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关键词： 三子养亲汤   网络药理学   非小细胞肺癌   全国名老中医  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨三子养亲汤治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:运用中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)收集三子养亲汤的主要化学成分,根据药物口服利用度和类药性筛选药物活性成分,并获取对应靶点;从Drugbank、GeneCards和OMIM数据库获取非小细胞肺癌(NSCLC)的相关靶点,并去除重复值,使用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络;利用Cytoscape3.7.1构建“三子养亲汤-非小细胞肺癌靶点-通路”网络。并利用Cytoscape3.7.1软件筛选出排名靠前的核心靶点;使用微生信平台对三子养亲汤与NSCLC共同靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。结果:获得106个三子养亲汤药物靶点,4083个非重复的非小细胞肺癌疾病靶点,两者取交集,共获得84个交集靶点。通过Cytoscape3.7.1获取排名前5的核心药物靶点,分别为木犀草素、β-谷甾醇、β-胡萝卜素、(+)-儿茶素、青风藤碱,通过STRING数据库分析确立TP53、ESR1、CASP3、AKT1、TNF为关键的靶点。结论:三子养亲汤通过多靶点、多途径发挥治疗非小细胞肺癌的作用。

关键词： 骨质疏松症   绞股蓝   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学方法探讨绞股蓝防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的有效成分及作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine system pharmacology,TCMSP)筛选绞股蓝的活性成分和药物靶点;利用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)筛选OP相关靶点基因;对绞股蓝靶点和OP靶点取交集,通过Cytoscape软件建立绞股蓝-活性成分-靶点基因-OP网络;对绞股蓝和OP交集靶点进行蛋白-蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络分析、基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。结果:筛选得到绞股蓝有效活性成分24种,药物靶点120个,与OP交集靶点87个;IL-6、AKT1、VEGFA、MAPK1等可能是绞股蓝防治OP的核心靶点;主要涉及核受体的活动、配体激活的转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合以及细胞因子活性等生物过程;共涉及AGE/RAGE、肿瘤坏死因子、IL-17、MAPK以及PI3K/AKT等信号通路。结论:绞股蓝防治OP具有多成分、多靶点、多通路特点,这些靶点和通路与骨代谢和骨重建有关。

关键词： 轮状病毒性肠炎   五加减正气散   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的 运用网络药理学探索五加减正气散治疗轮状病毒性肠炎(RE)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SymMap数据库收集五加减正气散有效化合物,筛选出有效化合物并进行靶点预测;在GeneCards数据库获取RE相关疾病作用靶点;通过Venny 2.1.0软件获取五加减正气散治疗RE的有效靶点并构建蛋白互作网络(PPI);采用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点”网络,然后对网络模块靶点进行基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 五加减正气散中筛选得到有效化合物63个,得到靶点812个,其中作用于RE的靶点41个。KEGG富集分析表明核心靶点主要作用于炎症性肠病(IBD)、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路。结论五加减正气散可通过调节免疫系统和炎症信号通路达到治疗目的。

关键词： 川芎   莪术   慢性肾脏病   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学探究川芎-莪术药对治疗慢性肾脏病作用机制。方法运用TCMSP、DisGeNET、GeneCards、OMIM数据库筛选川芎-莪术药对治疗慢性肾脏病的药物活性成分与相关靶点并绘制韦恩图;利用STRING数据库和Cytoscape3.10.1软件构建蛋白相互作用网络、获取核心靶点;通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape3.10.1软件构建活性成分-靶点-通路网络,筛选核心成分、关键靶点及核心通路;通过AutoDock Vina软件进行分子对接验证,使用PyMOL软件进行可视化展示。结果筛选出川芎-莪术活性成分17个、药物与疾病交集靶点195个,核心靶点为SRC、PIK3CA等,GO功能富集得到1077个条目,KEGG通路富集分析得到信号通路164条,活性成分-靶点-通路网络显示,核心成分为洋川芎内酯、川芎萘呋内酯等,关键靶点为PIK3CD、AKT1等,核心通路为PI3K-AKT、癌症通路等。分子对接结果显示,SRC、PIK3CA、PIK3CD、AKT1等靶点与其对应活性成分均有良好的结合活性。结论川芎-莪术药对可能通过多靶点、多途径发挥降低纤维化、改善缺血再灌注、控制炎症反应及调控细胞增殖、分化和凋亡的作用,参与慢性肾脏病的治疗。

