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关键词： 缺血性脑卒中   通心络   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学预测通心络胶囊治疗缺血性脑卒中的潜在作用机制。方法利用TCMSP数据库获取通心络的药物活性成分及作用靶点,通过DisGeNET数据库、GeneCards数据库得到缺血性脑卒中所对应疾病靶点,利用Venny 2.1获得潜在药理作用靶点。将潜在药理作用靶点导入STRING在线分析平台,所得数据导入Cytoscape 3.9.1得到蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络图并筛选出核心基因。运用DAVID数据库对潜在药理作用靶点进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。最后利用Auto Dock软件进行分子对接。结果获得通心络有效活性成分62个,对应靶点406个,潜在药理作用靶点148个。GO富集分析共得到1556条基因功能信息,KEGG富集分析共发现119条通路,包括脂质和动脉粥样硬化通路、癌症信号通路和磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶(phosphoinositide 3-kinase-akt,PI3K-Akt)信号通路等。分子对接结果表明豆甾醇、黄芩素与白细胞介素(interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等核心靶点结合活性较强。结论通心络胶囊可能作用于IL-6、TNF等靶点,调控脂质和动脉粥样硬化通路、癌症信号通路和PI3K-Akt信号通路等发挥抗炎、促进细胞再生、抗凋亡等机制治疗缺血性脑卒中。

关键词： 杨树桑黄   食药用真菌   人工栽培   活性成分   药理作用  

摘要： 桑黄是一种传统食药用真菌,因野生资源有限,促进了其人工栽培技术的发展。杨树桑黄是为数不多的人工栽培成功的桑黄菌种,主要含有多糖、多酚、类黄酮及萜类等生物活性物质,具有抗肿瘤、抗氧化等多重功效,可应用在食品、药品、化妆品等领域,具有显著的经济价值和社会效益。文章介绍了杨树桑黄的生物学特征及人工栽培现状,并对杨树桑黄的活性成分及药理作用进行综述,促进其在食品、药品等领域应用,推动桑黄产业高质量发展。

关键词： 参灵草口服液   非小细胞肺癌   网络药理学   PI3K-AKT信号通路   动物实验  

摘要： 目的通过网络药理学预测参灵草口服液(Shenlingcao oral liquid,SLC)抑制非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的作用机制,并利用分子对接和体内动物实验进行初步验证。方法利用数据库及文献查找获得SLC活性成分和对应靶点以及NSCLC对应靶点;取SLC和NSCLC共同靶点构建蛋白质相互作用网络,并进行基因本体分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析和分子对接。构建Lewis肺癌小鼠模型,设置模型组(Model组)、SLC高剂量组(SH组)和SLC低剂量组(SL组),SH组和SL组分别按冻干粉8.75 g/kg和3.50 g/kg剂量灌胃给药。连续灌胃给药14 d后,观察荷瘤小鼠肿瘤生长情况、肿瘤组织病理变化以及肿瘤细胞凋亡情况,检测小鼠血常规指标变化,检测小鼠肿瘤组织中磷酸化蛋白激酶B(phospho-protein kinase B,p-AKT)、蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)、磷酸化磷脂酰肌醇3-激酶(phospho-phosphatidylinositol 3-kinase,p-PI3K)、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)、B细胞淋巴瘤-2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)蛋白表达情况,验证KEGG富集的结果。结果网络药理学分析表明SLC活性成分77个,潜在作用靶点618个,NSCLC潜在作用靶点1498个,药物与疾病交集靶点179个。交集靶点富集分析表明,主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路(phosphatidylinositol 3-kinase-protein kinase B signaling pathway,PI3K-AKT)、丝裂原活化蛋白激酶信号通路(mitogen-activated protein kinase signaling pathway,MAPK)等相关通路。分子对接显示前10位核心成分与前10位核心靶点具有较好的结合能力。动物实验结果显示,与模型组比较,SH组和SL组肿瘤体积和肿瘤重量显著减小(P<0.05,P<0.01),白细胞(white blood cell,WBC)、中性粒细胞(neutrophil,Neut)、单核细胞(monocytes,Mono)数量显著减少(P<0.01,P<0.001),红细胞(red blood cell,RBC)、血小板(platelet,PLT)、血红蛋白(hemoglobin,HGB)数量显著升高(P<0.05,P<0.01,P<0.001),肿瘤组织早期凋亡细胞显著增加(P<0.05,P<0.01),p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT和Bcl-2/GAPDH蛋白表达水平显著减低(P<0.05,P<0.01)。PI3K、AKT1和Bcl-2基因表达水平显著降低(P<0.05,P<0.01)。结论SLC对NSCLC发挥抑制作用,其机制可能与激活PI3K-AKT通路、促进细胞凋亡有关。

