课程文献中心 更多>>

关键词： 黄连解毒散   猪传染性胃肠炎   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 为探究黄连解毒散(HLJDS)治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用靶点及作用机制,本研究通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索HLJDS中的所有化学成分,以口服生物利用度(OB≥30%)、类药性(DL≥0.18)为条件筛选HLJDS的活性化合物及HLJDS活性化合物潜在靶点的数量和名称。利用Gene cards数据库和CTD数据库检索与筛选TGE的相关靶点和HLJDS作用于TGE的相关靶点。采用微生信在线Venn图制作工具分析HLJDS活性化合物和TGE的共同靶点。将上述数据采用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-活性化合物-靶点的网络,其中度值>32的化合物可能是关键的化合物或者作用靶点。将HLJDS作用于TGE的相关靶点上传至STRING数据库,获得HLJDS作用于TGE的PPI网络。利用Cytoscape软件中的相关工具分析靶点的网络拓扑学参数,并通过这些参数筛选HLJDS作用于TGE的关键靶点。结果显示,从HLJDS共筛选到77个活性成分和825个药物作用靶点,并筛选到950个TGE相关靶点,其中HLJDS的活性成分与TGE交集的靶点有202个。中药-活性化合物-靶点的网络图结果显示,HLJDS通过77个有效活性化合物作用于202个HLJDS与TGE交集的靶点。PPI网络分析结果显示,肿瘤坏死因子(TNF)、表皮生长因子受体(EGFR)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、Toll样受体4 (TLR4)与信号转导和转录活化因子3(STAT3)等31个靶点可能是HLJDS治疗TGE的关键靶点。通过DAVID数据库对HLJDS作用于TGE的相关靶点进行GO功能分析和KEGG信号通路富集分析。采用Auto Dock Vina 1.1.2将HLJDS度值前6的主要活性化合物PPI网络中前6的关键靶点进行分子对接并获得结合能。将度值前15的HLJDS活性化合物和关键靶点TLR4、TNF-α进行分子对接,通过结合能预测HLJDS活性化合物及对照化合物(姜黄素和维A酸)与TLR4、TNF-α的分子对接效果。GO功能和KEGG信号通路分析结果显示,HLJDS作用于TGE的相关靶点涉及生物过程333个、细胞组分51个、分子功能88个主要功能;涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路和沙门氏菌感染等与TGE相关的信号通路。分子对接结果显示,HLJDS 6个主要活性化合物与6个关键核心靶点均能够自发结合。且相较于对照化合物姜黄素和维A酸,HLJDS中的黄藤素、黄连素、黄芩素和槲皮素等14个活性化合物与TLR4、TNF-α的结合能更低,结合效果更好。上述结果表明,HLJDS可通过多成分、多靶点、多信号通路作用于TGE的相关靶点,发挥治疗TGE的作用。本研究为HLJDS的进一步开发与应用提供研究基础与方向。

关键词： 喜炎平注射液   急性支气管炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 使用网络药理学与分子对接研究喜炎平注射液治疗急性支气管炎的作用机制。方法 通过文献资料与中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选喜炎平注射液的活性成分,并结合SwissTargetPrediction预测其靶点。应用DrugBank、GeneCards和OMIM数据库筛选急性支气管炎相关靶点,合并活性成分与急性支气管炎靶点取其交集,利用String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.7.2软件将PPI图可视化。通过Metascape数据库对药物-疾病靶点进行GO和KEGG富集分析预测作用机制,并通过AutoDockTools平台进行分子对接验证。结果 喜炎平6个成分与急性支气管炎共34个靶点交集。作用机制涉及人T细胞白血病病毒感染、癌症通路、乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、EB病毒感染、人巨细胞病毒感染等。分子对接显示喜炎平治疗支气管炎的关键化合物17-氢-9-去氢穿心莲内酯-19-硫酸酯钠、17-氢-9-去氢穿心莲内酯、14-去氧-11-氧代穿心莲内酯、14-去氧-12-甲氧基穿心莲内酯、14-去氧穿心莲内酯和穿心莲内酯分别与IL6、EGFR、CXCL8、ICAM1、MMP9、MAPK8、MAPK14和ITGB2等靶点结合良好。结论 通过网络药理学与分子对接研究表明喜炎平可能通过抗病毒、调控IL-17信号通路、TNF信号通路发挥对急性支气管炎的治疗作用。