关键词： 半边旗   鼻咽癌   网络药理学   SRC-AKT信号通路  

摘要： 目的:本文拟通过网络药理学结合体外实验探究半边旗(Pteris semipinnata L,PsL)的抗鼻咽癌作用及其机制,为后续研究提供依据。方法:根据文献获得PsL主要活性成分,在PharmMapper数据库获取PsL主要成分相关基因,并从GeneCard、OMIM、PharmGkb、TTD和CTD数据库获取鼻咽癌疾病基因。将药物与疾病的交集基因导入至String平台构建蛋白互作(PPI)网络,通过PPI网络筛选出核心靶点。结合生物信息学对核心靶点进行分析,将筛选出的核心靶点与PsL成分进行分子对接并将结合能低的对接结果进行可视化。同时进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用PsL提取物作用于鼻咽癌Hone1细胞,采用CCK-8方法检测细胞增殖;Calcein/PI荧光染色检测细胞活性;Annexin V-FITC流式双染检测细胞凋亡,并使用Western blot检测蛋白激酶B(AKT)、磷酸化AKT(p-AKT)、非受体型酪氨酸蛋白激酶(SRC)蛋白表达的变化。结果:获得PsL与鼻咽癌交集基因共115个。其中,SRC、MAPK1以及RHOA可能是鼻咽癌治疗的关键靶点。生物信息学分析结果显示SRC在鼻咽癌中异常高表达,分子对接结果显示β-胡萝卜苷、芦丁和芹菜素-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷与SRC的结合能较低。富集结果分析表明PsL可调节PI3K-AKT信号通路。体外实验结果显示半边旗水提取物可抑制鼻咽癌Hone1细胞增殖及活性,并促进Hone1细胞凋亡。半边旗水提取物可明显下调SRC和p-AKT蛋白的表达。结论:PsL可通过负向调控SRC-AKT信号通路抑制鼻咽癌细胞的增殖、促进其凋亡。

关键词： 半夏厚朴汤   牙周炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术分析半夏厚朴汤治疗老年牙周炎的潜在作用及治疗机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)并查阅文献,收集半夏厚朴汤活性成分及作用靶点,运用人类基因数据库(GeneCards)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、药物靶标数据库(TTD)和综合性药物数据库(DrugBank)获取老年牙周炎靶点,应用线上分析工具VENNY获取复方与疾病的共同靶基因,运用Cytoscape_v3.10.2构建药物-活性成分-靶点网络,在蛋白质相互作用数据库(STRING)构建蛋白互作分析,在可视化综合发现数据库(DAVID)做靶点基因的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过分子对接技术分析主要活性成分治疗牙周炎的核心靶点。结果半夏厚朴汤方活性化学成分49种,其中半夏13种、茯苓15种、厚朴2种、生姜5种、紫苏14种,合并去重后得到564个活性成分潜在作用靶点。其中与牙周炎交集的靶点有225个,蛋白激酶B(AKT)1、信号传导和转录激活因子(STAT)3、丝氨酸-酪氨酸蛋白激酶(SRC)、白细胞介素(IL)-6、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)3、B细胞淋巴瘤(BCL)2、表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤坏死因子(TNF)是其中的核心靶点。KEGG分析结果得知半夏厚朴汤通过磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-AKT、C型凝集素受体、晚期糖基化终产物-晚期糖基化终产物特异性受体(AGE-RAGE)等信号通路等167条通路达到治疗老年牙周炎的目的。结论半夏厚朴汤能够遵循多成分、多靶点、多通路的机制治疗老年牙周炎,为临床治疗提供了新的方法和策略。

关键词： GEO数据库   网络药理学   公英散   奶牛乳房炎   细胞试验验证  

摘要： 为了探究公英散治疗奶牛乳房炎的作用机制,试验在中药系统药理学数据库(TCMSP)、Symmap2数据库中筛选公英散中各组分的活性成分,利用Swiss Target Predicton在线工具预测其对应靶点;在GEO数据库中选择GSE15020数据集获取乳房炎相关差异表达基因;运用韦恩图在线作图平台得到公英散治疗奶牛乳房炎的交集靶点;对交集靶点进行蛋白互作网络分析及核心靶点预测;并对交集靶点进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析;构建公英散-活性成分-药物靶点-通路网络。设置空白(不加入细胞,只加入培养基和等体积溶剂)、对照(细胞不进行药物处理而只加入培养基和等体积溶剂)和诱导处理(细胞中分别加入培养基和150,200,250,300,500,1000μg/mL的公英散药液),每个处理6个重复,采用CCK8法筛选公英散药液质量浓度。根据筛选得到的公英散药液质量浓度设公英散低剂量组、中剂量组、高剂量组及空白组、模型组,采用Western-blot检测关键靶点蛋白表达水平。结果表明:共筛选出公英散药物活性成分75个,对应靶点729个,乳房炎差异表达基因281个,二者交集靶点42个;交集靶点蛋白互作网络分析度值最高的3个潜在靶点为IL-6、PTGS2、MMP9;相关通路主要涉及疟疾、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号、脂质与动脉粥样硬化、TNF信号通路、PPAR信号通路和NF-κB通路等;公英散作用靶点度值排名前5位的是CA2、MMP9、EGFR、PTGS2、CA6。因此,选择IL-6、MMP9和PTGS23个关键靶点蛋白进行试验验证。与对照相比,150,200,250,300μg/mL的公英散药液对牛乳腺上皮细胞活力影响不显著(P>0.05),500,1000μg/mL的公英散药液对细胞活力具有极显著的抑制作用(P<0.01)。因此,选择150,200,250μg/mL的公英散药液(分别作为低、中、高剂量组)进行后续试验。与空白组相比,模型组IL-6、PTGS2和MMP9相对表达量极显著升高(P<0.01);与模型组相比,低剂量组IL-6、PTGS2、MMP9相对表达量降低但差异不显著(P>0.05),中剂量组显著降低(P<0.05),而高剂量极显著降低(P<0.01)。说明中高质量浓度的公英散药液能够有效抑制炎症标志物的表达,并通过多种活性成分协同作用从而影响多条信号传导通路来实现对奶牛乳房炎的治疗效果。

