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关键词： 炎症性肠病   地榆   网络药理学   活性成分   靶基因   信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学分析地榆治疗炎症性肠病(IBD)的活性成分及靶基因。方法:通过TCMSP、ETCM数据库筛选地榆的活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction、STITCH和PubChem等数据库预测地榆靶基因,通过DisGeNET、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)及GeneCards数据库筛选IBD相关靶基因。利用STRING数据库和Cytoscape3.6.0软件进行网络分析。应用DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)和信号通路富集分析。结果:筛选得到地榆活性成分14个,包括槲皮素、山奈酚、白桦酸、β-谷甾醇、鞣花酸、没食子酸和胡萝卜苷等,靶基因273个;IBD相关靶基因213个;地榆治疗IBD关键靶基因62个,包括IL6、STAT3、VEGFA、TNF、AKT1、JUN、MAPK1、MMP9、CXCL8、INS和TP53等,这些靶标主要存在于细胞质、细胞核、细胞外间隙、胞外区、质膜等区域,可结合蛋白、酶、转录因子活性、细胞因子活性、生长因子活性等,参与转录调控、信号转导、炎症反应、凋亡及免疫应答等生物学过程;与癌通路、PI3K-AKT和MAPK等信号通路相关。结论:地榆的活性成分包括槲皮素、山奈酚等,可以通过癌通路、PI3K-AKT和MAPK等信号转导,调控细胞凋亡,抑制细胞炎症。

关键词： 慢性心力衰竭   桂枝茯苓丸   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术探究桂枝茯苓丸治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选桂枝茯苓丸的活性成分及靶点;使用GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD及DrugBank数据库获取慢性心力衰竭相关靶点;采用Cytoscape3.8.0软件绘制“药物–疾病–成分–靶点”网络;通过STRING数据库构建蛋白互作网络关系,并使用Cytoscape及R软件筛选核心靶点;利用R软件进行GO和KEGG富集分析;运用AutoDock Vina软件进行分子对接。结果:桂枝茯苓丸治疗慢性心力衰竭的核心化学成分为槲皮素、山柰酚、黄芩素等;核心靶点为AKT1、TP53、MYC、MAPK1等;主要通路为脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化、AGE-RAGE、IL-17、TNF、HIF-1、NF-κB信号通路等;分子对接显示核心活性成分与核心靶点之间结合稳定。结论:桂枝茯苓丸通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。Objective: To explore the mechanism of action of Guizhi Fuling Pill in the treatment of chronic heart failure by using network pharmacology and molecular docking technology. Methods: The active ingredients and targets of Guizhi Fuling Pill were screened through the TCMSP database. GeneCards, OMIM, PharmGKB, TTD and DrugBank databases were used to obtain targets related to chronic heart failure. Cytoscape 3.8.0 software was used to draw the “drug-disease-component-target” network. The protein-protein interaction network was constructed through the STRING database, and the core targets were screened by Cytoscape and R software. R software was used for GO and KEGG enrichment analysis;molecular docking was performed using AutoDock Vina software. Results: The core chemical components of Guizhi Fuling Pill in the treatment of chronic heart failure were quercetin, kaempferol, baicalein, etc. The core targets are AKT1, TP53, MYC, MAPK1, etc.;the main pathways are lipid and atherosclerosis, fluid shear stress and atherosclerosis, AGE-RAGE, IL-17, TNF, HIF-1, NF-κB signaling pathway, etc. Molecular docking shows stable binding between the core active ingredient and the core target. Conclusion: Guizhi Fuling Pill is used to treat chronic heart failure through multi-component, multi-target and multi-pathway.

