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关键词： 菊花   槲皮素   木犀草素   视神经病变   网络药理学   氧化应激反应   TNF   IL6   IL1B  

摘要： 通过TCMSP数据库对菊花活性成分进行筛选,预测菊花活性成分的潜在靶点并收集该疾病的靶点。分析构建中药成分靶点网络,蛋白互作(PPI)网络以及核心靶点,根据靶点GO分析和KEGG通路富集分析,由分子层面验证菊花有效成分同关键靶点分子的对接状况。在治疗视神经病变方面,菊花有效成分主要涉及木犀草素、山萘酚、槲皮素与金合欢素。通过调控关键靶点蛋白TNF、IL6、IL1B、JUN、TP53、VEGFA、EGFR、CCL2、CAT、PPARG表达,涉及氧化应激反应,细胞对氮化合物的反应,细胞凋亡与衰老、炎症反应等,减缓神经发生病变。研究结果表明菊花可能通过多组分、多靶点、多途径治疗青光眼,但这一结果还需更多实验验证。

关键词： 网络药理学   分子对接   酸枣仁汤   阿尔茨海默病   睡眠障碍   异病同治  

摘要： 目的探讨酸枣仁汤“异病同治”阿尔茨海默病(AD)和睡眠障碍(SD)的共性药效物质基础及作用机制。方法通过TCMSP中草药系统药理学平台和人类基因(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、DisGeNET、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、Drugbank数据库检索酸枣仁汤的化学成分、靶点和AD、SD疾病的靶点;利用Cytoscape3.7.2软件、String数据库、R4.1.3软件、Autodock Vina1.2.2软件和Auto Dock Tools1.5.6软件构建药物-活性成分-共有靶点-疾病网络关系图、蛋白相互作用(PPI)网络模型、基因本体论(GO)功能、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集和分子对接。结果经筛选后从酸枣仁汤中得到108种活性成分、220个作用靶点;关键活性成分为7-甲氧基-2-甲基异黄酮、柚皮素、豆甾醇等;酸枣仁汤治疗AD和SD的重要靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt)1、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素(IL)-1β、血管内皮生长因子(VEGF)A等;其主要参与的通路有缺氧诱导因子(HIF)-1、TNF、IL-17信号通路等;分子对接结果表示活性成分与核心靶点均有较好的结合效果。结论酸枣仁汤“异病同治”AD和SD的共性药效物质基础为7-甲氧基-2-甲基异黄酮、柚皮素、豆甾醇等,其共同作用机制可能与Akt1、TNF、IL-1β调控HIF-1、TNF、IL-17信号通路等有关。

关键词： 动脉粥样硬化   加味血脉通2号颗粒   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学方法分析加味血脉通2号颗粒抗动脉粥样硬化(AS)的作用靶点及信号通路,进而探讨其潜在作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),中医药研究整合数据库(TCMID)及Swiss Target Prediction数据库筛选加味血脉通2号颗粒相关活性成分及靶点;通过Gene-Cards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库查找与AS相关的靶点,并将二者靶点通过基因标准化后进行映射;运用Cytoscape 3.7.1软件构建“化合物-靶点”网络图,利用STRING数据库绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选得到活性成分140个,成分相关靶点943个,AS疾病靶点2157个,药物-疾病的交集靶点389个;GO功能富集分析得到GO条目1291个,其中生物过程(BP)条目943个、细胞组成(CC)条目98个、分子功能(MF)条目250个,主要涉及炎症反应、细胞外基质分解、酶结合、类固醇激素受体活性等;KEGG通路富集分析得到信号通路149条,主要涉及Toll样受体信号通路、癌症、肿瘤坏死因子、缺氧诱导因子-1信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路等。结论加味血脉通2号颗粒可能是熊果酸、谷甾醇等通过丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)1、MAPK3、MAPK8、白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶(MMP)2、MMP9等多靶点调节炎症反应、细胞凋亡、氧化应激而治疗AS。

关键词： 大黄   炒炭   芍药汤   溃疡性结肠炎   UPLC-QE-Orbitrap-MS   网络药理学  

摘要： 基于生大黄与大黄炭治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的药效差异,结合超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱联用(UPLC-QE-Orbitrap-MS)技术及网络药理学探索生大黄与大黄炭的差异成分及其作用机制。使用葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium,DSS)诱导的小鼠模型评价生大黄与大黄炭分别组方的芍药汤(Shaoyao Decoction,SYD)治疗UC的药效,结果表明生大黄与大黄炭分别组方的芍药汤均能在不同程度上改善小鼠UC疾病症状,大黄炭组方在减轻血性腹泻、降低炎症水平方面更具优势。采用UPLC-QE-Orbitrap-MS共鉴定出生大黄与大黄炭水煎液中78种小分子化合物,通过多元统计方法筛选得到炒炭后含量明显升高的7种成分包括5种游离蒽醌、没食子酸、5-羟甲基糠醛,炒炭后含量明显降低的9种成分为结合蒽醌、儿茶素类化合物等。网络药理学与分子对接结果表明游离蒽醌、没食子酸及5-羟甲基糠醛可能作用于B细胞淋巴瘤-2(B-cell lymphoma-2,BCL2)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、胱天蛋白酶3(caspase-3,CASP3)等核心靶点,干预磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(phosphoinositide-3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt)、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路,调控机体炎症、氧化应激及细胞凋亡过程,发挥UC治疗作用。该研究对大黄炒炭后药效及物质基础变化进行了分析,为临床治疗UC的大黄用药选择提供了参考。

