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关键词： 石菖蒲   郁金   慢性萎缩性胃炎   幽门螺杆菌  

摘要： 目的使用网络药理学及分子对接技术,筛选“石菖蒲-郁金”药对治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点,探索其治疗本病的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库,筛选得到“石菖蒲”“郁金”的主要化学成分及其靶点。使用OMIM数据库、Genecards数据库获取疾病靶点数据。使用R语言,获得药物有效成分靶点与疾病靶点的交集靶点及其Venn图。使用String数据库构建交集靶点的PPI网络。使用Cytoscape软件对其进行拓扑分析,获得核心靶点、关键成分。分别对交集靶点、核心靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析。通过PDB数据库下载核心靶点蛋白的3D结构,利用PyMOL、AutoDockTools软件处理靶点蛋白;从PubChem数据库中下载关键成分文件,利用Chem3D、AutoDockTools处理关键成分,随后进行分子对接。使用PyMOL进行分子对接结果可视化。结果“石菖蒲-郁金”有效成分共111种,对应靶点共645个。CAG疾病靶点共772个,有效成分靶点与疾病靶点交集靶点共71个。“药物-有效成分-靶点”网络图由275个节点和697条边组成。交集靶点GO富集分析中共有1804个条目,其KEGG富集分析中共有151条通路,其中59条与局部炎症反应相关的通路,通过分类可大致分为炎症因子信号通路、细胞凋亡信号通路、激素相关信号通路、癌症发生相关信号通路、幽门螺杆菌感染相关信号通路等。核心靶点KEGG富集分析中共有108通路,其中34条通路与局部炎症反应相关。通过分子对接发现,芹菜素、山柰酚、大黄素均能与核心靶点结合良好。结论“石菖蒲-郁金”药对治疗慢性萎缩性胃炎的机制可能与干扰幽门螺杆菌损伤胃黏膜上皮过程,影响“炎-癌”转化有关。

关键词： 网络药理学   龙血竭   腰椎间盘突出症   气滞血瘀   作用机制  

摘要： 目的利用网络药理学理论探讨龙血竭治疗气滞血瘀型腰椎间盘突出症(LDH)的相关作用机制,利用动物实验进一步验证。方法通过查阅文献并结合TCMSP数据库、Pub Chem数据库和Swiss Target Prediction平台、Gene Cards数据库获得龙血竭有效活性成分治疗LDH的靶点,在DAVID数据库中进行基因本体(GO)功能和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析,并对龙血竭关键活性成分与其对应的靶点进行分子对接验证。经过随机数字表法将48只雌雄各半大鼠分为空白组、模型组、低剂量龙血竭组(0.5 g/kg)、中剂量龙血竭组(1.0 g/kg)、高剂量龙血竭组(2.0 g/kg)和阿仑膦酸钠片组[阳性对照,7.35 mg/(kg·d)],每组8只。测定大鼠血清中的碱性磷酸酶(ALP)、骨钙素(BGP)和基质金属蛋白酶9(MMP9)水平。检测血浆黏度、红细胞电泳时间、红细胞聚集指数。结果龙血竭主要活性成分为2’-甲氧基异甘草素、Broussin、7,4’-二羟基-3’-甲氧基黄烷、龙血素B、刺干草查尔酮,治疗LDH关键靶点为Akt1、EGFR、PIK3R1、VEGFA、PIK3CA、MMP9、RAF1、HIF1A、CASP3。KEGG主要富集在Ras信号通路、Erb B信号通路等途径上。分子对接结果显示,龙血竭关键活性成分与其对应的关键靶点结合均较好。动物实验发现,与空白组比较,模型组大鼠ALP、BGP、MMP9升高(P<0.05)。与模型组比较,低、中和高剂量龙血竭组ALP、BGP和MMP9降低,且高剂量龙血竭组ALP、BGP、MMP9水平低于低剂量龙血竭组(P<0.05)。与空白组比较,模型组大鼠血浆黏度、红细胞电泳时间和红细胞聚集指数升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量龙血竭组大鼠血浆黏度、红细胞电泳时间和红细胞聚集指数降低,且高剂量龙血竭组低于低剂量龙血竭组(P<0.05)。结论龙血竭中有效活性成分作用于多靶点、多通路,可调节炎症因子水平,改善血液流变学异常,共同发挥治疗气滞血瘀型LDH的作用。

