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关键词： 制萎扶胃丸   胃癌前病变   网络药理学   分子对接   实验验证   PI3K/AKT信号通路   大鼠  

摘要： 目的通过网络药理学、分子对接技术及动物实验探究制萎扶胃丸干预胃癌前病变(PLGC)的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及相关文献筛选制萎扶胃丸活性成分及对应靶点,利用GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病靶点,二者的交集靶点即为制萎扶胃丸治疗胃癌前病变的潜在作用靶点;使用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,然后筛选关键活性成分和关键靶点;使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用AutoDockTools软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接验证。通过N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)为主的五因素复合法进行胃癌前病变大鼠模型复制,采用HE染色法检测胃组织病理学变化,Western Blot法检测胃组织PI3K、AKT、TNF-α、IL-6、Caspase-3蛋白表达。结果共获得制萎扶胃丸活性成分258种及对应靶点325个,疾病靶点1294个,二者交集靶点(潜在作用靶点)139个。筛选出关键活性成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇等,关键靶点AKT1、CASP3、IL-6、TNF等。分析得到GO相关条目950条,KEGG相关通路177条,主要涉及PI3K/AKT、MAPK、IL-17、TNF及细胞凋亡等通路。分子对接显示,槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇与AKT1、TP53、CASP3、IL-6、TNF等度值前10位关键靶点具有较好结合活性和稳定性。动物实验验证结果显示,与模型组比较,制萎扶胃丸组大鼠胃组织病理形态得到明显改善;同时该组大鼠胃组织中PI3K、p-PI3K、AKT、p-AKT、TNF-α、IL-6蛋白表达水平明显降低(P<0.05,P<0.01),Caspase-3蛋白表达明显升高(P<0.01)。结论制萎扶胃丸治疗胃癌前病变具有多成分、多靶点、多途径的特征,能够通过抑制炎症反应、促进细胞凋亡发挥干预作用,可能与调控PI3K/AKT信号通路有关。

关键词： 中药药理学   多维教学法   3D动画视图   教学方法  

摘要： 中药药理学是中药学专业核心课程,受传统应试教育模式、课程知识点繁多且与其他课程知识点关联紧密、药理作用实验原理探索复杂的课程特点,教师在教学中重点关注学生理论知识掌握记忆程度,以主动教被动学的方式为主,学生学习积极性与兴趣往往不高,为提高学生积极主动性以及教学效果,以多维教学结合3D动画视图方法应用于高职中药药理学课程进行了探索,提高学生理论与实践能力,提高教学质量。

关键词： 威灵仙   风湿性关节炎   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的为使用威灵仙治疗风湿性关节炎提供参考。方法通过TCMSP,Drugbank,SwissTargetPrediction,SEA数据库预测药物活性成分和靶点,通过GeneCards和OMIM数据库筛选风湿性关节炎靶点,通过Venny 2.1.0在线作图平台获得共有靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,通过Cytoscape 3.9.1软件对PPI网络进行拓扑学分析,通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能分析和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出8种威灵仙活性成分,主要为3-表齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、三萜皂苷A等,涉及潜在靶点362个。筛选出风湿性关节炎潜在靶点1164个,获得药物活性成分-疾病共有靶点112个。PPI网络分析结果显示,核心靶点为白细胞介素6、肿瘤坏死因子、白细胞介素1B、前列腺素过氧化物酶2、基质金属蛋白酶9。GO功能分析结果显示,共获得条目85条,包括生物过程40条、细胞组分19条、分子功能26条,主要通过内肽酶活性、氧化还原酶活性等分子功能发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示,威灵仙对花生四烯酸代谢通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶信号通路、细胞程序性死亡通路等产生影响。结论威灵仙通过多成分、多靶点、多通路调节机体免疫和炎性反应,改善关节功能,抑制程序性死亡细胞发展等,从而达到治疗风湿性关节炎的作用。

