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关键词： 网络药理学   枸骨叶   非酒精性脂肪肝病  

摘要： 目的通过网络药理学研究枸骨叶治疗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的生物学靶点和作用机制。方法通过本草组鉴(HERB)数据库、SwissADME和中医药系统药理学(TCMSP)数据库筛选枸骨叶的活性成分,通过TCMSP和Swiss Target Prediction和GeneCards数据库获得相关靶点,使用Cytospace和STRING绘制化合物-靶点-疾病和蛋白-蛋白互作网络(PPI)图,使用DAVID数据库进行基因功能分类体系(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果分离得到槲皮素、山柰酚、多梗白菜菊素高中心度化合物,血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)和肿瘤坏死因子(TNF)等10个关键蛋白。富集分析显示,枸骨叶治疗NAFLD与TNF、IL-17和晚期糖基化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路有关。分子对接显示关键化合物和关键靶点对接较好。结论枸骨叶通过调控TNF、IL-17、AGE-RAGE、CLR和TLR信号通路,治疗NAFLD。

关键词： 网络药理学   桂枝甘草汤   心肌缺血再灌注损伤   MAPK信号通路  

摘要： 基于网络药理学探讨桂枝甘草汤(Guizhi Gancao Decoction,GGD)对心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MI/RI)大鼠的保护作用及可能的药理机制。首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、SwissTargetPrediction数据库和文献检索获取GGD抗MI/RI的化学成分及作用靶点,采用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件对交集靶点进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,对核心靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,并构建“药物-核心成分-靶点-通路”网络,采用AutoDock Vina软件对主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。然后构建MI/RI大鼠模型,观察大鼠心肌梗死面积变化,苏木素-伊红(hematoxylin-eosin,HE)染色和透射电子显微镜(transmission electron microscope,TEM)检测心肌细胞病理和超微结构改变,蛋白免疫印迹(Western blot,WB)检测心肌组织相关蛋白表达。从GGD中筛选得到75个活性成分,对应318个治疗MI/RI靶点。PPI筛选得到肿瘤蛋白p53基因(tumor protein p53,TP53)、丝氨酸/苏氨酸激酶3(serine/threonine kinase 1,AKT1)、信号传导及转录激活蛋白(signal transducer and activator of transcription,STAT3)、非受体酪氨酸激酶(non-receptor tyrosine kinase,SRC)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等46个核心靶点。GO和KEGG富集分析得知,核心靶点主要影响细胞增殖和迁移、信号转导、细胞凋亡、转录过程,涉及癌症、糖尿病并发症中的高级糖基化终末产物-受体(advanced glycation end products-receptor,AGERAGE)、MAPK等信号通路。分子对接结果显示,GGD核心成分肉桂醛、儿茶素和甘草查尔酮A与MAPK1、MAPK3等核心靶点均具有较好的结合活性。动物实验结果显示,GGD能够显著减少心肌梗死面积,提高MI/RI大鼠超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)水平,同时降低丙二醛(malondialdehyde,MDA)、乳酸脱氢酶(lactatedehydrogenase,LDH)、肌酸激酶同工酶(creatine kinase isoenzymes,CK-MB)水平;HE染色和TEM结果显示,模型组大鼠经GGD预处理后心肌细胞结构恢复正常,病理状态和线粒体超微结构损伤有所改善,且两药合用效果优于单用。WB结果显示GGD可显著下调心肌组织c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)、酪氨酸磷酸蛋白激酶(tyrosine phosphoprotein kinase,p38)和上调细胞外调节蛋白激酶1/2(extracellular regulated protein kinases 1/2,ERK1/2)蛋白的磷酸化水平。结果表明,GGD可能通过桂枝、甘草的协同作用调控MAPK信号通路,发挥抗MI/RI作用。

