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关键词： 痛风性关节炎   余甘子   网络药理学  

摘要： 目的:本研究应用网络药理学探究余甘子治疗临床难治性疾病GA的主要活性成分和潜在机制,为云南特色药用植物余甘子用于GA的防治提供科学参考。方法:按照《网络药理学评选方法指南》采用网络数据库TCMSP和DisGeNET等获取余甘子的主要活性成分及其相关的蛋白质靶点和GA相关病理靶点。应用Venny2.1.0获取余甘子和GA靶点的集合,继而构建PPI网络,利用Cytoscape 3.9.1基于MCC算法得到核心靶点。进一步对靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:筛选获得余甘子有效成分18个,余甘子和GA交集39个靶点,PPI网络中Degree值排序最重要的是TNF、VEGFA、MAPK14。GO分析表明余甘子治疗GA涉及小胶质细胞分化、凋亡细胞清除的正调节等生物过程。KEGG分析表明余甘子治疗GA的关键信号通路为Toll-like受体信号通路、NF-κB信号通路及IL-17信号通路。结论:通过本研究揭示了余甘子中槲皮素、木犀草素、山奈酚、鞣花酸等重要功效物质,通过调控关键炎症免疫信号通路及蛋白靶点,降低血液尿酸水平、减轻尿酸所致关节炎反应作为防治GA的潜在分子机制。Objective: This study used network pharmacology to explore the main active ingredients and potential mechanisms of Phyllanthus emblica in the treatment of clinical refractory disease GA and to provide a scientific reference for the use of Phyllanthus emblica, a Yunnan specialty medicinal plant, in the prevention and treatment of GA. Method: According to the “Guidelines for Network Pharmacology Selection”, the main active ingredients of Phyllanthus emblica and their related protein and GA-related pathological targets were obtained using network databases such as TCMSP and DisGeNET. Venny2.1.0 was used to obtain the set of Phyllanthus emblica and GA targets, and then a PPI network was constructed. The core targets were obtained using Cytoscape 3.9.1 based on the MCC algorithm. GO and KEGG enrichment analyses were performed on the targets further. Results: A total of 18 active ingredients of Phyllanthus emblica and 39 targets in the intersection of Phyllanthus emblica and GA were screened and obtained. The most important degree values in the PPI network were TNF, VEGFA, and MAPK14. GO analysis showed that Phyllanthus emblica in the treatment of GA involved biological processes such as positive regulation of microglia differentiation and apoptotic cell clearance. KEGG analysis showed that the key signaling pathways of Phyllanthus emblica in treating GA were the Toll-like receptor signaling pathway, NF-κB signaling pathway, and IL-17 signaling pathway. Conclusion: This study revealed that quer

关键词： 自闭症   冬虫夏草   蚕沙   蚕蛾   基因靶点   信号通路   分子机制   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学对自闭症关键基因进行初步筛选,探讨与自闭症的潜在靶点、生物学过程和信号通路相关的中药。方法以从GEO数据库选取GSE29691数据集作为研究样本,基于GEO2R筛选差异基因,利用微生信网络工具对差异基因进行GO和KEGG分析,利用Cytoscape软件筛选关键靶点并构建模块,将关键靶点导入Coremine医学数据库进行可视化分析,筛选潜力中药。结果对来自GSE29691的原始数据集进行处理,筛选出164个与自闭症患儿显著不同的基因。GO和KEGG分析表明,差异基因主要参与调控EPK1和EPK2蛋白连接、正向调节T细胞活化和白细胞介导的细胞毒性等生物学过程,并与沙门氏菌感染途径、糖尿病心肌病相关。PPI网络图表明,调控粒溶蛋白(GNLY)、T细胞调节趋化因子(CCL5),溶酶体关联膜蛋白1(LAMP1)、自然杀伤细胞颗粒蛋白7(NKG7)、T细胞表面单程膜糖蛋白(CD3E)、半胱氨酸蛋白酶抑制剂(CST7)、穿孔素1重组蛋白(PRF1)、组织蛋白酶(CTSW)、成纤维细胞成长因子结合蛋白(FGFBP2)等可作为治疗自闭症的潜在靶点。冬虫夏草、蚕沙、蚕蛾与多个自闭症关键基因相关,蚕沙、蚕蛾均与CCL5、钙连蛋白(CANX)、LAMP1等多个关键基因相关联;冬虫夏草与GNLY、CCL5、LAMP1等多个关键基因相互映射;另外冬虫夏草、蚕沙等活性成分通过肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)间接参与GNLY、CCL5、LAMP1、CANX等自闭症关键基因,这可能成为治疗自闭症的潜在目标中药。结论冬虫夏草、蚕蛾、蚕沙中的活性化合物可通过作用于CCL5、LAMP1、CANX等多个靶点调节炎症和免疫系统,对自闭症起到治疗作用。

