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关键词： 膝骨关节炎   四妙散   入血成分   药效物质基础   作用机制   超高效液相色谱-四级杆-静电场轨道阱质谱联用技术   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:分析并鉴定四妙散的化学成分和入血成分,预测其治疗膝骨关节炎(KOA)的药效物质基础和作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四级杆-静电场轨道阱质谱联用(UHPLC-QE-MS)技术鉴定四妙散的化学成分及入血成分。根据入血成分进行网络药理学分析,并对核心成分和关键靶点进行分子对接验证。结果:从四妙散水煎剂中共鉴定出354个化学成分。通过比较四妙散水煎剂、空白血清及含药血清样本数据,鉴定出21个入血成分,主要包括黄酮类、萜类、苯丙素类、生物碱类等成分。网络药理学结果表明,四妙散入血成分可能通过调节AKT1、ALB、TNF、EGFR、JUN、SRC、MAPK3等关键靶点,调控PI3K/AKT、Ras、TNF等信号通路发挥治疗KOA效应。分子对接结果显示,四妙散核心入血成分与关键靶点之间具有较好的结合活性。结论:四妙散中黄酮类等入血成分可能通过作用于AKT1等关键靶点,调控PI3K/AKT等关键通路进而发挥治疗KOA效应。

关键词： 桃核承气汤   慢性前列腺炎   慢性盆腔疼痛综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学探讨桃核承气汤治疗血瘀型慢性前列腺炎(CP)/慢性盆腔疼痛综合征(CPPS)的潜在作用机制。方法筛选桃核承气汤的有效成分及CP/CPPS相关靶点基因,构建蛋白相互作用(PPI)网络,进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,对关键成分和靶点进行分子对接。结果桃核承气汤的潜在活性成分共有140个,CP/CPPS的差异基因1256个,共同靶点61个。桃核承气汤治疗CP/CPPS的关键蛋白包括蛋白激酶B(Akt1)、白介素(IL)-6、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子(EGF)、肿瘤坏死因子(TNF)等,主要有效成分为槲皮素、β-谷甾醇和山柰酚等。GO功能富集分析显示,桃核承气汤主要通过调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、细胞凋亡、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性、环磷酸腺苷、炎症反应和细胞因子活性等治疗CP/CPPS。KEGG通路富集分析显示,桃核承气汤可通过晚期糖基化终末产物-受体、MAPK、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-Akt、TNF、Janus激酶-信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)信号通路等对CP/CPPS起到治疗作用。分子对接结果表明主要活性成分与关键靶点结合性较好。结论桃核承气汤治疗CP/CPPS具有多靶点、多途径的特点。

关键词： 蓝盆花   总黄酮   非酒精性脂肪性肝炎   网络药理学  

摘要： 目的:利用网络药理学研究蓝盆花总黄酮活性成分的抗非酒精性脂肪性肝炎作用机制。方法:基于TCMSP数据库及文献报道获取蓝盆花总黄酮主要活性成分。依据反向药效团匹配方法采用Swiss Target Prediction服务器预测其活性成分靶标,并通过Genecards、OMIM、Disgenet等数据库筛选出改善非酒精性脂肪性肝炎的靶标。取药物靶点与疾病靶点共同作用的潜在靶点制作韦恩图,使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台构建蛋白互作网络,利用DAVID数据库与ClueGO插件进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:共筛选得到蓝盆花总黄酮的活性成分43个及靶点439个,网络中主要活性成分为芒柄花苷、莰菲醇-3-O-芸香糖苷、异鼠李素、槲皮素、木犀草素、淫香叶木素等,蛋白互作网络中关键靶点为TNF、AKT1、TP53、VEGFA、IL1B等。GO富集分析共涉及到生物过程503个,细胞组分54个,分子功能120个,KEGG通路富集分析筛选前20条相关通路,主要作用于VEGF信号通路、PPAR信号通路、雌激素信号通路等。结论:蓝盆花的黄酮成分可通过多靶标、多通路发挥治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用,该结果为深入研究蓝盆花在抗非酒精性脂肪性肝炎等领域的作用提供了科学依据。

