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关键词： 辟瘟丹   新冠病毒   网络药理学  

摘要： 目的运用网络药理学方法探讨辟瘟丹预防新型冠状病毒感染(COVID-19)的作用机制。方法通过TCMSP数据库检索辟瘟丹的化学成分及作用靶点;通过GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD和DrugBank数据库查询COVID-19的相关靶点;借助STRING网站进行蛋白质互相作用分析;利用Cytoscape3.9.0软件构建药物成分-靶点网络,分析获得辟瘟丹预防COVID-19的核心靶点;利用R语言和KOBAS数据库分别进行GO和KEGG富集分析。结果辟瘟丹化学成分共115个,靶点共2378个,辟瘟丹和COVID-19有重叠靶点101个,核心靶点为TP53、HSP90AA1、AKT1、MAPK3;KEGG富集分析得到信号通路102条,主要涉及IL-17信号通路、TNF信号通路、P53信号通路、AGE-RAGE信号通路等;GO分析后共得到生物学过程2359个、细胞组成423个、分子功能161个。结论辟瘟丹能够通过TP53、HSP90AA1、AKT1、MAPK3靶点,IL-17、TNF、P53、AGE-RAGE信号通路途径达到调节细胞凋亡、促进机体免疫、抗病毒等作用,发挥预防COVID-19的药理作用。

关键词： 逍遥散   黄褐斑   网络药理学   机制   基因   实验验证  

摘要： 目的基于网络药理学技术及实验验证分析逍遥散治疗黄褐斑的作用机制。方法应用TCMSP等数据库和相关的文献资料,检索逍遥散的生物活性成分及相关作用靶点,构建逍遥散的药物-有效成分-作用靶点网络。基于Drugbank和Genecards等数据库建立与黄褐斑相关的疾病靶点,与逍遥散的有效成分靶点匹配获得潜在治疗靶点。根据Metascape数据库和DAVID数据库对潜在的治疗靶点进行GO生物过程、KEGG信号通路和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,PPI网络的拓扑分析用Cytoscape软件进行。并用实验验证上述结果。结果逍遥散中有效化学成分有928种,包括白芍85种,白术55种,柴胡349种,当归125种,茯苓34种,甘草280种,有效成分作用靶点基因155个。在药物-有效成分-靶点网络内重要性前10的有效成分中,来源自柴胡4种,白芍3种,白术1种,甘草2种。共收集到49个黄褐斑相关疾病靶点,其中有24个是逍遥散治疗黄褐斑的潜在靶点基因。KEGG富集分析表明,在全部的20调信号通路中得到10条较为靠前的信号通路。GO功能富集分析显示,前10个生物过程包括分子调节功能、磷酸化等;前10个分子功能包括细胞传递部分、生物膜等;前10个细胞定位包括核苷酸、嘌呤核苷酸等。PPI网络经提取后获得了包含36个节点的核心网络,其中HSP90AA1、HSP90AB1、NTRK1、CUL3、APP、EGFR、TP53、UBC、MCM2、PRKACA基因是核心靶点。实验验证表明,逍遥散可显著改善大鼠黄褐斑情况;能升高血清SOD水平,降低血清Tyr和MDA含量;改善黄褐斑处皮肤组织结构和皮肤HMB45表达情况。结论逍遥散可通过多成分、多靶点和多通路治疗黄褐斑,起治疗作用的有效成分主要来源自柴胡、白芍、白术和甘草,而核心靶点主要有HSP90AA1等基因。