关键词： 子宫肌瘤   数据挖掘   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:采用数据挖掘、网络药理学和分子对接方法探讨中医药治疗子宫肌瘤的用药规律及作用机制。方法:检索知网、万方、维普自2000年1月至今发表的中医药治疗子宫肌瘤的文献,获得中药处方运用Excel 2016建立数据库,运用IBM SPSS Modeler 18.1、IBM SPSS Statistics 28.0统计软件进行频次统计、关联规则和系统聚类分析。借助TCMSP收集药物的活性成分和靶点信息,以“Uterine Myoma”为关键词检索GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank疾病数据库,获得疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点的交集作为中药治疗子宫肌瘤的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件制作药物-活性成分-作用靶点网络图。将交集基因输入STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,输入Metascape数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路分析,并使用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果:共筛选出符合条件文献329篇,含364首方剂,涉及229味中药,挖掘出高频核心药物为桂枝、赤芍、茯苓、牡丹皮、桃仁、三棱、莪术。药物与疾病的交集靶点共42个,筛选出的有效成分为槲皮素、山柰酚、鞣花酸、β-谷甾醇、刺芒柄花素、黄芩素,蛋白质相互作用结果显示治疗子宫肌瘤的核心靶点可能是ESR1、TP53、IL6、TNF等,关键靶点与重要化合物的对接能量均小于0 kJ/mol,对接构象稳定。KEGG通路富集分析显示信号多数富集在癌症的途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路。结论:通过数据挖掘获得中医药治疗子宫肌瘤的核心中药,并运用网络药理学揭示其可能通过多种途径发挥对子宫肌瘤的作用机制。

关键词： 酸藤子   化学成分   药理作用   质量标志物  

摘要： 酸藤子Embelia laeta(L.)Mez为紫金牛科酸藤子属植物,属于传统瑶药七十二风类,具有应用历史悠久、药用价值高、植物资源丰富、开发前景广阔等优点。酸藤子含有多种类型化合物如黄酮类、醌类、苷类、酚酸、有机酸、生物碱、挥发油等。酸藤子全株均可入药,药理活性筛选表明酸藤子具有抑菌、抗炎、抗氧化等作用。现基于质量标志物(Q-Marker)的理论与研究方法,基于近年来对酸藤子化学成分和药理作用的报道文献,从酸藤子传统药性药效、配伍和化学成分可测性等方面进行质量标志物的预测分析。

关键词： 网络药理学   肿瘤   血栓   信号通路  

摘要： 目的利用网络药理学探讨肿瘤与血栓的相互关系。方法从GeneCards、OMIM、CTD、TTD、DisGeNET和Drugbank等相关疾病数据库中获取了血栓和肿瘤的相关靶点信息。利用Venn在线网址构建了肿瘤与血栓的交集靶点,确定了它们之间共同的靶点集合。通过STRING在线平台获取了这些共同靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络图,并运用Cytohubba插件对网络进行筛选,识别了核心靶点。借助DAVID数据库,对这些共同靶点进行了基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析。这一系列分析有助于深入了解肿瘤与血栓之间的共同调控机制,为未来的治疗策略提供理论支持。结果从疾病数据库筛选得到680个血栓靶点和606个肿瘤靶点,其中89个是共同的。这些共同靶点,如TP53、EGFR、MYC、AKT1、VEGFA、STAT3、EGF、IL6、PTEN等,可能是肿瘤与血栓共同调控的关键靶点。这些靶点参与了522条生物学过程通路,主要富集在PI3K-AKT、Rap1、MAPK、Ras、癌症MicroRNA、FoxO等信号通路中,这为深入了解肿瘤与血栓调控机制提供了重要信息。结论肿瘤可能通过调节TP53、EGFR、EGF、MYC、AKT1、VEGFA、STAT3、IL6、PTEN等靶点,激活Rap1、MAPK、Ras、癌症MicroRNA、FoxO等信号通路,促进血栓形成;本研究分析了肿瘤与静脉血栓形成的分子机制,为药物的精准防治提供了理论支持。

