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关键词： 温胆汤   肥胖   痰湿证   网络药理学   分子对接   MAPK/ERK和p38 MAPK通路   机制  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接技术探讨温胆汤治疗肥胖痰湿证的物质基础和作用机制。方法:使用TCMSP数据库检索温胆汤活性成分和作用靶点,并利用Uniprot数据库对作用靶点进行标准化处理;使用GeneCard、OMIM和PharmGKB等数据库收集肥胖疾病靶点;使用R软件分析温胆汤活性成分作用靶点和疾病靶点的交集,确定为温胆汤防治肥胖作用靶点,并使用Cytoscape 3.8.0软件构建药物-化合物-靶点网络;使用String数据库构建靶蛋白互作PPI网络筛选核心靶点,同时使用Sym Map分析温胆汤治疗肥胖痰湿证的靶点,两者交集后明确温胆汤治疗肥胖痰湿证的核心靶点;使用R软件对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析;采用PubChem、PDB(Protein Data Bank)、Uniprot等数据库对筛选出的核心靶点与药物活性成分对接,构建通路-靶点-成分相互作用网络模型。结果:温胆汤活性成分有530种,其中槲皮素、黄芩苷、熊果酸、川陈皮素、木犀草素、柚皮素、甘草查尔酮、异甘草素、山柰酚、月桂酸等18种化合物为温胆汤防治肥胖物质基础;治疗肥胖的主要活性成分作用靶点有398个,肥胖疾病靶点有3297个,温胆汤药物作用靶点与肥胖疾病靶点间的交集靶点有256个;温胆汤治疗肥胖痰湿证的核心靶点主要有TP53、STAT3、ESR1、AKT1等14个;PPI中度值前6位核心靶点与相对应的槲皮素、黄芩苷、β-胡萝卜素、小檗碱、柚皮素、熊果酸、木犀草素、香兰素、甘草查尔酮、川陈皮素、月桂酸等化合物有较好的结合活性,推测这些化合物可能为温胆汤的主要药效成分;GO富集通路分析发现温胆汤治疗肥胖的活性成分主要涉及脂多糖、类固醇激素、肽激素和活性氧等生物过程,KEGG通路分析发现温胆汤治疗肥胖主要涉及脂质和动脉粥样硬化、PI3K/AKT、AGE-RAGE、MAPK、IL-17、TNF等信号通路;分子对接显示温胆汤中木犀草素、槲皮素、柚皮素、甘草查尔酮等主要活性成分与MAPK/ERK信号通路中MAPK1、FOS等靶点对接良好。结论:温胆汤中木犀草素、槲皮素、甘草查尔酮、柚皮素等主要活性成分可能是通过MAPK/ERK和p38 MAPK信号通路作用于MAPK1、FOS等关键靶点,从而起到治疗肥胖痰湿证的作用,这为探究温胆汤治疗肥胖痰湿证有效成分和分子机制提供了依据。

关键词： 网络药理学   分子对接   高尿酸血症   加味四妙勇安汤   肠道菌群  

摘要： 目的通过网络药理学分析加味四妙勇安汤(MSYD)调节肠道菌群治疗高尿酸血症(HUA)的机制。方法分别从TCMSP数据库和gutMGene数据库检索并筛选中药活性成分和肠道菌群代谢产物,并收集相关靶点;从GeneCards、OMIM和DisGeNet数据库检索HUA相关靶点,取活性成分和HUA共同靶点与肠道菌群靶点的交集作为核心靶点;构建核心靶点蛋白质相互作用网络,进行GO和KEGG富集分析;筛选与HUA密切相关的主要成分和肠道菌群代谢产物,采用AutoDock软件进行分子对接验证。结果MSYD改善HUA的关键活性成分是槲皮素、山奈酚及β-谷甾醇等。琥珀酸盐、丁酸盐等肠道菌群代谢产物与HUA密切相关,MSYD可能通过调节肠道菌群影响这些代谢产物。结论MSYD可以通过多组分、多靶点及多通路调节肠道菌群,从而对HUA进行干预治疗。

关键词： 脊髓损伤   龙芪强肌饮   网络药理学   活性成分   靶点  

摘要： 目的:通过网络药理学方法研究龙芪强肌饮治疗脊髓损伤(Spinal Cord Injury,SCI)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取龙芪强肌饮的活性成分和作用靶点,从GeneCards、OMIM、TTD数据库收集SCI的相关基因。取龙芪强肌饮的作用靶点和SCI相关基因的交集,得到治疗的潜在靶点。为进一步研究靶点与基因间的关系,运用Cytoscape 3.8.2软件构建中药活性成分-SCI靶点网络。使用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的交互作用,并用DAVID 6.8分别对交集靶点基因进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果:筛选得到龙芪强肌饮的159个活性成分,作用于227个SCI靶点基因,其中关键靶点32个,包括丝裂原活化蛋白激酶、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、Jun原癌基因(Jun Proto-Oncogene,JUN)等。GO和KEGG通路富集分析显示,龙芪强肌饮可能通过调控蛋白合成、细胞增殖、炎症反应、调节免疫等关键通路发挥作用,该结果与我们前期临床研究结果基本一致。结论:本研究初步揭示了龙芪强肌饮可能通过多成分-多靶点-多通路治疗SCI的作用机制,为后续的深入研究提供了重要的理论依据。

