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关键词： 地锦草   GC-MS   UPLC-Q-TOF-MS/MS   网络药理学   炎症  

摘要： 目的采用色谱联用技术分析地锦草主要成分,并联合网络药理学预测其抗炎作用的潜在靶点和信号通路,阐明地锦草治疗炎症的作用机制。方法通过GC-MS、UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析地锦草的化学成分,借助中药系统药理数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、地锦草相关文献筛选地锦草活性成分;采用SwissTargetPrediction数据库预测靶点,采用GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取地锦草相关治疗靶点,将成分靶点和疾病靶点取交集,获得交集靶点;凭借STRING 11.5数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选核心靶点。采用DAVID 6.8进行GO注释和KEGG通路富集分析,构建“化合物-靶点-通路”网络。结果GC-MS、UPLC-Q-TOF-MS/MS分别鉴定出50、76种成分,筛选出地锦草抗炎的12个活性成分及214个成分靶点;根据数据库筛选得到10688个抗炎相关靶点、活性成分与疾病交集靶点198个;借助CytoNCA插件筛选出核心靶点37个;DAVID数据库富集分析显示,地锦草主要通过磷脂酰肌-3-激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase-protein kinase B,PI3K/PKB)、酪氨酸激酶受体、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、甲状腺激素、雌激素等信号通路发挥治疗炎症的作用。结论地锦草通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗炎症的作用,体现了中药复杂系统的作用特点,为全面阐释地锦草药效物质基础提供一定参考。

关键词： 当归补血汤   GEO芯片挖掘   网络药理学   分子对接   股骨头坏死   分子机制  

摘要： 通过GEO数据挖掘、网络药理学和分子对接的方法来探讨当归补血汤治疗股骨头坏死的分子机制。使用TCMSP、Uniprot等数据库选取当归补血汤的活性成分及对应靶点,利用GEO数据库、GeneCards、OMIM及PharmGkb等数据库获得股骨头坏死的治疗靶点,借助Venny在线作图平台得到当归补血汤治疗股骨头坏死的共同靶点。采用Cytoscape软件构建“当归补血汤活性成分-作用靶点”以及“当归补血汤-活性成分-股骨头坏死”网络及核心靶蛋白相互作用网络。借助DAVID数据库对当归补血汤治疗股骨头坏死的共同靶点进行GO功能分析和KEGG富集分析。运用PyMOL、Chem3D及AutoDockTools等软件将关键有效成分与核心靶点进行分子对接。结果显示,当归补血汤关键活性成分为山柰酚、槲皮素、芒柄花素、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇和异鼠李素等,当归补血汤治疗股骨头坏死的核心靶点为IL-6、VEGFA、MMP9、TNF及IL-1β等;GO功能分析主要涉及转录的正调控,DNA模板基因表达的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、细胞增殖的正调控、炎症反应、凋亡过程的正调控、对药物的反应、凋亡过程的负调控、细胞增殖的负调控等生物过程;KEGG通路富集分析主要涉及PI3K-Akt、MAPK、TNF、IL-17等相关通路;分子对接验证表明,当归补血汤治疗股骨头坏死的关键活性成分与核心靶点对接的结合能均低于-5 kJ/mol,提示有较好的结合活性。当归补血汤可能通过多成分、多靶点、多途径的方式对股骨头坏死发挥治疗作用,进一步阐明了当归补血汤治疗股骨头坏死的潜在药理机制,为该药物的研究进一步提供前期依据。

关键词： 四君子汤   结直肠癌   肿瘤防治   药理作用   免疫调节   癌前病变   恶病质  

摘要： 四君子汤是中医经典名方,具有益气健脾的功效,主治脾胃虚弱证,具有调节胃肠功能、增强机体免疫功能等作用。同时,四君子汤也具有防治肿瘤的作用,常用于癌症的辅助治疗。四君子汤对结直肠癌的抗癌作用主要体现在缓解肠道炎症、防治癌前病变、抑制癌症转移、调节机体免疫以及改善肿瘤恶病质等方面,主要综述四君子汤防治结直肠癌药理作用机制的研究进展,以期为四君子汤的应用开发以及抗肿瘤药物的研发提供参考。

关键词： 数据图表   复制粘贴   化学结构式   图数据   作图软件   典型病变   电泳图   双击  

摘要： 1.论文中的病理照片、电泳图及化学结构式图等要求以“插入”→“图片”方式插入word文档,不要使用复制粘贴。病理照片必须加标尺,并以箭头指示典型病变位置。除照片外,其他图尽量不用彩色。2.统计的数据图表(包括线图和柱图等)一般通过“插入”→“图表”方式插入word文档,双击该图即可直接进入此图的作图软件,看到作图数据。

