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关键词： 人参   DN   靶点   机制   分子对接   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、TNF-α和AKT1之间具有较好的亲和力。结论网络药理学初步探讨了人参治疗DN具有多成分、多靶点、多通路协调作用的特点,为后续进一步研究提供了理论依据。

关键词： 紫龙金片   口咽癌   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的运用网络药理学与分子对接方法,从整体角度系统分析并预测紫龙金片治疗口咽癌的分子机制,为临床研究及新药研发提供参考。方法利用TCMSP数据库与YaTCM数据库获取紫龙金片中8种药物的主要活性成分及其相关靶点。检索GeneCards数据库获得口咽癌的作用靶点,并与活性成分的靶点取交集,获得紫龙金片治疗口咽癌的潜在作用靶点。在STRING数据库中获得各靶点的相互作用关系。利用Cytoscape 3.8.0软件构建紫龙金片-有效活性成分-潜在作用靶点网络及靶点的蛋白互作网络,筛选核心靶点。应用程序生成蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和“中药-活性成分-靶点”的可视化网络,并筛选出主要活性成分和核心靶点;运用David数据库对药物与疾病的共同基因进行GO和KEGG富集分析;利用AutoDuck 4.2.6进行核心靶点与主要成分的分子对接。结果通过网络构建分析发现,紫龙金片主要通过145个有效活性成分干预271个潜在靶点来治疗口咽癌,有效活性成分中以槲皮素、木犀草素和甾醇等成分为主,核心靶点为ALB、AKT1、TP53等。基因富集分析显示紫龙金片主要通过干预受体和通路活性以及调控PI3K-Akt、MAPK、IL-17、TNF、HIF-1等信号通路,发挥治疗口咽癌的作用。结论紫龙金片主要通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导凋亡等发挥治疗口咽癌的作用。

关键词： 枸杞子   2型糖尿病   槲皮素   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨枸杞子治疗2型糖尿病的机制。方法:利用TCMSP和Uniport数据库查询枸杞子的成分和靶点,Cytoscape 3.7.2软件构建“药物成分-疾病-靶点”网络图;DisGeNET、GeneCards检索2型糖尿病的靶点,筛选出药物与疾病交集靶点,绘制交集靶点韦恩图;String数据库对交集靶点构建PPI网络。Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG信号通路富集分析。另外对核心靶点和枸杞子的成分进行分子对接,验证活性成分与核心靶基因的结合能力。结果:通过筛选枸杞子成分有45个,潜在靶点194个。2型糖尿病靶点3182个。将筛选出来的槲皮素靶点、枸杞子靶点与疾病靶点,运用Venny 2.1软件获得共同靶点101个。GO分析主要涉及氧化应激、脂多糖、药物反应和凋亡等。KEGG通路分析富集在癌症、脂质及动脉粥样硬化、AGE-RAGE等信号通路。分子对接结果显示,枸杞子的活性成分与核心靶点的分子对接亲和力均<-5 kcal/mol(1 kcal/mol=4.186 kJ/mol),表明结合活性好。结论:本研究基于网络药理学和分子对接技术探讨了枸杞子治疗2型糖尿病的作用机制,预测结果将有助于阐明枸杞子活性成分作为糖尿病用药的机理,但还需要更多的药理实验验证。

关键词： 黄连   肉桂   药对   早泄   抑郁   异病同治   网络药理学   分子对接   5-羟色胺  

摘要： 目的 基于网络药理学、分子对接技术探讨黄连-肉桂药对异病同治早泄(PE)和抑郁的作用机制。方法 基于TCMSP、BATMAN、PubChem及Swiss Target Prediction数据库搜集、获取黄连-肉桂药对活性成分及相应靶点、GeneCards数据库预测PE和抑郁靶点基因,利用Venny 2.1.0获取交集靶点、Cytoscape 3.10.0构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,基于STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络后导入Cytoscape 3.10.0输出核心靶点、Metascape数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后进行分子对接测试。结果 共获得黄连-肉桂药对活性成分31个,包括槲皮素、白香草木犀紫檀酚A、小檗碱、肉桂醛等;“药物-疾病”交集靶点119个。黄连-肉桂药对可能作用于蛋白激酶B1(AKT1)、雌激素受体1(ESR1)、表皮生长因子受体(EGFR)等多个靶点,调控糖尿病并发症、钙离子、5-羟色胺突触等相关多条信号通路。分子对接结果显示槲皮素、白香草木犀紫檀酚A、小檗碱均与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄连-肉桂药对可能基于AKT1、ESR1、EGFR等靶点,通过调控糖尿病并发症相关途径以及钙离子通路、5-羟色胺突触通路等相关途径对PE和抑郁发挥异病同治作用,但尚需在进一步研究中予以验证。

