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关键词： 网络药理学   分子对接   大阳旦汤   非小细胞肺癌  

摘要： 目的:基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据挖掘、网络药理学及分子对接探讨大阳旦汤治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:使用“Non small cell lung cancer”作为关键词在GEO中查找符合要求的数据集,并通过Perl软件、R软件获取差异基因,绘制热图及火山图。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选大阳旦汤有效活性成分,下载活性成分靶基因,获取非小细胞肺癌与大阳旦汤交集靶点,使用Venny 2.1进行韦恩图绘制,使用Cytoscape软件绘制中药复方调控网络,使用STRING数据库绘制蛋白质–蛋白质相关作用网络,使用R软件进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,构建KEGG关系网络,使用Vina软件进行分子对接。结果:共获取非小细胞肺癌差异基因2861个,其中上调基因1313个、下调基因1548个;大阳旦汤有效活性成分165个,大阳旦汤靶基因224个。二者的交集基因有54个,包括白细胞介素–6(Interleukin–6,IL–6)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、基质金属蛋白酶9(Matrix Metalloproteinase 9,MMP9)、前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin–endoperoxide Synthase 2,PTGS2)等。大阳旦汤治疗非小细胞肺癌的关键化学成分有126个,包括槲皮素、山柰酚、刺芒柄花素等。通过KEGG富集分析获得相关通路88条,包括肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细胞介素–17(Interleukin–17,IL–17)等信号通路。分子对接结果有7条,包括槲皮素–PTGS2、槲皮素–EGFR、槲皮素–IL–6、槲皮素–MMP9、刺芒柄花素–ESR1、刺芒柄花素–PTGS2及山柰酚–PTGS2。结论:大阳旦汤治疗非小细胞肺癌可能通过槲皮素、刺芒柄花素、山柰酚等活性成分作用于PTGS2、ESR1等关键靶点,影响TNF、IL–17等信号通路,从而发挥抗肿瘤作用。

关键词： 类风湿关节炎   飞蛾藤   网络药理学   分子对接   凋亡   MH7A细胞  

摘要： 通过网络药理学和分子对接技术,结合体外实验验证探究飞蛾藤(Porana racemosa Roxb.,PRA)治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制,为飞蛾藤治疗RA提供现代药理学依据。通过Swiss Target Prediction数据库预测已解析飞蛾藤中化学成分的潜在靶点;采用OMIM、GeneCards、TTD、Disgenet数据库检索RA的疾病靶点;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络和药材-成分-靶点网络;使用DAVID数据库进行GO(gene ontology)功能富集和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析,并利用分子对接软件对飞蛾藤潜在活性成分与核心靶点进行对接;最后选取MH7A细胞进行细胞活力、划痕愈合、关键基因mRNA表达水平分析等实验,以探索飞蛾藤及其潜在活性成分对MH7A细胞增殖、迁移、凋亡的影响。该研究共筛选出飞蛾藤潜在活性成分靶点628个,RA靶点1890个,交集靶点235个,筛选出飞蛾藤治疗RA的主要潜在活性成分是咖啡酸乙酯、N-对反式香豆酰酪胺、亚麻酸甲酯等,核心靶点涉及肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等,富集分析确定了1200个GO功能富集条目和166条信号通路;分子对接结果显示,N-对反式香豆酰酪胺和咖啡酸乙酯与TNF、MMP9、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、PTGS2、B淋巴细胞瘤2(BCL2)均具有较好的结合活性;体外实验显示,飞蛾藤、咖啡酸乙酯和N-对反式香豆酰酪胺均可抑制MH7A细胞增殖、迁移和侵袭能力,上调凋亡相关基因CASP3 mRNA的表达,下调MMP9、PTGS2、BCL2 mRNA的表达,还能下调磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、蛋白激酶B(AKT)mRNA和PI3K、p-AKT蛋白的表达。该研究初步揭示了飞蛾藤治疗RA可能与抑制MH7A细胞增殖、迁移和侵袭,诱导细胞凋亡,调控PI3K/AKT信号通路等有关。

