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关键词： 柴胡   挥发油   气相色谱-质谱法   网络药理学  

摘要： 目的:基于气相色谱-质谱法(GC-MS)和网络药理学对柴胡Bupleurum chinense DC.、狭叶柴胡*** Willd.、窄竹叶柴胡*** ***(Wolff)Shan et ***、竹叶柴胡*** *** DC.和黑柴胡*** Wolff干燥根的挥发油成分及潜在药理活性进行比较研究。方法:采用水蒸气蒸馏法提取5种柴胡根中的挥发油,使用GC-MS对挥发油成分进行定性分析,构建成分-靶点网络并进行京都基因与基因组百科全书富集分析。结果:5种柴胡挥发油中化合物组成存在一定差异,共鉴定出其中的55个化合物;网络药理学研究结果显示,5种柴胡挥发油具有相似的作用靶点,如核转录因子-κB亚基1(NFKB1)、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基δ(PIK3CD)、诱导型一氧化氮合酶(NOS2)等,其中共有核心靶点作用于神经活性配体-受体相互作用、中性粒细胞胞外诱捕网形成作用、鞘脂信号通路及小细胞肺癌等信号通路。结论:5种柴胡挥发油在抗感染、抗炎、保护神经及抗肿瘤方面具有潜在的相互替代作用。

关键词： 酸枣仁   夜交藤   柏子仁   网络药理学   失眠症  

摘要： 目的:基于网络药理学探究酸枣仁、夜交藤、柏子仁治疗失眠的作用机制。方法:运用TCMSP、PubChem、TTD和STRING等数据库获取酸枣仁、夜交藤及柏子仁治疗失眠的潜在靶点,构建PPl和“中药–活性成分–靶点”网络图。进行GO富集分析和KEGG通路分析,将核心靶点与药物主要活性成分进行分子对接。结果:筛选出药物重要活性成分有谷甾醇、植物甾醇、槲皮素3-O-阿拉伯糖甙等,药物治疗失眠的核心靶点为PPARG、ESR1、PTGS2。GO分析经筛选得相关条目174条,KEGG分析发现19条信号通路。分子对接结果表明关键活性成分与核心靶点都有较好的亲和力。结论:酸枣仁、夜交藤、柏子仁治疗失眠的作用机制是通过谷甾醇、植物甾醇、槲皮素3-O-阿拉伯糖甙等活性成分作用于PPARG、ESR1、PTGS2等关键靶点,抑制氧化应激、内质网应激、炎症反应,影响细胞周期、细胞凋亡、增殖等生理功能,对失眠症起治疗作用。

关键词： 桂枝   芍药   心力衰竭   网络药理学  

摘要： 目的:采用网络药理学的思路及方法探讨“桂枝–白芍”改善心力衰竭的作用机制。方法:使用中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取“桂枝–白芍”主要活性成分和作用靶点,Cytoscape 3.10.0软件进行可视化处理,利用GeneCards数据库筛选心力衰竭已知的治疗靶点,使用Venny平台进行中药和疾病的共同基因筛选,借助String数据库建立蛋白质互作网络图谱(PPI),利用仙桃学术,进行基因本体(GO)富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出“桂枝–白芍”共39种活性成分,892疾病靶点,PPI显示共42个节点及300个边,5个关键靶点:TNF、AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3。GO富集分析显示“桂枝–芍药”可通过调节氧反应改善心力衰竭,KEGG富集分析显示“桂枝–芍药”的治疗作用可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号传导途径、脂质和动脉粥样硬化等相关。Objective: To explore the mechanism of action of “Guizhi-Paeonia Alba” in improving heart failure by using the ideas and methods of network pharmacology. Methods: The TCMSP database of TCMS was used to obtain the main active components and targets of “Guizhi-Paeonia Alba”, Cytoscape 3.10.0 software was used for visualization, the GeneCards database was used to screen the known therapeutic targets of heart failure, the Venny platform was used to screen the common genes of TCM and diseases, and the protein interaction network map (PPI) was established with the help of String database. Gene Ontology (GO) enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis were performed. Results: A total of 39 active ingredients, 892 disease targets, 42 nodes and 300 edges, and 5 key targets: TNF, AKT1, PTGS2, PPARG, and CASP3 were screened out by PPI. GO enrichment analysis showed that “Guizhi-Paeoniae” could improve heart failure by regulating oxygen response, and KEGG enrichment analysis showed that the therapeutic effect of “Guizhi-Paeoniae” may be related to AGE-RAGE signaling pathway, HIF-1 signaling pathway, lipid and atherosclerosis in diabetic complications.