关键词： 知母   生姜   炮制   肺寒湿咳   急性支气管炎   网络药理学  

摘要： 基于网络药理学、分子对接技术和实验验证探讨姜知母干预“肺寒湿咳”的作用机制,为姜知母治疗肺寒湿咳这一传统用法提供现代药理学依据。使用中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP),根据类药性原则选择口服生物利用度(OB≥30%)、药物相似性(DL≥0.18)作为筛选条件并结合相关文献来获得姜知母活性成分,建立姜知母活性成分库;采用SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点;通过SymMap数据库筛选到中医证候“肺寒湿咳”对应西医症状为急性支气管炎;从人类基因数据库(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获得急性支气管炎疾病的相关靶点;利用Venny数据库获取成分与疾病的交集靶点;利用STRING平台和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;借助DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析;采用AutoDock等软件对部分活性成分与潜在靶点进行分子对接验证;最后采用烟熏加寒冷刺激法制备小鼠急性支气管炎疾病模型进行验证。该研究共筛选出姜知母活性成分潜在作用靶点557个,药物-疾病共同靶点157个,富集分析得到1072个GO功能富集条目和169个KEGG通路富集条目;分子对接结果显示活性成分和MAPK14、MMP3蛋白有较好的结合能力,活性成分中结合能力最强的是timosaponin AⅢ;体内动物实验表明,除生知母低剂量组、生知母高剂量组、姜汤组外,其余各给药组均可减轻小鼠肺组织病变,减轻炎症细胞浸润,降低小鼠支气管肺泡灌洗液(BALF)中IL-1β、IL-18、TNF-α炎症因子水平,下调小鼠肺组织MAPK14、MMP3 mRNA及MAPK14、MMP3蛋白的表达,且姜知母的改善效果优于生知母。该研究利用网络药理学和实验验证初步揭示了姜知母可通过调控IL-17、TNF等信号通路,抑制炎症反应,达到治疗肺寒湿咳的作用,验证了姜知母治疗肺寒湿咳这一传统用法的科学性,为姜汤浸知母传统特色炮制工艺的传承和临床应用提供科学依据。

关键词： 雷公藤   糖尿病肾病   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学和分子对接技术,探究了雷公藤治疗糖尿病肾病的作用靶点及分子机制。在雷公藤中筛选得到12种活性成分,对应靶点427个,糖尿病肾病靶点876个,两者交集靶点103个,其中核心靶点为SRC、TP53、EGFR、MAPK1、PIK3CA、JUN。富集通路主要为Rap1 signaling pathway、Insulin resistance、Focal adhesion、TNF signaling pathway等。雷公藤中活性成分与核心靶点结合较好,结合能较低。雷公藤中活性组分作用于SRC、TP53等重要靶点,调控Rap1 signaling pathway、Insulin resistance、TNF signaling pathway等信号通路,通过抗炎、抗氧化等作用治疗糖尿病肾病。

关键词： 补阳还五汤加减   脑小血管病   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的 基于网络药理学和分子对接技术,探讨补阳还五汤加减有效成分治疗脑小血管病(CSVD)的潜在机制。方法 从中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)和中药系统药理学数据库与分析平台(TCNSP)筛选出补阳还五汤加减的活性成分和靶点,通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)和GeneCards数据库收集脑小血管病的靶点,将两者靶点去重后利用Venny 2.1.0制作药物和疾病的靶点韦恩图,导出其交集靶点,使用STRING数据库构建蛋白质与蛋白质相互作用的PPI网络作用图,并通过Cytoscape 3.8.2软件中的插件CytoNCA筛选关键靶点,并将交集靶点导入David数据库,利用微生信程序进行基因本体(GO)和京都和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Cytoscape3.8.2构建补阳还五汤加减药物-有效成分-靶点和补阳还五汤加减药物-成分-靶点-通路网络,最后用AutoDock vinna软件进行分子对接验证。结果 筛选得到补阳还五汤加减活性成分有80个,对应潜在241个靶点,网络图显示槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、黄芩素为补阳还五汤加减治疗CSVD的关键成分,丝氨酸/苏氨酸蛋白应激酶1(AKT1)、白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、核内磷酸化蛋白(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)为治疗CSVD的关键靶点,GO富集分析图可能通过对基因表达的负调控、老茧对缺氧的反应,细胞组主要涉及突触、RNA聚合酶Ⅱ转录因子复合物;分子功能包括递质门控离子通道活性参与突触后膜电位调控、类固醇激素受体活性等。KEGG富集分析显示主要与非小细胞肺癌、癌症中的蛋白多糖、IL-17等信号通路有关。分子对接结果表明补阳还五汤加减中的核心作用靶点和主要活性成分具备稳定性的结合活性。结论 研究初步揭示了补阳还五汤加减可通过多靶点、多成分、多通路的机制来治疗CSVD,为临床上运用五阳还五汤加减治疗脑小血管病提供了可靠的使用依据。