关键词： 三妙解毒液   臁疮   下肢静脉溃疡   外治   网络药理学   分子对接   动物实验  

摘要： 目的利用网络药理学分子对接及动物实验探究三妙解毒液外治臁疮的作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选三妙解毒液的有效成分及作用靶点;利用Gene Card、OMIM、Pharm Gkb、Drug Bank数据库检索臁疮的疾病靶点,并与三妙解毒液药物靶点取交集;构建三妙解毒液有效成分-作用靶点及蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过Cytoscape软件筛选核心靶点基因;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,微生信平台对结果进行可视化,并构建药物有效成分-臁疮-靶点-通路网络图;利用Auto Dock Tools、Vina及Pymol对药物有效成分与核心靶点进行分子对接。SPF级雄性SD大鼠48只,分为空白组(8只)和造模组(40只)。造模组通过结扎左髂总静脉+局部皮肤全层切除的方法构建臁疮大鼠模型,造模成功后将其分为三妙解毒液低剂量组(0.5 g/ml)、三妙解毒液中剂量组(1.0 g/ml)、三妙解毒液高剂量组(2.0 g/ml)、阳性对照组(牛碱性成纤维细胞生长因子外用溶液)、模型组,每组8只。将无菌纱布修剪成方块,各组分别给予相关药物或0.9%氯化钠注射液溻渍于溃疡创面。RT-q PCR法检测各组AKT1、TP53、MAPK1 m RNA表达水平。结果共检索到三妙解毒液中有效成分367个,潜在作用靶点316个;涉及臁疮靶点2931个,两者共同靶点224个。有效成分包括槲皮素、芹菜素、葛根素等,核心靶点包括AKT1、TP53、MAPK1等。GO富集分析得到生物过程907项、细胞组成113项、分子功能177项。KEGG通路富集分析得到179条信号通路,主要涉及PI3K/Akt、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、芹菜素、葛根素可与AKT1、TP53、MAPK1有效结合。动物实验结果显示,模型组AKT1、TP53、MAPK1 m RNA表达低于空白组(P<0.05);三妙解毒液低、中、高剂量组AKT1、TP53、MAPK1 m RNA表达高于模型组(P<0.05);三妙解毒液中剂量组AKT1、TP53、MAPK1m RNA表达高于三妙解毒液低剂量组(P<0.05);三妙解毒液高剂量组AKT1、TP53、MAPK1 m RNA表达低于三妙解毒液中剂量组(P<0.05)。结论三妙解毒液可能通过槲皮素、芹菜素、葛根素等核心活性成分,作用于AKT1、MAPK1、TP53等核心靶点,通过PI3K/Akt、MAPK等信号通路干预臁疮创面的修复。

关键词： 黄芪甲苷   PI3K-AKT信号通路   网络药理学   分子对接  

摘要： 运用网络药理学和分子对接技术研究黄芪甲苷(AS-Ⅳ)在心血管疾病(CVD)治疗中的作用机制。筛选AS-Ⅳ和CVD靶点,进行蛋白与蛋白互作(PPI)分析,构建AS-Ⅳ治疗CVD的靶点-通路网络,并使用KEGG PATHWAY数据库分析PI3K(磷脂酰肌醇3-激酶)-AKT(丝苏氨酸蛋白激酶)信号通路。筛选得到57个交集靶点,分析得出471个GO条目,涉及信号传导、细胞凋亡等。KEGG通路筛选出105条,包括PI3K-AKT、表皮生长因子受体(EGFR)等。排名前5的靶点为AKT1、EGFR、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、血管内皮生长因子A(VEGFA)和信号转导及转录激活子3(STAT3)。分子对接结果表明,AS-Ⅳ与这些关键受体有较好的结合力,显示AS-Ⅳ在多靶点、多通路治疗心血管疾病方面具有潜在作用。

关键词： 萆苓止带方   外阴阴道假丝酵母菌病   网络药理学   雄激素受体   落新妇苷   京尼平苷酸   毛蕊花糖苷   23-乙酰泽泻醇B   23-乙酰泽泻醇C   芍药苷   白术内酯Ⅰ   白术内酯Ⅱ   白术内酯Ⅲ   绿原酸   槲皮苷  

