课程文献中心 更多>>

关键词： 沙参麦冬汤   病毒性肺炎   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:借助网络药理学和分子对接技术,探究沙参麦冬汤治疗病毒性肺炎的作用机制,为沙参麦冬汤的进一步研究提供参考。方法:利用中药系统药理学平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database,TCMSP)获取沙参麦冬汤的活性成分及其作用靶点,再从GeneCards、OMIM等数据库获取病毒性肺炎的相关基因靶点,得到活性成分与病毒性肺炎的共同靶点,然后通过蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析筛选出核心靶点,再通过GO功能分析和KEGG通路富集分析筛选出沙参麦冬汤治疗病毒性肺炎的生物过程和相关通路,最后通过分子对接技术分析关键成分与靶点间的亲和力。结果:从TCMSP中共筛选到符合要求的沙参麦冬汤活性成分124个及其对应的作用靶点248个,在GeneCards、OMIM等数据库中获取到病毒性肺炎的相关基因靶点524个,二者的交集靶点有75个;对75个交集靶点进行PPI网络分析,得到34个核心靶点;GO功能分析提示,沙参麦冬汤可能是通过调控炎症和细胞活性等而发挥抗病毒性肺炎的效果;而KEGG通路富集分析显示,沙参麦冬汤可能通过糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、T细胞受体信号通路、NF-κB信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、锥虫病信号通路等发挥治疗病毒性肺炎的作用;分子对接结果显示,沙参麦冬汤中槲皮苷、山柰酚、β-胡萝卜素、柚皮素、花生四烯酸、豆甾醇6种关键成分与病毒性肺炎的关键靶点,即肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白介素-6(interleukin-6,IL-6)、IL-1β、蛋白激酶B(protein kinase B,AKT1)、白蛋白(albumin,ALB)、趋化因子配体2(Chemokine(CC-motif)ligand 2,CCL2),均具有较好的亲和力,结合能均小于-5 kJ/mol。结论:槲皮苷、山柰酚、β-胡萝卜素、柚皮素、花生四烯酸、豆甾醇可能是沙参麦冬汤治疗病毒性肺炎的主要活性成分,而TNF、IL-6、IL-1β、AKT1、ALB、CCL2可能是其主要的作用靶点。

关键词： Network pharmacology   Liu Wei Di Huang Wan   Premature ovarian failure   Molecular docking  

摘要： Premature ovarian failure(POF)is a prevalent gynecological disorder with significant implications for the physical and mental well-being of affected *** Wei Di Huang Wan(LWDHW),a Chinese herbal compound,has demonstrated efficacy in alleviating the effects of ***,the underlying mechanism of action of LWDHW remains *** study aimed to elucidate the potential molecular mechanism of LWDHW in treating POF using network pharmacology and molecular docking *** active ingredients of LWDHW were initially screened through the TCMSP *** the same time,the relevant target genes associated with POF were identified using databases such as Disgenet,TTD,Drugbank,Gene Cards,OMIM,and Pharm *** analysis was conducted using the R language,Cytoscape,and STRING to construct and analyze the traditional Chinese medicine(TCM)regulatory network and protein-protein interaction(PPI)network ***,GO and KEGG enrichment analyses were performed using the R ***,molecular docking was carried out between the protein receptors of the core genes and the corresponding small-molecule *** study revealed 49 components and 189 predicted targets(after de-duplication)of LWDHW,along with 4524 targets(after de-duplication)associated with *** comparative analysis,163 potential genes were identified as common targets of LWDHW and POF,participating in biological processes such as response to chemical substances,molecular function regulation,and signaling receptor *** biological pathways implicated included the MAPK signaling pathway,IL-17 signaling pathway,and HIF-1 signaling pathway,among *** docking results demonstrated a robust binding ability between the core genes of LWDHW and their corresponding *** conclusion,this comprehensive analysis provided insights into the potential molecular mechanisms of LWDHW in treating *** identified common targets and associated pathways contributed to