关键词： 慢性支气管炎   三子养亲汤   网络药理学   分子对接   信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三子养亲汤治疗慢性支气管炎(CB)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、化合物靶标预测平台(SwissTargetPrediction)筛选三子养亲汤中各药物的有效成分和作用靶点。利用人类基因综合分析数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据系统(OMIM)和治疗靶标数据库(TTD)检索CB的疾病靶点。将三子养亲汤有效成分与CB的疾病靶点取交集,获得三子养亲汤有效成分治疗CB的交集靶点,制作药物-疾病靶点交集韦恩图。应用Cytoscape3.9.1软件绘制三子养亲汤有效成分治疗CB交集靶点网络图,在蛋白质相互作用(PPI)分析数据库STRING中构建PPI网络图,再运用Cytoscape3.9.1软件筛选PPI网络的核心靶点。利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDockTools软件对三子养亲汤的5个核心有效成分与三子养亲汤治疗CB的5个关键靶点进行分子对接验证。结果:获得530个三子养亲汤有效成分靶点,1103个CB疾病靶点,109个三子养亲汤治疗CB的交集靶点。三子养亲汤治疗CB交集靶点网络图显示木犀草素、14,11,17-三烯酸甲酯、色酮、β-谷甾醇和花生四烯酸是三子养亲汤治疗CB的核心有效成分。三子养亲汤治疗CB核心靶点PPI网络分析提示信号转导和转录激活因子3(STAT3)、磷脂酰肌醇3-激酶调控α亚基(PIK3R1)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、原癌基因络氨酸蛋白激酶(SRC)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、磷酸肌醇3激酶α(PIK3CA)是三子养亲汤治疗CB的核心靶点。GO功能富集分析结果显示三子养亲汤的有效成分可能通过影响化学反应、细胞对化学刺激的反应、细胞凋亡、受体结合及大分子络合物结合等生物过程发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示三子养亲汤治疗CB与人巨细胞病毒感染、化学致癌-受体激活、癌症中的蛋白聚体等多条信号通路有关。木犀草素、14,11,17-三烯酸甲酯和花生四烯酸与关键靶点STAT3、PIK3R1、TP53、SRC、AKT1、PIK3CA具有良好的结合活性。结论:三子养亲汤可能通过木犀草素、14,11,17-三烯酸甲酯和花生四烯酸等主要成分作用于STAT3、PIK3R1、SRC等靶点,进而影响了人巨细胞病毒感染、化学致癌-受体激活、癌症中的蛋白聚体等多条通路,从而起到治疗CB的作用。

关键词： 心肌缺血损伤   丹参-降香   天香丹   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 通过网络药理学和分子对接技术探寻“丹参-降香”改善心肌缺血损伤的药效物质基础和分子作用机制。方法 借助TCMSP、UniProt数据库及文献补充筛选“丹参-降香”的主要活性成分,并将与活性成分相联系的靶基因借助UniProt数据库翻译成相应基因。利用GeneCards、OMIM数据库得到疾病相关靶点,采用R软件进行基因本体(GO)及基因组百科全书(KEGG)基因富集分析,最后通过分子对接验证关键靶点和主要活性成分间的潜在机制。结果 筛选“丹参-降香”治疗心肌缺血损伤的102个活性成分和129个潜在作用靶点。PPI筛选得到关键靶点TP53、STAT3、Akt1、JUN、TNF、CASP3、Bcl-2、IL-6、MAPK1、CCND1。GO功能分析发现“丹参-降香”生物过程集中在脂多糖的反应、肌肉细胞增殖、对药物的反应、平滑肌细胞增殖、对金属离子的反应等多个方面。KEGG通路富集分析显示涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等。分子对接显示luteolin与TP53、STAT3、Akt1具有良好的结合活性。结论 “丹参-降香”配伍治疗心肌缺血损伤具有多组分、多靶点、多通路相互协同的特点,可为防治心肌缺血损伤的研究提供参考。

关键词： 弥漫大B细胞淋巴瘤   荷叶碱   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的探讨荷叶碱治疗弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)的核心靶点及作用机制。方法基于GeneCards数据库筛选DLBCL相关的靶基因,通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP),SwissTargetPrediction和PharmMapper网站检索荷叶碱相关的靶基因,取交集后进行富集分析。基于STRING平台进行蛋白质互作分析,利用Cytoscape筛选核心靶点并开展分子对接。细胞增殖实验检测荷叶碱处理后DLBCL细胞的增殖水平,流式细胞学实验检测加药后DLBCL细胞的周期阻滞水平和凋亡水平,Western blot检测其相关蛋白的表达水平。结果筛选出1422个与DLBCL相关的靶基因和247个与荷叶碱相关的靶基因,取交集后共得到50个潜在基因。基因本体论(gene ontology,GO)富集分析、京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析显示,潜在基因主要富集于细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡等信号通路。随后构建“药物-靶点-通路-疾病”的网络关系图。分子对接提示荷叶碱与核心靶点具有良好的结合活性,通过qRT-PCR进一步验证荷叶碱的表达调控作用。CCK-8实验表明,荷叶碱可以抑制DLBCL细胞的增殖,且抑制作用呈浓度依赖性和时间依赖性。流式细胞学实验发现,荷叶碱以浓度依赖性的方式诱导DLBCL细胞在G2/M期阻滞,细胞凋亡率增加,且具有浓度依赖性。Western blot结果表明,荷叶碱可降低DLBCL细胞中c-MYC、Cyclin B1和CDK1的表达水平,升高cleaved-PARP和cleaved-caspase-3的表达水平。结论荷叶碱可以通过调控细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期等生物学过程,进而抑制DLBCL的发生、发展,为进一步探究荷叶碱治疗DLBCL的分子机制和临床应用提供了科学依据。

