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关键词： 六味地黄丸   四妙丸   股骨头坏死   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨六味地黄丸合四妙丸治疗股骨头坏死的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味地黄丸合四妙丸的活性成分;利用UniProt数据库预测活性成分作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库预测股骨头坏死疾病靶点。通过STRING数据库构建潜在作用靶点和蛋白质-蛋白质相互作用网络并通过Cytoscape 3.10.1软件筛选出关键靶点。通过DAVID工具进行潜在靶点的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:六味地黄丸合四妙丸治疗股骨头坏死的有效成分主要为槲皮素、汉黄芩素、山柰酚;作用的核心靶点为白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、IL-1B、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(Caspase-3,CASP3)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、基质金属蛋白酶(Matrix Metallopeptidase,MMP)9、缺氧诱导因子-1A(Hypoxia Inducible Factor-1A,HIF-1A)、过氧化物酶体增殖物激活受体重组蛋白(Peroxisome Proliferator Activated Receptor,PPAR)γ等。关键作用通路为晚期糖基化终末产物-受体(Advanced Glycation End-Products,AGE-RAGE)信号通路、IL-17信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路、癌症信号通路等。分子对接显示核心成分与核心靶点有较好的结合活性。结论:本研究初步揭示了六味地黄丸合四妙丸的核心活性成分及其多成分、多靶点、多通路治疗股骨头坏死的作用机制,为临床上股骨头坏死保髋治疗提供用药思路和依据。

关键词： 山奈酚   阿尔茨海默病   钙信号通路   网络药理学   分子对接   细胞凋亡  

摘要： 目的 基于网络药理学和细胞实验探讨山奈酚治疗阿尔茨海默症的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取山奈酚相关靶点,基因表达综合数据库(GEO)获取阿尔茨海默病(GSE5281)的差异表达基因。使用DAVID数据库进行两者交集靶点的基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock Vina实现分子对接。将SH-SY5Y细胞分为对照组、Aβ组和山奈酚组。对照组未经任何处理,Aβ组使用10μmol/L Aβ1-42干预处理,山奈酚组使用10μmol/Aβ1-42处理后再使用10μmol/L山奈酚干预处理。AnnexinⅤ-PI双染色法检测细胞凋亡,实时定量PCR和Western blot检测细胞中钙调蛋白1(CALM1)、毒蕈碱型乙酰胆碱受体M1(CHRM1)和蛋白磷酸酶3催化亚基α(PPP3CA)的表达水平。结果 共得到山奈酚相关靶点60个,阿尔茨海默病差异表达基因2 155个,山奈酚治疗阿尔茨海默病的潜在作用靶点6个。山奈酚治疗阿尔茨海默病潜在作用靶点的GO功能富集分析主要涉及磷蛋白磷酸酶活性的正向调节,突触后膜电位的调节,对钙离子的反应和G蛋白偶联受体信号通路的生物过程。KEGG通路富集分析主要包括钙信号通路,阿尔茨海默病和神经退行性疾病等。分子对接结果显示,山奈酚与CHRM1,CALM1和PPP3CA的结合能均<-5.0 kcal/mol。与对照组相比,Aβ组细胞凋亡增加(P<0.05);与Aβ组相比,山奈酚组细胞凋亡减少(P<0.05)。与Aβ组相比,山奈酚组细胞中CHRM1,CALM1和PPP3CA的mRNA和蛋白表达显著上调(P<0.05)。结论 山奈酚可能通过调节钙信号通路中的关键基因(CHRM1,CALM1和PPP3CA)改善SH-SY5Y细胞凋亡,从而发挥治疗阿尔茨海默病的作用。

关键词： 结肠癌   蚕茧   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的运用网络药理学及分子对接模拟法,探索中药蚕茧治疗结肠癌的可能作用机制。方法检索相关文献,得到蚕茧中的主要化学成分,筛选出药物有效成分并预测其作用靶点,构建蚕茧成分-靶点网络图。通过检索得到结肠癌疾病靶点,进行蛋白互作网络(PPI)分析,筛选出药物-疾病交集靶点,作交集靶点基因图。行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,作相关图行可视化处理。最后对关键化合物和基因进行分子对接模拟,得到其对接结合能。结果本研究共得到蚕茧药物成分18种,预测靶点128个;结肠癌相关靶点1453个,药物-疾病共同靶点19个。通过PPI分析,得出7个关键作用靶点基因。分子对接结果提示,关键化合物和靶点基因具有良好亲和力。结论蚕茧治疗结肠癌可通过多靶点、多通路发挥作用。

