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关键词： 肺结节   升降散   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接方法研究升降散治疗肺结节的作用机制。方法通过数据库筛选升降散活性成分和靶点以及肺结节靶点,通过Venny 2.1获取交集靶点,Cytoscape 3.6.0软件筛选核心靶点。采用Metascape进行GO和KEGG基因富集分析,得到升降散治疗肺结节作用通路;最终筛选出的前5个靶点与前5名化合物通过AutoDock Tools 1.5.6和PyMOL进行验证与可视化。结果升降散中筛选得到44个活性化合物,涉及208个靶点。肺结节共2175个靶点,交集靶点共97个。KEGG富集显示关键靶点主要富集在Pathways in cancer、PI3K-Akt等20个通路上。分子对接验证结果显示,大部分靶点与成分的结合能均小于-6,提示结合活性较好。结论基于网络药理学探讨升降散治疗肺结节,为进一步研究提供新的思路和方法。

关键词： 数字化   药理学课程   质量建设   实践研究  

摘要： 教育数字化是教育高质量现代化发展的重要支撑。高等学校课程质量的提升是关乎国家发展和人才培养的重要任务。数字化赋能高校课程建设对推进我国高校高质量发展具有重要意义。本研究以数字化改革为背景,探讨药理学课程质量建设的实践策略。通过分析当前药理学课程的现状,提出数字化赋能药理学课程质量建设的方案,旨在为提高我国药理学教育质量提供有益参考。

关键词： 独活寄生汤   神经根型颈椎病   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术研究独活寄生汤治疗神经根型颈椎病的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选独活寄生汤的活性成分及其靶点,利用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库筛选与神经根型颈椎病相关的疾病靶点。通过对这些靶点进行映射,得到潜在的治疗靶点。使用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,并利用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图。利用微生信进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以深入了解潜在治疗靶点的功能和通路。最后,使用Autodock软件对活性成分进行分子对接验证,以评估其与目标蛋白的结合亲和力。结果:独活寄生汤含有129种活性成分,与神经根型颈椎病相关的交集靶点有285个。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析筛选出治疗神经根型颈椎病的关键靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、肿瘤坏死因子、核因子-κB亚基1。GO功能和KEGG通路分析显示,关键靶点涉及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、细胞凋亡和细胞增殖的调节。结论:独活寄生汤可能通过抑制炎症、促进细胞存活等方式改善神经根型颈椎病症状,为临床应用和未来治疗该疾病提供新思路。

关键词： 非甾体抗炎药(NSAIDs)   呼吸道合胞病毒(RSV)   网络药理学   分子对接   机制研究  

摘要： 目的:通过网络药理学方法探寻非甾体抗炎药(nonsteroidal anti-inflammatory drugs,NSAIDs)作为抗炎止痛药对呼吸道合胞病毒(RSV)的潜在作用机制,通过网络药理学研究筛选抗RSV的最有影响力的NSAIDs药物。方法:将美国食品和药物管理局(FDA)批准的NSAIDs(19种活性药物和一种前药)用于本研究。通过Swiss Target Prediction和PubChem数据库收集NSAIDs的靶点,在GeneCards数据库中检索疾病RSV靶标。利用韦恩网绘制NSAIDs靶点蛋白与RSV靶点蛋白的交集,在STRING数据库对药物-疾病交集靶蛋白进行蛋白互作分析,在Cytoscape 3.9.0中对该网络进行美化。在DAVID数据库中对交集靶蛋白进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用微生信在线绘图工具绘制KEGG通路富集分析的气泡图,通过Cytoscape 3.9.0进行通路-靶点-成分网络分析,最后通过分子对接(AutoDock Vina)确定NSAIDs对靶蛋白的结合亲和力。结果:共搜集到421个NSAIDs靶点,391个与RSV相关的靶点,39个重叠的靶蛋白,基因组富集分析显示了37条抗RSV的信号通路,探索出MAPK1、AKT1和MAP2K1是与B细胞受体信号通路相关性最大的靶蛋白。结论:三种NSAIDs(舒林酸、罗非昔布、双氯芬酸)可能通过使MAPK1、AKT1和MAP2K1等相关靶蛋白失活来阻断B细胞受体信号通路,从而缓解RSV引起的支气管炎和肺炎。

