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关键词： 脓毒症脑病   葛根   过氧化物酶体增殖物激活受体γ   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术,探究传统中药葛根有效成分对脓毒症脑病调控的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、传统中医百科全书(ETCM)和传统中药综合数据库(TCMID)获取中药葛根的有效成分及其潜在靶点。通过人类基因数据库(GeneCards)、在线孟德尔数据库(OMIM)和DisGeNET数据库获取脓毒症脑病的潜在致病靶点。使用STRING数据库建立葛根-脓毒症脑病潜在靶基因的相互作用网络图,并将其导入Cytoscape软件中,筛选出关键靶点基因。利用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析进一步探讨葛根调控脓毒症脑病的机制和治疗效果。利用分子对接技术分析葛根与脓毒症脑病关键靶基因对接的最佳有效成分。结果:从中药葛根中筛选出5个活性成分和106个靶基因,其中62个靶基因与脓毒症脑病靶基因交叉,是潜在的治疗靶点。葛根有效成分刺芒柄花素、β-谷甾醇、葛根素、3′-甲氧基大豆苷元和大豆黄酮-4,7-醇二葡萄糖苷分别与脓毒症脑病靶基因过氧化物酶体增殖物激活受体γ、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、胱天蛋白酶3、基质金属蛋白酶-9和原癌基因(FOS)等表现出更好的相关性。葛根有效成分治疗脓毒症脑病有效成分的信号通路包括脂质代谢途径、B型肝炎途径、糖尿病并发症信号途径、松弛素信号途径和细胞凋亡途径等。分子对接结果表明,葛根素可能为治疗脓毒症脑病的有效成分。结论:葛根有效成分可通过调节过氧化物酶体增殖物激活受体γ等核心靶点调控脂质代谢等途径,发挥治疗脓毒症脑病的作用。

关键词： 乳块消颗粒   乳腺癌   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的 基于网络药理学和分子对接方法,探讨乳块消颗粒治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用HPLC-Q-TOF-MS法、中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)及学术资源平台(知网),筛选出乳块消颗粒的活性成分及作用靶点。同时,利用GeneCard、TCMID、TCMSP及DisGeNET数据库,检索并筛选获得与乳腺癌相关的基因。利用String数据库建立靶点蛋白互作网络,并进行可视化展示。借助David数据库,进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析。此外,采用Auto Dock Vina软件进行分子对接研究,以得出核心靶点与对应活性成分之间的相互作用。结果 最终建立了含74个核心靶点的“药物-成分-靶点-疾病”网络。GO功能分析揭示了这些靶点作要与生物过程和分子功能有关,而KEGG通路富集分析则提示它们与癌症通路、免疫系统、肿瘤细胞增殖与凋亡有关。分子对接结果表明,乳块消颗粒中的多种活性成分与EGFR、HSP90AA1及MAPK1具有良好的结合能力。结论 乳块消颗粒治疗乳腺癌的机制可能涉及对免疫系统及肿瘤细胞增殖与凋亡的调节。

关键词： 黄柏   尿酸性肾病   靶点   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学方法研究黄柏治疗尿酸性肾病(uric acid nephropathy, UAN)的分子机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction获得黄柏的活性成分及对应靶点,利用GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取UAN的相关靶点。使用Venn2.1.0平台得到相应药物靶点与疾病靶点的交集并将其导入String数据库以构建蛋白相互作用网络,然后将PPI网络导入Cytoscape3.9.1软件构建“药物–有效成分–靶点”,筛选可能发挥治疗作用的核心靶点,将交集靶点导入Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析获知其潜在的作用机制,并在微生信进行可视化处理。结果:药物共筛选到20个有效成分并得到554个靶点。得到UAN的靶点共1540个,其中交集靶点172个。PPI网络筛选出核心靶点33个。经GO分析和KEGG分析,表明黄柏可能主要通过调控多条信号通路抑制尿酸的合成、降低肾脏中炎症因子表达的作用来对UAN起到治疗作用。结论:本研究运用网络药理学的分析方法预测黄柏治疗UAN可能的活性成分、关键靶点及作用通路,体现中药治疗疾病具有“多成分、多靶点、多途径”的特点,为其药效物质基础和作用机制研究提供理论基础,印证临床上运用黄柏治疗UAN的可行性。Objective: To investigate the molecular mechanism of Phellodendron in the treatment of uric acid nephropathy (UAN) by network pharmacology methods. Methods: The active components and corresponding targets of Phellodendron were obtained from the Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP) and Swiss Target Prediction. The targets of UAN were obtained from the GeneCards database and the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) database. The intersection of drug targets and disease targets was obtained using the Venn2.0.1 platform and imported into the String database to construct a protein-protein interaction network, which was then imported into Cytoscape3.9.1 software to construct a “drug-active component-target” network. The core targets were screened, and the intersection targets were imported into Metascape database for gene ontology (GO) enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to reveal their potential mechanisms of action, which were then visualized in MicroHIS. Results: A total of 20 effective components were identified, and 554 targets were obtained. A total of 1540 targets of UAN were obtained, including 172 intersection targets. 33 core targets were selected from the PPI network. GO analysis and KEGG analysis showed that Phellodendron may mainly regulate mul