关键词： 网络药理学   长春布宁   肝纤维化   肝星状细胞   信号通路  

摘要： 目的:利用网络药理学和体外细胞实验验证的方法探讨长春布宁治疗肝纤维化的潜在作用机制。方法:通过检索Super-PRED、Similarityensembleapproach(SEA)、BindingDB、ChEMBL、PharmMapper、SwissTargetPrediction以及BATMAN-TCM数据库得到长春布宁的相关作用靶点,并与检索DisGeNET、OMIM和MalaCards数据库得到的肝纤维化作用靶点取交集,获得长春布宁治疗肝纤维化潜在靶点。利用STRING数据库构建上述靶点间的蛋白质相互作用网络,使用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化;再利用Metascape平台对其进行功能和通路富集分析。在体外实验中,利用TGFβ1诱导人肝星状细胞LX-2活化,体外模拟肝纤维化的发生;再给予长春布宁处理,通过双荧光素酶报告基因实验,Western blot,realtime PCR等方法评价其抗肝纤维化活性。结果:通过筛选匹配后获得长春布宁治疗肝纤维化潜在靶点共计140个,其中核心靶点包括BCL2L1、CASP3、MAPK1、STAT3、EGFR、HIF1A、PTGS2、MMP9等;GO、KEGG通路以及Reactome通路分析显示长春布宁可能通过影响细胞迁移、凋亡、炎症反应、创伤反应等生物学过程调控肝纤维化,并且涉及PI3K-AKT、MAPK、HIF等细胞信号通路。体外实验中,长春布宁呈剂量依赖性地抑制LX-2细胞内COL1A1以及TGFB1的启动子活性;Western blot和real-time PCR检测结果表明长春布宁对LX-2细胞中纤维化标志物的表达水平具有显著抑制作用。结论:本研究初步验证长春布宁有望成为治疗肝纤维化的潜在化合物,并探讨其可能的作用机制,为后续研究提供实验基础。

关键词： 釜底抽薪散   急性上呼吸道感染   发热   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨釜底抽薪散治疗儿童急性上呼吸道感染发热的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索釜底抽薪散各组成药物的化学成分及靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards等数据库查找急性上呼吸道感染发热的疾病靶点;通过STRING数据库绘制蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用AutoDock软件进行活性成分与靶点的分子对接验证。结果:共检索到釜底抽薪散活性成分61个,成分相关靶点211个,急性上呼吸道感染发热相关靶点3874个,映射后获得潜在靶点131个。分析后最终获得釜底抽薪散治疗急性上呼吸道感染发热的主要活性成分(槲皮素、β-谷甾醇、异鼠李素、小檗碱、芦荟大黄素、黄藤素等)和27个核心靶点。GO功能富集分析得到GO条目287个,KEGG通路富集筛选得到62个信号通路,主要涉及炎症、病毒感染相关信号通路。分子对接显示槲皮素、β-谷甾醇等主要成分与关键靶点结合稳定。结论:釜底抽薪散通过多组分、多靶点及多通路协调作用治疗儿童急性上呼吸道感染发热,方中槲皮素、β-谷甾醇等成分可与AKT1、白细胞介素(IL)-6、IL-1β等多个靶点结合,通过肿瘤坏死因子(TNF)、IL-17、低氧诱导因子-1(HIF-1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路调控炎症反应、抗病毒等生物学过程发挥治疗作用。