关键词： 急性酒精中毒   葛花   作用机制   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术研究葛花治疗急性酒精中毒的作用机制。方法:通过TCMSP数据库查询葛花的作用成分及靶点,采用Cytoscape软件制作“成分-靶点”网络,利用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET收集急性酒精中毒相关的基因靶点。通过Venny 2.1.0获取成分和疾病的交集靶点基因,运用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过R软件进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用分子对接技术验证核心化学成分和核心靶点的相互作用。结果:获得葛花活性成分18种,有效成分靶基因193个,排前10位的靶点是蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、p53蛋白(TP53)、白细胞介素-1β(IL-1β)、氨基末端激酶(JUN)、转化生长因子β1(TGFβ1)、基质金属蛋白酶-9(MMP9)、B细胞淋巴瘤2蛋白(BCL2)、半胱天冬酶-3(CASP3)、环氧化酶-2(PTGS2)。GO功能主要涉及对活性氧的反应、对脂多糖的反应、膜筏、膜微区、细胞因子受体结合、生长因子受体结合等。KEGG通路主要有流体剪切应力与动脉粥样硬化、脂质和动脉粥样硬化、非酒精性脂肪肝等。分子对接结合能<-5 kcal/mol,显示了良好的对接效果。结论:葛花通过IL-6、PTGS2、IL-1β等靶点来调控IL-17、Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1/核因子E2相关因子2(Keap 1/Nrf 2)等信号通路,发挥抑制细胞内氧化应激反应、减轻炎症反应等药理作用,从而达到治疗急性酒精性肝损伤的目的。

关键词： 生物制品   安全药理学试验   心血管系统   中枢神经系统   呼吸系统  

摘要： 目的:通过分析2013-2023年FDA批准上市的生物制品信息,结合实践经验,从生物制品的安全药理学研究的必要性、可行性及试验设计等方面提供一些建议,为其进入临床试验提供支持。方法:本文汇总了2013-2023年期间FDA批准的133个生物制品许可申请,包括非临床安全药理学、药理毒理信息以及临床研究中的不良反应等数据,通过分析单独开展、伴随开展和未开展安全药理学试验的原因来讨论安全药理学试验的必要性和可行性,以及分析是否存在相关动物种属、靶点相关风险以及核心组合试验要点等来探讨生物制品安全药理学研究的关注点。结果与结论:基于2013至2023年间FDA核准上市的生物制品信息以及生物制品安全药理学相关指导原则要求等,本文得出生物制品是依赖于药理学作用、是否有相关动物种属、靶点特征、适应证和相关药物上市信息等决定是否进行非临床安全药理学试验,包括单独开展、伴随开展还是豁免安全药理学研究,并且制定合理的安全药理学试验方案。生物制品的安全药理学评估通常与一般毒理学研究伴随进行,且此趋势日益显著。鉴于成本效益及动物福利3R原则,建议将生物制品的安全药理学研究整合至重复给药毒性研究中,但需注意研究设计的复杂性,包括动物数量、采样频率、毒代动力学采血干扰及动物驯化难度等挑战,确保关键指标如ECG和血压的精确测定,以保障研究的高效性。