关键词： 草莓叶   LC-MS/MS   网络药理学   分子对接   抗氧化  

摘要： 基于LC-MS/MS,联合网络药理学和分子对接探究草莓叶成分发挥抗氧化作用机制。以新鲜草莓叶为试材,采用LC-MS/MS对草莓叶全成分进行检测,共检测到985种化合物。以相对含量(在草莓叶全成分中质量比)大于1%且DL≥0.18为指标,筛选出5种草莓叶活性成分,分别为蔗糖、海藻糖、儿茶素、原花青素B1、灯盏乙素。通过Swiss Target Prediction数据库预测到活性成分的作用靶点共87个,儿茶素未预测到作用靶点;通过Genecards、OMIM、TTD数据库筛选到氧化应激相关靶点共有13711个;取交集得到草莓叶活性成分抗氧化的潜在靶点共83个。结合STRING数据库进行草莓叶活性成分-抗氧化潜在靶点蛋白互作网络构建,取degree值排名前30的靶点作为草莓叶抗氧化核心靶点,对核心靶点进行GO、KEGG富集分析,GO功能富集分析主要得到蛋白酪氨酸激酶活性、一氧化氮合成酶调节剂活性等条目;KEGG通路富集分析主要得到MAPK、Rap1、PI3K-Akt、Ras、脂质与动脉粥样硬化等通路。通过Cytoscape 3.9.1软件构建草莓叶“活性成分-抗氧化核心靶点-通路”网络并进行分子对接验证,结果显示,原花青素B1、蔗糖、灯盏乙素、海藻糖与SRC、TNF、EGFR均具有较稳定的结合能力。综上所述,草莓叶中的活性成分原花青素B1、蔗糖、灯盏乙素、海藻糖,可能通过SRC、TNF、EGFR等靶点调控MAPK、Rap1、PI3K-Akt、Ras、脂质与动脉粥样硬化等通路实现抗氧化功效,为草莓叶的开发利用提供理论依据。

关键词： 扶正解毒抗癌汤   黑色素瘤   PI3K/AKT信号通路   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的探讨扶正解毒抗癌汤(FZJDD)治疗黑色素瘤的分子机制。方法TCMSP和TCMID的数据库和文献中检索FZJDD有效化学成分及各成分对应的作用靶点;GeneCards、OMIM、TTD等数据查询库中筛选黑色素瘤相关靶点,获得“药物-疾病”交集靶点,STRING 11.5与DAVID数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析获取核心靶点,Cytoscape 3.8.1构建FZJDD治疗黑色素瘤中药-作用靶标-通路网络,GO富集分析与KEGG富集分析获取FZJDD治疗黑色素瘤的关键生物学过程及信号通路。借助qPCR及Western blot方法验证相关信号通路关键蛋白的作用。结果获得FZJDD有效成分47个,“药物-疾病”交集靶点168个,富集到的信号通路主要包括磷脂酰肌醇三激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)等信号通路;体外细胞实验显示,FZJDD能够有效降低黑色素瘤A375细胞增殖,抑制PI3K/AKT信号通路关键蛋白PI3K、AKT、雷帕霉素靶蛋白(mTOR)的蛋白及mRNA表达水平(P<0.05)。结论FZJDD可以通过多成分、多靶点、多通路,发挥抗炎、促进肿瘤细胞凋亡等作用治疗黑色素瘤,其中对PI3K/AKT通路的调控可能是其关键机制。

关键词： 网络药理学   分子对接   小儿遗尿   越婢汤  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接探讨越婢汤治疗小儿遗尿的机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及查阅文献筛选越婢汤中各中药的活性成分;利用TCMSP及SwissTargetPrediction数据库获取活性成分及潜在靶点。运用OMIM、GeneCards、DrugBank数据库获取遗尿疾病靶点;运用Venny 2.1平台获得越婢汤治疗遗尿的潜在靶点,STRING平台构建潜在靶点间或作网络图;采用CytoScape软件构建药物-活性成分-交集靶点网络图。通过MetaScape数据库对潜在靶点进行基因本体论(GO)生物功能分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。并运用PubChem数据库、Chem 3D软件、蛋白质数据库(PDB)、AutoDock、PyMOL软件对药物活性成分及关键靶点进行分子对接。结果:从越婢汤中共获得141个有效成分,得到135个越婢汤治疗小儿遗尿的潜在靶点,这些靶点主要涉及细胞对有机环化合物的反应、循环系统、对外来刺激的反应、激素应答及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联调控等生物学进程;并主要富集在神经活性配体受体相互作用、化学致癌-受体激活、癌症等信号通路中;分子对接验证显示对接得分<-5 kcal/mol占83.3%,表明大部分成分与靶点的结合活性好。结论:通过网络药理学和分子对接验证了越婢汤通过多成分、多途径、多靶点治疗遗尿的特点,预测了越婢汤可能通过神经活性配体受体相互作用、化学致癌-受体激活、癌症信号通路等途径调控细胞对有机环化合物的反应、循环系统、对外来刺激的反应、激素应答及MAPK级联调控等生物学进程治疗遗尿的可能作用机制,为进一步研究越婢汤的活性成分及作用机制提供理论依据。