关键词： 中医中药   网络药理学   续断   骨质疏松性骨折   作用机制  

摘要： 目的利用网络药理学研究续断治疗骨质疏松性骨折的分子作用机制。方法通过中药系统药理学平台(TCMSP)数据库筛选续断主要活性成分及作用靶点,应用GeneCards数据库预测骨质疏松性骨折的相关靶点,制作维恩图获取续断与骨质疏松性骨折的共同靶点,运用Cytoscape软件绘制中药-成分-疾病-靶点调控网络,利用STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用网络的构建与分析。最后通过Bioconductor平台和R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路分析。结果续断对骨质疏松性骨折有治疗作用的活性成分共5个(β-谷甾醇、龙胆素和林生续断苷等),发挥治疗作用的关键靶点有28个[胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等],发挥重要作用的生物学通路主要有雌激素信号通路、白介素-17信号通路、促肾上腺皮质激素释放激素信号通路和对有机环化物的细胞反应信号通路等。结论通过网络药理学揭示了续断通过多成分、多靶点、多通路治疗骨质疏松性骨折的作用特点,为后续研究开展实验工作提供了依据。

关键词： 湿润烧伤膏   放射性皮炎   网络药理学   分子对接   作用机制   槲皮素   黄芩素   棕榈酸甲酯   尿黑酸   汉黄芩素  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术探究湿润烧伤膏治疗放射性皮炎的作用机制。方法从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和HERB数据库中检索湿润烧伤膏的所有成分。使用UniProt和GeneCards、OMIM、TTD数据库检索靶点对应的基因。使用Cytoscape 3.10.0构建网络图。使用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络。使用基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析湿润烧伤膏的核心靶点。将湿润烧伤膏的主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果活性成分-靶点网络主要包含98个成分和412靶点。关键靶点包括肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤蛋白53(TP53)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)。生物过程(BP)主要包括程序性细胞死亡的正向调控、对外来化学物质的反应、炎症反应的调节、对伤口的反应等;细胞组分(CC)主要包括膜筏、质膜的外侧、囊泡腔室、蛋白酶抑制复合体等;分子功能(MF)主要包括转录因子结合、激酶结合、蛋白质特定区域结合、蛋白质激酶活性、泛素样蛋白连接酶结合、整合素结合、细胞因子受体结合。KEGG通路主要包括癌症中的信号通路、脂质代谢与动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、核因子-κB(NF-κB)、FoxO转录因子、Janus激酶-信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)等信号通路。Degree值前5位的活性成分包括槲皮素、黄芩素、棕榈酸甲酯、尿黑酸和汉黄芩素,分子对接结果显示湿润烧伤膏的活性成分与放射性皮炎核心靶点的结合活性较好。结论湿润烧伤膏可能通过IL-6、IL-1β、TNF、TP53、CASP3等靶点,调控JAK/STAT、NF-κB、PI3K/Akt等信号通路发挥治疗放射性皮炎的作用。

关键词： 蛇床子素   结直肠癌   网络药理学   细胞凋亡   PI3K/Akt信号通路   裸鼠成瘤  

摘要： 通过体内外实验,结合网络药理学及分子对接技术,探究蛇床子素治疗结直肠癌(CRC)的作用机制。检索Swiss-TargetPrediction、SuperPred药物数据库及GeneCards、OMIM疾病数据库,分别获取蛇床子素(osthole)和CRC的相关靶点;利用STRING数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选出核心靶点。对共同靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDock Vina软件,选取核心靶点与蛇床子素进行分子对接验证。分别设置不同浓度蛇床子素组处理HCT116细胞,采用cell counting kit-8(CCK-8)法及细胞克隆形成法检测细胞增殖能力,Transwell实验检测细胞迁移能力,Western blot、RT-qPCR检测半胱天冬蛋白酶3(CASP3)、缺氧诱导因子1A(HIF1A)、核因子κB亚基1(NFKB1)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)、磷酸化GSK3B(p-GSK3B)、蛋白激酶B(Akt)、磷酸化Akt(p-Akt)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、磷酸化mTOR(p-mTOR)的表达情况。构建HCT116细胞裸鼠皮下瘤模型,将裸鼠随机分为模型组,蛇床子素低(20 mg·kg^(-1))、中(40 mg·kg^(-1))、高(60 mg·kg^(-1))剂量组,给药18 d后观察裸鼠瘤体的生长情况,取材后测量瘤体大小和质量,并用苏木素-伊红(HE)染色观察各组肿瘤的组织形态学改变。网络药理学分析表明,蛇床子素治疗CRC主要涉及106个治疗靶点和113条治疗通路,其中关键通路为PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,蛇床子素与核心靶点具有较强的关联性。体外研究表明,蛇床子素能显著抑制HCT116细胞的增殖和迁移能力;Western blot和RT-qPCR实验表明,与模型组相比,蛇床子素给药组的NFKB1、HIF1A、p-Akt、p-mTOR、GSK3B表达均显著降低,CASP3、p-GSK3B(Ser9)表达均显著上升。体内研究表明,与模型组相比,蛇床子素能够明显减少肿瘤的质量与体积,抑制肿瘤的生长,促进肿瘤的凋亡,且结果呈剂量依赖性趋势。研究表明,蛇床子素能抑制结直肠癌HCT116细胞的增殖和迁移,其机制可能与调控PI3K/Akt信号通路及核心靶点的表达有关。