关键词： Traditional Chinese medicine   Quality markers   Huo-Luo-San   Network pharmacology   Chemometrics  

摘要： Traditional Chinese medicine(TCM)has garnered significant global interest owing to its multi-component and multi-target theoretical framework and extensive therapeutic ***,the identification of quality markers(Q-markers)remains a formidable challenge in ***,this study aimed to integrate network pharmacology and chemometrics to identify Q-markers in Chinese patent medicine,with a focus on Huo-Luo-San(HLS)as a case ***,a widely used powdered Chinese patent medicine in China,comprises a complex formula of 10 herbs,initially formulated during the Qing dynasty for treating ***,13 components,chlorogenic acid,typhaneoside,isorhamnetin-3-O-neohesperidoside,cynaroside,notoginsenoside R_1,ginsenoside Rg_1,baicalin,berberine hydrochloride,ginsenoside Rb_1,dehydrocostus lactone,dioscin,imperatorin,and costunolide,were selected as phytochemical markers for each herb based on the Chinese Pharmacopoeia(2020 version),forming the“Herbs-Compounds-targets”network of HLS using network ***,employing network pharmacology,the 13 HLS components were quantified using *** conditions were optimized on a Waters Cortecs C_(18)column(2.1 mm×100 mm,1.6μm)with a gradient elution comprising 0.1%formic acid in water and *** detection was performed in the multiple-reaction monitoring mode,and the method underwent validation for linearity,detection limit,precision,repeatability,stability,and *** validated method was then utilized to analyze the 13 components in 15 batches of HLS *** techniques,including hierarchical cluster analysis,principal component analysis,orthogonal partial least squares projection discriminant analysis,and box map analyses,were subsequently employed to identify the ***,six components,baicalin,notoginsenoside R_1,berberine hydrochloride,dioscin,imperatorin,and chlorogenic acid,were selected as Q-markers for *** integration of netwo

关键词： 参麦注射液   白细胞减少   网络药理学   分子对接   临床验证   白细胞介素-6   肿瘤坏死因子  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术研究参麦注射液抑制化疗后白细胞减少的作用机制,并进行临床验证。方法:通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选参麦注射液中的化学成分,采用Swisstarget数据库筛选活性成分的作用靶点;利用疾病数据库筛选白细胞减少的相关疾病靶点;取交集靶点后建立“药物-成分-靶点”网络,进行GO功能和KEGG通路富集分析;构建蛋白互作网络分析,选取关键靶点进行分子对接。选取2021年6月至2023年6月在江苏省中医院接受FOLFOX方案化疗的患者60例,随机分为对照组和试验组,每组30例。试验组化疗的同时予以参麦注射液,观察2组给药后白细胞、中性粒细胞、肿瘤坏死因子(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)水平和人粒细胞刺激因子注射液对症处理率。结果:参麦注射液有效成分59个,药物靶点674个,白细胞减少相关疾病靶点1394个,交集靶点147个;涉及GO功能776个,KEGG通路158条,主要包括癌症通路、AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等;PPI网络分析筛选出AKT1、TNF、IL-6等核心靶蛋白,将核心靶点与反向筛选的4个活性成分进行分子对接。临床对照验证结果显示相较于对照组,试验组患者化疗后的白细胞、中性粒细胞绝对值增高,TNF-α、IL-6水平降低(P<0.05),且人粒细胞刺激因子注射液使用率低。结论:参麦注射液通过多成分、多靶点、多通路机制抑制化疗后白细胞减少,并降低血清TNF-α和IL-6水平。