关键词： 衢枳壳   化学成分   药理作用  

摘要： 衢枳壳作为浙江地区道地中药材,在2018年入选新“浙八味”中药材培育品种后,其药理作用得到愈来愈多的关注。研究发现,衢枳壳及其活性成分具有抗炎、平喘、降血糖、保肝、抗氧化、降血脂、调节肠道菌群、抑菌和免疫调节等多种药理作用,具有良好的药用开发前景。本研究归纳总结了衢枳壳及其主要化学成分的药理作用和机制研究进展,为衢枳壳的进一步药用开发利用提供参考。

关键词： 麻黄细辛附子汤   病态窦房结综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的借助网络药理学方法探讨麻黄细辛附子汤(MXFT)治疗病态窦房结综合征(SSS)的分子机制。方法基于中药系统药理分析平台(TCMSP)检索筛选MXFT的药物活性成分,Uniport数据库查找各成分潜在靶点。OMIM、GeneCards和DisGeNET数据库查找并去重得到SSS靶点;运用String结合Cytoscape 3.9.1对交集靶点进行蛋白质相互作用分析,Metascape数据库对其进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Degree值筛选前3位的药物活性成分与前2位的基因进行分子对接。结果从MXFT中筛选有效活性成分39种,共242个靶点。从SSS中筛选靶点1376个,交集靶点242个,蛋白激酶(AKT1)、肿瘤抑制因子(TP53)等可能是治疗SSS的关键靶点。GO分析共获得453个条目,其中生物过程220个条目、细胞组分113个条目、分子功能120个条目。KEGG分析共获得222个条目,主要涉及癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、PI3K-AKT信号通路等。结论通过网络药理学初步发现MXFT主要通过AKT1、TP53等靶点,山柰酚(kaempferol)、槲皮素(quercetin)等活性成分,通过减少心肌细胞损伤、调节离子通道等方式治疗SSS。

关键词： 护肝片   抗感颗粒   EB病毒   肝损伤   网络药理学   分子对接   通路   靶点  

摘要： 目的:通过网络药理学联合分子对接技术探讨护肝片联合抗感颗粒治疗EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)肝损伤的分子机制。方法:利用TCMSP、HERB数据库和Swiss Target Prediction平台筛选和预测护肝片联合抗感颗粒的活性成分及潜在靶点。通过GeneCards数据库检索EBV肝损伤的相关基因。运用Cytoscape 3.9.1软件构建药物活性成分-靶点网络,并筛选出关键成分。对护肝片联合抗感颗粒治疗EBV肝损伤的潜在作用靶点进行GO及KEGG通路富集分析,并将其导入STRING平台,构建PPI网络,利用MCC和MNC算法筛选出核心靶点。最后,利用CB-Dock对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:共收集护肝片联合抗感颗粒的活性成分96个,护肝片联合抗感颗粒治疗EBV肝损伤的作用靶点57个。GO和KEGG通路富集分析结果主要与细胞因子受体结合、细胞因子活性、人巨细胞病毒感染等功能和通路相关。分子对接结果证实核心靶点STAT3、AKT1、JUN、TP53能稳定地与关键成分槲皮素、山柰酚、木犀草素、金合欢素、异鼠李素结合。结论:护肝片联合抗感颗粒主要通过槲皮素、山柰酚、木犀草素、金合欢素和异鼠李素等关键成分作用于STAT3、AKT1、JUN和TP53等核心靶点,参与细胞因子相关生物细胞过程的调节,最终起到治疗EBV肝损伤的作用。

关键词： 老年性便秘   肾阴亏虚证   六味地黄丸   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学与分子对接技术探究六味地黄丸治疗肾阴亏虚型老年性便秘的作用机制。方法:通过TCMSP、TCMID、SwissTargetPrediction获取药物的活性成分并筛选,在Genecards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索与该疾病相关的主要靶点;运用韦恩图获取六味地黄丸与老年性便秘的交集靶点。将以上数据通过STRING获得交集靶点的蛋白网络,构建药物-活性成分-靶点及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果:共获得58个有效活性成分和675个对应靶点,主要有效成分有槲皮素、羟基芫花素、泽泻醇B等;药物-疾病交集靶点296个,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)等。GO功能富集共有3175个条目,KEGG通路富集得到215条通路,主要有癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶/苏氨酸蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白聚糖、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等。分子对接显示该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论:该研究在总体上预测了六味地黄丸治疗肾阴亏虚型老年性便秘的活性成分、靶点和信号通路,表明了其多成分-多靶点-多途径的治疗特点。