关键词： 大补元煎   阿尔茨海默病   网络药理学   AMPK/SIRT1信号通路  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术探究大补元煎防治阿尔茨海默病(AD)的作用机制,并利用动物实验验证所发现的分子机制。方法:网络药理学分析大补元煎抗AD的有效成分及作用靶点。利用AutoDock和PyMOL软件对药物的核心成分与核心蛋白进行分子对接验证。AD模型小鼠给予大补元煎治疗,并验证所发现的核心通路。结果:共筛选出80个有效活性成分和107个疾病作用靶点。大补元煎治疗AD的作用靶点有95个,其中核心靶点有35个。GO富集发现主要涉及程序性细胞死亡过程、细胞凋亡和信号转导调节等。KEGG信号通路富集发现主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路、Wnt信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路等。Morris水迷宫实验显示,大补元煎可减少AD小鼠的平台潜伏期,并增加小鼠的穿越平台次数和目标象限时间。免疫组化实验(IHC)结果显示,大补元煎可增加AD小鼠海马CA3区神经元核抗原(NeuN)标记的阳性细胞数。免疫荧光(IF)结果显示,大补元煎可抑制AD小鼠海马CA3区胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、离子钙结合蛋白1(IBA1)的表达水平。Western blot实验显示,大补元煎可增加AD小鼠海马中磷酸化的腺苷酸活化蛋白激酶α(AMPKα)和沉默信息调节因子1(SIRT1)的表达水平。结论:本研究探讨了大补元煎抗AD的作用机制,并发现大补元煎可通过激活AMPK/SIRT1信号通路改善AD认知损伤、神经元丢失和神经炎症。

关键词： 乳腺增生   白术   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:利用网络药理学、分子对接和实验验证的方法来研究白术对乳腺增生的治疗机制。方法:采用TCMSP、Swiss Target Prediction、GeneCards和OMIM等数据库来预测白术的活性成分和乳腺增生症相关疾病靶点,取交集后构建蛋白互作网络,使用Cytoscape3.7.1分析平台绘制“药物-有效成分-潜在靶点”PPI网络图。使用David数据库来进行GO和KEGG通路的集成分析,并借助Pymol和AutoDock软件来预测分子的结合能力。在HMG实验的大鼠模型里,使用苯甲酸雌二醇与黄体酮联合进行诱导,同时利用HE染色法研究了大鼠乳腺的病理改变,对大鼠的血清E 2和PRL含量进行了测定。结果:筛选得到白术活性成分7个,潜在靶点89个,“药物-有效成分-潜在靶点”网络提示3β-乙酞氧基苍术酮、白术内酯III等为白术治疗HMG的主要成分,蛋白质互作网络提示PTGS2、ESR1、MAPK14等靶点为关键靶点;得到GO富集条目178条(P<0.05),KEGG富集条目24条(P<0.05);主要涉及VEGF信号通路、钙离子信号通路和催乳素信号通路,通过对白术的主要活性成分及其目标的分子对接分析发现,它们之间存在良好的亲合能力。体内药理实验结果表明,白术可显著降低HMG大鼠乳头直径,缓解乳腺组织的损害情况,同时使血清中E_(2)和PRL水平显著下降(P<0.05)。结论:大鼠乳腺增生症的改善可以通过白术的有效应用,这种应用可能与调整性激素的水平存在一定关联。

关键词： 心脉安片   心律失常   心力衰竭   异病同治   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 应用网络药理学方法和分子对接技术揭示心脉安片治疗心律失常和心力衰竭的作用机制。通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction和Stitch数据库收集心脉安片化学成分及其相关靶点,并结合GeneCards、TTD、OMIM和DrugBank数据库获取心律失常和心力衰竭疾病靶点。采用Cytoscape软件获得心脉安片“异病同治”的共同靶点,并绘制中药有效成分共同靶点疾病网络图,利用STRING数据库对疾病成分靶点构建蛋白蛋白互作(PPI)分析,通过Cytoscape软件分析PPI网络的核心靶点,并运用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。同时将核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证。本研究从心脉安片中筛选出146个活性化合物,其“异病同治”的共同靶点178个,核心靶点11个,分别是STAT3、AKT1、IL-6、TNF、MAPK3、TP53、EGFR、HSP90AA1、VEGFA、EDN1和PPARA。关键活性成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素、人参皂苷Rg1、人参皂苷Re、人参皂苷Rb1和毛蕊异黄酮葡萄糖苷等成分。关键生物通路包括HIF-1信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、山柰酚、木犀草素、人参皂苷Rg1、人参皂苷Re、人参皂苷Rb1和毛蕊异黄酮葡萄糖苷等成分与STAT3、TNF、IL-6和VEGFA等靶点稳定对接。心脉安片“异病同治”心律失常和心力衰竭多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步研究心脉安片效应机制,探索其新的临床应用提供科学依据。