关键词： 冠心宁片   抗血栓   COVID-19   长新冠   HMGB1信号通路  

摘要： 血栓形成是增加新冠肺炎患者死亡率和导致长新冠后遗症的关键因素。由活血化瘀中药丹参、川芎组成的冠心宁片(GXNT)具有显著的抗血栓活性,但其抗常规血栓与由新冠病毒引起微血栓机制之间的异同仍不清楚。本文运用体外抗血小板实验、网络药理学分析、分子对接技术和分子生物学实验,初步揭示了GXNT治疗血栓及新冠病毒引起的微血栓的主要活性成分、潜在靶点和作用机制。体外血小板聚集和黏附实验结果表明,GXNT具有显著的抗血小板聚集和黏附的活性,且呈一定的剂量依赖性。网络药理学分析发现,GXNT中的丹酚酸B、丹参酮IA、咖啡酸和川芎嗪能够通过关键靶点高迁移率族蛋白B1(highmobilitygroupbox1protein,HMGB1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素6(interleukin-6,IL6)和丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT serine/threonine kinase1,AKT1)来抗血栓及由新冠病毒引起的微血栓。其中,HMGB1信号通路为其关键的共同机制之一。Western blot实验结果也表明,GXNT对血小板中HMGB1蛋白的表达水平有显著抑制作用。综上,本文探究的GXNT抗常规血栓与由新冠病毒引起微血栓机制之间的异同为临床防治长新冠后遗症提供用药参考和理论依据。该动物实验已通过天津中医药大学实验动物伦理委员会审核批准(编号:TCM-LAEC2023187g1549)。

关键词： 右归丸   腰椎间盘突出症   网络药理学   分子对接   信号通路   炎症因子   潜在靶点   纤维环穿刺  

摘要： 背景:右归丸具有温肾助阳、益精填髓的作用,临床多用于治疗肾阳虚证的腰椎间盘突出症且具有较好的疗效。目的:采用网络药理学、分子对接技术并结合动物实验探讨右归丸治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法:①网络药理学分析:通过TCMSP等数据库获取经过筛选后的右归丸有效成分与作用基因靶点,在GeneCards等数据库中收集与腰椎间盘突出症相关的基因,取二者交集进行拓扑结构分析,得到主要活性成分及核心治疗靶点。使用R软件对核心治疗靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。②分子对接:运用Autodock和Pymol软件进行中药活性成分与核心治疗靶点分子结合能预测。③动物实验:将18只SD大鼠随机分为对照组、退变组与退变+右归丸组,每组6只。取退变组与退变+右归丸组大鼠,采用纤维穿刺法制备椎间盘退行性变模型,造模后2周,退变+右归丸组大鼠给予右归丸汤剂(1次/d)灌胃,连续给药2周。给药结束后,采用ELISA法检测血清中肿瘤坏死因子α质量浓度,苏木精-伊红染色后观察椎间盘纤维环及髓核细胞的形态学改变。结果与结论:①筛选出右归丸有90种活性成分和64种靶点,且主要活性成分为槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、大豆黄素,4′-O-甲基尼亚萨酚。右归丸治疗腰椎间盘突出症的核心靶点为白细胞介素6、肿瘤坏死因子α、AKT1、白细胞介素1B、血管内皮生长因子A。富集分析发现,交集基因可能通过白细胞介素17、肿瘤坏死因子、MAPK、PI3K-AKT等信号通路改善椎间盘退变。②分子对接实验验证了右归丸中的槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素等与核心靶点有较强的结合能力。③动物实验结果显示,退变组大鼠血清肿瘤坏死因子α质量浓度高于对照组(P<0.05),退变+右归丸组大鼠血清肿瘤坏死因子α质量浓度低于退变组(P<0.05);苏木精-伊红染色显示,退变组大鼠椎间盘纤维环、髓核结构遭到破坏,髓核细胞数量减少;退变+右归丸组大鼠椎间盘纤维环可见重建趋势,髓核细胞数量较退变组增加。④结果表明,右归丸可能通过槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素等主要活性成分作用于肿瘤坏死因子α等核心靶点改善椎间盘退变,进而治疗腰椎间盘突出症。

关键词： 血必净注射液   指纹图谱   网络药理学   含量测定   质量标志物  

摘要： 通过建立25批血必净注射液HPLC指纹图谱及9个主要成分的含量测定方法,并进行网络药理学研究,为预测血必净注射液的质量标志物(Q-marker)提供科学依据。25批血必净注射液样品指纹图谱共标定30个共有峰,并指认出12个色谱峰,相似度在0.970~0.999。主成分分析(principal component analysis,PCA)显示12个主成分的累计方差贡献率为95.83%,正交偏最小二乘法判别分析(orthogonal partial least squares-discriminant analysis,OPLS-DA)显示有10个成分变量重要性投影值(variable importance projection,VIP)大于1。采用网络药理学的方法分析得出色氨酸、洋川芎内酯Ⅰ、羟基红花黄色素A、没食子酸、阿魏酸、原儿茶醛、迷迭香酸、山柰酚-3-O-葡萄糖苷、新绿原酸等成分可能为血必净注射液潜在的质量标志物。利用HPLC测定25批血必净注射液样品中以上9个指标性成分的含量。通过可测性、有效性、配伍、专属性及含量5个方面将羟基红花黄色素A、山柰酚-3-O-葡萄糖苷、洋川芎内酯Ⅰ、阿魏酸、迷迭香酸、原儿茶醛6个化合物作为血必净注射液的质量标志物。

