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关键词： 甘青青兰   疏肝和胃   UPLC-Q-TOF/MS   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF/MS)技术对甘青青兰的化学成分进行鉴别,并利用网络药理学和分子对接技术初步分析甘青青兰疏肝和胃的作用机制。方法:依据质谱分析结果结合文献对甘青青兰中的化学成分进行鉴定,借助TCMSP平台及PubChem数据库预测成分潜在作用靶点,通过GeneCards及OMIM数据库筛选疏肝和胃相关靶点,利用STRING数据库建立靶点蛋白相互作用PPI网络,开展“药物-成分-靶点-通路”网络的构建与分析,获取网络中的核心靶点与关键组分,再基于DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析,最后利用分子对接技术进行初步验证。结果:最终从甘青青兰中鉴定出33个化合物,包括黄酮类21个、酚酸类9个、三萜类3个。其中,丹酚酸I、胡麻素-5-O-葡萄糖苷、胡麻素-4'-O-葡萄糖苷、3'-甲氧基藿香素-7-O-葡萄糖苷、胡麻素-3'-O-(6''-O-乙酰基)-葡萄糖苷为首次在本植物中鉴定出来的5个化合物。网络药理学分析结合分子对接验证预测,甘青青兰主要通过熊果酸、齐墩果酸、白桦脂酸作用于GAPDH、ACTB、ALB、TP53、AKT1、TNF、HSP90AA1等靶点,调节脂质与动脉粥样硬化、癌症的发病途径及缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路发挥疏肝和胃作用。结论:甘青青兰发挥疏肝和胃功效是多成分、多靶点、多途径协同作用的结果,此为进一步开展甘青青兰治疗肝胃不和证候的质量标志物及新药开发等研究提供科学依据。

关键词： 黄杞苷   银屑病   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学及分子对接,探究黄酮苷类化合物黄杞苷对治疗银屑病的潜在靶点及作用机制。首先,通过TCMSP等数据库获取药物与疾病潜在靶点;其次,构建黄杞苷-银屑病交集靶点蛋白质互作网络,并获取关键靶点。采用Metascape数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最终选取关键靶点与黄杞苷进行分子对接。结果显示,黄杞苷治疗银屑病潜在靶点共66个,涉及炎症反应的调节、对外源性刺激的反应等生物进程,并且可能通过调控PI3K/Akt等多条信号通路发挥治疗作用。分子对接结果显示,黄杞苷与核心靶点结合活性较好,并阐明了黄杞苷通过多靶点、多途径来治疗银屑病,为研发新的治疗银屑病药物提供了理论基础。

关键词： Polycystic ovary syndrome   Network pharmacology   Wuji powder   Inflammation   Insulin resistance  

摘要： To elucidate the potential mechanism of Wuji powder in treating polycystic ovary syndrome(PCOS),this study utilized TCMSP database to screen the active ingredients of each constituent drug in Wuji ***,we predicted the target proteins associated with these active *** parallel,we employed the GeneCards database to identify genes related to PCOS and determined the intersection of drug targets and disease targets using the online tool available at http://***/webtools/Venn/.The shared genes were considered as the target proteins of Wuji powder in the treatment of *** the String website,we constructed a protein-protein interaction(PPI)network diagram and identified key protein modules and hub genes within the PPI network using Cytoscape 3.7.1 *** analysis in the DAVID database involved GO and KEGG pathway enrichment analyses of the genes within the identified key *** investigation revealed a total of 63 active ingredients in Wuji powder with potential therapeutic effects on PCOS,corresponding to 266 drug *** with PCOS-related disease targets yielded 174 shared *** key modules and ten hub genes(TNF,MMP9,AKT1,ECG,VEGFA,PTGS2,IL-6,MAPK3,STAT3,and CXCL8)were identified through network *** pathway enrichment analysis uncovered 58 signaling pathways,including TNF,MAPK,and PI3K-Akt signaling *** functional annotation delineated five cellular components(CC),nine molecular functions(MF),and 58 biological processes(BP).Noteworthy findings included extracellular space,enzyme binding,and drug response among CC,MF,and BP categories,*** results collectively suggested that Wuji powder might exert its therapeutic effects on PCOS by modulating the TNF/PI3K/AKT signaling pathway.