关键词： 动脉粥样硬化   血脂康   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 根据网络药理学方法探讨血脂康胶囊治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法 通过中国知网、TCMSP、PubChem等数据库获取药物活性成分及靶点,利用GeneCards等数据库收集汇总相关动脉粥样硬化疾病靶点,构建韦恩图获得血脂康-动脉粥样硬化共同靶点基因。运用Cytoscape V3.10.0软件构建网络并进行可视化处理寻找关键靶点,利用STRING数据库做共同靶点的PPI分析,利用sangerbox 3.0进行GO富集分析和KEGG通路富集分析并绘制图表。采用Autodock软件进行分子对接分析血脂康胶囊部分活性成分与动脉粥样硬化相关靶蛋白之间的结合能并用PyMOL2.5进行对接结果可视化分析并制图。结果 获得血脂康-动脉粥样硬化共同靶点247个,得到白细胞介素-6(IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、酪氨酸激酶C-SRC蛋白(SRC)等核心靶点,糖尿病并发症中的age-rage信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路、癌症病发通路、FoxO转录因子信号通路、催乳素信号通路等信号通路。将分子对接结果进行分析和可视化,一定程度上证明血脂康胶囊中的活性成分与治疗动脉粥样硬化的核心靶点结合程度高。结论 通过网络药理学分析血脂康胶囊对动脉粥样硬化的作用机制,得出血脂康胶囊作用机制可能是通过IL-6、AKT1、SRC等关键靶点,影响脂质代谢和炎症反应从而治疗动脉粥样硬化。

关键词： 人参皂苷Rd   结肠癌   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学联合分子对接技术,探讨人参皂苷Rd抗结肠癌的分子机制。方法:在Swiss Target Prediction数据库中搜索参皂苷Rd搜索对应靶点的活性成分,从GeneCards数据库及OMIM数据库筛选结肠癌的靶点,将交集靶点进行功能富集和生物学途径分析,通过Cytoscape软件绘制蛋白质互作网络(PPI),并将排序前4的核心靶点与人参皂苷Rd的进行分子对接。结果:通过网络药理学分析发现人参皂苷Rd治疗结肠癌的关键靶点为44个;本体富集(GO)分析结果显示,包括2 406个生物过程(BP)、48个细胞成分(CC)和169个分子功能(MF);京都基因与基因组百科全书(KEGG)结果发现了91个信号通路。将排列前4的核心靶点与人参皂苷Rd进行分子对接,结果表明人参皂苷Rd对关键靶点具有有效的结合热。结论:MMP9、IL2、NR3C1、JUN、PTGS2、STAT3、PRSS1、F2RL1、CYP27B1和F2是人参皂苷Rd治疗结肠癌的关键靶点,可能通过PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路、Wnt信号通路等抑制结肠癌,后续可通过基础实验进一步验证。

关键词： 慢性难愈性创面   疮灵液   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的本研究通过网络药理学及分子对接分析疮灵液治疗慢性难愈性创面(CRW)的作用机制。方法收集疮灵液组成中药活性成分的对应靶点及CRW的疾病靶点,以确定交集靶点,利用STRING在线平台绘制共同靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络图及拓扑确定核心靶点,通过Cytoscape软件制作中药—活性成分—靶点网络图。利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,AutoDockTools进行核心靶点与有效成分的分子对接。结果获得疮灵液32个有效活性成分及225个对应靶点,筛选出3997个CRW相关靶点,疮灵液治疗CRW的潜在靶点177个。潜在作用通路为TNF信号通路、内分泌阻力、细胞凋亡、PI3K-AKT信号通路等。分子对接验证TP53、AKT1和对应成分之间具有良好的结合活性。结论疮灵液可能通过作用于TP53、AKT1受体,调控PI3K-AKT-P53通路,从而发挥治疗CRW的作用,为疮灵液治疗CRW提供了理论指导。

