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关键词： 网络药理学   灯盏花素   三七总皂苷   联用   脑梗死  

摘要： 基于网络药理学方法探究灯盏花素联用三七总皂苷治疗脑梗死(cerebral infarction,CI)的潜在作用机制。运用PubChem以及Swiss Target Prediction数据库获取灯盏花素(breviscapine)和三七总皂苷(panax notoginseng saponins,PNS)的主要活性成分以及相关靶点。利用GeneCards、DisGeNET、Drugbank和PharmGkb数据库收集的相关疾病靶点,与成分靶点取交集绘制维恩图。在STRING平台获取蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,采用Cytoscape3.7.2软件CytoNCA插件构建网络图并进行可视化处理。采用DAVID数据库进行基因本体论(Gene Ontology,GO)生物过程和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。有效成分6种,共检测到42个有效成分靶点,CI相关靶点960个,取交集后得到灯盏花素和三七总皂苷治疗CI的潜在靶点15个。对交集靶点富集,GO富集分析共涉及生物过程111个,细胞组分19个,分子功能20个,KEGG通路富集得到55条通路,结合蛋白-蛋白相互作用网络分析与富集分析最终得到TNF、AKT1、EGFR、PTGS2、STAT3共5个核心靶点。本研究初步探索了灯盏花素联用三七总皂苷治疗脑梗死的作用机制为后续研究提供基础。

关键词： 芪榆油膏加减方   创面修复   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨芪榆油膏加减方促进创面修复的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选芪榆油膏加减方中各中药组分的活性成分,并利用Swiss Target Prediction数据库预测其活性成分的潜在靶点;使用Genecards数据库检索“创面修复”(Wound Repair)的相关靶点;利用Cytoscape3.7.1软件构建“药物-成分-靶点”网络,靶点为药物-疾病交集基因;通过STRING数据库构建药物与疾病交集靶点的蛋白互作网络(PPI)以获得芪榆芪榆油膏加减方促进创面修复的关键靶点;运用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能与KEGG信号通路富集分析,并搭建药物-靶点-通路-疾病网络。结果:筛选得到芪榆油膏加减方的活性成分76个、药物靶点216个、创面修复靶点1478个,最终得到药物-疾病交集靶点118个;将PPI网络的数据进一步筛选得到AKT1、TP53、IL6、TNF、JUN、CASP3、EGFR、PTGS2、IL1B、MMP9等35位基因作为核心靶点;GO富集分析得到生物过程404条、细胞组分29种、分子功能52种,KEGG信号通路富集分析涉及到信号通路133条。结论:芪榆油膏加减方发挥作用的活性成分可能槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、芒柄花素、异鼠李素,多种有效成分可能是经癌症通路、IL-17信号通路、脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、人类巨细胞病毒感染、内分泌抵抗、TNF信号通路、癌症中的蛋白聚糖等途径作用于AKT1、TP53、IL6、TNF、JUN、CASP3、EGFR、PTGS2、IL1B、MMP9等多个核心靶点,发挥调节IL6、TNF、PTGS2、IL1B等炎性因子表达、刺激新生毛细血管生成、诱导成纤维细胞迁移、调节细胞增殖分化等多种功能干预创面愈合各进程,促进创面修复,但结果还需进一步实验验证。

关键词： 夏枯草籽油   动脉粥样硬化   网络药理学   PPAR  

摘要： 基于网络药理学探讨夏枯草籽油抗动脉粥样硬化的分子机制。方法 通过PubChem数据库对夏枯草籽油主要成分对应的靶点进行分析和预测,检索GeneCards和Disgenet数据库以获得动脉粥样硬化的相关靶点,使用Venn2.1.0确定药物和疾病的交集基因。使用STRING数据库建立蛋白质相互作用网络系统,并使用Cytoscape软件解析其结构和相互作用,以及基因本体论(GO)的研究结果和KEGG的信息通路,以期找出相应的蛋白质相互作用机制。结果 通过检索获得夏枯草籽油成分靶点183个,动脉粥样硬化靶点1944个,交集靶点62个。对62个交集靶点进行PPI分析筛选核心靶点为IL-6、 AKT、MAPK3、MAPK14、ESR1和PTGS2等。构建“药物-成分-靶点”网络,筛选核心活性成分为18-甲基十九烷酸,木焦油酸,豆甾醇,9-油酸,蜡酸和顺-11-二十碳烯酸等。通过对相关靶点进行富集分析,确定PVSO主要通过生四烯酸代谢、PPAR信号通路、VEGF信号通路等发挥抗动脉粥样硬化作用。结论 夏枯草籽油的活性成分可通过激活PPARγ,上调ABCA1的表达,促进胆固醇的外流,调节机体脂质平衡,发挥抗动脉粥样硬化作用。

关键词： 药理学   实验教学   微视频  

摘要： 对于医学生,药理学既是基础医学与临床医学之间的一座桥梁,也是医学与药学之间的桥梁学科。药理学实验是该门课程的重要组成部分。本文阐述了目前药理学实验传统教学存在的弊端,提出药理学实验课引入实验动物基本操作微视频,开展多元化学习方式,以加强学生的操作能力,提高实验教学质量,更好地达到实验教学目标。