关键词： 过氧麦角甾醇   非小细胞肺癌   A549细胞   网络药理学   细胞凋亡   活性氧   线粒体膜电位  

摘要： 目的基于网络药理学结合体外实验,探究过氧麦角甾醇(EP)对人非小细胞肺癌A549细胞凋亡的作用,并分析其可能机制。方法采用网络药理学对EP治疗人非小细胞肺癌的关键靶点进行筛选,并通过Metascape数据库对其关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析;用0(空白对照)、2.5、5、10、20、40、80μmol·L^(-1)的EP作用于A549细胞24、48和72 h,采用MTT法检测各组细胞的增殖活性。以0(空白对照)、10、20、40μmol·L^(-1)的EP作用于A549细胞48 h后,AO/EB染色法和Annexin V-FITC/PI双染法检测各组细胞的凋亡率;JC-1染色法观察A549细胞的线粒体膜电位变化;DCFH-DA染色法观察细胞的活性氧水平。Western blot法检测各组细胞PI3K/AKT/mTOR信号通路相关蛋白表达变化。结果经网络药理学预测,得出EP治疗人非小细胞肺癌存在170个共有靶点,GO富集分析结果显示EP治疗人非小细胞肺癌主要涉及的生物过程有蛋白质的磷酸化、磷酸化的正向调节、磷酸转移酶活性、蛋白丝氨酸激酶活性等,KEGG富集分析结果显示EP治疗人非小细胞肺癌的前列腺癌信号通路、人乳头状瘤病毒感染信号通路、PI3K-AKT信号通路等;MTT结果显示EP显著抑制A549细胞增殖,呈现时间和剂量相关性;与空白对照组相比,经EP作用后A549细胞的总凋亡率、活性氧水平显著升高,线粒体的膜电位显著下降;此外,p-PI3K、p-AKT、p-mTOR蛋白表达水平显著降低(P<0.05)。结论EP可抑制人非小细胞肺癌A549细胞增殖,并诱导其凋亡,其作用机制可能与PI3K/AKT/mTOR通路介导线粒体凋亡途径有关。

关键词： 丁香酚   药理作用   作用机制   药理学   综述  

摘要： 丁香酚又名4-烯丙基-2-甲氧基苯酚,是一种来源于丁香、丁香罗勒油、肉桂、郁金香、胡椒等草药的弱酸性苯基萜类化合物。其药理作用极其广泛,近年来研究表明丁香酚能破坏菌体细胞壁膜,诱导产生过量活性氧来抑制细菌生长。丁香酚可下调炎性因子表达,其机制可能与核转录因子-κB(Nuclear Transcription Factor-Kappa B,NF-κB)信号通路中NF-κB抑制蛋白α降解受抑制和血小板花生四烯酸(Arachidonic Acid,AA)代谢通路关键酶表达降低相关。丁香酚可影响视前区-下丘脑前部温度敏感神经元、抑制一氧化氮(Nitric Oxide,NO)-环磷酸鸟苷(cyclic Guanosine Monophosphate,cGMP)信号通路及前列腺素E_(2)(Prostaglandin E_(2),PGE_(2))合成,达到解热镇痛作用。丁香酚可动态调控机体糖脂代谢平衡,激活腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated Protein Kinase,AMPK)途径,从而纠正细胞能量紊乱。丁香酚具有较强的清除氧自由基能力和铁还原能力,可抑制油脂、DNA氧化损伤,对心肌、黏膜和神经均具有保护作用,可诱导癌相关成纤维细胞凋亡,抑制癌细胞侵袭及癌组织血管生成。丁香酚被广泛用于治疗糖尿病、病毒病、真菌病、非酒精性脂肪性肝病、阿尔茨海默病等多种疾病。作为一种天然植物提取物,其作用广泛且不良反应较小,具有广阔的开发和应用前景。目前,关于丁香酚的研究主要集中在食品保鲜、植物保护、美容、口腔医学、畜牧业等领域且仍处于初级阶段,丁香酚已知药理作用的相关机制亦未完全阐明。本研究综述丁香酚在抗炎、调控能量代谢、抗氧化、心肌保护、黏膜保护、神经保护和抗肿瘤方面的优势及其作用机制的研究进展,以期为丁香酚的进一步开发和临床应用提供参考。