关键词： 黄芪多糖   新型冠状病毒感染   新型冠状病毒   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学和分子对接法探讨黄芪多糖(APS)防治新型冠状病毒感染(COVID-19)的药理作用和机制。方法查阅文献和数据库,确定筛选APS中化合物的基本信息,并应用Swiss Target Prediction数据库预测靶点;通过Gene Cards、OMIM、Pharm GKB数据库检索并筛选COVID-19相关靶点,提炼药物-疾病相一致的交集靶点;基于String数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络;借助DAVID数据库进行GO功能分析和KEGG富集分析,通过Cytoscape 3.10.1绘制成中药-成分-靶点-疾病-通路图;运用Auto Dock和Pymol完成分子对接验证。结果共筛选到APS有效活性成分12个,核心靶点8个,分别为VDR、STAT3、LGALS3、VEGFA、HSP90AA1、PSEN1、CDK1和PTAFR;GO功能分析得到生物学过程(BP)条目27个,细胞组分(CC)条目10个,分子功能(MF)条目5个,富集KEGG通路获得9条。分子对接结果显示,APS的有效活性成分果糖、核糖、阿拉伯糖等与核心靶点结合良好。结论APS通过调控VDR、STAT3、LGALS3等靶点,借助化学致癌作用-受体激活通路、表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂耐药性通路、Th17细胞信号通路、HIF-1信号通路等发挥对COVID-19的防治作用。

关键词： 紫龙金片   结直肠癌   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的 探讨紫龙金片诱导结直肠癌细胞铁死亡的作用机理。方法 在TCMSP、SwissTargetPrediction数据库收集紫龙金片的活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM数据库中收集CRC疾病靶点,通过在线工具Venny 2.1.0获取二者交集靶点。使用Cytoscape 3.9.1软件绘制“中药-活性成分-交集靶点”网络图,以内置插件CytoNCA筛选核心成分,使用STRING数据库绘制交集靶点的蛋白-蛋白互作网络(PPI)筛选出关键靶点,然后使用R软件对关键靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。通过铁死亡数据库FerrDb V2搜索铁死亡相关靶点,与筛选出的药物疾病的交集靶点取交集获得核心靶点,对核心靶点进行PPI作图,初步确定紫龙金片通过调控铁死亡治疗结直肠癌的作用靶点。采用Discovery Studio、PyMol和GROMACS 2020.6软件进行分子对接、分子动力学虚拟验证核心成分和核心靶点的结合能力。结果 紫龙金片的核心成分有隐丹参酮、野蔷薇苷,GO功能富集分析显示紫龙金片主要通过影响细胞增殖和转录等来发挥功能,KEGG通路富集分析到PI3K/Akt、JAK/STAT等信号通路,核心靶点PPI分析确定STAT3为紫龙金片通过调控铁死亡治疗结直肠癌的作用靶点,分子对接、分子动力学结果提示核心成分隐丹参酮、野蔷薇苷与STAT3有较好的结合活性。结论 紫龙金片可能通过调控STAT3诱导结直肠癌细胞铁死亡以治疗CRC。

关键词： 糖尿病牙周炎   组方规律   补虚   牡丹皮-山茱萸-熟地黄   作用机制   数据挖掘   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的挖掘中医药治疗糖尿病牙周炎(diabetic periodontitis,DP)的组方规律,并探讨核心药物组合的作用机制。方法以中国知网、万方数据库、维普中文期刊、中国生物医学文献服务系统收录的中医药治疗DP文献为资料来源,建立DP处方信息数据库,运用Excel 2021、SPSS Modeler 18.0和SPSS Statistics 26.0,对纳入中药进行频次、功效分类、性味归经统计,并进行关联规则分析和聚类分析,筛选出核心药物组合;通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、HERB获取核心药物组合的活性成分,预测药物作用靶点;运用GeneCards预测疾病相关靶点;运用Venny平台得到疾病与药物的交集靶点;运用Cytoscape建立“活性成分-靶点”网络,筛选出关键成分;以STRING平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用AutoDockVina对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果共纳入中医药治疗DP文献36篇,提取方剂50首,涉及药物100味;最常见的药物有泽泻、熟地黄、黄芪等,使用最多的药物类别为补虚药,药性以寒、温为主,药味以甘、苦味为主,归经以肾、肝经居多,系统聚类分析可归为6大类;筛选出牡丹皮-山茱萸-熟地黄为核心药物组合,涉及18个活性成分、164个作用靶点,与DP有104个交集靶点;槲皮素、豆甾醇、山奈酚、β-谷甾醇、四氢鸭脚木碱、谷甾醇等为核心成分,AKT1、IL-6、TNF、IL-1B、PTGS2、JUN、TP53、ESR1、MMP9等为关键靶点;GO分析得到生物过程3724项、细胞组成228项、分子功能404项;KEGG分析显示主要涉及235条信号通路;分子对接显示关键靶点与核心成分具有良好亲和力。结论DP的中医治法主要以补虚为主,兼以清热利湿、活血化瘀、益气养阴,核心药物组合牡丹皮-山茱萸-熟地黄可通过多成分、多靶点、多通路治疗DP,为临床诊疗提供参考。