关键词： 祛湿解毒   艾滋病免疫重建不全   生物信息学   网络药理学  

摘要： 目的 本文旨在通过生物信息学与网络药理学相关分析,探析祛湿解毒颗粒治疗艾滋病免疫重建不全的作用靶点以及作用机制。方法 使用GEO数据集数据库中的GSE77939、GSE106792数据集以及Gene Cards数据库收集艾滋病免疫重建不全相关疾病靶点;运用ETCM V2.0数据库获取祛湿解毒颗粒活性成分及靶点;STRING数据库分析蛋白相互作用;R软件与Cytoscape软件进行数据分析及可视化,并进行GO分析与KEGG分析。结果 共得到疾病靶点1 392个,药物靶点333个,“疾病-药物”交集靶点97个,KEGG富集分析共富集到通路141条,其中与艾滋病、免疫相关通路8条。结论 祛湿解毒颗粒可通过增加CD4细胞增殖、分化与减少CD4细胞凋亡两方面促进艾滋病免疫重建不全患者免疫重建。

关键词： 不孕症   卵巢早衰   六味地黄丸   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学方法探究六味地黄丸防治卵巢早衰的作用机制。方法通过获取六味地黄丸的活性成分及其作用靶点并筛选与卵巢早衰相关的靶点。构建“药物-活性成分-作用靶点”网络得到核心靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选关键节点效应团;进行通路富集分析。结果经筛选得到药物与疾病共同作用的靶点有162个,PPI网络分析得到核心靶点为TP53、MAPK1、FOS、JUN、NR3C1、MYC、CCND1、MAPK8。KEGG通路富集分析发现AGE-RAGE信号通路、Th17细胞分化、IL-17信号通路、癌症信号通路、TNF信号通路、HF-1信号通路等与卵巢早衰相关。结论六味地黄丸抗卵巢早衰可能通过作用于TP53、FOS、JUN等靶点,AGE-RAGE和Th17细胞分化等信号通路增强卵巢功能,延缓卵巢早衰。

关键词： 网络药理学   分子对接   睡眠障碍   半夏   白术   作用机制  

摘要： 目的研究半夏-白术治疗睡眠障碍的活性成分和作用机制。方法通过TCMSP平台筛选半夏-白术的有效活性成分,使用Pub Chem数据库查询各成分的SMILE结构,通过SwissTargetPrediction进行靶点预测,利用GeneCards数据库收集睡眠障碍相关靶点基因;使用微生信Venny软件预测半夏-白术和睡眠障碍的交集靶点;应用Cytoscape3.7.2结合STRING等数据库,对“中药-药效成分-靶点”及蛋白质相互作用的调控网络进行研究;通过微生信基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析并呈现结果。并利用Autodock等方法,将其与其作用靶标的作用点进行计算并用Pymol软件完成分子对接,并最终以可视化的方式展示。结果半夏-白术药物中筛选出作用靶点340个,睡眠障碍疾病相关靶点1383个,获得交集靶点92个;主要活性成分为黄芩素、豆甾醇、黄芩苷等;核心靶点为TNF、MAPK3、APP、ALB等;GO分析条目共2832个,KEGG分析到138条通路。根据KEGG分析,本项目拟从神经生长因子信号通路、HIF-1信号通路、cAMP信号通路和T细胞受体信号通路等方面进行研究。分子对接结果表明,筛选出的活性成分与关键靶标具有良好的结合能力。结论半夏-白术治疗睡眠障碍的作用机制可能涉及多个环节,多途径,多靶点,为此类疾病科研与临床治疗提供一些思路。