关键词： 蒙药栀子三味散   糖尿病   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学方法预测蒙药栀子三味散治疗糖尿病的有效成分及作用机制。方法:通过TCMSP并结合文献查找蒙药栀子三味散药物的化学成分,通过PubChem、Swiss Target Prediction数据库搜索并收集蒙药栀子三味散潜在靶点;通过GeneCards、TTD和OMIM数据库整合去重得到最终的糖尿病疾病靶点;利用DAVID 6.8对潜在靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape 3.6.0软件构建“活性成分-靶点-通路”网络;利用Discovery Studio软件对核心靶点及其相对应成分进行分子对接。结果:从蒙药栀子三味散中筛选出31个活性成分,得到蒙药栀子三味散与糖尿病共同靶点203个,涉及P13K-Akt、钙信号通路、cAMP信号通路、胰岛素信号通路等7条信号通路。分子对接结果表明主要活性成分与核心靶点蛋白有良好的结合活性。结论:蒙药栀子三味可通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗糖尿病的作用。

关键词： 支气管哮喘   加味三拗汤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学方法和分子对接技术探究加味三拗汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取加味三拗汤中五味中药的有效成分和作用靶点,并利用UniProt数据库对作用靶点进行注释和整合;运用GeneCards和OMIM收集哮喘的相关靶点;使用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点调控网络;STRING数据库确定蛋白相互作用关系,并运用Cytoscape软件进行分析;采用生物信息学开源软件Bioconductor在R软件中运行,用于执行生物学过程的GO、KEGG功能富集分析,并通过微生信平台实现可视化;最后通过Autodock软件进行分子对接。结果在加味三拗汤中,共筛选出152种成分、250个靶点,2806个疾病靶点,174个药物-疾病交集靶点。核心靶点则涉及TP53、AKT1、STAT3、JUN、TNF等;KEGG通路包含了PI3K-AKT、IL-17、Th17细胞分化等信号通路。分子对接结果显示,药物有效成分与疾病核心靶点之间存在较强的结合能力。结论加味三拗汤可通过其多成分、多靶点、多通路的作用机制,在哮喘的治疗中发挥良好的效果,为后续的理论研究奠定重要的基础。

关键词： 补阳还五汤   特发性膜性肾病   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:探讨补阳还五汤治疗特发性膜性肾病(Idiopathic Membranous Nephropathy,IMN)的活性成分、作用靶点及潜在机制。方法:利用相关数据库查找并筛选补阳还五汤与IMN的相关靶点,运用Cytoscape软件构建“活性成分-共同靶点-疾病”网络图,并筛选核心成分及核心靶点。利用Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用微生信平台进行可视化处理。最后通过Auto Dock软件对核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果:得到补阳还五汤活性成分69个、成分靶点767个、疾病靶点1 703个、成分与疾病交集靶点260个。富集分析涉及2 737个生物过程、169个细胞组分、266个分子功能以及215条相关信号通路。筛选出核心靶点5个,分别为表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、信号转导和转录激活因子(Signal Transducer and Activator of Transcription,STAT)3、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)3、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1);核心成分3个,为黄芩素、山柰酚、槲皮素。分子对接结果显示核心成分与核心靶点的对接结合能绝大部分都小于–5.0 kcal/mol,表明整体对接结果良好,核心成分与核心靶点之间具有较好的亲和力。结论:补阳还五汤可通过多成分、多靶点、多途径治疗IMN,而其机制可能与通过抑制磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、MAPK信号通路发挥抗氧化应激、抑制细胞凋亡、增强自噬等作用有关。