关键词： 养心氏片   冠心病   抑郁症   网络药理学   分子对接  

摘要： 通过网络药理学和分子对接技术探讨养心氏片(Yangxinshi,YXS)治疗冠心病(coronary heart disease,CHD)合并抑郁症(major depressive disorder,MDD)的机制。使用TCMSP和TCM-ID数据库筛选YXS中的活性化合物及其相关靶点,并在Uniport数据库中获取靶点的标准基因名;通过使用GeneCards和OMIM数据库,收集与冠心病(CHD)和抑郁症(MDD)相关的疾病靶点,对药物靶点和疾病靶点进行交集分析,以获得蛋白质互作关系;利用David数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因百科全书信号通路富集分析(KEGG);最后使用AutodockTools软件进行分子对接验证。富集分析显示YXS中的295个活性成分(如槲皮素、木犀草素、山柰酚和豆甾醇)作用于STAT3、IL1B、IL6等290个靶点。此外,YXS还涉及AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路等。分子对接结果显示良好的对接效果。YXS治疗CHD合并MDD的药理作用主要通过作用于槲皮素、木犀草素、山柰酚和豆甾醇等活性成分的STAT3、IL1B、IL6等靶点,通过AGE-RAGE、脂质与动脉粥样硬化等信号通路抑制炎症反应,提高5-羟色胺(5-HT)含量等。研究结果为后续的实验研究和临床应用提供了理论基础。

关键词： 网络药理学   慢性胃炎   调胃和中汤   作用机制  

摘要： 目的:应用网络药理学分析具有抗炎功效的调胃和中汤治疗慢性胃炎的作用机制。方法:使用中医药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索调胃和中汤中单味药活性成分与作用靶点,在相关数据库中检索慢性胃炎的疾病靶点。将预测的药物与疾病交集靶点导入STRING数据库进行分析并搭建蛋白互作网络(PPI)。基于Metascape数据库进行GO功能与KEGG通路富集分析,并绘制相应结果图,探究其作用机制。结果:检索后共获得活性成分对应靶点332个,其中作用于慢性胃炎的交集靶点有112个;蛋白互作网络关键靶点主要为AKT1、IL-6、TNF、TP53、IL-Iβ、JUN等。GO富集分析得到富集的生物过程集中在对外来生物刺激、氧化应激及激素的反应,对细胞增殖、迁移的调节,对凋亡信号通路的调控等方面;KEGG通路富集分析结果显示,调胃和中汤可能通过介导AGE-RAGE、PI3K-AKT、JAK-STAT和NF-κB等信号通路发挥疗效。结论:该研究结果初步揭示了调胃和中汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性胃炎,但尚有不足之处,需要后期实验研究进一步验证。Objective: The mechanism of Tiaoweihezhong Decoction with anti-inflammatory effect on chronic gastritis was studied by using network pharmacology. Methods: The TCMSP platform was used to search the single ingredient and target of Tiaoweihezhong Decoction, and the disease target of chronic gastritis was searched in databases. The predicted intersection targets of drugs and diseases were imported into the STRING database for analysis and the protein interaction network was constructed. The enrichment analysis of GO function and KEGG pathway was carried out based on Metascape database, and corresponding result diagrams were drawn according to the results. The “target-pathway” network was constructed by Cytoscape 3.7.2 to explore its mechanism. Results: A total of 332 targets corresponding to active ingredients were obtained, of which 112 were intersections for chronic gastritis;The key targets of the protein interaction network were AKT1, IL-6, TNF, TP53, IL-Iβ, JUN, etc. The GO pathway enrichment analysis showed that the enriched biological processes included the response to foreign biological stimuli, oxidative stress and hormones, the regulation of cell proliferation and migration, and the regulation of apoptosis signaling pathways. The results of KEGG pathway enrichment analysis showed that Tiaoweihezhong Decoction may exert therapeutic effect by acting on AGE-RAGE, PI3K-Akt, JAK-STAT and NF-κB signaling pathways, etc. Conclusion: The results of this study preliminarily revealed that Tiaoweihezhong Dec