关键词： 安宫牛黄丸   缺血性脑卒中   网络药理学   动物实验  

摘要： 目的基于网络药理学及动物实验探究安宫牛黄丸对缺血性脑卒中的治疗作用。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库、中国天然产物化学成分库及文献检索获取活性成分,SwissTargetPrediction数据库预测药物的作用靶点,GeneCards、PubMed-Gene数据库获取缺血性卒中相关靶点。药物与疾病靶点相交集后,导入STRING数据库进行蛋白互作关系分析,筛选关键作用靶点,DAVID数据库进行GO功能富集、KEGG通路富集分析,Schrodinger软件对活性分子与潜在关键靶点进行分子对接。采用大脑中动脉栓塞(MCAO)法构建大鼠脑缺血/再灌注损伤模型,给予安宫牛黄丸干预5 d,对神经功能、脑梗死率和脑组织病理学改变进行评估,RT-qPCR、Western blot法验证安宫牛黄丸对脑组织中部分关键靶点的调控作用。结果筛选出16种活性成分及940个与缺血性卒中相关的靶点,并得到交集靶点318个。富集分析表明,安宫牛黄丸主要与MAPK、cAMP、PI3K/Akt、细胞凋亡等信号通路的调控相关。分子对接显示,安宫牛黄丸活性成分与核心靶点CDC42、SIRT1、PARP1和MAPK3均有较好的结合活性。动物实验显示,安宫牛黄丸能够降低MCAO大鼠脑梗死率,改善神经功能缺损和脑组织病理损伤状态,上调MAPK3、SIRT1表达,下调CDC42、PARP1表达。结论安宫牛黄丸对缺血性卒中的改善作用具有多成分、多靶点的特征,本研究为其临床应用提供了科学的实验依据。

关键词： 甘草   附子   心脏毒性   网络药理学  

摘要： [目的]采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术分别测定甘草、附子单煎样品和合煎的化学成分,并基于网络药理学研究阐明以甘草配伍降低附子心脏毒性的作用机制。[方法]采用液质联用技术对甘草、附子单煎液及合煎液的化学成分进行分析,探究配伍前后化学成分的变化。基于成分分析结果,通过TCMSP、David、DisGeNet等数据库对成分靶点以及心脏毒性靶点进行检索。制作Venn图,将共有靶点输入String数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络构建,并通过Cytoscape软件将网络可视化,最后进行基因本体论(GO)富集分析及Kyoto京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。[结果]与自建数据库比较,共鉴定得到甘草单煎液化合物21种、附子单煎液化合物65种、甘草与附子合煎液化合物71种。基于液质联用技术,运用网络药理学构建中药-活性成分-作用靶点-疾病网络。分析结果表明甘草-附子和心脏毒性疾病的交集靶点共436个,包括蛋白激酶B1(AKT1)、GAPDH等。KEGG结果显示配伍甘草可能通过丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等降低附子心脏毒性。[结论]甘草配伍附子可以改变附子毒性成分,并作用于AKT1、GAPDH等靶点,通过MAPK、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)等信号通路达到降低毒性的效果。

关键词： IgA肾病   网络药理学   分子对接   槐杞黄颗粒  

摘要： 目的 通过网络药理学及分子对接技术探讨槐杞黄颗粒(Huaiqihuang granules, HQH)治疗IgA肾病(IgA nephropathy, IgAN)的作用机制。方法 在中药系统药理数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)检索HQH的有效活性成分及相关靶点;在GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据系统(Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM)、DisGeNET数据库检索IgAN疾病靶点;利用维恩图对二者取交集;通过David数据库进行富集分析;在STRING平台构建蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络;使用Cytoscape绘制HQH干预IgAN的疾病-通路-靶点-成分-药物网络图,利用CytoNCA的度中心性(degree centrality, DC)算法筛选出核心基因;最后利用AutoDock Tools软件探索分子与蛋白质之间的相互作用和结合模式,并用PyMOL可视化。结果 在TCMSP获取到黄精及枸杞子有效成分57个,作用靶点202个,在Pubmed及知网中检索到槐耳作用靶点73个;鉴定IgAN相关靶点199个;得到药物与疾病的交集靶点22个;其中槲皮素、β-谷甾醇、黄芩苷、豆甾醇为HQH核心成分;白细胞介素-6(interleukin-6,IL6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、白细胞介素-1β(interleukin-1beta, IL1β)、CXC基序趋化因子配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)、趋化因子2(C C motif ligand 2,CCL2)、γ-干扰素(interferon-γ,IFNG)、白细胞介素-10(interleukin-10,IL10)、细胞间黏附分子-1(intercellular cell adhesion molecule-1,ICAM1)、白细胞介素-2(interleukin-2,IL2)、C-反应蛋白(C-reactive protein, CRP)、转化生长因子β1(transforming growth factor beta1,TGFβ1)为HQH干预IgAN的核心靶点;涉及到的主要通路为细胞因子-细胞因子受体相互作用、糖尿病并发症中的糖基化终末产物(advanced glycation end products, AGE)-糖基化终末产物受体(receptor for advanced glycation end products, RAGE)信号通路(AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素-17(interleukin-17,IL17)信号通路、核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)信号通路、C型凝集素受体信号通路、Th17细胞分化、TNF信号通路、T细胞受体信号通路、NOD样受体(NOD-like receptor, NLR)信号通路、与IgA产生的肠道免疫网络。分子对接的结果显示,槲皮素与IL6、TNF、IL1β,β-谷甾醇与IL6、TNF,黄芩苷与IL6、TNF、IL1β,豆甾醇与IL6、TNF对接后结合能相对较小。结论 HQH可能通过槲皮素、β-谷甾醇、黄芩苷及豆甾醇等多成分,参与细胞因子与其受体的相互作用、AGE-RAGE信号通路及与IgA产生的肠道免疫网络通路等通路,作用于IL6、TNF及IL1β靶点,从而干预IgA肾病。