关键词： 玉米须   桑叶   网络药理学   糖尿病   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术探究“玉米须-桑叶”药对干预糖尿病的重要靶标。方法截至2024年4月通过中药系统药理学数据库检索“玉米须-桑叶”药对活性成分及靶点;通过GeneCard数据库检索糖尿病靶点;构建韦恩图获得交集靶点。在Cytoscape 3.9.1软件中构建“玉米须-桑叶”药对-活性成分-靶点网络图;构建蛋白质互作网络筛选核心靶点,借助David数据库对交集靶点进行基因本体富集和京都基因与基因组百科全书通路分析,通过CB-Docks软件进行分子对接。结果得到“玉米须-桑叶”药对有效成分40个,靶点1457个,糖尿病相关靶点4062个,交集靶点620个,核心靶点5个。分子对接分析发现红厚壳(种)内酯与磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基α(PIK3CA)结合能力最强。结论“玉米须-桑叶”药对可能通过热休克蛋白90α家族A类成员1、酪氨酸蛋白激酶、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、PIK3CA、雌激素受体α等靶标调控表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药性、内分泌的阻力、磷酸化磷脂酰肌醇3-激酶等信号通路多因素共同调控干预糖尿病。

关键词： 小承气汤   厚朴三物汤   药理作用   临床应用效果  

摘要： 分析小承气汤和厚朴三物汤药理作用与临床应用效果。方法 选取2021年6月至2022年6月间,我院接纳的76例因中风引发便秘的病例作为研究样本,所有患者均处于急性阶段,病程介于3至7天之间,且在中风前并无便秘现象。通过随机数字表分配方法,将患者均衡地划分为实验组和对照组,实验组采取小承气汤治疗,对照组应用厚朴三物汤治疗,对比治疗效果。结果 经过治疗后发现,实验组的整体有效率高于对照组,实验组的胃肠功能评分优于对照组,P<0.05,差异具有统计学意义,实验组与对照组不良反应概率差不具备统计意义。结论 对于中风引发便秘的患者采取小承气汤治疗,能够有效提升应用效果,值得进行临床推广。

关键词： 华山参   指纹图谱   网络药理学   功效关联物质   质量控制   莨菪碱   山莨菪碱   东莨菪内酯  

摘要： 目的建立华山参的HPLC指纹图谱,并结合化学计量学和网络药理学方法对华山参的功效关联物质进行预测分析。方法采用HPLC法建立指纹图谱,匹配共有峰并进行指认。构建“成分-靶点-通路”网络,并根据连接度筛选活性成分。结合化学计量学方法对样品进行分类,预测华山参潜在的功效关联物质。结果共标定了14个共有峰,其中5个为经对照品比对确认。初步预测莨菪碱、山莨菪碱、东莨菪苷、东莨菪内酯可能通过调节磷脂酰肌醇-3-激酶p110α催化亚基(PIK3CA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B2(AKT2)等多个靶点以及人巨细胞病毒感染、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、松弛素信号通路等达到止咳平喘的作用。结论本研究发现华山参的4个成分与其功效属性密切相关,为深入研究华山参的作用机制提供参考。

关键词： 优韧集胶囊   骨质疏松   双侧卵巢去势模型   网络药理学   蛋白质组学  

摘要： 应用网络药理学与蛋白质组学技术,探讨优韧集胶囊(Yourenji Capsules,YRJ)改善骨质疏松可能的药效作用机制。将SD大鼠随机分为空白对照组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物,利用UPLC-Q-TOF-MS/MS比较空白血清、含药血清和YRJ样品,分析主要入血成分。基于YRJ入血成分进行网络药理学分析,获取入血成分相关靶点及骨质疏松疾病涉及靶基因,绘制韦恩图获取药物作用靶点与疾病靶点的交集。采用STRING数据库进行潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析,构建PPI网络。利用Enrichr进行GO功能富集和KEGG通路富集,探究YRJ的潜在作用机制。采用双侧卵巢去势法(OVX)构建大鼠骨质疏松模型,分为假手术组、模型组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物。取大鼠股骨进行非标记蛋白质组学技术(Label-free)检测各组间差异蛋白的表达,并进行差异蛋白的GO功能和KEGG通路富集分析。结合网络药理学和蛋白质组学结果预测YRJ改善骨质疏松的作用机制。入血成分结果显示,YRJ血清入血成分23个,入血成分网络药理学结果显示,涉及肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤抑制蛋白53(TP53)、蛋白激酶(AKT1)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等核心靶点,主要参与破骨细胞分化、雌激素信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路等;蛋白质组学涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号通路、β-丙氨酸代谢等重要通路。网络药理学和蛋白质组学共同揭示了YRJ改善骨质疏松的作用机制可能与调控炎症、成骨细胞和破骨细胞代谢通路密切相关,主要通路包括NF-κB信号通路、MAPK信号通路、PPAR信号通路等。

关键词： 野黄芩素   抗肿瘤   神经保护   抗炎   抗氧化   抗糖尿病   抗病毒   抑制酶活性  

摘要： 野黄芩素也称灯盏乙素苷元,展现出了多方面的药理活性,具有抗肿瘤、神经保护、抗炎、抗氧化、抗糖尿病、抗病毒作用和抑制酶活性。对野黄芩素的药理作用进行综述,为野黄芩素的进一步开发利用提供依据。