关键词： 中国药理学会   药效动力学   药物治疗学   新药研究   药物基因组学   定量药理学   征订启事   幅面尺寸  

摘要： 本刊为中国科学技术协会主管,中国药理学会主办的全国性、学术性刊物。月刊,幅面尺寸:280 mm×205 mm,120页,CN34-1206/R,ISSN1009-2501。以从事新药研究、临床药理学与治疗学工作的高中级医疗、科研、教学人员为主要读者对象。设有专论、综述与讲座、基础研究、定量药理学(包括药代动力学、药效动力学及药物临床评价等)、临床药理学(包括药物基因组学及药物蛋白组学等)、药物治疗学、读者·作者·编者等栏目。

关键词： 类风湿关节炎心脏并发症   心肌肥厚   脏痹方   TNF-Tg小鼠  

摘要： 目的通过动物实验观察脏痹方(ZBF)在类风湿关节炎(RA)心脏并发症中的疗效。采用超高效液相色谱串联飞行时间质谱(UHPLC-TOF-MS)和网络药理学分析ZBF治疗心肌肥厚的活性成分、靶点、通路,运用分子对接验证成分与通路相关蛋白的结合能力。方法采用TNF转基因(TNF-Tg)小鼠作为RA及其心肌肥厚并发症模型,ZBF连续灌胃8周后通过超声心动图观察小鼠左心室肥厚情况,WGA染色、HE染色、Masson染色用于观察分析心脏组织的病理变化。采用UHPLC-TOF-MS技术鉴定ZBF的化学成分。利用公共数据库筛选活性成分及成分靶点、疾病靶点,构建互作网络,并进行生物富集分析以及活性成分与蛋白的对接能力分析。结果动物实验中,ZBF降低了TNF-Tg小鼠的心重指数、心重胫骨长比(P<0.05,P<0.01),减轻了心肌肥厚(P<0.001)和心肌细胞的肥大(P<0.01),缓解了心脏的炎症浸润和纤维化(P<0.0001)。通过UHPLC-TOF-MS共从ZBF中鉴定出24个化合物。通过网络药理学分析共筛选出105种ZBF的活性成分,构建了ZBF治疗心肌肥厚187个潜在靶点,富集通路中具有意义的有PI3K-AKT信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路。结论ZBF减轻了TNF-Tg小鼠的心肌肥厚和心肌细胞的肥大,缓解了心脏的炎症浸润和纤维化,ZBF或可成为临床中治疗RA及其心脏并发症的潜在药物。

关键词： 子宫异常出血   血平片   作用机制   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的:利用网络药理学及分子对接技术探究血平片治疗子宫异常出血的潜在作用机制。方法:通过TCSMP、PubChem和SwissTargetPrediction数据库筛选血平片的化学成分和相关靶点,利用OMIM和GeneCards数据库寻找疾病靶点、交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用微生信平台进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用分子对接技术验证核心化学成分和核心靶点的作用。结果:获得35种主要活性成分,470个药物靶点,1837个疾病靶点,182个交集靶点。核心靶点有蛋白激酶B(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、转录激活因子(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、B淋巴细胞瘤-2基因(BCL2)、胱天蛋白酶(3CASP3)。GO功能主要涉及对氧化应激的反应、肽基酪氨酸磷酸化、膜筏、膜区、蛋白酪氨酸激酶活性、核受体活性等。KEGG通路主要涉及表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的抗药性、前列腺癌、催乳素信号通路等。分子对接结果显示大黄酚与AKT1、TNF、STAT3、EGFR、BCL2、CASP3靶点的结合性好。结论:本研究为血平片治疗子宫异常出血的药物活性成分研究及其作用机制提供了科学依据,并为进一步的药物研发与临床应用提供了参考。