关键词： 黄芪甲苷   血管生成   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接探讨黄芪甲苷促进血管生成的作用机制。方法:通过SwissTarget Prediction和GeneCards数据库筛选黄芪甲苷的相关靶点,通过GeneCards数据库筛选血管生成的相关靶点,将交集基因通过Venny分析,得到黄芪促血管生成的关键靶点。运用String数据库构建交集基因的PPI网络,数据导入Cytoscape3.10.1软件构建PPI网络,筛选关键基因。借助DAVID数据库及微生信对靶点基因进行GO富集分析。采用AutoDock vina软件进行分子对接,通过Pymol软件进行受体和配体可视化处理。结果:从黄芪甲苷中筛选出93个靶点,与血管生成有关的803个靶点,PPI网络筛选出关键靶点10个,包括IL6、AKT1、MMP9、STAT3、TGFB1、CTNNB1、HIF1A、BCL2、GSK3B、IL1B,富集分析提示上述靶点参与多条血管生成相关的信号通路。分子对接表明黄芪甲苷与上述靶点的结合性能良好,与AKT1、GSK3B、HIF1A、MMP9靶点的对接能量均小于-8 kcal/mol,以氢键结合。结论:黄芪甲苷可通过与多个靶点结合从而调节相关的信号通路,发挥促进血管生成的作用。

关键词： 荜茇   肺纤维化   网络药理学   分子对接   HFL-1细胞   PI3K-Akt信号通路  

摘要： 目的:通过网络药理学及分子对接技术初步预测荜茇抗肺纤维化的活性成分、作用靶点及信号通路,并通过体外实验进行初步验证荜茇抗肺纤维化的作用机制。方法:从TCMSP、Swiss Target Prediction和Pub Chem等数据库中获取药物的有效成分及对应靶点。使用Gene Cards和OMIM数据库收集疾病的相关靶点。利用jvenn在线工具筛选出药物与疾病的交集靶点,通过String数据库及Cytoscape3.9.1软件构建“药物-成分-靶点”与PPI网络图。使用微生信平台对交集靶点进行GO及KEGG富集分析,将富集KEGG前20条通路、核心靶点、药物成分,构建“成分-靶点-通路”网络并进行可视化。利用分子对接技术将药物成分与靶点进行对接,并对其部分对接结果可视化。培养HFL-1细胞,采用MTT法检测各浓度对细胞活力的影响,计算抑制率,从而筛选出最佳的药物浓度。将体外培养的HFL-1细胞分为4组,即对照组、TGF-β1组、TGF-β1+LD组(联合LD组)、TGF-β1+HD组(联合HD组)。采用CCK-8试剂检测24、48、72 h的细胞增殖活性。采用平板克隆形成实验来观察药物对HFL-1细胞克隆形成能力的影响。采用RT-qPCR和Western blot实验观察各组细胞α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、Ⅰ型胶原蛋白(COI-Ⅰ)、Ⅲ型胶原蛋白(COI-Ⅲ)的m RNA和PI3K-Akt信号通路蛋白表达水平。结果:共获得荜茇与抗肺纤维化交集靶点为197个。经拓扑学分析获得核心PPI网络,包含29个节点与199条边;GO功能分析显示,荜茇治疗肺纤维化(PF)生物学过程包括:凋亡过程负调控、信号转导、蛋白质磷酸化等。细胞成分包括:细胞质、核浆、等离子体膜。分子功能包括相同的蛋白结合、丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、蛋白结合等。KEGG信号通路被155条富集,而其中已被证实,与PF密切相关为PI3K-Akt信号通路,富集排名第四“。成分-靶点-通路”网络中PIK3CA、MAPK3、MAPK1、MTOR、SRC、CCND1、EGFR、PRKCA、BCL2、GSK3B链接度最高。荜茇宁、N-(2,5-二甲氧基苯基)-4-甲氧基苯甲酰胺、四氢丹参酮、豌豆素和胡椒碱是关键化合物。分子对接结果显示,除N-(2,5-二甲氧基苯基)-4-甲氧基苯甲酰胺外,其余化合物与10个链接度高的蛋白质结合活性较好。体外实验显示,48、72 h联合LD组增殖能力明显低于TGF-β1组(P<0.05),24、48、72 h联合HD组又显著低于联合LD组。各药物组克隆数量显著减少(P<0.05)。联合LD和联合HD组α-SMA、COl-I、COl-Ⅲm RNA和蛋白表达水平明显低于TGF-β1组。与TGF-β1组相比,两个剂量组中p-PI3K/PI3K、pAKT/AKT蛋白表达显著减少(P<0.01)。结论:荜茇抗PF作用,其机制可能通过调控PI3K-Akt信号通路而发挥治疗PF作用。