关键词： 清营汤   皮肤黏膜毒性反应   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学分析清营汤治疗乳腺癌化疗后皮肤黏膜毒性反应(mucocutaneous toxicity,MT)的关键化合物及其作用靶点通路,以探索其治疗作用的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台、中医药综合数据库等在线数据库和文献检索筛选水牛角、生地黄、金银花、连翘、丹参、黄连、玄参、竹叶、麦冬的有效成分,并在SwissTargetPrediction数据库预测有效成分靶点,从OMIM与Gene Cards数据库获取MT的相关疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点通过Venny2.1平台网站确认共同作用靶点。将共同作用靶点利用String和Cytoscape软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络构建及关键靶点筛选,对关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,最后通过使用Autodock Dock将关键靶点与药物有效成分进行分子对接验证及可视化处理。结果筛选出清营汤的167个有效成分,并可作用于1034个靶点,与MT相关的分子靶点有1141个,药物-疾病交集靶点154个,其中,前5位有效成分槲皮素、木犀草素、山奈酚、牛蒡子苷甲醚、β-谷固醇发挥了重要作用。PPI分析结果显示,关键靶点为STAT3、PIK3CA、PIK3R1、CTNNB1、HRAS。GO功能富集分析结果显示清营汤有效成分主要影响蛋白激酶活性、丝裂原活化蛋白激酶级联的正调控等;KEGG通路富集分析结果显示,清营汤有效成分主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(mitogenactivated protein kinase,MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,PKB)信号通路、白细胞介素(interleukin,IL)-17信号通路等。分子对接结果显示清营汤木犀草素、β-谷固醇、牛蒡子苷甲醚与关键靶点的最小结合能均小于﹣5kcal/mol,具有较好的结合活性,槲皮素、山奈酚与关键靶点的最小结合能均小于﹣4.25kcal/mol,具有一定的结合活性。结论清营汤可能通过槲皮素、木犀草素、山奈酚、牛蒡子苷甲醚、β-谷固醇等有效成分调控MAPK、PI3K-PKB、IL-17等信号通路发挥治疗治疗MT的作用。

关键词： 四逆散   失眠   功能性胃肠病   网络药理学   异病同治   作用机制  

摘要： 目的运用网络药理学方法探索四逆散“异病同治”失眠与功能性胃肠病的共同作用机制。方法通过TCMSP数据库、Swiss ADME网站获取各中药的活性成分及活性筛选评估,利用SwissTarget Prediction预测其潜在靶点;在GeneCards、OMIM、TTD及DisGeNET数据库中搜索失眠、功能性胃肠病的相关靶点基因数据,将中药靶点与疾病靶点进行交集获得共同靶点,并基于STRING平台得到中药疾病共有靶点蛋白互作网络关系,并导入Cytoscape软件开展可视化分析;利用DAVID数据库对共有靶点开展GO和KEGG富集分析。利用Autodock vina 1.1.2对关键活性成分及核心靶点进行分子对接。结果经筛选最终获得四逆散主要活性成分122个,其中关键活性成分主要为7-甲氧基-2-甲基异黄酮、7-乙酰氧基-2-甲基异黄酮、5,7,4-三甲氧基黄酮、黄烷酮、紫檀素等;药物疾病共同靶点123个,关键核心靶点为蛋白激酶B1、淀粉样前体蛋白、肿瘤坏死因子、核受体亚家族3C组成员1、单胺氧化酶A等;获取GO富集876个,KEGG通路富集139个,其相关信号通路主要包括神经活性配体—受体相互作用途径、癌症信号、神经退行性变的途径—多种疾病、钙信号、环磷酸腺苷等通路;分子对接提示关键活性成分与核心靶点具有良好结合力。结论四逆散“异病同治”失眠和功能性胃肠病涉及多成分、多靶点、多途径,可能通过调节炎症反应、抗氧化应激、调控神经内分泌、参与细胞代谢等作用发挥对失眠与功能性胃肠病的共同治疗作用。

关键词： 丹参   缺血性肠病   网络药理学   分子对接   木犀草素   丹参酮ⅡA   新隐丹参酮Ⅱ  

摘要： 目的采用网络药理学及分子对接技术探讨丹参治疗缺血性肠病的作用机制。方法运用TCMSP数据库获得丹参的有效成分和预测靶点,并在UniProt数据库中进行标准化处理,从而获得相应的药物靶点基因。利用GeneCards和OMIM数据库获得缺血性肠病的靶点基因。将药物的靶点基因及疾病的靶点基因导入韦恩图制作分析平台获得丹参治疗缺血性肠病的潜在作用靶点。利用Cytoscape3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。将潜在的作用靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析。运用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。最后运用AutoDock vina、PyMOL等软件对丹参有效化学成分和关键的靶点基因进行对接验证。结果共获得了65个丹参的活性化合物成分,139个丹参的作用靶点基因和2799个缺血性肠病的作用靶点基因,其中丹参与缺血性肠病共同作用靶点为84个。构建网络发现木犀草素、丹参酮ⅡA、新隐丹参酮Ⅱ等为丹参作用于缺血性肠病的主要化合物成分。通过PPI网络分析发现蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、雌激素受体1(ESR1)、原癌基因(JUN)和溶质载体家族6成员3(SLC6A3)等为关键的靶点基因。富集结果显示细胞对氮化合物的反应、细胞对有机环化合物的反应和细胞对有机氮化合物的反应等生物学过程调控脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt信号通路、环鸟苷酸-蛋白激酶G(cGMP-PKG)信号通路、TNF信号通路等信号通路对缺血性肠病起到治疗作用。分子对接的结果表明丹参的有效化学成分和缺血性肠病的靶点基因具有良好的结合性。结论丹参可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA、新隐丹参酮Ⅱ等有效成分,作用于Akt1、TNF和ESR1等核心靶点基因,调控脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路对缺血性肠病起到治疗作用。

