytoscape软件绘制“药物-成分-疾病-靶点”关系网络图;通过STRING数据库构建“活性成分-疾病”共同靶点的蛋白互作(PPI)网络;使用David数据库对关键靶标进行基因本体功能(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:蒙药森登-9汤活性成分有182个,作用于1306个靶点;布鲁氏菌病靶点620个,药物与疾病交集靶点152个。蒙药森登-9汤治疗布鲁氏菌病的主要活性成分有月桂酸、肉豆蔻酸、亚油酸、茉莉酮、羽扇烯酮、香叶基丙酮、氧化槐果碱、3-壬烯-2-酮等;治疗布鲁氏菌病的核心靶点有IL-6、IL-1β、INS、TNF、PTGS2、JUN、TP53、IGF1、CCL2、HIF1A。富集得到GO条目1064个,其中BP条目834个,CC条目107个,MF条目123个。KEGG信号通路共162条,主要集中在HIF-1信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、IL-17信号通路等。结论:本研究通过网络药理学的方法初步探讨了蒙药森登-9汤有效成分抗炎、抗病原微生物等作用机制,为布鲁氏菌病的治疗,及进一步研究该方作用机理、临床应用提供了理论依据。

关键词： 肛周脓肿   重楼解毒方   分子机制   网络药理学   熏洗   分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学方法和分子对接技术探讨苗药重楼解毒方熏洗对肛周脓肿术后创面愈合的潜在作用机制。方法:在HERB数据库中搜寻重楼解毒方所用中药分子以及靶点蛋白,在GeneCards和OMIM数据库中检索疾病的靶点,运用Venny 2.1在线获取交集靶点,继而于String数据库中进行PPI分析;在Cytoscape 3.7.1以及Metascape数据库中相继完成可视化网络图与富集分析。根据上述结果完成分子对接。结果:该方共有154个药物活性成分,845个药物作用靶点,1040个疾病作用靶点,药物-疾病交集靶点146个;核心靶点9个,分别为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂原激活蛋白激酶3(MAPK3)、白蛋白(ALB)、转录因子Jun(JUN)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)和表皮生长因子受体(EGFR);富集分析显示,重要信号通路包含PI3K-AKT、AGE-RAGE、MAPK等;分子对接结果显示,核心靶点蛋白与活性小分子的对接值均小于-5.0 kcal/mol,证明结论较为可靠。结论:重楼解毒方熏洗对肛周脓肿术后创面愈合存在多靶点、多成分、多通路的作用机制,其中药物活性成分鱼腥草的槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、芹菜素(Apigenin)、三七的吴茱萸次碱(Rutaecarpine)、重楼的重楼皂苷Ⅱ(PolyphyllinⅡ)和靶点AKT1、TNF以及信号通路PI3K-AKT、AGE-RAGE、MAPK等应特别关注,本研究中建立的网络有助于从分子水平到通路水平认知重楼解毒方的作用机制。

关键词： 阿魏八味丸   网络药理学   分子对接   美尼尔综合征  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨蒙药制剂阿魏八味丸治疗美尼尔综合征作用机制,为中蒙药治疗美尼尔综合征提供系统生物学信息和理论基础。方法:应用TCMSP、BATMAN-TCM和SwissTargetPrediction数据库及查阅文献方式挖掘阿魏八味丸的活性成分;运用GeneCards、OMIM以及DrugBank数据库获取美尼尔综合征相关靶点;将药物靶点和疾病靶点进行映射,得到交集靶点;在此基础上,通过STRING网络平台构建PPI网络并利用Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心基因;采用DAVID数据平台进行GO富集分析与KEGG通路富集分析;最后通过分子对接技术对获得的关键活性成分和核心靶点进行验证分析。结果:获得阿魏八味丸的活性成分37个,预测作用靶点521个,美尼尔综合征相关基因695个,阿魏八味丸治疗美尼尔综合征的关键靶点15个;共筛选出阿魏八味丸治疗美尼尔综合征的9种关键活性成分,5个核心靶点;GO富集分析展示细胞组分(CC)、分子功能(MF)、生物进程(BP)的前5个条目,KEGG通路富集分析得到20条主要通路;通过分子对接,发现其药效物质基础与核心靶标有较好的结合力。结论:阿魏八味丸可以通过多成分、多靶点和多通路的作用机制协同发挥治疗美尼尔综合征的作用。