关键词： 交泰丸   失眠   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术对交泰丸治疗失眠的作用机制进行研究。方法交泰丸活性成分由中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database andAnalysis Platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)整合获得,SwissTargetPrediction数据库预测作用靶点,整合DisGeNET、DrugBank疾病基因数据库中失眠的靶点基因。采用Venny 2.1在线软件作图工具平台,获取活性成分与失眠靶点的交集靶,Cytoscape 3.9.1作图软件构建交泰丸活性成分的交集靶点网络,分析得到交泰丸核心成分。蛋白互作网络、核心靶点由STRING12.0数据库获得,DAVID数据进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,采用AutoDockTools1.5.7 Pymol软件对关键靶点与成分进行分子对接、可视化处理。结果筛选得到交泰丸中治疗失眠的5个核心成分依次为小檗碱、柠檬苦素、黄柏酮、N-反式阿魏酰酪胺、黄藤素,筛选出5-羟色胺(5-hydroxy tryptamine,5-HT)转运体(solute carrier family 6 member,SLC6A4)、多巴胺受体(dopamine receptor D2,DRD2)、烟碱乙酰胆碱受体(cholinergic receptor nicotinic alpha 4 subunit,CHRNA4)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、前列腺素内过氧化物合酶(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)等核心靶点。交泰丸治疗失眠的信号通路主要富集于调节5-HT能突触、多巴胺能突触等。分子对接显示核心成分小檗碱、柠檬苦素、黄柏酮等与核心靶点SLC6A4、DRD2、CHRNA4、TNF、PTGS2等对接程度良好。结论交泰丸中小檗碱、柠檬苦酸、黄柏酮等成分通过影响SLC6A4、DRD2、TNF、CHRNA4、PTGS2等蛋白的表达,多作用机制治疗失眠。

关键词： 数据图表   复制粘贴   化学结构式   图数据   作图软件   典型病变   电泳图   双击  

摘要： 1.论文中的病理照片、电泳图及化学结构式图等要求以“插入”→“图片”方式插入word文档,不要使用复制粘贴。病理照片必须加标尺,并以箭头指示典型病变位置。除照片外,其他图尽量不用彩色。2.统计的数据图表(包括线图和柱图等)一般通过“插入”→“图表”方式插入word文档,双击该图即可直接进入此图的作图软件,看到作图数据。3.双栏图大小:宽与高的比为3∶2,宽≤7.5 cm;通栏图大小为:宽≤15 cm;横、纵坐标字体为Arial,字号为8或9磅。

关键词： GEO   网络药理学   半枝莲   白花蛇舌草   乳腺癌肺转移及骨转移  

摘要： 目的:利用GEO数据库及网络药理学研究半枝莲、白花蛇舌草治疗乳腺癌肺转移和骨转移分子机制。方法:采用R语言差异分析GEO芯片获取疾病靶点;检索TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选药物有效成分的作用靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,通过STRING数据库构建PPI网络,并用Cytoscape进行可视化和拓扑分析,最后利用Web Gestalt数据库进行GO、KEGG富集分析。结果:经筛选后半枝莲主要包括28个有效成分,如黄芩素、木犀草素、槲皮素等,白花蛇舌草包括7个有效成分,如槲皮素、2,3-二甲氧基-6-甲基蒽醌等,半枝莲靶基因504个,白花蛇舌草靶基因313个。GEO数据库中分别筛选到364、4674个乳腺癌肺转移、骨转移差异基因。PPI网络各筛选出10个核心靶点。GO和KEGG富集分析表明,半枝莲、白花蛇舌草可通过影响转录调节复合物、转移酶复合物等细胞组分,调节β-catenin聚集等分子功能,干预Wnt、细胞周期、TGF-β等信号通路,参与调控细胞周期、T细胞活化等生物进程,治疗乳腺癌肺转移、骨转移则可能通过影响蛋白激酶复合物等细胞组分,调节类固醇结合、氧化还原酶活性等分子功能,干预细胞周期、P53、PI3K/Akt、FoxO等信号通路,参与类固醇代谢等进程。结论:初步揭示半枝莲、白花蛇舌草抗乳腺癌肺转移、骨转移的作用靶标和潜在机制,发现其作用是多成分、多靶点、多途径的,为今后分子生物学实验奠定基础。

关键词： 葛根   心肌缺血再灌注损伤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:探究葛根治疗心肌缺血再灌注损伤的作用靶点和机制。方法:首先利用TCMSP数据库筛选葛根的有效成分,然后通过TCMSP、HERB和PharmMapper数据库检索有效成分治疗疾病的潜在作用靶点。利用DAVID数据库对葛根治疗心肌缺血再灌注损伤的治疗靶点进行GO和KEGG富集分析。最后利用分子对接技术进一步分析有效成分与核心靶点之间的作用关系。结果:以DL≥30%,OB≥0.18作为筛选条件,最终确定8个有效成分。通过TCMSP、HERB和PharmMapper数据库检索得到8个有效成分的461个治疗疾病的潜在作用靶点和887个致病靶点,最终确定107个葛根治疗心肌缺血再灌注损伤的潜在作用靶点。利用Cytosacpe软件筛选出26个核心靶点,根据中心度值对核心基因进行排序,排序前五的基因分别为:EGFR、PPARC、IGF1、ESR1和BCL2。GO和KEGG富集结果表明,AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路、Relaxin信号通路和IL-17信号通路可能是葛根治疗心肌缺血的主要通路。分子对接结果表明,有效成分与核心靶点的对接结合能均小于-5 kcal/mol。结论:网络药理学和分子对接在一定程度上阐明了葛根治疗心肌缺血再灌注损伤的作用机制,为心肌缺血再灌注损伤机制的研究提供参考。