关键词： 糖尿病视网膜病变   专利复方   数据挖掘   网络药理学  

摘要： 目的:基于数据挖掘分析国家专利复方治疗糖尿病视网膜病变(DR)的用药规律并筛选出核心处方,通过网络药理学分析核心处方干预疾病的潜在物质基础,为阐释中药治疗DR的作用机制提供参考依据。方法:检索中国专利公布公告网站发布的治疗DR的中药复方,利用Excel软件对中药出现频次、性味归经、功效类别进行频数统计,通过SPSS Modeler软件进行关联规则分析、古今医案云平台进行聚类分析及复杂网络分析,筛选出核心处方。在数据库中筛选出核心处方的活性成分及其对应靶点,与疾病数据库中获取的DR相关靶点取交集,将共有靶点导入STRING数据库获取蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件构建PPI网络和中药-化合物-靶点网络。借助Metascape网站对关键靶点进行富集分析。结果:纳入复方90首、中药208味,清热、补虚、活血化瘀药占比较高,中药四气以微寒、平、寒为主,五味多属甘、苦、辛,多归于肝、肾二经,黄芪、枸杞子、生地黄、三七、当归出现频次最高。关联分析中获取的高频药对有“黄芪→葛根”“枸杞子→菟丝子”等,角药有“生地黄→三七-当归”“三七→蕤仁-灵芝”等。高频药物的聚类分析将中药分为6类,复杂网络分析挖掘出治疗DR的核心处方为黄芪、生地黄、当归、丹参、三七、枸杞子、女贞子。网络药理学方法分析出核心处方干预DR的重要活性成分主要是黄酮类化合物,核心靶点包括TP53、JUN、AKT1、STAT3、TNF、IL6等,涉及AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用及IL-17信号通路、MAPK信号通路、JAK-STAT信号通路等途径的调控。结论:国家专利复方治疗DR从“虚、热、瘀”入手,现代生物学机制可能与影响细胞凋亡、减轻炎症反应等相关,为后续临床用药配伍、基础实验、新药开发提供参考。

关键词： 阿尔茨海默病   黄芪总黄酮   网络药理学   分子对接   秀丽隐杆线虫  

摘要： 目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪总黄酮(TFA)治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制,并利用转基因秀丽隐杆线虫模型进行初步药效验证。方法:利用TCMSP和SwissTargetPrediction数据库获得TFA的有效成分和潜在靶点,通过OMIM和GeneCards数据库获得AD的潜在靶点;采用Venny 2.1.0软件对TFA与AD进行相互影响的综合评估,同时以STRING 12.0数据库建立蛋白质互作网络;采用DAVID 6.8数据库进行GO和KEGG的重要目标的聚类分析;利用Cytoscape 3.7.1创建TFA治疗AD的“组成部分-目标-路径”网络结构;并使用AutoDock Tools工具进行分子链接。利用CL4176线虫模型,探究TFA对线虫寿命、运动能力、抑制瘫痪、抗热应激、抗氧化应激能力、抑制β-淀粉样蛋白聚集的作用。结果:TFA对抗AD的有效成分共9个,交集靶点共106个;GO功能富集分析得到732个条目;KEGG通路富集得到156条信号通路;“成分-靶点-通路”网络关系图及分子对接结果显示,AKT1、TNF、IL-6等靶点可能为TFA治疗AD的关键靶点;线虫实验结果显示,TFA具有提高线虫寿命、运动能力、抗热应激、抗氧化应激能力,并抑制瘫痪与β-淀粉样蛋白聚集的作用。结论:TFA中华良姜素、异鼠李素等活性成分通过AKT1、TNF、IL-6等核心靶点与PI3K-Akt、MAPK、AGE-RAGE、IL-17等信号通路参与治疗AD,为其后续理论与临床研究提供参考。

关键词： 心得体会   科研过程   同济大学   脱氢胆固醇   药理学  

摘要： 2024年1月31日,同济大学王平团队在Nature在线发表了题为《7-Dehydrocholesterol dictates ferroptosis sensitivity》的研究论文。该研究利用全基因组CRISPR-Cas9筛选,发现参与远端胆固醇生物合成的酶通过决定7-脱氢胆固醇(7-DHC)的水平在调节铁死亡中具有关键但相反的作用,表明药理学操纵7-DHC水平是一种很有前景的治疗癌症和缺血再灌注的策略。本期,我们邀请到该文第一作者李亚旭博士为我们分享他在科研过程中的经验和心得体会。

关键词： 瓜蒌   牛蒡子   乳腺癌   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学及分子对接技术研究瓜蒌-牛蒡子药对治疗乳腺癌的作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选瓜蒌-牛蒡子药对的有效成分及药物作用靶点,通过GeneCard、PharmGkb、药物靶点数据库(TTD)、DrugBank数据库筛选乳腺癌的疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集后,应用STRING在线数据库和Cytoscape软件对交集靶点绘制蛋白质相互作用(PPI)网络获取核心靶点,并应用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点”网络获得药物的关键有效成分。应用R软件进行基因本体论(GO)及基因组百科全书(KEGG)富集分析,得到交集靶点的作用通路。最后应用AutoDock Tools、PyMOL软件,将筛选出的核心靶点及关键有效成分进行分子对接验证。结果通过筛选得到瓜蒌-牛蒡子药对治疗乳腺癌潜在核心靶点7个。通过GO富集分析共得到1801条结果,KEGG富集分析表明交集靶点共参与肿瘤坏死因子(TNF)、化学致癌-受体活化等146条通路。分子对接结果显示,瓜蒌-牛蒡子药对关键有效成分与核心作用靶点AKT1、Bcl-2、ESR1等可稳定结合。结论瓜蒌-牛蒡子药对可通过多种成分,作用于多个靶点,通过调控多条通路发挥治疗乳腺癌的作用。