关键词： 上下两济丹   失眠   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接预测并通过动物实验验证,揭示上下两济丹治疗失眠的潜在分子机制。方法:利用TCMSP数据库获取了上下两济丹的活性成分与对应潜在作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库获取失眠相关的疾病靶点;利用Venny 2.1.0平台对活性成分靶点与疾病靶点取交集,获取上下两济丹治疗失眠的共同靶点;将共同靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作(PPI)网络,结合Cytoscape 3.9.0分析后获取关键靶点;并进行GO和KEGG信号通路富集分析;通过分子对接验证核心活性成分与关键靶点的关系;最后建立PCPA诱导的失眠小鼠模型,并给予上下两济丹治疗;RT-qPCR法检测脑组织关键基因的表达。结果:筛选出上下两济丹40个活性成分,预测得到101个活性成分作用靶点,1640个失眠相关靶点;获得24个交集靶点;根据PPI网络的度值获取上下两济丹治疗失眠的5个核心靶点:IL-6、CASP3、VEGFA、PPARG和HIF1A;GO富集分析得到靶点富集于对药物的反应、对脂多糖的反应;KEGG信号通路富集分析得到关键的通路是糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质和动脉粥样硬化信号通路;分子对接的结果显示核心成分(Kaempferol、(R)-canadine、Stigmasterol、Beta-sitosterol和Quercetin)能够与关键靶点(IL-6、CASP3、VEGFA、PPARG和HIF1A)紧密结合;戊巴比妥诱导睡眠试验表明,上下两济丹明显缩短睡眠潜伏期,明显延长睡眠持续时间;RT-qPCR显示,上下两济丹治疗降低了IL-6、CASP3、VEGFA、PPARG和HIF1A的mRNA表达水平。结论:上下两济丹可能通过下调IL-6、CASP3、VEGFA、PPARG和HIF1A的表达治疗失眠。

关键词： 三叶青   肝细胞癌   网络药理学   分子对接   MAPK   AP-1  

摘要： 目的通过网络药理学方法研究三叶青治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制,并进行实验验证。方法检索中国知网、万方数据知识服务平台、维普中文期刊服务平台、PubMed、Web of Science,结合TCMSP数据库,筛选三叶青的活性成分及靶点。检索***、GeneCards、OMIM、DrugBank数据库,收集HCC相关靶点。利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络,STRING数据库进行蛋白相互作用(PPI)分析,Metascape数据库进行GO及KEGG通路富集分析,AutoDock对关键靶点及主要活性成分进行分子对接。通过MTT比色法和细胞形态观察检测人肝癌HepG2细胞增殖,细胞划痕实验和Transwell小室实验观察细胞迁移和侵袭,AnnexinⅤ/PI双染法和流式细胞术检测细胞凋亡,RT-PCR和Western blot检测相关蛋白表达。结果网络药理学分析得到三叶青活性成分16个、作用靶点228个,其中与HCC相关靶点157个,JUN、AKT1、MAPK1、TP53等靶点可能是三叶青治疗HCC的核心靶点,与HCC密切相关的富集通路为IL-17信号通路、TNF信号通路、P53信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示,三叶青主要活性成分与核心靶点之间具有良好的结合效果。细胞实验结果显示,三叶青各剂量组可显著抑制HepG2细胞增殖、迁移和侵袭,促进凋亡,下调AP-1、MAPK1表达,上调TP53表达。结论三叶青能抑制人肝癌细胞增殖、迁移和侵袭,促进其凋亡,其治疗HCC的作用机制可能与下调AP-1、MAPK1蛋白表达及上调TP53蛋白表达有关。

关键词： 宣肺清热方   COVID-19   网络药理学  

摘要： 目的 基于网络药理学探讨宣肺清热方治疗新型冠状病毒感染(COVID-19)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库获取宣肺清热方的活性成分及相关作用靶点;通过基因卡片(GeneCards)、在线《人类孟德尔遗传》(OMIM)、药物银行(DrugBank)数据库获取COVID-19的主要作用靶点;获得宣肺清热方与COVID-19共同靶点并制作韦恩图(Venn Diagram);利用基因/蛋白质互相作用检索分析工具(STRING)进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,构建PPI网络;通过Metascape平台进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.9.0软件构建“宣肺清热方-活性成分-共同靶点-COVID-19-信号通路”网络。结果 经筛选后获得宣肺清热方活性成分121个、靶点232个,COVID-19靶点2 255个及药物-疾病共同靶点68个,度值(Degree)最大的10个活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇、柚皮素、异鼠李素、汉黄芩素、黄芩素和光甘草定,GO及KEGG富集分析结果主要涉及炎症-免疫调节、胞内信号转导、基因调控等多种生物学途径以及癌症通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路、钙信号通路、p53信号通路、过氧化物酶增殖物激活受体(PPAR)信号通路等。共同靶点根据度值排名,前10位是雄激素受体(AR)、一氧化氮合酶2(NOS2)、电压门控钠通道5α(SCN5A)、RELA、蛋白激酶B(AKT)1、B淋巴细胞瘤2(BCL2)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原激活蛋白激酶1(MAPK1)、核因子κB抑制剂α(NFKBIA)、白细胞介素-6(IL-6)。结论 宣肺清热方中主要化学成分可能作用于多靶点多通路介导炎症-免疫调节等生物学过程,发挥治疗COVID-19的作用。