关键词： 肺癌   脑转移   中药   辨治思路   数据挖掘   网络药理学  

摘要： 目的 基于数据挖掘及网络药理学探讨中药治疗肺癌脑转移的用药规律和作用机制。方法 (1)通过中国知网、万方数据知识服务平台、维普中文期刊服务平台、中国生物医学文献服务系统检索中药治疗肺癌脑转移的文献,提取文献中的处方及中药组成等信息,分析药物的使用频次和性味归经频次,并进行关联规则分析和聚类分析。(2)通过中药系统药理数据和分析平台、本草组鉴数据库、中医药百科全书数据库收集并筛选核心药对的有效活性成分,利用SwissTargetPrediction平台获取其作用靶点。在DrugBank数据库、GeneCards■数据库、DisGeNET数据库检索肺癌脑转移的疾病靶点。取两者交集后,构建蛋白-蛋白相互作用网络和药物-成分-靶点网络筛选核心靶点和主要活性成分,并进行富集分析,通过分子对接技术进行验证。结果 纳入46篇文献,共包含47首处方,涉及204味中药,总使用频次为853次,药性以寒性、温性、平性为主,药味以甘味、苦味、辛味为主,归经以肺经、肝经、脾经为主。关联规则分析得到10个药对,其中黄芪-地龙为核心药对,聚类分析得到4类药物组合。黄芪-地龙的主要活性成分为华良姜素、二氢辣椒素、常春藤皂苷元、肉豆蔻油酸等,主要作用于酪氨酸激酶、肿瘤抑制蛋白、细胞色素P450家族1亚家族A成员1、信号传导及转录激活蛋白(STAT3)等核心靶点,通过癌症通路、癌症中的蛋白聚糖、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路等信号通路发挥治疗作用。分子对接显示主要活性成分与核心靶点对接良好,其中常春藤皂苷元与STAT3结合性最佳。结论 肺癌脑转移病机属本虚标实,“虚、热、痰、瘀、风”为其基本病理因素。中药治疗肺癌脑转移以扶正祛邪为主要治则,其核心药物通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗作用。

关键词： 网络药理学   补肺通痹汤   系统性红斑狼疮肺间质病变   实验验证   小鼠  

摘要： 目的探讨补肺通痹汤治疗系统性红斑狼疮肺间质病变(SLE-ILD)的作用及可能的药理机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Uniprot数据库获取补肺通痹汤的有效成分和作用靶点;基于DrugBank、DisGeNET、GeneCards、PharmGKB、OMIM和GEO数据库筛选SLE-ILD关键基因;使用Cytoscape软件,构建药物有效成分-靶点-疾病关系网络图,获取补肺通痹汤治疗SLE-ILD的有效活性成分和可能作用机制。利用基因本体(GO)功能富集及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析揭示相关靶基因和通路功能。以C57BL/6小鼠为正常组,通过给MRL/lpr小鼠鼻腔滴注博来霉素(5 mg/kg)造模,按照随机数字表法分为模型组、补肺通痹汤低剂量组[10.4 g/(kg·d)]、补肺通痹汤中剂量组[20.8 g/(kg·d)]、补肺通痹汤高剂量组[41.6 g/(kg·d)]、醋酸泼尼松组[3 mg/(kg·d)],连续干预28 d。使用HE、Masson染色观察小鼠肺组织病理变化,免疫组织化学法检测肺组织中转化生长因子β1(TGF-β1)与Ⅲ型胶原蛋白(Col-Ⅲ)蛋白的表达,ELISA法检测血清中白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-10(IL-10)和白细胞介素-17(IL-17)的含量,实时荧光PCR法分析肺组织中基质金属蛋白酶-1(MMP-1)、缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)、维甲酸相关孤儿受体γt(RORγt)、叉头框蛋白P3(FOXP3)mRNA的表达,蛋白质印迹法检测肺组织中HIF-1α、MMP-1蛋白的表达,细胞流式术检测血液中辅助性T细胞17(Th17)、调节性T细胞(Treg)的表达。结果通过筛选共获得补肺通痹汤有效成分163个、作用靶点259个,SLE-ILD疾病靶点1729个,SLE-ILD差异基因958个,药物-疾病交互靶点40个。GO功能富集及KEGG通路富集发现IL-1β、MMP-1激活的IL-17信号通路,以及IL-1β、HIF-1α激活的Th17细胞分化是主要作用途径。动物实验结果显示,补肺通痹汤可有效改善SLE-ILD模型小鼠肺间质病变程度,降低TGF-β1及Col-Ⅲ表达(P<0.01);降低IL-1β、HIF-1α、IL-17的表达(P<0.01);中、高剂量补肺通痹汤下调MMP-1、RORγt mRNA表达(P<0.01),上调IL-10与FOXP3 mRNA表达(P<0.01);各剂量补肺通痹汤可使Th17细胞比例降低,Treg细胞比例升高,下调Th17/Treg平衡状态(P<0.05),改善免疫紊乱状态。结论补肺通痹汤治疗SLE-ILD具有多靶点、多途径特点,其作用机制可能与调控Th17/Treg细胞平衡有关。