关键词： 筒鞘蛇菰   对乙酰氨基酚   药源性肝损伤   网络药理学   凋亡   蛇菰多糖   Bax/Bcl-2/caspase 3信号通路  

摘要： 目的通过网络药理学和实验验证探讨筒鞘蛇菰Balanophora involucrata Hook.f.对药源性肝损伤(DILI)的保护作用及其机制。方法文献检索筒鞘蛇菰的化学成分,用多重数据库分析预测筒鞘蛇菰的药理机制。用对乙酰氨基酚(APAP)诱导小鼠DILI模型,以联苯双酯为阳性药,通过组织病理检查、生化检测、免疫组化及分子生物学检查验证筒鞘蛇菰提取物蛇菰多糖(BPS)对DILI的疗效及作用机制。结果筒鞘蛇菰调控DILI的主要活性成分为圣草酚、β-香树脂醇、β-谷甾醇等,核心靶点有TNF、MAPK3、PTGS2、BCL2L1等;GO功能富集分析显示:核心蛋白参与的生物过程涉及凋亡过程调节;KEGG富集分析显示:筒鞘蛇菰调节APAP肝损伤的通路主要涉及凋亡相关信号通路。BPS可显著降低DILI模型小鼠的肝指数及肝组织中转氨酶的含量,改善肝组织的病理状态和炎症浸润;同时,BPS可减轻模型小鼠肝细胞的凋亡程度,抑制凋亡蛋白caspase 3、C-caspase 3的激活,促凋蛋白Bax的表达,升高抑凋蛋白Bcl-2的表达。结论筒鞘蛇菰可能通过Bax/Bcl-2/caspase 3信号通路调控细胞凋亡对小鼠DILI起预防和治疗作用。