关键词： 网络药理学   达原饮   幽门螺杆菌阳性口疮   实验验证   作用机制   大鼠  

摘要： 目的基于网络药理学和实验验证探究达原饮治疗幽门螺杆菌(Hp)阳性口疮的作用机制。方法利用TCMSP数据库收集达原饮的活性成分及其作用靶点,通过GeneCards数据库获取Hp阳性口疮的相关靶点,利用Venny2.1.0在线平台对药物活性成分靶点与疾病靶点取交集,使用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,并运用Cytoscape3.7.1软件筛选核心靶点,利用DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析。采用标准Hp菌液灌胃联合冰醋酸灼烧口腔黏膜构建Hp阳性口疮大鼠模型并予达原饮干预,观察模型大鼠口腔、胃黏膜组织形态,检测核心靶点在大鼠血清及口腔、胃黏膜组织中的表达。结果经数据库检索和筛选得到达原饮治疗Hp阳性口疮靶点165个,主要活性成分为槲皮素、山柰酚、5,8,2'-三羟基-7-甲氧基黄酮等,核心靶点有AKT1、IL6、TP53、TNF等。GO和KEGG通路富集分析提示达原饮治疗Hp阳性口疮主要集中于炎症反应相关通路。动物实验显示,与空白组比较,模型组大鼠口腔和胃黏膜组织结构紊乱,炎性细胞浸润明显,血清白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量升高(P<0.05),口腔、胃黏膜组织Toll样受体4(TLR4)、NLRP3含量升高(P<0.05),口腔黏膜组织TLR4、核因子-κB(NF-κB)蛋白表达升高(P<0.05);与模型组比较,达原饮各剂量组大鼠口腔和胃黏膜组织病理形态明显改善,血清IL-6、TNF-α及口腔、胃黏膜组织TLR4、NLRP3含量降低,口腔黏膜组织TLR4、NF-κB蛋白表达降低(P<0.05)。结论达原饮可能通过下调TLR4、NF-κB水平调节Hp阳性口疮的炎症发展,改善其症状。

关键词： 药理学   课程思政   建设策略  

摘要： 课程思政是指以构建全员、全程、全课程育人格局的形式使各类课程与思想政治理论课同向同行,形成协同效应,把“立德树人”作为教育的根本任务的一种综合教育理念。药理学是临床医学、口腔医学、助产学、影像学、护理学和药学等专业的一门重要核心课程。针对药理学课程思政建设的重要性及其持续推进,此文分析了当前药理学课程思政建设存在的问题,并提出了相应的建设策略。从药理学课程思政的师资队伍、金课示范、集体备课、立体考核、持续改进五个方面进行建设,确保其顺利进行。并且,在最后说明了药理学课程思政的长期性和重要性等特点。

关键词： 非小细胞肺癌   益气养阴方   药效成分   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过超高效液相色谱-高分辨质谱联用方法 (UPLC-Q-TOF-MS)联合网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴方治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在作用机制。方法:采用UPLC-Q-TOF-MS对益气养阴方样品进行质谱数据采集,分析其有效化学活性成分及对应靶点;通过TTD、Gene-Cards、DrugBank等数据库筛选出NSCLC相关靶点;借助韦恩图将药物靶点与疾病靶点相交集取得到益气养阴方干预NSCLC的潜在作用靶点;运用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),并采用Cytoscape 3.9.1软件得到核心靶点网络图;通过运用Metascape数据库对核心靶点进行GO基因本体论和KEGG基因百科全书富集功能分析。利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果:获得益气养阴方45个有效活性成分,794个药物成分靶点基因和5 951个疾病靶点基因,两者交集后得到484个交集靶点基因。网络分析显示益气养阴方干预NSCLC的关键活性成分包括异牡荆苷、奎宁酸、毛蕊异黄酮、芒柄花素、没食子酸等。获得5个Hub靶基因,包括神经母细胞瘤RAS病毒致癌基因同源物(NRAS)、 v-Ha-rasHarvey鼠肉瘤病毒癌基因同源物(HRAS)、磷酸肌醇3激酶调控亚基1 (PIK3R1)、磷脂酰肌醇-3-激酶α (PIK3CA)、生长因子受体结合蛋白2 (GRB2)。GO分析和KEGG富集分析显示益气养阴方干预NSCLC的主要通路包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等。分子对接结果表明有效活性成分与核心靶点之间具有较好的结合性。结论:本研究初步探讨揭示了益气养阴方干预NSCLC的多成分、多靶点、多通路的潜在作用机制,可为后续研究提供一定的理论依据和参考。