关键词： 网络药理学   分子对接   健脾息风汤   肠易激综合征   信号通路   作用机制  

摘要： 目的通过网络药理学及分子对接方法,研究健脾息风汤治疗腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的作用机制。方法在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)上,对健脾息风汤进行活性成分和预测;利用3个数据库,搜索IBS-D的相关靶点。挑选二者共同靶点,进行化合物-疾病共同靶点蛋白相互分析,再进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出共同靶点152个。将共同靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,得到主要通路。结论健脾息风汤中的活性成分槲皮素等,通过白细胞介素(IL)-17信号通路等,作用于IL-6等靶点,体现了该方多成分、多靶点、多通路治疗IBS-D的特点。

关键词： 阿尔茨海默病   桃仁   红花   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:采用网络药理学和分子对接技术预测桃仁-红花配伍治疗阿尔茨海默病(AD)的作用靶点,探讨其治疗AD的潜在分子作用机制。方法:利用TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction数据库收集药物有效成分及靶点,在GeneCards、DisGeNET数据库检索AD的靶点,通过Venny软件取交集靶点;采用Cytoscape 3.9.1、Cytoscape 3.7.2软件和STRING数据库构建药物-活性成分-靶点网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过Metascape平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Autodock、Pymol软件进行分子对接预测。结果:共筛选到桃仁-红花治疗AD的有效成分29个、靶基因423个,AD的靶点2561个,交集靶点共216个;筛选出的主要活性成分为除虫菊酯、木脂蛋白、槲皮素、黄芩素、6-羟基山柰酚等,核心靶点为细胞肿瘤抗原P53(TP53)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基α(PIK3R1)、转录信号转导和激活因子3(STAT3)等;GO功能富集分析获得1841条生物过程,110条细胞组分,185条分子功能。KEGG通路富集分析获得186条通路。分子对接结果显示,AKT1与除虫菊酯、槲皮素、黄芩素、6-羟基山柰酚具有良好的结合活性。结论:桃仁-红花能够通过多靶点、多途径发挥抗AD的作用。

关键词： 温胆汤   网络药理学  

摘要： 本研究旨在利用网络药理学方法预测温胆汤在治疗痰浊中阻型PCIV的潜在作用机制。利用多个数据库、分析平台及文献检索,收集出温胆汤中各中药成分靶点与疾病靶点,取其共同交集靶点,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的富集分析,同时使用相关软件分别构建出成分–疾病–通路靶点网络和蛋白质–蛋白质相互作用网络图。经分析筛选后,在温胆汤中发现49种活性化合物,其中与PCIV相关的共139个靶点。药物主要成分包括柚皮苷、槲皮素、木犀草素、黄芩苷,关键核心靶点包括IL6、TNF、STAT3等。KEGG信号通路包括癌症的途径、脂质和动脉粥样硬化、化学致癌作用–受体激活、IL-17信号等。结论:温胆汤对PCIV的治疗作用可能是通过柚皮苷、黄芩苷等成分及调节IL6、TNF等靶点从而参与抗炎、促进脂质代谢等多条途径。This study aimed to predict the potential mechanism of warm bile soup in the treatment of sputum resistant PCIV. Using multiple databases, analysis platform and literature retrieval, collect the Chinese medicine composition targets and disease targets, take the common intersection targets, and gene ontology (GO) and Kyoto gene and genome encyclopedia (KEGG) enrichment analysis, at the same time using the related software to build components-disease-pathway target network and protein-protein interaction network diagram. After analytical screening, 49 active compounds were found in bile soup, including a total of 139 targets associated with PCIV. The main components of the drugs include naringin, quercetin, luteolin, and baicalin, and the key core targets include IL 6, TNF, and STAT 3. KEGG signaling pathways including cancer pathway, lipids and atherosclerosis, chemical carcinogenesis-receptor activation, IL-17 signaling, etc. Conclusion: The therapeutic effect of bile soup on PCIV may be through naringin, baicalin and other components and targets such as IL 6 and TNF to participate in anti-inflammation and promote lipid metabolism.

关键词： 半枝莲   网络药理学   肺纤维化   靶基因   信号通路  

摘要： 目的以网络药理学为工具,筛选半枝莲有效成分作用靶点,明确其作用于肺纤维化的机制,进一步为肺纤维化的临床诊疗提供理论基础。方法在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索半枝莲,下载其有效化学成分及其对应的作用靶点信息。在GeneCards数据库中搜索得到肺纤维化有关的靶点基因,筛选出二者重叠的靶点,利用Cytoscape软件对重复靶点进行分析,构建“成分-靶点-疾病”相互作用网络。将半枝莲治疗肺纤维化的可能靶点导入STRING数据库进行蛋白相互作用网络分析、筛选出关键靶点。在R studio中加载ClusterProfiler软件包,对筛选出的共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果共获得半枝莲29个活性化合物,作用于人体的不重复的靶点191个。半枝莲治疗肺纤维化的5个关键靶点为AKT1、IL-6、IL-1β、VEGFA、JUN。结论半枝莲治疗肺纤维化的药理机制可能与其协同调节氧化应激、脂质代谢、炎症反应、细胞凋亡、细胞周期、分化、血管生成密切相关。