关键词： 网络药理学   糖平散   2型糖尿病   机制研究  

摘要： 目的糖平散治疗2型糖尿病(T2DM)在临床上疗效确切,本文运用网络药理学的方法探索其潜在活性成分、靶点和机制研究。方法基于软件筛选糖平散的有效成分、找到T2DM疾病相关的基因、找出中药活性化合物与疾病的交叉点,进行网络拓扑学分析,做蛋白相互作用网络图(PPI),对京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能和基因本体(GO)进行富集分析。结果糖平散主要有效成分共有33种,糖平散药物有效成分作用靶点有364个靶点;T2DM靶点基因有13790个;中药活性化合物-作用靶点-疾病的交集靶点共348个。结论糖平散有可能对T2DM产生疗效是由于其能够综合多种物质、多个目标并利用各种路径来协同工作所致,为进一步的研究提供了有力的依据。

关键词： 甲硝唑   卵巢癌   网络药理学   分子对接   MDH2  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术分析甲硝唑治疗卵巢癌潜在可能性及作用机制。方法通过化学数据库PubChem查找甲硝唑的分子信息和分子结构,通过PharmMapper数据库获得甲硝唑潜在的药效团靶点,通过OMIM、PharmGkb、TTD、GeneCards四大数据库收集卵巢癌相关靶点。运用R语言(4.3.1),最终筛选出甲硝唑与卵巢癌的交集靶点基因。应用String在线平台获得蛋白相互作用(PPI)网络,再通过Cytoscape软件进行拓扑分析,找到核心靶点。利用R(4.3.1)对潜在靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。借助在线数据库GEPIA2深入分析核心靶点在卵巢癌中的表达及预后。利用Autodock Vina软件进行药物与核心靶点的分子对接。结果共筛选出甲硝唑的潜在作用靶点68个,卵巢癌相关作用靶点12255个,其中交集靶点56个,GO分析共富集到309个条目,KEGG分析则富集到24条信号通路,最终确定治疗卵巢癌的核心靶点2个,分别为HSP90AA1和MDH2。通过核心靶点基因表达及预后分析,显示MDH2在治疗中具有关键作用。分子对接显示,MDH2与甲硝唑结合活性强。结论甲硝唑能够通过调控多条信号通路而发挥治疗卵巢癌的作用,MDH2是其治疗卵巢癌的核心与关键靶点。

关键词： 网络药理学   分子对接   保肾灵丸   糖尿病肾病  

摘要： 目的:基于系统网络药理学与分子对接技术探讨保肾灵丸治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法:查询中药药理学数据库获取保肾灵丸活性成分及作用靶点,与疾病靶点取交集。对交集靶点进行蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建,并进行GO和KEGG富集分析,得到关键靶点和小分子进行分子对接验证。结果:共预测到活性成分60个及治疗DN靶点112个。关键成分为香芹甾醇、3,9-二-O-甲基尼索林、香芹酚、棕榈苷A和16α-羟基脱氢曲霉醇酸,尤其是香芹甾醇、棕榈苷A和16α-羟基脱氢曲霉醇酸。关键靶点为PIK3CA、MAPK1、AKT1、PIK3R1、BCL2等,与多种癌症相关通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、内分泌抵抗、脂质与动脉粥样硬化等通路密切相关。结论:保肾灵丸治疗DN的作用机制具有多成分、多靶点、多通路的特点,各中药之间有协同作用,为保肾灵丸药理作用研究提供依据。

关键词： 2型糖尿病   补肾健脾方   网络药理学   生物信息学  

摘要： 目的 基于生物信息学和网络药理学探讨补肾健脾方治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选补肾健脾方活性成分及作用靶点,通过GEO数据库获取T2DM相关数据集GSE18732和GSE19420,通过Mfuzz分析筛选与糖尿病同步变化的基因,作为T2DM疾病靶点。获取补肾健脾方与T2DM疾病靶点交集靶点,作为补肾健脾方治疗T2DM的作用靶点,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,筛选网络中的关键靶点,通过GO功能和KEGG通路富集分析其生物功能,对关键靶点进行单因素Logistic回归,筛选Hub基因,基于Hub基因构建T2DM预测模型。结果 获取补肾健脾方药物靶点1 837个,T2DM疾病靶点983个,药物-疾病交集靶点115个,主要富集于内分泌抵抗、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路、非酒精性脂肪性肝病、细胞凋亡、细胞衰老、AMPK信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路和HIF-1信号通路。Hub基因有NFKB1和SREBF1,预测模型曲线下面积=0.829,具有良好的预测性能。结论 本研究综合生物信息学和网络药理学研究发现,补肾健脾方可能通过调控AMPK通路和AGE-RAGE等通路,发挥延缓T2DM进展作用,但仍需进一步实验验证。