关键词： 运脾治鼻   网络药理学   腺样体肥大   机制研究   苍术酮   氧化应激  

摘要： 目的基于网络药理学方法探讨运脾药对“苍术-薏苡仁”治疗儿童腺样体肥大(adenoidal hypertrophy,AH)的药理机制。方法筛选“苍术-薏苡仁”的活性成分及相关靶点,构建“药物-成分-靶点”可视化网络图;检索儿童AH疾病相关靶点,构建“药物-疾病”交集靶点PPI网络;对核心靶点进行富集分析,并构建“靶点-通路”网络;Western blot法检测不同组别小鼠脾组织中目标靶点蛋白表达,验证苍术酮通过HIF-1α-sumoylation调节炎症因子的表达。结果得到“苍术-薏苡仁”药物靶点71个,儿童AH疾病相关靶点337个,“药物-疾病”交集靶点30个;“苍术-薏苡仁”主要活性成分为豆甾醇、苍术酮等,其参与的生物学过程有管形态形成、对激素的反应等,涉及的细胞成分有膜筏、转录调节因子复合物等,相关靶点功能主要富集于转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等,其涉及的主要信号通路有HIF-1信号通路、VEGF信号通路等;动物实验结果显示苍术酮治疗组SUMO-1、HIF-1α、VEGF及VEGF-R蛋白表达量均较模型组下调(P<0.05)。结论“运脾法”治疗儿童AH是通过多成分、多靶点、多通路实现的,主要从抗炎、免疫调节、抗氧化等方面发挥其治疗儿童AH的作用。

关键词： 网络药理学   葛根芩连汤   非酒精性脂肪性肝炎  

摘要： 目的采用网络药理学的方法探究葛根芩连汤(GGQLT)抗非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、DisGeNET数据库筛选葛根、黄芩、黄连、甘草的活性成分及靶点;利用韦恩图在线软件获得GGQLT抗NASH的靶点;使用Cytoscape3.7.2制作蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)行基因本体(GO)富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果获得GGQLT成分69个,靶点254个,排名前3的成分为槲皮素、谷甾醇、小檗碱。获得NASH靶点434个,GGQLT抗NASH靶点66个。可视化分析显示,GGQLT抗NASH靶点中排名前5的为肿瘤蛋白53(TP53)、V-JUN肉瘤病毒17癌基因同源物(JUN)、原癌基因c-Fos(FOS)、白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)。GO富集分析得到587个条目,KEGG信号通路分析得到116条信号通路。结论本研究通过网络药理学获取GGQLT化学成分及靶点,筛选出GGQLT抗NASH的关键成分及关键靶点,并分析GGQLT抗NASH的作用机制,为GGQLT抗NASH的进一步研究提供一定的理论基础。

关键词： 国家专利   动脉粥样硬化   中药复方   数据挖掘   网络药理学  

摘要： 目的 运用数据挖掘、网络药理学方法,分析专利复方治疗动脉粥样硬化(AS)的用药规律及作用机制。方法 检索中国专利公布公告网中治疗动脉粥样硬化的中药复方,利用Excel2019软件建立复方数据库,并行频次、性味归经分析,利用IBM SPSS Modeler 18.0进行关联规则分析,IBM SPSS Statistics 23进行高频药物聚类分析。检索TCMSP获得核心药物的活性成分和对应靶点,检索GeneCards数据库获得动脉粥样硬化相关靶点,将药物与疾病靶点取交集,采用Cytoscape3.9.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,采用STRING数据库构建PPI网络,Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 共纳入89首专利复方,涉及329味中药,高频药物为丹参、黄芪、三七、山楂、川芎等,药性以温、寒为主,药味以甘、苦、辛为主,归经主入肝经、脾经、肺经;关联规则分析出26组药物组合;聚类分析可将药物分为5类。获得核心药物靶点198个,动脉粥样硬化靶点1 392个,交集靶点109个。核心成分包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、豆甾醇等,核心靶点为AKT1、RELA、STAT3、MAPK1、TP53等。KEGG通路主要富集于癌症通路、脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt通路、MAPK通路等。结论 专利复方治疗动脉粥样硬化主要以活血祛瘀、行气止痛、化浊降脂、益气健脾等治法为主;核心药物可通过AKT1、STAT3、MAPK1等靶点调控脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt等信号通路,发挥抗炎、调节脂质代谢、改善血流动力学、促进细胞自噬和凋亡等作用。临床可根据此类核心药物灵活化裁运用,并可开展基础研究验证相关机制,为治疗AS的中药复方临床应用和基础研究拓展思路。