关键词： 益气温阳   中药   网络药理学   冠状动脉疾病   冠状动脉微循环功能障碍   药理机制  

摘要： 目的 通过网络药理学技术预测益气温阳药治疗冠状动脉微循环功能障碍(coronary microvascular dysfunction,CMD)的作用靶点,了解益气温阳药治疗CMD的作用机制。方法 2022年7月至2023年7月,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)获得益气温阳药物活性成分,利用PubChem和Novopro数据库获取药物成分的SMILES值,通过SwissADME平台筛选药物成分,利用Target Prediction获取对应成分的靶点,筛选Probability> 0.1的靶点。利用GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OnlineMendelianInheritanceinMan,OMIM)数据库分别获取CMD的疾病靶点,利用Venny在线平台获取药物成分靶点和CMD疾病靶点的交集靶点。将交集靶点数据导入STRING网站,获得蛋白质互作网络,并导入Cytoscape 3.10.1软件,筛选核心靶点,进行可视化,将核心靶点导入David数据库,进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,并进行可视化。结果 筛选出药物活性成分34个,对应靶点552个,CMD靶点1 171个,药物靶点和疾病靶点的交集靶点175个,通过STRING和Cytoscape 3.10.1筛选核心靶点33个,主要包括肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(serine/threonine kinase proteins 1,AKT1)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(cysteinyl aspartate specific proteinase,CASP3)等;GO富集分析表明,益气温阳药可能影响镉离子细胞反应、一氧化氮生物合成正向调节等生物过程,影响一氧化氮合成反应、转录位点调控等分子功能,及膜筏、受体复合物等细胞成分;KEGG富集分析表明,益气温阳药主要通过PI3K/Akt信号通路、雌激素信号通路等发挥生物学效应。结论 益气温阳药可能通过多成分、多靶点、多途径治疗CMD。

关键词： 周围神经病理性疼痛   带状疱疹后神经痛   补阳还五汤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学方法及分子对接技术探讨补阳还五汤治疗周围神经病理性疼痛(PNP)的作用机制。方法通过ETCM、SwissTargetPrediction数据库获取补阳还五汤的活性成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库筛选PNP相关靶点,并利用R语言ggvenn包绘制交集靶点韦恩图。使用Cytoscape软件构建“组方药物-活性成分-疾病靶点”网络,STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),R语言clusterProfiler包进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路分析,AutoDock软件对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果共获得257种有效成分和844个作用靶点,3143个PNP相关靶点和478个交集靶点。PPI分析显示蛋白激酶Src(SRC)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、蛋白激酶B(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)等为核心靶点。GO功能富集分析得到3659个GO条目,覆盖了3206个生物过程、143个细胞组分和310个分子功能。KEGG富集分析识别303条信号通路,涵盖EGFR-TKI、AGE-RAGE、HIF-1、PI3K-Akt等信号通路。结论本研究通过网络药理学及分子对接技术发现,补阳还五汤可通过多成分、多靶点、多通路从系统水平调节多个生物过程发挥治疗PNP的作用。

关键词： 麝香   脑梗死   网络药理学   分子对接技术   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术探究麝香治疗脑梗死的潜在作用机制。方法:通过BATMAN-TCM数据库收集麝香的活性成分,从GeneCards、OMIM数据库中筛选脑梗死疾病的靶点,应用Venny 2.1.0数据库获得麝香与脑梗死交集靶点韦恩图。使用Cytoscape 3.8.2构建麝香-有效成分-靶点网络图与蛋白质-蛋白质相互作用网络图,获得核心成分与靶点。利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Auto Dock vina将5种核心成分与5个核心靶点进行对接,通过PyMOL软件进行可视化分析。结果:麝香治疗脑梗死的活性成分有胆固醇、脱氢表雄酮、雌二醇等共16种,靶点共372个,脑梗死疾病靶点共4404个,药物活性成分与疾病的交集靶点有261个。GO功能富集分析显示交集靶点共有1219个生物功能条目。KEGG富集分析显示交集靶点涉及的信号通路共有192条,包括脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路等。核心成分与核心靶点有较好的结合活性。结论:麝香中高密度脂蛋白胆固醇、脱氢表雄酮、雌二醇、甘氨酸、睾酮等核心成分可能通过作用于肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine-Threonine Protein Kinase 1,AKT1)、信号转导与转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)等靶点与脂质和动脉粥样硬化等信号通路治疗脑梗死。