关键词： 桑叶   口腔疾病   野生动物   网络药理学   R语言  

摘要： 为探究桑叶对防治圈养野生动物口腔疾病的活性成分和作用位点,本研究基于TCMSP中药系统药理学数据库与分析平台获取桑叶的有效成分和预测靶标,与GeneCards、OMIM上关于口腔疾病的相关靶点进行比对,对结果进行注释并上传至stringppi和构建蛋白质互作网络,并通过cytoscape构建MPPD-桑叶-有效成分-靶点关系网,利用R语言对相关靶点进行KEGG和GO富集分析。桑叶中的桑辛素家族、槲皮素、山奈酚等24种物质,可以作用于ALB、AKT1、IL6、TNF等115个口腔疾病相关位点。GO功能和KEGG富集分析显示,桑叶防治口腔疾病的机理与调节血糖血脂有关,通过调节DNA结合和转录因子结合、RNA聚合酶II特异性DNA结合和转录因子结合、转录协同调节子结合、细胞因子受体结合等实现多基因功能。桑叶具有通过调节血糖血脂,防治口腔疾病的功能,可以通过饲喂桑叶减少圈养野生食草动物牙病的发病率。本研究为桑叶防治口腔疾病提供了理论依据。

关键词： 盐敷方   膝骨关节炎   网络药理学   信号通路   作用机制  

摘要： 目的:探讨盐敷方组方治疗膝骨关节炎可能的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选盐敷方的活性成分及其对应的靶点基因,并用UniProt数据库对基因名进行校正,通过Disgenet和Drugbank数据库获取膝骨关节炎的疾病靶点,并得到盐敷方与膝骨关节炎的共同靶点,利用Cytoscape3.10.0软件绘制“盐敷方成分靶点网络图”,利用String数据库构建盐敷方与膝骨关节炎共同靶点PPI网络,利用Cytoscape数据库进行GO及KEGG富集分析。结果:(1)共筛选出盐敷方活性成分86个及活性成分作用靶点255个;(2)与疾病的交集靶点共有51个,核心靶点为TNF、IL-6、IL-1β、ALB、PTGS2等;(3)GO分析结果共涉及882个生物学过程(BP)、26种细胞成分(CC)、78个分子功能(MF);(4)KEGG分析结果显示,盐敷方治疗膝骨关节炎的信号通路主要有IL-17、肿瘤坏死因子、类风湿关节炎、核因子κB等信号通路。结论:盐敷方可通过下调细胞因子表达、抑制炎症反应、减慢软骨降解退变等途径来延缓膝骨关节炎的发展。

关键词： 知柏地黄丸   特发性中枢性性早熟   网络药理学   半柔性分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟(ICPP)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献研究挖掘知柏地黄丸中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,通过全球蛋白质资源(UniProt)数据库对靶点蛋白进行校正。在GeneCards、在线孟德尔遗传(OMIM)、DisGeNET数据库中获得ICPP的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.9.1软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析获取中药核心成分,利用STRING数据库构建蛋白互作网络并导入Cytoscape 3.9.1软件中筛选出核心靶点。利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;利用AutoDockTools和AutoDock Vina脚本将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到知柏地黄丸复方中活性成分114个,相关靶点233个,ICPP疾病靶点1628个,交集靶点111个。复方核心成分包括槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素、豆甾醇等22个,核心靶点包括AKT1、FOS、ESR1、IL6、EGFR等14个。GO分析结果显示,交集靶点与基因表达的正向调节、DNA诱导转录的正向调节、RNA聚合酶2启动子转录正调节、突触后膜的组成、蛋白激酶结合等相关,KEGG分析结果主要涉及到AGE-RAGE信号通路、癌症通路、内分泌抵抗、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示,核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论:知柏地黄丸治疗ICPP具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究知柏地黄丸治疗ICPP的作用机制奠定了基础。