关键词： 肝细胞癌   胆管癌   miRNA   中药预测   转录组学  

摘要： 目的:利用整合药理学和转录组学方法,构建肝细胞癌与胆管癌共同差异微RNA(miRNA)调控网络,并对关键靶点进行中药预测分析。方法:从GEO数据库获取肝细胞癌、胆管癌芯片数据集,借助在线分析工具GEO_(2)R分析出差异表达miRNA(DEMs)并对其取交集,得到共同DEMs,分别运用FunRich和miRNet软件预测上游转录因子及下游靶基因,并利用DAVID数据库对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因(hubGenes)并构建miRNA-hubGenes网络。运用UALCAN、Kaplan Meier-plotter和Coremin Medical数据库对关键基因进行差异表达、总体生存率及相关中药预测分析。结果:肝细胞癌筛选出14个DEMs,胆管癌筛选出104个DEMs, miR-199a-5p为两者共同DEMs,涉及28个上调转录因子,166个下游靶基因;富集分析结果显示,这些靶基因参与肿瘤细胞凋亡、增殖、间质转变和迁移等生物过程,主要通过癌症通路、FoxO信号通路、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路以及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路发挥作用;核心靶点关联中药性味偏微寒,主归肝经,关联最为密切的中药为丹参。结论:miR-199a-5p是肝细胞癌与胆管癌之间重要调控miRNA,丹参干预关键基因出现频次较多,与研究报道基本相符,可为后续肝胆癌机制研究和临床应用提供依据与参考。

关键词： 六君子汤   胃肠功能障碍   网络药理学   分子对接   生信分析  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术分析六君子汤治疗胃肠功能障碍的核心成分、共作用靶点及通路。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCM-SP)数据库进行检索并筛选六君子汤的活性成分及作用靶点,运用Disgenet、MOIM、Genecards数据库检索胃肠功能障碍的相关作用靶点,取二者靶点交集,应用STRING平台及Cytoscape 3.10.0软件构建六君子汤-成分-靶点蛋白-疾病互作网络图;凭借微生信平台对所得交集靶点进行富集分析并绘制GO和KEGG富集分析图,最终使用pymol和AutoDock软件实现分子对接可视化。结果:六君子汤药物活性成分共131个,药物靶点218个,疾病相关靶点1376个,药物与疾病共靶点108个,GO分析中生物过程3584条,细胞组成186条,分子功能348条,KEGG分析获得通路229条,分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点对接成功,具有良好的结合活性。结论:六君子汤可能通过槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、木犀草素、豆甾醇、山柰酚等有效成分,作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1等靶点,参与糖尿病并发症通路、卡波西肉瘤相关病毒感染等信号通路的调节,发挥调节胃肠动力、抗炎等作用,从而改善胃肠功能障碍患者预后。

关键词： 黄芪甲苷   三七总皂苷   血管内皮细胞生长因子(VEGF)/磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路  