关键词： 消化系统肿瘤   靶向治疗   治疗学   结肠癌   胰腺癌   医疗体系   食管癌   癌症  

摘要： 癌症是实现健康中国战略的拦路虎。消化系统肿瘤,包括食管癌、胃癌、结肠癌、肝癌、胰腺癌等,在所有癌症中的比例超过50%。这类疾病不仅对患者造成了极大的身心负担,也对社会医疗体系提出了严峻的挑战。靶向治疗通过提升治疗的特异性和有效性,已经成为消化系统肿瘤治疗的关键环节。然而,肿瘤的可塑性和异质性使得消化系统肿瘤靶向治疗面临耐药和复发等挑战。

关键词： 黄芪   雷公藤   网络毒理学和网络药理学   肾毒性机制  

摘要： 目的:利用网络毒理学筛选雷公藤致肾毒性靶点,利用网络药理学与分子对接探讨黄芪减雷公藤肾毒性的作用机制,并进行动物实验验证。方法:在OMIM、PharmGKB、GeneCards收集肾毒性相关靶点,在CTD检索雷公藤肾毒性靶点,Venny2.1.0获得雷公藤肾毒性交集靶点;检索TCMSP、ETCM、以及文献补充收集黄芪成分,Swiss Target Prediction收集黄芪成分作用靶点,Venny2.1.0获得黄芪干预雷公藤肾毒性交集靶点;通过Cytoscape3.9.1构建网络图;利用Metascape对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集;Autodock4.2进行分子对接。根据预测结果进行动物实验验证。结果:收集黄芪化学成分46个、雷公藤致肾毒性靶点425个、黄芪干预雷公藤肾毒性潜在靶点83个。富集分析发现共同靶点主要参与细胞对化学应激的反应、细胞迁移、细胞运动等生物工程。KEGG信号通路排除广泛通路后主要富集于AGE-RAGE、HIF-1、C型凝集素受体、IL-17、PI3K/AKT等信号通路。PPI结果显示AKT1、IL6、VEGFA可能是黄芪干预雷公藤肾毒性的核心靶点,其中AKT1为最重要的核心靶点。“中药-成分-靶点-通路”结果显示异鼠李素、华良姜素、山柰酚、槲皮素、3-羟基-9,10-二甲氧基紫檀烷可能是黄芪干预雷公藤肾毒性的核心成分。分子对接结果发现黄芪中以上核心成分与核心靶点结合后,均与AKT1结合最强。动物实验结果表明模型对照组大鼠出现急性肾损伤病理表现,血清SCr、BUN含量显著升高(P<0.01),雷公藤水提物能够明显下调Pi3k、Akt mRNA表达,而配伍黄芪水提物后能够上调其表达。结论:黄芪中核心成分可能作用于AKT1核心靶点,通过调控PI3K/AKT通路发挥干预雷公藤肾毒性的作用。

关键词： 慢性鼻窦炎   辛前甘桔汤   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨辛前甘桔汤治疗慢性鼻窦炎(Chronic Rhinosinusitis,CRS)的主要活性成分和目标基因靶点,探索其潜在分子生物学机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查找辛前甘桔汤所有中药活性成分和潜在靶点。查阅文献进行补充汇总后,运用UniProt数据库将相应靶点蛋白转换为标准蛋白基因名。运用GeneCards数据库和OMIM数据库搜索疾病相关靶点。运用韦恩图制作药物-疾病共同靶点。运用蛋白-蛋白相互作用网络平台STRING V11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用分析。进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,预测其作用机制。筛选辛前甘桔汤关键活性成分和靶基因,运用Autodock Vina软件进行分子对接,验证结合活性。结果:辛前甘桔汤改善CRS的重点活性成分为槲皮素、β谷甾醇、芒柄花素等,关键靶点为表皮生长因子受体、白细胞介素-2、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)-14等,主要涉及蛋白质结合、酶结合细胞因子活性等生物过程,主要富集在T细胞受体信号通路、炎症反应、核因子κB信号通路等。分子对接结果显示β-谷甾醇与MAPK-14结合最稳定。结论:辛前甘桔汤治疗CRS的主要靶点可能与炎症、上皮间质转化及黏液分泌有关,值得进一步试验研究。