关键词： 类风湿关节炎   雷公藤-白芍   网络药理学   PI3K/AKT信号通路  

摘要： 目的 运用网络药理学探究雷公藤-白芍治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制并利用佐剂关节炎大鼠模型进行验证。方法 通过TCMSP数据库获得雷公藤、白芍有效成分并预测作用靶点,使用DisGeNET、GeneCards在线数据库获得RA疾病靶点,利用Cytoscape 3.9.1软件绘制“雷公藤-白芍-活性成分-RA”网络并筛选核心有效成分,运用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用CytoNCA插件筛选核心靶点,采用Metascape数据库进行富集分析,利用Auto Dock Tools及Pymol软件进行分子对接。制备佐剂关节炎大鼠模型,酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测佐剂关节炎大鼠血清肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-4、IL-6、IL-17含量,蛋白质印迹法(Western blot)检测磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphorylated phosphatidylinositol 3-hydroxy kinase,p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B蛋白(phosphorylated AKT protein,p-AKT)表达情况,验证网络药理学分析结果。结果 雷公藤-白芍治疗RA有效成分共61个,作用靶点116个,涉及191条信号通路。动物实验表明,与模型组大鼠相比,雷公藤-白芍组及雷公藤甲素组大鼠的血清细胞因子TNF-α、IL-6、IL-17显著降低(P<0.05),IL-4显著升高(P<0.05);滑膜组织中p-PI3K、p-AKT表达显著降低(P<0.05);与雷公藤甲素组大鼠相比,雷公藤-白芍组大鼠的TNF-α、IL-6、IL-17、p-PI3K、p-AKT显著降低(P<0.05),IL-4显著升高(P<0.05)。结论 雷公藤-白芍可通过多个有效成分及作用靶点抑制磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3-hydroxy kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号通路过表达,调控细胞因子释放,发挥抗炎作用,进而治疗RA。

关键词： 绞股蓝   慢性疲劳综合征   网络药理   分子对接   药理实验  

摘要： 本研究运用网络药理学和动物模型验证方法探究绞股蓝治疗慢性疲劳综合征(chronic fatigue syndrome,CFS)的有效活性成分及作用机制。通过TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和SWISS-TARGET数据库中发掘绞股蓝的有效成分及作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取CFS靶点;将药物靶点与疾病靶点映射后筛选出交集靶点并绘制活性成分-共有靶点网络;通过String数据库及Cytoscape3.7.1构建PPI网络;通过R语言对核心靶点进行GO和KEGG富集分析;通过Autodock Vina对核心成分与核心靶点进行分子对接;建立慢性疲劳综合征小鼠模型,并使用绞股蓝对慢性疲劳综合征的治疗作用进行动物试验验证。结果得到绞股蓝有效成分17个,对应靶点583个,慢性疲劳综合征的靶点数为2692个,共有靶点筛选结果有266个,核心靶点数为96个。KEGG富集通路主要包括P13K-AKT、脂质和动脉硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路。分子对接结果显示绞股蓝核心成分与CFS核心靶点结合力良好。动物实验显示,绞股蓝可延长模型组小鼠运动时间,显著降低小鼠血清尿素氮水平及乳酸脱氢酶活性。Western blot实验显示绞股蓝提取物可显著上调慢性疲劳小鼠肌肉组织PI3K、AKT蛋白的表达,显著下调P-PI3K、P-AKT、STAT3蛋白的表达。综上所述,本研究初步提示绞股蓝可能通过调控STAT3、TP53、SRC、AKT1、HSP90AA1等核心靶点及PI3K/AKT信号通路发挥治疗慢性疲劳综合征的作用。

关键词： 甲型流感病毒   天名精   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学方法对天名精(CAL)抗甲型流感病毒(IAV)潜在化学成分、靶点及作用机制进行分析研究,为后续开发CAL提供参考依据。方法:从中国知网(CNKI)等数据库收集自1988年1月1日至2023年2月25日分离鉴定的CAL化学成分,在SwissTargetPrediction平台预测成分靶点。在GeneCards和OMIM平台收集IAV靶点,导入jvenn取交集基因。利用Cytoscape 3.8.2软件构建CAL-活性成分-IAV网络,在STRING平台分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)关系。结合运用DAVIED数据库和微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用Autodock与Pymol软件将关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选获得主要潜在活性成分27种,潜在靶点468个,CAL与IAV交集靶点175个。GO功能分析获得97个细胞组分、664个生物过程和150个分子功能;KEGG通路富集分析获得CAL抗IAV信号通路共168条,包括高糖基化终产物-高糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、癌症和IAV等通路。分子对接结果显示在前五种核心成分里面,熊果酸与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、非受体型酪氨酸蛋白激酶2(JAK2)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)有更高结合亲和力。结论:CAL作用于IAV可能涉及多成分、多靶点、多通路共同参与,通过网络药理学分析为CAL抗IAV进一步研究提供思路和方法,为新型抗甲流药物研发提供依据。