关键词： 青蒿素   多囊卵巢综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的应用网络药理学和分子对接技术探索青蒿素对多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)的潜在作用机制。方法通过Pubchem、Swiss Target Prediction、PharmMapper数据库预测青蒿素作用靶点,利用GeneCard、DisGeNET数据库获取与PCOS有关靶点;应用韦恩图分析青蒿素与PCOS的交集靶点;利用String软件对交集靶点进行PPI蛋白网络互作分析,并利用Cytoscape软件进行核心靶点筛选;应用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,并借助在线软件对分析结果进行可视化;通过Chemdraw、PyMol、Auto Dock Tools软件及RCSB PDB数据库对青蒿素及核心靶蛋白进行分子对接。结果得到青蒿素靶点229个,PCOS靶点1292个,韦恩图分析交集靶点90个,潜在核心靶点5个,分别为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase,AKT1)、雌激素受体(estrogen receptor 1,ESR1)、基质金属蛋白酶(matrix metalloprotein 9,MMP9)、过氧化物酶体增殖激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARγ)、基质金属蛋白酶(matrix metalloprotein 2,MMP2),主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、Ras、内分泌抵抗等信号通路。分子对接结果显示青蒿素与对应核心靶蛋白之间存在分子结合位点。结论初步预测分析青蒿素可能通过多靶点、多机制对PCOS发挥治疗作用。

关键词： 心肌梗死   芪参益气滴丸   分子对接   免疫浸润   网络药理学   GEO芯片  

摘要： 目的使用GEO数据库和网络药理学方法探讨芪参益气滴丸(QSYQ)干预心肌梗死(MI)的疗效基础和作用机制。方法GEO数据库筛选MI差异基因;TCMSP数据库以及文献检索筛选QSYQ的相关活性成分,SwissTargePrediction数据库预测成分的靶点;对差异基因和成分靶点取交集,Cytoscape软件构建“活性成分-交集靶点”调控网络;STRING数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape中MCODE插件对网络进行分析,得到显著基因模块;clusterProfiler等R包对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;AutoDock Vina进行成分-靶点的分子对接。CIBERSORT算法对GEO数据进行免疫浸润分析,并对关键基因表达量和免疫细胞含量进行Spearman相关性分析。结果共得到MI差异基因687个,活性成分靶点777个,交集靶点48个。PTGS2、MMP9、STAT3可能为QSYQ治疗MI的关键靶基因,分子对接模拟了与之对接最好的三个有效成分,分别为隐丹参酮、山奈酚、木犀草素。KEGG结果表明,交集靶点主要富集在NF-κB信号通路、TNF信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路上。关键基因与活化的肥大细胞、中性粒细胞、活化的自然杀伤细胞具有显著正相关(P<0.05),与未活化的CD4记忆性T细胞呈显著负相关(P<0.05)。结论QSYQ治疗心肌梗死是以多成分、多靶点、多通路的方式进行的,研究初步确定了QSYQ疗效的物质基础、关键靶标和通路,以期为后续研究提供参考。

关键词： 冠状动脉粥样硬化   急性心肌梗死   黄连   川芎   作用机制   网络药理学   活血解毒  

摘要： 目的:基于网络药理学方法与分子对接技术,探究活血解毒中药药对黄连-川芎治疗冠状动脉粥样硬化(CAS)和急性心肌梗死(AMI)作用机制的差异性,为活血解毒中药在冠心病不同阶段的应用提供理论依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得CAS和AMI的差异基因,并进行GEO差异分析。从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜集黄连、川芎中主要活性成分和筛选预测靶点。根据药物作用靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图并进行拓扑分析,再利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用Schrodinger软件将中药主要活性成分分别与CAS和AMI的关键蛋白进行分子对接。结果:黄连-川芎治疗CAS和AMI的活性成分基本相同。PPI网络拓扑分析显示,治疗CAS有17种靶蛋白,治疗AMI有37种靶蛋白,两者共有16个相同的靶蛋白,而AMI多出了21个特有靶蛋白等,表明在AMI时,黄连-川芎能在调控CAS相关靶点基础上进一步作用于新的靶点。GO富集分析显示黄连-川芎通过不同的生物过程干预CAS和AMI。KEGG富集分析发现CAS相关通路为22条,而AMI相关通路为90条,两者共有通路17条,但在CAS和AMI中的富集程度存在差异;而AMI特有的通路有73条,主要为肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路等,涉及多个炎症相关通路;表明中药黄连和川芎能够在调控CAS相关通路的基础上,进一步调控AMI时的特有通路。分子对接结果显示,主要化合物和靶点能很好地结合,支持网络药理学结果。结论:本研究阐释了黄连-川芎基于多化合物、多靶点、多途径治疗CAS和AMI的可能作用机制及两者的差异性,发现黄连-川芎可以在调控CAS和AMI共有靶点和通路的基础上,进一步作用于AMI发生时出现的特有蛋白和通路,揭示了在冠心病不同阶段活血解毒中药黄连-川芎作用的不同机制,从药理学层面完善了冠心病的“瘀毒”理论。