关键词： 肝豆扶木颗粒   肝豆状核变性   肝纤维化   网络药理学   临床研究  

摘要： 目的基于网络药理学和临床研究探讨肝豆扶木颗粒调节肝豆状核变性肝纤维化的机制。方法通过TCMSP、Drugbank数据库筛选肝豆扶木颗粒的成分和靶点,GeneCards数据库检索肝豆状核变性肝纤维化的基因靶点,两者取交集得到共有靶点。将共有靶点导入String和Cytoscape软件构建蛋白互作网络及“中药-疾病-活性成分-共有靶点”可视化网络。采用Metascape平台进行GO功能、KEGG通路富集分析,AutoDuck tools软件进行分子对接,测定活性成分和靶点的结合能力。60例患者随机分为对照组和观察组,每组30例,检测肝功能指标(ALT、AST)、肝纤四项指标(HA、LN、CⅣ、PⅢN-P)。结果活性成分有槲皮素、山柰酚、豆甾醇等,核心靶点有MYC、TP53、ESR1等,显著通路有PI3K/Akt、VEGF信号传导通路。关键活性成分与核心靶点之间存在较强的结合活性。治疗后,2组肝功能指标、肝纤四项指标降低(P<0.05,P<0.01),以观察组更明显(P<0.05,P<0.01)。结论肝豆扶木颗粒可能通过槲皮素、山柰酚、豆甾醇作用于MYC、TP53、ESR1等靶点,影响细胞TGF-β、IL-1β、IL-6等细胞因子释放,进而抑制PI3K/Akt等信号通路来发挥抗纤维化、保肝作用。

关键词： 感冒清热片   肺损伤   宣肺止咳   网络药理学   分子对接   实验验证   小鼠  

摘要： 目的基于网络药理学、分子对接和体内实验方法探讨感冒清热片抗肺损伤的作用机制。方法以中药系统药理学数据库和分析平台(TCM-SP)、Genecards等数据库,筛选感冒清热片治疗肺损伤的潜在作用靶点。采用Cytoscape 3.9.0软件构建“中药-有效成分-靶点”网络,并用生物信息云平台对潜在作用靶点进行基因本体(GO)功能与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。建立蛋白互作(PPI)网络,并与“中药-有效成分-靶点”网络进行交集分析,筛选关键靶蛋白。将关键靶蛋白和有效成分进行分子对接。建立肺损伤小鼠模型验证感冒清热片对关键靶标蛋白的作用。结果共筛选出感冒清热片治疗肺损伤的作用靶点707个,对应11味中药中107种化合物。利用构建的“中药-有效成分-靶点”网络发现感冒清热片可能通过豆甾醇、芦丁、金合欢素等有效成分对前列腺素G/H合成酶1(PTGS1)、雄激素受体(AR)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)等作用靶点进行调控。利用PPI网络发现SRC酪氨酸激酶(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)、信号转导因子和转录激活因子3(STAT3)等核心靶点。通过PPI网络与“中药-有效成分-靶点”网络交集分析,筛选出关键靶标蛋白周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、CDK2、EGFR、雌激素受体1(ESR1)和SRC。分子对接研究显示,感冒清热片中的豆甾醇、芦丁、金合欢素分别与CDK1、CDK2、EGFR、ESR1、SRC有较好的结合能力。体内实验发现感冒清热片可剂量依赖性地减轻肺损伤小鼠的肺组织损伤、炎性浸润,降低TNF-α、IL-1β、IL-6的含量,增强CDK1、CDK2的表达,降低EGFR、ESR1和SRC的表达。结论感冒清热片对肺损伤的治疗作用可能通过其所含的豆甾醇、芦丁、金合欢素等关键活性成分,作用于CDK1、CDK2、EGFR、ESR1、SRC等关键靶标蛋白,调控神经活性配体-受体相互作用、癌症途径、钙信号通路等关键信号通路来实现的。