摘要： 目的 采用网络药理学方法探究萆苓止带方治疗外阴阴道假丝酵母菌病(vulvovaginalcandidiasis,VVC)的作用机制,并进行体内实验验证。方法 运用TCMSID数据库获取萆苓止带方中活性成分,并预测药物作用靶点;运用GEO、MelaCards和CTD数据库获取VVC疾病基因,将萆苓止带方作用靶点与VVC疾病相关基因取交集。运用STRING在线工具构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络,使用Cytoscape软件进行可视化处理;使用WebGestalt工具进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;运用MCODE插件筛选关键基因,运用CB-DOCK2对关键靶点和成分进行分子对接。采用雌激素注射联合阴道接种白色念珠菌法制备VVC小鼠模型,给予萆苓止带方干预后,对阴道灌洗液进行涂片染色,观察阴道真菌载量;采用苏木素-伊红(hemato xylin-eo sin,HE)染色观察阴道组织病理观变化;采用免疫组化法检测阴道组织雄激素受体(androgen receptor,AR)表达。结果 萆苓止带方与VVC疾病的共有靶点共43个,涉及代谢、炎症调节、激素等相关生物过程,富集于氮代谢、雌激素信号传导通路、卵巢类固醇生成、缺氧诱导因子-1 (hypoxia-induciblefactor-1,HIF-1)信号通路、内分泌抵抗等信号转导通路。共有靶点网络的核心基因为AR、基质金属蛋白酶1 (matrixmetallopeptidase 1,MMP1)、聚二磷酸腺苷-核糖聚合酶1 [poly (adenosine diphosphate-ribose)polymerase 1,PARP1]和一氧化氮合酶3 (nitric oxide synthase 3,NOS3),核心子网络共3个,均与多种卵巢类固醇激素相关蛋白及其合成代谢、细胞炎症调控等密切相关。动物实验结果显示,萆苓止带方能够有效降低VCC小鼠阴道灌洗液中真菌载量,改善阴道黏膜病理,并下调阴道组织AR表达(P<0.001)。结论萆苓止带方治疗VVC的机制是多靶点、多通路的复杂过程,其机制可能与调节氮代谢、雌激素和缺氧等通路密切相关,核心靶点可能是AR。

关键词： 刺五加   帕金森病   网络药理学   分子对接   信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学与分子对接方法探究刺五加治疗帕金森病(Parkinson's disease,PD)的作用机制。方法检索ETCM数据库获取并筛选刺五加活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测活性成分对应靶标,构建“刺五加-活性成分-靶点”网络图;检索GeneCards、DisGeNET数据库获取PD相关基因靶点,针对其与刺五加交集靶点,根据度值、中介中心性和接近中心性筛选核心靶点;使用STRING数据库构建PPI网络图,并进行GO与KEGG富集分析;最后使用AutoDock Vina进行分子对接。结果共检索出61种刺五加活性成分,确定了652个潜在靶点,506个可能适合治疗PD的潜在疾病靶点。分子对接结果表明,刺五加苷B、槲皮素和β-谷甾醇是刺五加治疗PD的核心活性成分,可分别作用于排名前3位的核心靶点GAPDH、AKT1和TNF。结论推测刺五加可能主要以神经活性配体-受体相互作用及cAMP信号通路来发挥治疗PD的作用。

关键词： 绞股蓝   网络药理学   糖尿病性心肌病  

摘要： 目的:利用网络药理学方法探讨绞股蓝治疗糖尿病性心肌病(Diabetic Cardiomyopathy,DCM)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PharmMapper、Genecards数据库中获取“绞股蓝”活性成分及其靶点、疾病靶点,使用Cytoscape绘制药物活性成分-疾病交集靶点网络图,利用STRING平台构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图,通过OmicShare Tools平台进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用分子对接软件Autodock对核心靶点和主要活性成分进行分子对接验证。结果:筛选得到24个绞股蓝活性成分,其中与DCM的交集靶点50个。人参皂苷F2、绞股蓝皂苷XII、绞股蓝皂苷XXXII、绞股蓝皂苷XXXV_qt、绞股蓝皂苷LXXIV等是绞股蓝治疗DCM的主要活性成分,蛋白质-蛋白质相互作用网络提示白蛋白(Albumin,ALB)、雌激素受体1(Estrogen Receptor1,ESR1)、半胱氨酸蛋白酶3(Caspase 3,CASP3)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、热休克蛋白90α家族A类成员1(Heat Shock Protein 90 Alpha Family Class A Member 1,HSP90AA1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Peroxisome Proliferator Activated Receptor Gamma,PPARG)等可能是绞股蓝治疗DCM的核心靶点。KEGG富集分析显示主要信号通路有白细胞介素(Interleukin,IL)-17信号通路、脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Product,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End Product Receptor,RAGE)信号通路、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号传导等。分子对接验证提示核心靶点和主要成分之间具有优秀的结合活性。结论:绞股蓝通过多成分、多靶点、多通路以发挥降糖、抗炎、改善能量代谢、抗氧化应激、改善内分泌抵抗等生理学功能,从而治疗DCM。