关键词： 金银花   新型冠状病毒肺炎   网络药理学   分子对接   主蛋白酶   绿原酸   咖啡酸   芹菜素  

摘要： 目的将金银花化学成分与网络药理学研究结合,探讨金银花抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法采用四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱技术(UPLC-Q-Exactive/MS)对金银花化学成分进行定性分析,根据色谱峰保留时间、精确相对分子质量、特征碎片离子,结合相关文献数据,鉴定金银花的化学成分;通过SWISSTargetPrediction数据库获得成分靶点,通过GeneCards和OMIM数据库获得COVID-19疾病靶点,利用Venny2.1.0获得金银花和COVID-19共同的药效靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建“成分-靶点”网络关系图;以STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络关系图并对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用分子对接技术验证核心靶点与相对应的成分的结合能力;利用体外抗病毒检测验证金银花中活性成分绿原酸抗COVID-19的潜在作用机制。结果共鉴定出金银花化学成分77个。咖啡酸、腺苷、5,3'-二甲氧基木犀草素、芹菜素、阿魏酸等5个成分可能是金银花抗COVID-19的活性成分,其中表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素-2(IL-2)为关键靶点,涉及低氧诱导因子-1信号通路(HIF-1 signaling pathway)、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等。进一步分子对接结果表明金银花的5个关键活性成分与疾病的2个核心靶点均具有良好的结合活性,结合能均<−20.9 kJ·mol^(−1)。同时金银花中主要有效成分绿原酸对3CLpro具有较好的体外抑制活性[半数抑制浓度(IC_(50))为(106.40±0.71)μmol·L^(−1)]。结论金银花可能通过EGFR、IL2和3CLpro等多靶点发挥抗COVID-19作用,可进一步探讨金银花抗COVID-19的作用机制。

关键词： 红花清肝十三味丸   非酒精性脂肪肝   高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱   网络药理学   分子对接   胰岛素抵抗   氧化应激  

摘要： 目的利用高分辨液相色谱-质谱联用仪,快速准确地对红花清肝十三味丸中复杂的化学成分进行分析鉴定,旨在明确其缓解非酒精性脂肪肝的有效成分,同时结合网络药理学和分子对接,探索红花清肝十三味丸潜在的作用机制。方法使用甲醇和含有0.1%甲酸的水溶液作为流动相,进行梯度洗脱;采用正负离子交替扫描模式切换扫描,扫描范围m/z 110~1200;通过与对照品、参考文献与自建数据库比对后对复方中化合物进行识别鉴定;基于液质联用数据,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库进一步筛选活性化合物,并利用SwissTargetPrediction、GeneCards等在线数据库预测分析红花清肝十三味丸在治疗非酒精性脂肪肝可能的靶点并进行KEGG与GO的富集分析;利用蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选核心靶点;最后运用分子对接技术验证活性化合物与靶点的潜在结合活力。结果从红花清肝十三味丸中共鉴定出75个化合物,其中黄酮类化合物31个,有机酸类化合物17个,鞣质类化合物9个,环烯醚萜类化合物8个,木质素类化合物3个及其他类化合物7个。利用网络药理学方法筛选出核心靶点5个:丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、人表皮生长因子受体2/酪氨酸激酶受体2(HER2/ERBB2)、磷脂酰肌醇-3-激酶调节亚基1(PI3KR1)及非受体酪氨酸激酶Src。KEGG富集通路主要为:PI3K-AKT信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抵抗通路、ERBB信号通路。结论对红花清肝十三味的复杂化学成分进行了快速准确地分析鉴定,同时探讨其治疗非酒精性脂肪肝的可能作用机制,为红花清肝的质量控制及后续研究提供科学参考。

关键词： 肉苁蓉苯乙醇总苷   不育症   网络药理学   分子对接   作用机制   毛蕊花糖苷   松果菊苷   管花苷A   雌激素受体   热休克蛋白90α家族A类成员1  

摘要： 目的运用网络药理学方法推测肉苁蓉苯乙醇总苷在治疗不育症方面的潜在作用靶点和信号通路,并通过分子对接和动物体内实验来验证并进一步探讨其作用机制。方法应用TCMSP等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点,通过基因数据库(Gene Cards)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取不育症疾病靶点;通过Venny 2.1软件获得交集靶点基因,结合STRING数据库绘制蛋白相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.8.2软件筛选肉苁蓉苯乙醇总苷治疗不育症的核心作用靶点;运用DAVID数据库,分析交集基因的基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集情况。选取关键作用靶点与药物活性成分通过AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接验证;最后通过肉苁蓉苯乙醇总苷干预腺嘌呤诱导的不育症大鼠模型,通过反转录PCR(RT-PCR)法、蛋白质印迹(Western blotting)法验证大鼠睾丸组织中核心靶点和核心通路的表达。结果肉苁蓉苯乙醇总苷共筛选出21个潜在活性成分,62个药物靶点,7961个不育症靶点,药物与不育症交集靶点51个;核心活性成分主要为毛蕊花糖苷、松果菊苷、管花苷A等,核心靶点主要为肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、哈维大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(HRAS)、纤溶酶原基因(PLG)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA)等;GO功能富集主要包括蛋白水解、一碳代谢过程、细胞外基质分解等;KEGG富集通路主要包括雌激素信号通路、GnRH信号通路、氮代谢、代谢途径信号通路等;分子对接结果显示核心活性组分与不育症关键核心靶基因TNF、MMP9、HRAS、PLG、HSP90AA1的结合度高;体内实验结果表明,给予肉苁蓉苯乙醇总苷后,不育症大鼠睾丸组织ERα、HSP90 mRNA和蛋白表达升高,ERβmRNA和蛋白表达降低(P<0.05)。结论肉苁蓉苯乙醇总苷治疗不育症是多靶点、多通路共同调控的结果,其作用机制可能与参与雌激素通路,调控核心靶点ERα、ERβ表达有关。