关键词： 血府逐瘀汤   网络药理学   胶质母细胞瘤   分子机制   差异表达基因  

摘要： 目的胶质母细胞瘤(GBM)是严重危害全球人类健康的最致命疾病之一。血府逐瘀汤(XFZYD)是活血化瘀的方剂。虽然XFZYD已被证明能抑制肿瘤细胞的迁移和侵袭,但其活性成分、潜在靶点和潜在机制仍不清楚。研究目的是通过网络药理学来探索XFZYD治疗GBM的分子机制。方法下载GEO数据库中GBM基因表达矩阵,运用TCMSP数据库筛选XFZYD的活性成分及其作用靶点;进一步通过吸收、分布、代谢和排泄(ADME)特性进行活性化合物筛选;对XFZYD活性成分作用靶点与GBM差异表达基因取交集(共同靶点),即得XFZYD治疗GBM的潜在作用靶点;采用Cytoscape软件构建XFZYD的“活性成分-作用靶点”网络;对共同靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析、功能富集分析。结果我们通过吸收、分布、代谢和排泄(ADME)筛选确定了117种活性组分,差异表达分析鉴定出2265个差异基因,表达上调的基因1192个,表达下调基因是1073个。由成分-靶标网络和GBM相关基因整合的成分-靶标-致病基因(C-T-P)网络显示XFZYD可通过72个相关差异基因来治疗GBM,进一步通过Cytoscape中CytoNCA插件和MCODE插件分析组分-靶标-致病基因网络(C-T-P网络),结果提示EGFR,BCL2和FOS为核心基因。功能分析提示XFZYD主要通过PI3K-Akt信号通路来治疗GBM。结论XFZYD具有多成分、多靶点、多通路的特点,主要与PI3K-Akt信号通路相关。

关键词： 网络药理学   参桑茶   慢性疲劳综合征  

摘要： 目的:基于网络药理学方法结合实验验证,研究参桑茶治疗慢性疲劳综合征的作用机制。方法:利用TCMSP数据库筛选出参桑茶主要活性成分及对应靶点基因;通过DiGSeE数据库获得慢性疲劳综合征靶点基因;利用Cytoscape3.7.0软件筛选参桑茶治疗慢性疲劳综合征的关键靶点,并利用插件进行富集分析。50只雄性BALB/c小鼠随机分为5组,每组10只,分别为对照组(N)、模型组(M)、低剂量组(D1)、中剂量组(D2)、高剂量组(D3),分别进行冷水游泳、疲劳跑步、疲劳转棒和睡眠剥夺,每天1次,持续4周,第三周开始给药。取肝脏和肌肉组织,用HE染色法观察组织切片,ELISA法检测糖原、ATP、LDH、BUN含量,免疫荧光方法检测NF-κB、TGF-β蛋白表达水平。结果:富集发现核心靶点与NF-κB与TGF-β信号转导密切相关。观察HE、免疫荧光染色结果发现,用参桑茶处理后小鼠病理情况有改善,小鼠肝脏和肌肉组织中NF-κB、TGF-β表达减少。结论:参桑茶具有抗疲劳作用,分子机制可能与NF-κB、TGF-β通路有关。

关键词： UPLC-Zone TOF-MS/MS   脉复生   非酒精性脂肪肝   网络药理学   实验验证  

摘要： 依据脉复生的化学成分,采用网络药理学、分子对接技术、构建NAFLD小鼠模型,探究脉复生防治NAFLD的作用机制。通过UPLC-Zone TOF-MS/MS对脉复生全成分进行检测;借助Swiss生物信息学研究平台获取活性成分和靶点,在OMIM、Disgenet数据库筛选NAFLD疾病靶点,对交集靶点进行PPI分析;在Metascape网站进行GO与KEGG富集分析,对核心靶点与活性成分展开分子对接;采用HFD诱导C57BL/6J小鼠构建NAFLD模型进行核心靶点验证;指认得到130个化学成分,筛选得到54个活性成分与176个可能作用于NAFLD的潜在靶点;根据Degree值对排名前10的成分与靶点进行分子对接实验,对结合能最优的对接模型TNF与Quercetin、IL-17与Asiatic acid、IL-1β与Quercetin进行可视化分析;筛选炎症因子和脂肪代谢相关基因进行qPCR测序。富集分析表明脉复生治疗NAFLD与脂肪酸转化、脂质代谢正向调节等生物过程相关,涉及AGE-RAGE、HIF-1、IL-17等信号通路;与对照组相比,模型组血清学检测ALT、TG、LDL-C指标上升并且HDL-C指标下降(P<0.05);与模型组相比,脉复生给药组和辛伐他汀组能够降低小鼠体质量、肝脏和脂肪质量占比(P<0.05),降低血清中TNF-α、IL-1β和IL-17的含量和mRNA表达,在高剂量时具有显著性差异(P<0.01);与对照组相比,脉复生给药组能够通过调节脂质代谢相关基因的表达,降低肝脏脂质堆积,缓解肝脏脂肪变性。