关键词： 非酒精性脂肪肝炎   沙生蜡菊   体外实验   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 本研究采用体外试验和网络药理学方法,探究沙生蜡菊醇提物治疗非酒精性脂肪肝炎(Nonalcoholic steatohepatitis,NASH)的药效学基础和作用机制。用游离脂肪酸诱导HepG2细胞建立体外NASH模型,用不同浓度沙生蜡菊醇提物进行干预,发现其对于NASH细胞模型的脂质沉积有较好的改善作用;在体外进行了沙生蜡菊醇提物的油脂吸附试验和对脂肪酶活性影响试验,发现沙生蜡菊醇提物具有较好油脂吸附能力和抑制脂肪酶活性的能力,说明沙生蜡菊在体外有良好的降脂活性。在上述基础上,利用CNKI、万方数据库、Pubmed等数据库查找沙生蜡菊相关靶点,GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank平台查找非酒精性脂肪肝炎相关蛋白,得到潜在活性成分33个,与NASH相关靶点88个;通过蛋白-蛋白互作分析得到核心靶点,选取排名靠前的10个,通过GO和KEGG富集分析及靶点-通路网络图表明,沙生蜡菊中主要活性成分通过多途径和多靶点的方式发挥治疗NASH的作用机制,其可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、胰岛素抵抗通路、化学致癌-多活性氧通路、脂肪细胞因子信号通路、HIF-1信号通路等相关。利用AutoDockTools 1.5.7软件对核心靶点和核心成分进行分子对接,结果表明均具有较好的结合能。总之,本研究初步探讨了沙生蜡菊醇提物治疗NASH的“活性成分-靶点-通路”作用机制,为进一步验证其作用机制提供了参考,也为沙生蜡菊治疗NASH提供了理论依据。

关键词： 网络药理学   疫病   《广瘟疫论》   《温热暑疫全书》   作用机制  

摘要： 目的:基于数据挖掘和网络药理学方法,探究《广瘟疫论》及《温热暑疫全书》中治疗疫病处方的组方特点,并以新型冠状病毒肺炎(NCP)为例,探讨其作用机制,为现代临床研究疫病提供思路。方法:收集《广瘟疫论》及《温热暑疫全书》中治疗疫病以祛邪为主的方剂,借助古今医案云平台V2.35,采用统计、关联、聚类及复杂网络分析等模块,对药物配伍规律进行数据挖掘,获得核心组方;再借助生物信息平台,如TCMSP、GeneCards、Cytoscape3.9.1、String、DAVID等进行成分检索、靶点构建、核心基因及通路分析等。结果:(1)共收集77首治疗方,包括109味中药,其药性多属寒、微寒,药味以苦、甘为主,主要归经为肺、脾、胃经;关联分析得到共现度高的药物组合为:黄芩-甘草,生姜-甘草,黄连-黄芩,枣-生姜等;聚类分析得到2种不同功用的聚类组合,通过四类模块分析出3味药物的核心组方:黄连-黄芩-甘草。(2)生信分析(网络药理学)得到核心组方42个有效活性成分,作用于NCP有34个靶标;得到GO富集分析结果 216个和KEGG通路90条(P<0.05)。结论:《广瘟疫论》及《温热暑疫全书》治疗疫病的核心组方包括黄芩、黄连、甘草,其活性成分借助CASP3、RELA、IL6、HIF1A、FOS、VEGFA等靶点,通过癌症信号、脂类等通路减轻炎症损伤、调控细胞及因子来达到治疗作用。

关键词： 新橙皮苷   创伤性脑损伤   网络药理学   分子对接   白细胞介素-6   肿瘤坏死因子-α  

摘要： 目的探讨新橙皮苷治疗对创伤性脑损伤大鼠的影响其潜在机制。方法借助TCMSP、PharmMapper、OMIM、GeneCards等数据库并结合文献资料补充,获取药物、疾病相关靶点,通过STRING数据库构建新橙皮苷治疗与创伤性脑损伤疾病靶点蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析,筛选得到核心靶点,基于DAVID数据库进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Autodock Vina软件模拟新橙皮苷与关键靶点蛋白可能的对接结果。通过Feeney’s法构建SD大鼠创伤性脑损伤模型,造模后进行改良大鼠神经功能缺损严重程度评分(mNSS);通过尼氏染色观察神经元病理学改变,利用TUNEL染色观察神经元凋亡情况,ELISA法测定脑组织损伤灶炎症因子白细胞介素(IL)-6、IL-1β、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)表达水平,qRT-PCR法检测脑组织损伤灶血管内皮生长因子(VEGF)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、蛋白激酶B1(Akt1)mRNA表达水平。结果共获取得到药物–疾病交集靶点85个,筛选得到核心靶点10个,主要包括基质金属蛋白酶9(MMP9)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)8、IL-6、SRC、TNF、Akt1等。通过KEGG通路分析结果显示,关键靶点可能集中在VEGF信号通路、TNF通路、Rap1信号通路等信号通路。新橙皮苷与核心靶点MMP9、EGFR、MAPK8、IL-6、TNF、Akt1等均有较好的亲和力。动物实验发现,新橙皮苷治疗改善了创伤性脑损伤大鼠的神经功能,减少神经细胞损伤,抑制细胞凋亡(P<0.05),新橙皮苷治疗使大鼠脑组织中炎症因子IL-6、IL-1β、TNF-α表达水平明显下调(P<0.05),VEGF、SRC、Akt1mRNA表达水平显著上调(P<0.05)。结论新橙皮苷可能作用于MAPK8、IL-6、SRC、TNF、Akt1等核心靶点,通过VEGF信号通路、TNF通路等多条信号通路发挥治疗创伤性脑损伤的作用,具有多靶点、多通路的特点。