关键词： 金芪清疏颗粒   社区获得性肺炎   网络药理学   炎症反应   氧化应激  

摘要： 目的采用网络药理学方法及分子对接技术探究金芪清疏颗粒(JQQSG)治疗社区获得性肺炎(CAP)的可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Swiss Target Prediction数据库获取和筛选JQQSG的活性成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索CAP预测靶点,两者靶点映射后,导入STRING数据库构建PPI网络筛选关键靶点,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,并通过AutoDock Tools软件进行分子对接。结果筛选后得到JQQSG 209个活性成分,1041个作用靶点;与CAP共同作用靶点312个,经PPI网络筛选后,得到64个核心靶点。GO富集分析共571个生物过程、68个细胞组分、199个分子功能,KEGG通路富集分析共165条通路,主要涉及蛋白作用,细胞凋亡,MAPK信号通路等。分子对接提示核心靶点与核心成分均具有较好结合能力。结论JQQSG治疗CAP的作用机制可能与其调控Akt、MAPK信号通路、改善氧化应激等作用途径,发挥抗炎、抗氧化作用有关,为后续进一步深入研究其具体作用机制奠定基础。

关键词： 补阳还五汤   多发性硬化症   网络药理学   Janus激酶/信号转导子和转录激活子通路   芒柄花黄素  

摘要： 目的:基于网络药理学、分子对接技术和动物实验,探讨补阳还五汤治疗多发性硬化症(MS)的作用机制及其单体成分治疗效果的验证。方法:通过TCMSP、HERB数据库收集补阳还五汤的药物活性成分,通过口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18、血脑屏障透过性(BBB)≥-0.3为标准筛选有效药物活性成分;使用SwissADME和SwissTargetPrediction平台预测有效药物活性成分作用靶点,运用UniProt校正作用靶点基因名;利用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库获取MS的相关疾病靶点。取有效药物活性成分作用靶点和MS的相关疾病靶点做交集靶点韦恩图;使用Cytoscape3.9.1软件构建“药物-活性成分-疾病靶点基因网络图”;通过Metascape数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析,借助微生信平台将其可视化,分析得到JAK-STAT通路为补阳还五汤药物成分的关键作用通路,做“药物关键作用靶点-靶点通路图”,采用STRING11.5在线数据库和Cytoscape3.9.1软件构建蛋白质互作网络(PPI);结合PPI网络结果再用分子对接技术进行测试,发现小分子药物活性成分芒柄花黄素与受体蛋白能自发结合。使用双环己酮草酰二腙(Cuprizone,CPZ)诱导的髓鞘脱失模型验证活性成分芒柄花黄素是否抑制髓鞘脱失。将30只C57BL/6雄性小鼠随机分为正常对照组、模型对照组和芒柄花黄素30 mg/kg组,每组10只。正常对照组小鼠给予正常饲料,造模组喂养含0.2%CPZ饲料6 w,第5 w开始,给药组腹腔注射芒柄花黄素治疗2 w。采用高架十字迷宫试验、旷场试验评价其对小鼠行为学的影响;采用黑金染色、免疫荧光染色检测小鼠胼胝体区域髓鞘脱失情况和MBP、IBA1、GFAP蛋白表达的变化;采用ELISA法检测脑组织液TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-10含量;微量酶标法检测LPO、GSH的含量。结果:共获得162个补阳还五汤治疗MS的关键靶点。KEGG富集得到三条和MS有关的通路为Janus激酶(JAK)/信号转导子和转录激活子(STAT)信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)信号通路,可能的主要作用通路为JAK-STAT,主要作用靶点为STAT3、STAT1、JAK2;使用分子对接技术最终筛选得到有效小分子药物单体为芒柄花黄素。动物实验证明芒柄花黄素改善CPZ模型狂躁和焦虑的行为学表现、抑制髓鞘脱失,降低CPZ模型脑组织TNF-α、IL-1β、IL-6、LPO含量,升高IL-10、GSH含量,促进小胶质细胞(MG)活化,抑制星形胶质细胞(AST)的活化。结论:本文通过网络药理学对补阳还五汤作用机制进行分析,通过分子对接预测有效单体芒柄花黄素,并首次用动物实验证明芒柄花黄素可显著改善CPZ模型的行为学、抑制髓鞘脱失,其治疗机制可能与其抑制CPZ模型的炎症反应和氧化应激、调控MG和AST的活化有关。