关键词： 汉黄芩素   网络药理学   分子对接技术   抗肿瘤机制  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接方法研究汉黄芩素的抗肿瘤机制。方法:通过PubChem、Swiss Target Prediction、TCMSP、Gene Cards和TTD数据库进行检索,分别建立汉黄芩素和肿瘤的靶点数据集,利用STRING平台和Cytoscape 3.8.0软件筛选核心靶点并进行可视化展示,运用DAVID 6.8数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析,利用AutoDockTools 1.5.6软件对汉黄芩素与核心靶点进行分子对接验证。结果:汉黄芩素治疗肿瘤的作用靶点有165个,其中核心靶点包括TP53、RELA、SRC、MAPK1、AKT1等,共19个;汉黄芩素通过作用于多个生物过程(如乙型肝炎、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、催乳素信号通路、TNF信号通路等通路),涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录上调、凋亡过程的抑制、转录激活以及内皮细胞增殖的促进等机制来发挥抗肿瘤作用。分子对接结果显示,汉黄芩素与RELA以及TP53等关键靶点有着较好的结合活性。结论:汉黄芩素通过多种靶点和信号通路(如NFκB和p53信号通路)发挥其抗肿瘤作用。

关键词： 抽动障碍   天麻钩藤饮   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻钩藤饮治疗抽动障碍(TD)的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库筛选天麻钩藤饮的有效成分和作用靶点,利用GeneCards、 CTD、 DisGeNET、 OMIM、 PharmGKB和TTD数据库筛选TD的相关靶点,并通过VENNY2.1.0软件获取天麻钩藤饮治疗TD的交集靶点;使用STRING数据库构建靶点蛋白质互作网络,使用Cytoscape3.7.2软件构建中药-活性成分-靶点网络;运用R软件将关键靶点进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果:共获得天麻钩藤饮活性成分205个,对应靶点756个,TD相关靶点4 072个。天麻钩藤饮治疗TD关键靶点有V-JUN肉瘤病毒癌基因同源物(JUN)、蛋白激酶B (AKT1)、信号传导转录激活因子(STAT3)、肿瘤蛋白p53 (TP53)、V-rel网状内皮细胞病毒癌基因同源物(RELA)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3 (CASP3)等。GO富集分析得到3 035条生物过程(BP)、166个细胞组成(CC)及307种分子功能(MF)。KEGG通路富集分析显示,天麻钩藤饮治疗TD涉及环磷酸腺苷(cAMP)、钙离子信号通路(Calcium)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白细胞介素-17 (IL-17)和肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。分子对接发现主要活性成分(槲皮素、亚麻酸、α-亚麻酸、蔗糖、育亨宾)与关键靶点(JUN、AKT1、STAT3、TP53、RELA、CASP3)具有较好对接活性。结论:天麻钩藤饮治疗TD的作用机制与复方中槲皮素、亚麻酸、α-亚麻酸等成分作用于JUN、AKT1、STAT3、TP53、RELA等靶点调控cAMP、Calcium、MAPK、IL-17和TNF等信号通路有关。

关键词： 佛手   慢性胃炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 通过网络药理学和分子对接技术分析佛手治疗慢性胃炎的潜在作用靶点和相关分子机制。方法 在TCMSP数据库中筛选佛手的活性成分。活性成分的相关靶点通过STITCH、GeneCards等数据库搜集。在OMIM、DrugBank等数据库中搜集胃炎疾病相关靶点。去除重复靶点,筛选出佛手与慢性胃炎的交集靶点,再将其导入Cytoscape软件构建药物-成分-疾病-靶点网络。利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。在String数据库构建交集靶点的蛋白质互作网络,并通过Cytoscape软件筛选出核心靶点,最后使用AutoDock软件将有效成分和关键靶点作分子对接,验证其可行性。结果 筛选出α1-谷甾醇在内的5种活性成分,95个佛手与慢性胃炎的交集靶点,以及排名前10位的关键基因。潜在靶点通过Toll样受体信号通路,TNF信号通路,C型凝集素受体信号通路和脂质与动脉粥样硬化等信号通路参与对炎症和凋亡的调节。结果 提示佛手的活性成分与关键靶点具有较高的结合能效,尤其是α1-谷甾醇。结论 佛手可能通过多靶点以及多信号通路来降低炎症反应,从而治疗慢性胃炎。