关键词： 龙牡清心合剂   注意缺陷多动障碍   UPLC-Q-TOF-MS   指纹图谱   化学成分   药理作用  

摘要： 目的 采用UPLC-Q-TOF-MS技术鉴定龙牡清心合剂化学成分,探究其治疗注意缺陷多动障碍的物质基础。方法 采用Waters CORTECS?UPLC?T3色谱柱在正、负离子模式下对样品进行质谱检测,以Peakview 1.2软件进行数据分析,与Natural Products HR-MS/MS Spectral Library 1.0数据库匹配,结合文献报道进行成分鉴定,结合鉴定结果分析龙牡清心合剂治疗注意缺陷多动障碍的物质基础。结果 共鉴定出40种化学成分,包括黄酮类11种、单萜苷类6种、三萜皂苷类4种、酚酸类3种、生物碱类6种等,主要来源于黄芪、白芍、黄芩、甘草、钩藤等。黄芩苷、黄芩素、芒柄花黄素、黄芪甲苷、钩藤碱可能是龙牡清心合剂治疗注意缺陷多动障碍的物质基础。结论 UPLC-Q-TOF-MS可快速对龙牡清心合剂中的化学成分进行鉴定,黄酮类、三萜皂苷类、生物碱类成分可能是龙牡清心合剂治疗注意缺陷多动障碍的物质基础,可为该方的物质基础研究、质量标准建立、拆方药理学研究提供依据。

关键词： 认知障碍   山茱萸   菟丝子   补肾填髓   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 利用网络药理学和分子对接方法探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的潜在作用机制。方法 利用TCMSP筛选山茱萸、菟丝子活性成分,并预测潜在靶点,从UniProt数据库获得药物成分对应靶点,通过TTD、GeneCards和OMIM数据库获取认知障碍相关靶点,利用R4.2.2软件获取山茱萸-菟丝子与认知障碍的共同靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,通过STRING11.5数据库构建共有靶点蛋白相互作用网络,利用R4.2.2软件进行GO功能及KEGG通路富集分析,利用AutoDock1.5.6、PyMoL2.4.0软件进行分子对接验证。结果 经过筛选共得到30个药物活性成分,184个药物-疾病交集靶点,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 678个GO条目和179条信号通路。共同靶点的通路富集分析显示主要与PI3K-Akt、HIF-1α/VEGF等信号通路相关,分子对接结果显示,认知障碍核心靶点与山茱萸-菟丝子主要成分亲和力较好,可能有效自由结合。结论 山茱萸-菟丝子中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇、四氢鸭脚木碱等成分可能通过抗氧化应激、抗炎及免疫调节、糖脂调节等作用治疗认知障碍。

关键词： 继发性闭经   川牛膝   槲皮素   ESR1   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨川牛膝治疗继发性闭经(secondary amenorrhea, SA)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索川牛膝的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获取SA的疾病靶点,采用R软件得到两者的交集靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.8.2软件进行聚类分析和拓扑分析从而筛选核心靶点。应用R软件进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析(P<0.05)。最后,采用Autodock Vina软件进行分子对接验证。结果:川牛膝活性成分4个,即槲皮素、β-谷甾醇、甜菜素、红苋甾酮;川牛膝作用靶点178个,SA相关靶点1 366个,两者的交集靶点56个;基于Network Analyzer插件的拓扑分析筛选得到9个核心靶点,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threorine protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen activated protein kinase 1,MAPK1)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)等。GO功能分析主要涉及对类固醇激素的反应、活性氧代谢过程、上皮细胞增殖等;KEGG通路135条,主要包括HIF-1信号通路、内分泌抵抗、雌激素信号通路等。分子对接显示,活性成分(槲皮素、β-谷甾醇)与核心靶点(AKT1、MAPK1)具有较好的结合活性。结论:川牛膝治疗SA具有多成分、多靶点、多途径的特点,其可能通过槲皮素、β-谷甾醇等成分作用于AKT1、MAPK1、ESR1等靶点,调控雌激素信号通路、内分泌抵抗等通路。

