关键词:
绿原酸
鸡
肠道炎症
网络药理学
分子对接
摘要:
【目的】利用网络药理学和分子对接方法,预测绿原酸缓解鸡肠道炎症的作用机制,为绿原酸的应用提供参考。【方法】使用中药系统药理学数据库、DisGeNET数据库以及Gene Cards数据库,检索“Caffeoylquinic acid”“Intestinal inflammation”,获得绿原酸、肠道炎症相关靶点,并获取交集靶点集。使用Cytoscape 3.10中CytoNCA程序计算网络节点中心性,筛选关键绿原酸单体。利用STRING数据库构建针对鸡肠道炎症的靶点蛋白互作网络,利用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。此外,对以上靶点进行分子复合物检测分析(MCODE)得到核心基因簇,构建绿原酸-靶点-信号通路网络。使用Autodock vina将筛选的关键绿原酸单体与核心靶点进行分子对接,并将结果可视化。【结果】TCMSP数据库检索得到绿原酸靶点222个,DisGeNET和Gene Cards数据库质控后获得肠道炎症靶点1 453个,获得二者的交集靶点78个。鸡肠道炎症靶点PPI网络的节点数为53,边数为162。核心靶点分别为非受体酪氨酸激酶(non-receptor tyrosine kinase,SRC)、胱天蛋白酶3 (caspase-3,CASP3)、基质金属蛋白酶9(matrix metalloprotein-9,MMP9)、表皮生长因子受体(epithelial growth factor receptor,EGFR)、雌激素受体1 (estrogen receptor 1,ESR1)、基质金属蛋白酶2(matrix metalloprotein-2,MMP2)、丝氨酸/苏氨酸激酶(serine/threonine kinases,BRAF)、激酶插入域蛋白受体(kinase insert domain receptor,KDR)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3),分子对接结果显示关键绿原酸单体与上述核心靶点均可稳定结合。GO功能富集分析(P<0.05)共获得87种生物学过程(biological processes,BP)、20种细胞组分(cellular components,CC)和35种分子功能(molecular functions,MF),KEGG共富集到26条信号通路,MCODE分析得到两个主要基因簇。【结论】通过交叉验证和文献支持预测绿原酸可能通过MAPK、C-型凝集素和Focal adhesion等途径调节炎症反应,缓解鸡肠道炎症;此外,新绿原酸和异绿原酸A两种单体,可能在缓解鸡肠道炎症中发挥关键作用。研究利用网络药理学和分子对接方法挖掘了绿原酸缓解鸡肠道炎症的潜力,为富含绿原酸的植物以及绿原酸单体在鸡生产上的应用提供了理论参考。