关键词： 再生障碍性贫血   网络药理学   健脾补肾   中药   作用机制  

摘要： 目的:对治疗再生障碍性贫血(简称再障)的中药进行网络文献挖掘,借助网络药理学分析健脾药和补肾药治疗再障的作用机制差异。方法:通过中国知网、万方数据库和维普数据库,根据纳入排除标准收集2000年1月1日―2023年12月31日关于中药治疗再障的文章,计算并获取健脾药和补肾药的使用频次。借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取中药的活性成分和作用靶点,在化源网核对已获取中药成分的名称,通过Gene Cards、OMIM、TTD数据库获取疾病靶点并与中药成分靶点取交集,在STRING数据库进行蛋白质相互作用,通过DAVID、微生信数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:通过文献数据挖掘得到治疗再障使用频次较高的健脾药和补肾药。健脾药使用频次最高的有黄芪、白术、山药,补肾药有菟丝子、熟地黄、女贞子。经过筛选和去重后,健脾药得到25个活性成分和176个作用靶点,交集靶点71个;补肾药有16个活性成分和188个作用靶点,交集靶点72个。健脾药和补肾药活性成分的GO和KEGG富集分析结果基本无差异。通过对再障的临床诊疗经验发现,治疗上多为健脾药和补肾药共用,效果也基本无差异。结论:通过网络药理学发现健脾药和补肾药治疗再障的作用机制基本无差异,临床所用中药多具有健脾和补肾的作用。

关键词： 网络药理学   四逆散   胃癌前病变   富集分析  

摘要： 目的:通过网络药理学深入了解《伤寒论》经方四逆散治疗胃癌前病变(PLGC)的物质基础及其可能机制。方法:使用中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库搜寻和筛选四逆散中药物的有效活性成分及其对应的靶点,并结合GeneCard和OMIM数据库,探索与PLGC相关的靶点。运用EXCEL软件取两者共有靶点,再运用Cytoscape软件绘制“四逆散活性成分-交集靶点-胃癌前病变”网络图;使用String平台获取蛋白质相互作用的网络图,并同时运用Cytoscape软件筛选出核心靶点并具现化为“四逆散治疗PLGC的关键靶点”网络图;利用David平台对所获靶点进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:预测出四逆散中治疗PLGC的活性成分有118种,其对应808个靶点,疾病靶点有2362个,四逆散与PLGC交集靶点共有298个。从PPI核心网络利用BC、CC、DC的中位值筛选出了53个关键靶点,进一步进行GO功能富集、KEGG通路富集分析。GO功能富集获得1062个生物过程,主要和细胞生长增殖、凋亡转化、以及基因转录调控生物过程密切相关。KEGG富集通路298条,筛选出前20条显示其在癌症通路、表皮生长因子信号通路、CKAP4信号通路、胃泌素信号通路等有明显富集。结论:四逆散治疗PLGC可能是通过毛蕊异黄酮、柚皮素、华良姜素等黄酮类化合物调节癌症通路、表皮生长因子信号通路、CKAP4信号通路、胃泌素信号通路等,发挥改善胃部微环境、减轻黏膜炎症损伤、抑制细胞的恶性生长等作用以治疗PLCG。为临床运用经方治疗PLGC提供一定的参考依据。