关键词： 网络药理学   分子对接   阿尔茨海默病   熟地黄   黄精  

摘要： 目的 整合网络药理学、分子对接技术探究熟地黄—黄精治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)的作用机制。方法 在中药系统药理数据库(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology, TCMSP)数据库中收集熟地黄、黄精化学成分和潜在作用靶点,在在线人类孟德尔遗传(online mendelian inheritance in man, OMIM)、治疗靶点(therapeutic target database, TTD)、GeneCards、Drug Bank数据库收集AD疾病靶点基因,运用Cytoscape3.9.1构建“中药—成分—靶点”网络;将熟地黄、黄精与AD的交集靶点基因上传至STRING数据库中分析核心靶点基因;将交集靶点上传至DAVID数据库中进行GO和KEGG富集分析,并通过分子对接检测核心化学成分和核心靶点基因的结合能力。结果 在熟地黄、黄精中共筛选出13个化学成分,其中薯蓣皂苷、3′-甲氧基黄豆苷、豆甾醇、黄芩苷、β-谷甾醇为核心化学成分;AD相关靶点共筛选出2471个,熟地黄、黄精与AD的交集靶点共有68个;PPI分析显示,蛋白激酶B(protein kinase B,Akt1)、前列腺素G/H合成酶2(prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2)、凋亡相关蛋白Caspase-3等为核心交集靶点基因;GO分析显示,生物过程主要涉及对含氧化合物、对化学物质的反应等,细胞组成主要涉及神经元投射、神经元部分、躯体树突间室等,分子功能主要涉及酶结合、G蛋白偶联胺受体活性、相同蛋白质结合等;KEGG分析结果显示,核心靶点基因涉及的通路主要为内分泌抵抗、麻疹、雌激素信号通路、凋亡、流体剪切应力与动脉粥样硬化等;分子对接结果显示,核心化学成分黄芩苷、β-谷甾醇、3′-甲氧基黄豆苷与核心靶点结合效能高。结论 熟地黄、黄精防治AD的成分主要为黄芩苷、β-谷甾醇、3′-甲氧基黄豆苷等,这些成分可通过调节10个核心靶点基因发挥防治AD的作用,其机制可能与凋亡、雌激素通路等5个途径有关。

关键词： 金氏鼻渊方   鼻窦炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 基于网络药理学结合分子对接探究金氏鼻渊方治疗鼻窦炎的作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM和Uniprot数据库筛选金氏鼻渊方的有效成分及其作用靶点。随后,利用Genecards、OMIM和TTD数据库获取与鼻窦炎相关的疾病靶点。将药物靶点与疾病靶点的交集输入Cytoscape 3.8.2软件,构建药物-靶点-疾病的可视化网络图,并进行PPI网络分析、基因本体功能分析及KEGG通路分析。最后,对关键靶点进行分子对接研究。结果 金氏鼻渊方与鼻窦炎之间共发现75个共同靶点。PPI网络分析表明,这75个靶点之间存在密切的相互作用,其中排名前10的核心靶点分别为TP53、TNF、AKT1、IL-6、IL-1β、CASP3、CXCL8、CCL2、MAPK1和BCL2。富集分析显示,这些关键靶点与基因表达的正向调控、凋亡过程的负向调控以及炎症反应等生物学过程密切相关。分子对接分析发现,TP53、TNF、AKT1、IL-1β、IL-6、CCL2、MAPK1、BCL2、CASP3和CXCL8与小分子化合物具有较高的结合能,并显示出多样的生物功能。结论 金氏鼻渊方可能通过调节TP53、TNF、AKT1、IL-1β、IL-6、CCL2、MAPK1、BCL2、CASP3和CXCL8等靶点,发挥抗炎、抗凋亡、增强免疫反应及促进血管生成的作用,从而实现对鼻窦炎的治疗效果。