关键词： 中文核心期刊要目总览   生物学文摘   中国毒理学会   中国药理学会   北大图书馆   核心学术期刊   药学专业   医学研究院  

摘要： 《中国药理学与毒理学杂志》是由中国药理学会、中国毒理学会和军事医学研究院毒物药物研究所共同主办的高级学术性刊物,1986年创刊,2016年由双月刊改为月刊。被北大图书馆评为药学专业中文核心期刊(中文核心期刊要目总览),同时还是中国科技核心期刊、中国核心学术期刊和中国生物医学核心期刊等。本刊被美国《生物学文摘(预评)》(BAP)和美国《化学文摘》(CA)等十余家数据库收录。

关键词： 芍药甘草汤   慢性荨麻疹   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的采用网络药理学和分子对接技术方法探讨芍药甘草汤治疗慢性荨麻疹的分子作用机制。方法利用TCMSP筛选芍药甘草汤的活性化合物和靶点,以“Chronic urticaria”为关键词在GeneCards数据库中检索其靶点,并通过Venn图筛选化合物和疾病的共同作用位点。使用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-共同靶点-疾病”网络,并通过PPI网络查找共同靶点间的相互作用。对共同靶点基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。分别利用Auto Dock和PyMol软件进行分子对接和结果可视化。结果将芍药甘草汤的105个活性化合物、218个药物靶点与慢性荨麻疹的961个疾病靶点取交集,共获得83个共同靶点。对共同靶点进行GO功能富集分析表明,其功能主要与异源性刺激、脂多糖反应、氧化反应及上皮细胞增殖有关。在KEGG通路富集分析中,涉及的142个信号通路主要涵盖流体剪切应力和动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、人巨细胞病毒感染、化学致癌作用-受体激活、卡波西肉瘤-相关的疱疹病毒感染等。分子对接结果显示,主要化合物与主要靶点之间均有较好的结合力。结论芍药甘草汤通过调节免疫功能、缓解炎性反应等多靶点功效起到治疗慢性荨麻疹的作用。

关键词： 膀胱癌   丹参   FASN   网络药理学  

摘要： 目的应用网络药理学思路与方法研究丹参的有效成分及潜在分子靶点,揭示丹参治疗膀胱癌的分子机制。方法研究时间为2022年1月至2023年6月。基于中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)分析丹参中生物利用度(OB)≥30%,类药性指数(DL)≥0.18的活性成分,进而获得活性成分的下游靶点进行基因本体论(GO)与京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,并纳入癌症基因图谱(TCGA)数据库中膀胱癌数据集进行风险回归分析,结合风险基因表达水平与生存预后信息筛选丹参在膀胱癌中的潜在治疗靶点,并在膀胱癌细胞系中进行验证与体外治疗实验。结果丹参中65个活性成分可作用于下游270个靶蛋白,其功能富集分析集中在氮代谢、膀胱癌、内分泌抵抗、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用等通路上,提示丹参具备治疗膀胱癌的潜力,膀胱癌患者测序数据显示其中44个基因在膀胱癌中具有预后价值(P<0.05),研究进一步基于其中18个基因成功构建了风险回归模型[曲线下面积(AUC)=0.819],结合基因在癌与癌旁中的表达水平筛选获得MMP9、MAOA、PSMB5、HCAR及脂肪酸合成酶(FASN)作为丹参治疗膀胱癌的分子靶点,其中的FASN风险系数最高(core=0.007412)。细胞实验表明FASN在膀胱癌细胞系J82中表达明显增高,而经过丹参(IC50=10 mg/L)处理后,膀胱癌细胞的增殖、侵袭及迁移能力均明显减弱,且FASN蛋白也表达减少。结论本研究揭示了丹参的有效活性成分及其治疗膀胱癌的分子靶点,为临床应用丹参治疗膀胱癌提供了必要的实验依据与理论基础。