关键词： 芍胡调经方   原发性痛经   网络药理学   PGE2   E2   大鼠   张磊   国医大师  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接分析芍胡调经方治疗原发性痛经(primary dysmenorrhea,PD)的作用机制,并通过动物实验加以验证。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)和PharmMapper数据库分析芍胡调经方的活性成分与靶点,在GeneCards数据库和DrugBank数据库搜索痛经的靶点,并获取两者的交集靶点。通过Cytoscape 3.9.1软件构建“活性成分-交集靶点”网络,根据拓扑分析筛选关键成分。将交集靶点导入STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,采用Network Analysis插件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。借助Metascape网站进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,最后进行分子对接验证。40只SD大鼠随机分为空白组、模型组、芍胡调经方组、布洛芬组,每组10只。除空白组外,其余大鼠采用冰水浴联合苯甲酸雌二醇皮下注射以及缩宫素腹腔注射法建立PD模型。造模第3天开始给药,连续12 d。末次给药后,计算大鼠的扭体潜伏期和扭体次数;HE染色观察子宫病理形态,ELISA法检测血清雌二醇(estradial,E2)和前列腺素E2(prostaglandin E2,PGE2)含量。结果:芍胡调经方活性成分210个,靶点255个。痛经靶点831个,其与芍胡调经方的交集靶点67个,包括信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transduction 3,STAT3)、蛋白激酶B(protein kinase B,AKT1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等。槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、柚皮素、芍药苷和甘草苷可能是芍胡调经方治疗痛经的关键成分。STAT3、AKT1、TNF、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)可能是芍胡调经方治疗痛经的核心靶点。KEGG通路主要包括PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路、MAPK信号通路等。分子对接显示,芍胡调经方中的关键成分与核心靶点具有较好的结合活性。与空白组比较,模型组大鼠的扭体潜伏期缩短、扭体次数增加(P<0.05);与模型组比较,芍胡调经方组、布洛芬组大鼠的扭体潜伏期延长、扭体次数减少(P<0.05)。与空白组比较,模型组大鼠的脏器系数(子宫、心、肝、肺、肾)升高(P<0.05);与模型组比较,芍胡调经方组(子宫、心、肝、肺)、布洛芬组(子宫)大鼠的脏器系数降低(P<0.01)。HE染色显示,空白组大鼠子宫病理形态无明显异常;模型组大鼠子宫内膜出现明显肿胀、损伤和脱落,药物组大鼠子宫内膜肿胀程度有所减轻。与空白组比较,模型组大鼠血清E2、PGE2含量升高(P<0.01);与模型组比较,芍胡调经方组、布洛芬组大鼠血清E2、PGE2含量降低(P<0.05)。结论:芍胡调经方可能通过槲皮素、山柰酚等活性成分,调节雌激素信号通路,作用于STAT3、AKT1等靶点,降低血清E2和PGE2水平,从而发挥治疗PD的作用。

关键词： 痛风性关节炎   虎杖   威灵仙   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学和实验验证探析“虎杖-威灵仙”药对治疗痛风性关节炎的作用机制。方法:通过TCMSP平台筛选“虎杖-威灵仙”药对的主要活性成分及作用靶点,应用GenneCards数据库预测痛风性关节炎的相关靶点,制作韦恩图获取“虎杖-威灵仙”药对与痛风性关节炎的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制中药-成分-疾病-靶点调控网络,利用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建与分析。最后通过R语言和Bioconductor平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过动物实验进行验证。结果:“虎杖-威灵仙”药对主要通过12种活性成分、26个作用靶点及152个生物学通路发挥治疗痛风性关节炎的作用。其中主要核心靶点为白细胞介素-1B(IL-1B)、趋化因子配体2(CCL2)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等;关键通路为白细胞介素-17(IL-17)信号通路。经过“虎杖-威灵仙”药对干预后,小鼠关节液中IL-17的含量有降低趋势,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:“虎杖-威灵仙”药对具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与降低IL-17水平有关。

关键词： 薏苡附子败酱散   胃癌   结直肠癌   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过整合药理学探讨薏苡附子败酱散对胃癌和肠癌“异病同治”的潜在作用机制。方法:运用TCMSP、SwissTargetPrediction、PharmMapper数据平台预测薏苡附子败酱散相关成分及作用靶点,与通过OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库收集的胃癌(GC)、结直肠癌(CRC)相关靶点进行交互,将交互靶点借助DAVID数据库平台进行基因本体功能(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建“化合物-靶点-通路”网络;最后通过分子对接预测薏苡附子败酱散活性成分与靶点蛋白的结合能力。结果:从数据库共筛选出薏苡附子败酱散44个有效成分以及968个作用靶点,与GC、CRC进行交集后得到交集靶点463个;利用Network Analyer插件筛选出金合欢素、蒙花苷、脱氧穿心莲内酯等10个核心成分,肿瘤蛋白p53(TP53)等10个核心靶点。GO功能共富集蛋白质磷酸化等1870个条目;KEGG共富集表皮生长因子(EGFR)、血管内皮生长因子(VEGF)等195条通路。分子对接结果进一步证实金合欢素、蒙花苷、脱氧穿心莲内酯等具有良好的构效关系。结论:薏苡附子败酱散可能通过作用于AKT1、TP53、PIK3CA等核心靶点调控p53、EGFR、VEGF、HIF-1等信号通路,发挥对胃癌、肠癌“异病同治”的作用。