关键词： 肝细胞癌   网络药理学   WGCNA   益髓生血胶囊  

摘要： 目的:基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)联合网络药理学方法探讨益髓生血胶囊治疗肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的分子机制,筛选肝细胞癌潜在预后标志物。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选益髓生血胶囊有效成分对应靶点;从TCGA数据库下载HCC及癌旁组织基因芯片,通过“Limma”包筛选差异基因;使用WGCNA包通过TCGA数据库中HCC的基因表达数据图谱构建基因共表达网络,筛选与临床性状相关基因模块;对益髓生血胶囊调控基因、HCC差异基因、模块基因取交集;使用Cytoscape构建药物-靶点-疾病网络,对交集基因进行基因本体论(gene ontology,Go)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;使用STRING数据库构建交集基因间的蛋白-蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络;根据最大团中心性(maximal clique centrality,MCC)评分对前10个基因与HCC的预后进行探索,进一步分析以获得HCC潜在标志物。结果:共获得益髓生血胶囊438个有效成分对应靶点;从TCGA数据库共获得374个肿瘤样本和50个正常样本,Limma包共筛选出2703个差异基因;WGCNA筛选出1922个与正常组织相关的基因,交集基因共26个,主要富集于细胞衰老、细胞周期、乙肝、p53信号通路、多种癌症、IL-17等信号通路;26个交集基因中,7个基因的高表达与肝癌患者的较差总生存率(overall survival,OS)/无病生存率(disease free survival,DFS)具有显著差异(P<0.05)。结论:益髓生血胶囊治疗HCC的作用机制复杂,主要涉及细胞衰老、细胞周期、乙肝、p53信号通路、多种癌症、IL-17等信号通路,其主要作用成分可能与榭皮素、木草素、芦荟大黄素、芒柄花素等有关。BIRC5、CCNA2、CCNB1、CDK1、CHEK1、E2F1、TOP2A等7个基因可能为HCC的潜在预后生物标志物。

关键词： 网络药理学   王百合苷   大百合鳞茎   分子对接  

摘要： 大百合(Cardiocrinum giganteum)为百合科(Liliaceae)大百合属多年生草本植物,其鳞茎富含王百合苷等次生代谢产物,具有较高的药用价值。为探究大百合鳞茎中王百合苷分布情况及其药理作用机制,以2年生(c2y)、3年生(c3y)、4年生(c4y)和5年生(c5y)大百合鳞茎为材料,借助代谢组、MADLI-MSI成像技术和HPLC-MS/MS技术测定大百合内、中和外层鳞片中王百合苷类化合物的含量,并利用分子对接技术对王百合苷类活性成分的功效进行分析。结果表明,在大百合鳞茎中鉴定到9种王百合苷类化合物,这9种化合物均在3年生大百合鳞茎中表达量最高。王百合苷B和王百合苷F均在中层鳞片中分布最广泛。外、中和内层鳞片中的王百合苷B含量均高于王百合苷A和王百合苷F。大百合鳞茎中的王百合苷类活性成分与抗炎核心靶点GAPDH、TNF和PTGS2具有强结合能力,进一步表明王百合苷类活性代谢产物具有抗炎功效。3年生大百合中层鳞片为提取王百合苷类活性成分的最合适材料。