关键词： 牛蒡子   疫病   药理学   功效应用  

摘要： 《名医别录》将牛蒡列为中品,性味辛、苦、寒,能够疏风祛邪、清热解毒,治疗外感热病、温病初起等,是预防和治疗疫病的必备良药。基于古今文献学、现代药理学对牛蒡子治疗疫病进行梳理,探讨牛蒡子治疗疫病的理论依据,为临床防治疫病提供参考。

关键词： 加味芍药汤   网络药理学   溃疡性结肠炎   分子对接   细胞实验   作用机制  

摘要： 目的运用网络药理学技术及实验验证探讨加味芍药汤治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法运用中药系统药理学技术平台、DisGeNET数据库筛选加味芍药汤的化学成分,借助人类基因数据库获取溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)的相关靶点基因,将药物作用靶点及疾病相关靶标基因取交集,使用String数据库对关键作用靶点构建蛋白质相互作用网络,通过Cytoscape软件将结果可视化,借助David数据库对加味芍药汤治疗溃疡性结肠炎相关靶基因进行GO功能分析和KEGG代谢通路分析。建立2.5%DSS诱导的Caco-2细胞损伤作为UC体外细胞损伤模型,通过电子显微镜下观察肠上皮细胞生长状态,CCK8检测Caco-2细胞活力、qPCR检测IL-1B、TNF mRNA的表达水平。结果网络药理学显示,加味芍药汤与UC的共同靶点基因包含IL-1B、TNF等关键基因。加味芍药汤可能通过IL-17通路、NF-kappa B通路等介导炎症反应治疗UC。分子对接结果显示,β-谷甾醇、槲皮素、豆甾醇、山奈酚、小檗碱与2个核心靶点(IL-1B、TNF)的结合能更低,结构更稳定。细胞实验证实加味芍药汤对DSS刺激的Caco-2细胞炎症模型具有恢复细胞活力,抑制炎症反应的作用。结论加味芍药汤可能通过介导炎症反应治疗溃疡性结肠炎。

关键词： 韭菜籽   肾阳亏虚   分子对接   网络药理学   靶点  

摘要： 利用网络药理学、生物信息学和分子对接技术,全面解析韭菜籽治疗肾阳亏虚的分子机制。首先使用TCMSP数据库筛选韭菜籽潜在靶点及活性成分,借助OMIM数据库和Genecards数据库整合疾病靶点,使用Venny2.1.0工具构建韦恩图,获得交集靶点。再通过STRING11.0数据库探究药物与疾病交集靶点的互作关系,利用DAVID数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用Cytoscape3.9.1软件构建韭菜籽的活性成分-靶点-通路网络图,选用AutoDock Tools软件对蛋白与成分进行分子对接验证。研究表明,通过筛选得到4个活性成分,确定了41个作用靶标,反式贡多糖酸和β-谷甾醇被确认为主要活性成分。富集分析显示其主要通过调控编码炎症相关靶蛋白发挥作用,涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、癌症相关通路、神经退行性疾病、环磷酸腺苷通路等。分子对接发现,韭菜籽中关键活性成分通过氢键与靶蛋白结合,主要通过与Asn-35、Thr-272、Lys-297和Glu-140等氨基酸残基结合调控靶点表达。