关键词： 复方鹿茸健骨胶囊   老年性骨质疏松   网络药理学   分子对接  

摘要： 通过网络药理学来预测复方鹿茸健骨胶囊(CLJC)治疗老年性骨质疏松(Senile Osteoporosis,SOP)的作用机制。通过中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)、TCMID数据库、中国知网、PubMed和Web of Science等途径查阅相关文献,中药系统药理学数据库(TCMSP)检索CLJC的主要活性成分,ADME功能以及Uniprot数据库检索筛选CLJC的主要活性成分靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)检索SOP主要作用靶点;通过Venny2.1.0软件对药物靶点与疾病靶点取交集,两者交集即为CLJC治疗SOP潜在靶点;用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),并且构建PPI网络图;用Metascape数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Cytoscape 3.9.2软件构建“药物成分-靶点-疾病-通路”网络图;最后,通过Auto Dock Tools 1.5.7软件将核心活性成分与核心靶点进行分子对接,并进一步验证CLJC治疗SOP以及网络药理学所得出的结论。CLJC共筛选到89种活性成分,相对应的药物靶点有463个;SOP共筛选到972个疾病靶点;CLJC与SOP共有81个靶点,核心靶点有AKT1、TP53、CTNNB1、SRC、RXRA、ITGB3、SP1、MMP3、TNF、MMP9、MMP2、TGFB1、PPARG、FOS、IGF2、VEGFA和IL10等;GO分析显示,BP有激素反应(Response to hormone)、肽反应(Response to peptide)、细胞对氮化合物的反应(Cellular response to nitrogen compound)等;MF有信号受体调节器活性(Signaling receptor regulator activity)、信号受体激活器活性(Signaling receptor activator activity)、受体配体活性(Receptor ligand activity)等;CC有隔膜筏(Membrane raft)、膜微结构域(Membrane microdomain)、质膜筏(Plasma membrane raft)等;KEGG富集分析共得到164条通路,主要有癌症通路(Pathways in cancer)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、癌症蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer)以及脂质和动脉粥样硬化(Lipid and atherosclerosis)等;分子对接验证核心活性成分与核心靶点都表现出良好的对接活性。本研究证实了CLJC中的quercetin成分与AKT1和TP53靶蛋白相互作用,通过Pathways in cancer、MAPK signaling pathway等信号通路多成分、多靶点、多通路治疗SOP。

关键词： 高血压   老年人   时辰药理学   马来酸左旋氨氯地平片   血压  

摘要： 目的 分析时辰药理学运用于老年高血压患者治疗中的价值。方法 选取2020年1月—2021年1月北京市海淀医院收治的老年高血压患者120例,按随机数字表法分为研究组和对照组,每组60例。研究组采取时辰药理学用药措施,对照组实施常规给药,2组均连续用药6个月。比较2组患者临床疗效,用药前后24 h、日间、夜间平均收缩压(24 hSBP、dSBP、nSBP)与24 h、日间、夜间平均舒张压(24 hDBP、dDBP、nDBP)、血脂指标[总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)]、相关指标[颈动脉厚度(IMT)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)、血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)、一氧化氮(NO)、血管紧张素转化酶(ACE)及胰岛素样生长因子-1(IGF-1)]、症状积分,以及不良反应。结果 研究组患者总有效率为91.67%,高于对照组的78.33%(χ^(2)=4.183,P=0.041)。用药6个月后,2组患者24 hSBP、dSBP、nSBP与24 hDBP、dDBP、nDBP较用药前下降,TC、TG、LDL-C水平较用药前降低,且研究组低于对照组(P<0.05或P<0.01);2组患者IMT较用药前缩小,hs-CRP、AngⅡ、ACE及IGF-1水平较用药前降低,NO水平较用药前升高,且研究组上述指标变化幅度大于对照组(P<0.05或P<0.01);2组患者头痛、眩晕、腰膝酸软积分较用药前下降,且研究组低于对照组(P<0.01)。研究组不良反应总发生率为5.00%,低于对照组的16.67%(χ^(2)=4.227,P=0.040)。结论 时辰药理学在老年高血压治疗中效果显著,能够快速控制患者血压、血脂,缓解疾病症状,同时减轻炎性反应,不良反应少,安全性高。