摘要： 采用网络药理学结合体内、外实验验证探讨黄芪甲苷(astragalosideⅣ,ASTⅣ)配伍三七总皂苷(Panax notoginseng saponins,PNS)调控血管生成治疗脑缺血的作用机制。运用网络药理学预测ASTⅣ和PNS通过介导血管生成治疗脑缺血的可能机制。体内实验:SD大鼠随机分为假手术组、模型组、ASTⅣ(10 mg·kg^(-1))+PNS(25 mg·kg^(-1))组,大脑中动脉栓塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)法建立脑缺血模型。ASTⅣ及PNS灌胃给药,每天2次。采用Longa法测定神经功能缺损症状;苏木素-伊红(HE)染色观察脑组织病理损伤;免疫组化测定血友病因子(von Willebrand factor,vWF)的表达;免疫荧光测定血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)的表达;蛋白质印迹法检测脑组织血管内皮生长因子受体2(vascular endothelial growth factor receptor 2,VEGFR2)、VEGFA、磷酸化磷脂酰肌醇3-激酶(phosphorylated phosphatidylinositol 3-kinase,p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(phosphorylated protein kinase B,p-AKT)的表达。体外实验:原代培养并鉴定脑微血管内皮细胞(brain microvascular endothelial cells,BMECs),取第3代rBMECs,设置对照组、模型组、ASTⅣ+PNS(50μmol·L^(-1)+30μmol·L^(-1))组、LY294002(PI3K/AKT信号通路抑制剂)组、740Y-P组(PI3K/AKT信号通路激动剂)、ASTⅣ+PNS+LY294002组及ASTⅣ+PNS+740Y-P组,氧糖剥夺/复氧(oxygen glucose deprivation/re-oxygenation,OGD/R)建立缺血再灌注损伤模型。CCK-8检测rBEMCs存活情况,划痕实验检测rBEMCs迁移能力;人工基底膜(matrigel)检测rBEMCs成管数;内皮细胞渗漏实验检测内皮细胞渗透率;蛋白质印迹检测rBEMCs中VEGFR2、VEGFA、p-PI3K、p-AKT蛋白的表达。网络药理学结果显示,ASTⅣ及PNS可调节脑梗死血管生成的21个靶点,包括VEGFA、AKT1等,大部分涉及PI3K/AKT信号通路。体内实验发现,与模型组比较,ASTⅣ+PNS配伍能降低脑缺血后神经功能缺损评分(P<0.05)及脑组织细胞损伤率(P<0.05),增加vWF及VEGFA蛋白的表达(P<0.01),促进血管新生,且显著升高PI3K/AKT通路相关蛋白表达(P<0.05,P<0.01)。体外实验发现,与模型组比较,ASTⅣ+PNS、740Y-P、ASTⅣ+PNS+LY294002及ASTⅣ+PNS+740Y-P均能增加OGD/R后rBEMCs存活率,增强rBEMCs迁移率,增加rBEMCs成管数,增强PI3K/AKT通路相关蛋白表达,降低内皮细胞渗透率(P<0.05,P<0.01);与LY294002组比较,ASTⅣ+PNS+LY294002组rBEMCs存活率、迁移率、成管数及PI3K/AKT通路相关蛋白表达显著增加,内皮细胞渗透率显著减少(P<0.05,P<0.01);与ASTⅣ+PNS组和740Y-P组比较,ASTⅣ+PNS+740Y-P组rBEMCs存活率、迁移率、成管数及PI3K/AKT通路相关蛋白表达显著增加,内皮细胞渗透率显著降低(P<0.01)。该研究表明,ASTⅣ和PNS在脑缺血后能促进血管生成,机制可能与激活PI3K/AKT信号通路有关。

关键词： 茯苓   甘草   槲皮素   网络药理学   生物信息学   肺腺癌  

摘要： 目的:基于网络药理学和生物信息学探讨“茯苓-甘草”协同配伍对肺腺癌的作用机制及靶点,并通过实验验证“茯苓-甘草”主要成分槲皮素对肺腺癌的抑制作用。方法:对肺腺癌相关基因进行差异分析,从TCMSP数据库下载“茯苓-甘草”有效成分及靶标,获取药物-疾病共同靶标,进行网络构建、富集分析、生存分析等。通过对“茯苓-甘草”主要成分与肺腺癌关键靶点进行分子对接,选出构效关系良好的有效成分进行后续实验验证。通过细胞增殖、划痕及侵袭实验检测药物对肺腺癌细胞的干预作用,实时荧光定量法检测药物对关键靶点的作用。结果:肺腺癌8 109个差异表达基因和102个药物靶基因取交集共获得32个共同基因,富集分析显示靶基因主要参与p53信号通路、细胞衰老等癌症相关通路,分子对接结果显示槲皮素具有良好的构效关系,因此选择槲皮素进行后续实验验证。有效成分槲皮素可以抑制肺腺癌A549及H1299细胞的增殖、迁移及侵袭能力,并且可以显著下调关键靶点含杆状病毒IAP重复序列蛋白5(BIRC5)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、检查点蛋白激酶1(CHEK1)的表达。结论“:茯苓-甘草”有效成分槲皮素可以有效抑制肺腺癌恶性表型,其机制可能与靶向调节关键基因BIRC5、CCNB1、CHEK1的表达有关。