关键词： 丹参保心茶   冠心病   抑郁症   网络药理学   NLRP3炎症通路   小鼠  

摘要： 目的基于网络药理学及NLRP3炎症通路探讨丹参保心茶对冠心病合并抑郁症小鼠的作用机制。方法(1)利用TCMSP、BATMAN-TICAM数据库筛选丹参保心茶的活性成分及其作用靶点;通过Gene Cards、OMIM数据库筛选冠心病合并抑郁症疾病相关靶点。将丹参保心茶活性成分作用靶点与冠心病合并抑郁症疾病相关靶点导入Venny 2.1在线平台,获得二者的交集靶点(共同靶点),即为丹参保心茶治疗冠心病合并抑郁症的潜在作用靶点。通过STRING平台对潜在作用靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选出关键靶点;构建“药物-活性成分-疾病-靶点”网络,筛选丹参保心茶治疗冠心病合并抑郁症的关键活性成分以及重要靶点;将潜在作用靶点通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。(2)将昆明小鼠随机分为6组:正常组、模型组、阳性对照组(酒石酸美托洛尔片5.14 mg·kg^(-1)+盐酸舍曲林片10.3 mg·kg^(-1))及丹参保心茶高、中、低剂量组(30.8、15.4、7.7 g·kg^(-1)·d^(-1)),每组8只。采用慢性不可预知性刺激(CUMS)和皮下注射盐酸异丙肾上腺素(ISO)诱导冠心病合并抑郁小鼠模型。每天灌胃给药1次,连续18 d。采用行为学实验(旷场实验、强迫游泳实验、悬尾实验)检测小鼠抑郁水平;HE、尼氏染色法观察海马组织病理变化;q PCR法检测海马组织中IL-6、TNF-α、NLRP3、IL-1β、Caspase-1、IL-10 m RNA表达水平。结果(1)筛选出65种丹参活性成分、9种绿茶活性成分,共得到1042个作用靶点以及2116个冠心病合并抑郁症的疾病相关靶点。将活性成分作用靶点与疾病相关靶点经Venny 2.1平台取交集,共得到丹参保心茶治疗冠心病合并抑郁症的潜在作用靶点(共同靶点)299个。通过潜在作用靶点PPI网络分析筛选出IL-1β、AKT1、TNF-α、IL-6、VEGFA、CASP3、IL-10等关键靶点。通过“药物-活性成分-疾病-靶点”网络分析得到维生素B、木犀草素、丹酚酸、丹参酮ⅡA、儿茶素等关键活性成分,以及PTGS2、IL-1β、IL-6、TNF-α和IL-10等重要靶点。潜在作用靶点主要集中在炎症反应、肿瘤坏死因子调控、糖皮质激素调控、核因子κB(NF-κB)转录因子调控等生物过程,以及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡信号通路和NF-κB信号通路等主要通路。(2)与正常组比较,模型组小鼠的旷场总距离和中心距离均显著缩短(P<0.01),漂浮时间及摇摆不动时间显著延长(P<0.01);海马组织的IL-6、TNF-α、Caspase-1、NLRP3、IL-1βm RNA表达均显著上调(P<0.01),IL-10m RNA表达明显下调(P<0.05)。与模型组比较,丹参保心茶高、中、低剂量组小鼠的旷场总距离、中心距离均显著增加(P<0.05,P<0.01),漂浮时间及摇摆不动时间显著缩短(P<0.01);丹参保心茶高、中、低剂量组小鼠海马组织的IL-6、IL-1β、NLRP3、TNF-α、Caspase-1 m RNA表达均显著下调(P<0.01),丹参保心茶高、中剂量组小鼠海马组织的IL-10 m RNA表达显著上调(P<0.01)。结论丹参保心茶对冠心病合并抑郁症小鼠的干预作用可能是通过木犀草素、丹参酮、丹酚酸、儿茶素等活性成分,作用于IL-6、TNF-α、IL-1β和IL-10等关键靶点,调控NLRP3炎症通路来实现的。

关键词： 菝葜   银屑病   网络药理   分子对接  

摘要： 运用网络药理学的研究方法,深入探索菝葜治疗寻常型银屑病的作用机制。利用中药系统药理学数据库筛选出菝葜的活性成分及其作用靶点,并与寻常型银屑病的靶点取交集,得到菝葜治疗寻常型银屑病的潜在作用靶点。针对这些靶点,构建了PPI网络,并进一步进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。分析结果显示:菝葜含有13个活性成分与76个靶点蛋白相互作用,共同参与了25条与寻常型银屑病密切相关的关键通路。广泛的生物过程被生物学功能所涵盖,包括调节脂质代谢过程、大分子复合物、酶结合等。菝葜治疗银屑病的主要富集通路为IL-17信号通路和TNF信号通路。分子对接实验进一步证实,菝葜的核心成分能够与核心靶点有效结合,从而发挥治疗作用。本研究初步揭示了菝葜作为治疗寻常型银屑病的有效中药,其疗效可能与对IL-17和TNF信号通路等关键靶点的调节有关。该结果为菝葜在银屑病治疗中的应用提供更为深入的理论依据。