关键词： 藿香正气水   陈皮   网络药理学   质量标志物  

摘要： 目的:基于网络药理学方法全面研究藿香正气水药效学的有效成分、作用靶点及作用机制,并根据“物质可测性”预测藿香正气水质量标志物(Q-Marker)。方法:通过TCMSP平台检索藿香正气水中10味中药的有效成分及其作用靶点,利用Cytoscape绘制“药物-成分-靶点”网络,利用软件分析功能得到主要药效成分。基于物质可测性对市售藿香正气水进行HPLC检测,确定可作为质量标志物(Q-Marker)的主要药效成分。结果:通过绘制“药物-成分-靶点”,确定藿香正气水中活性成分节点163个,并根据物质可测性对市售23批次藿香正气水进行成分测定,确定甘草浸膏中甘草苷,陈皮中橙皮苷、芸香柚皮苷、川陈皮素、橘皮素,苍术中汉黄芩素,白芷中欧前胡素、异欧前胡素,厚朴中厚朴酚、和厚朴酚可作为藿香正气水的质量标志物。结论:基于网络药理学对藿香正气水药物活性成分及作用靶点进行全面分析,并以中药质量标志物(Q-Marker)概念为指导,以“物质可测性”为判断标准,推测藿香正气水中质量标志物(Q-Marker),为藿香正气水质量提高及质量评价提供新的思路。

关键词： 精神药理学   课程思政   形成性评价   总结性评价   教学效果  

摘要： 目的从多角度分析精神药理学全面型人才培养效果。方法在河南省某医学高校2019级精神医学本科专业的《精神药理学》课程中融入思政元素,引入全人教育的教学理念,运用问卷调查、成绩分析和资料分析等多种方法,从形成性评价、总结性评价和教学满意度评价等多角度进行学习效果评价分析。结果《精神药理学》课程结束后学生成绩达到中等以上水平,初步养成辩证分析能力,提升逻辑思考能力,增强思想道德素养,牢固树立了教书育人的根本职责。从调查问卷分析,学生对精神药理学教学效果的满意度较高。结论《精神药理学》课程全面型人才培养模式在提升精神医学专业本科生的职业观和价值观的同时,增强了学生辩证分析、逻辑思考、综合素养和科研写作能力,提高了教学效果,为同类专业教学改革提供了参考。

关键词： 三阴性乳腺癌   阳和汤   铁死亡   网络药理学   脂代谢通路  

摘要： 目的:运用网络药理学方法探讨阳和汤治疗三阴性乳腺癌的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库和HERB数据库筛选得到阳和汤的有效成分并预测其相关作用靶点,构建有效成分-靶点相互作用网络图,通过Dis GeNET和GeneCards数据库获取三阴性乳腺癌的相关靶点,运用仙桃学术工具在线venny分析获取阳和汤与三阴性乳腺癌的交集靶点,STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。进一步通过FerrDb数据库获取铁死亡相关靶点,并与阳和汤、三阴性乳腺癌靶点取交集,进行PPI网络图构建及GO功能、KEGG通路富集分析。结果:筛选得到阳和汤的有效成分86个,其中核心成分为槲皮素、山柰酚等,对应作用靶点207个,三阴性乳腺癌的相关靶点1748个,两者共同靶点89个,其中核心靶点为蛋白激酶B(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1(PIK3R1)等,通过KEGG分析发现,阳和汤治疗三阴性乳腺癌涉及PI3K-Akt信号通路、黏附连接等主要信号通路。进一步获取铁死亡的调控靶点487个,其中MAPK1、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)为铁死亡参与阳和汤治疗三阴性乳腺癌的核心靶点。结论:阳和汤治疗三阴性乳腺癌主要涉及多个关键靶点和信号通路,推测铁死亡通路可能是其重要的作用机制。