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关键词： 网络药理学   缺血性卒中   内质网应激   脑蛋白水解物   炎症   细胞凋亡  

摘要： 目的 基于网络药理学方法和动物实验初步研究脑蛋白水解物的脑保护作用及其调控缺血性脑卒中内质网应激的相关作用机制。方法 利用GeneCards和OMIM数据库筛选出缺血性脑卒中和内质网应激相关靶点,绘制韦恩图,得到两者交集基因,利用String数据库下载蛋白质-蛋白质相互作用网络图,通过Cytoscape软件进行可视化分析,并利用cytoHubba插件筛选出前10位基因,最后进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用线栓法制备小鼠缺血性脑卒中模型,随机分为假手术组,模型组,脑蛋白水解物0.2 g·kg^(-1)组、0.5 g·kg^(-1)组和依达拉奉8 mg·kg^(-1)组,每组11只。术后连续给药5 d。TTC染色测定脑梗死体积,ELISA法测定脑缺血半暗带和血清中白细胞介素(IL)-6、IL-1β、γ-干扰素(IFN-γ)和脑源性神经营养因子(BDNF)的含量,免疫组化法观察脑组织中Caspase-3和AKT蛋白的表达变化。结果 网络药理学结果筛选得到41个缺血性脑卒中和内质网应激的交集基因,筛选出排前10的基因分别是IL-6、ALB、INS、TNF、AKT1、CASP3、MAPK3、TP53、SIRT1和VEGFA。GO富集得到515个相关条目,KEGG通路富集涉及脂质和动脉粥样硬化通路、人巨细胞病毒感染、阿尔茨海默病、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等。与模型组比较,脑蛋白水解物2个给药组小鼠的脑梗死体积明显减小(P<0.01),小鼠血清和半暗带中IL-6、IL-1β和IFN-γ含量显著降低、BDNF显著增加(P<0.05),脑组织中Caspase-3表达显著降低、AKT表达显著增强(P<0.05)。结论 基于网络药理学分析,缺血性脑卒中的内质网应激机制可能与炎症和凋亡相关,脑蛋白水解物的神经保护机制可能与激活BDNF/PI3K/AKT通路及抑制炎症和细胞凋亡有关。

关键词： 人参皂苷Rg1   网络药理学   多发性骨髓瘤   氧化应激   细胞凋亡  

摘要： 目的:利用网络药理学和体外细胞实验,探究人参皂苷Rg1治疗多发性骨髓瘤(MM)的作用机制。方法:利用TTD、DisGeNet、GeneCards、PharmGKB、PubChem、Super-PRED、PharmMapper预测MM靶标,利用CTD和SymMap数据库预测人参皂苷Rg1靶标,取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。基于基因本体(GO)和KEGG-pathway数据库,富集Rg1治疗MM的主要生物功能和信号通路。分子对接验证核心靶点与Rg1之间的结合能力。利用CCK-8、流式细胞术、Western blot实验,分别检测不同剂量人参皂苷Rg1(5、10、20μmol/L)对RPMI 8226细胞的细胞活性、凋亡率、ROS水平及核心作用靶点Caspase3、Bax、Bcl-2、和NF-κB p65的相对表达。结果:筛选得到215个Rg1-MM靶点。GO和KEGG富集分析提示Rg1改善MM的作用机制可能涉及氧化应激、细胞凋亡及炎症相关信号通路。分子对接提示Rg1可能通过调控NFKB1、STAT3、AKT1、MAPK3、CASP3、BCL2等靶点发挥效用。体外实验表明,与对照组比较,Rg1组(5、10、20μmol/L)可显著抑制RPMI 8226细胞增殖(P<0.01)、促进细胞凋亡(P<0.01)和ROS产生(P<0.01),同时抑制NF-κB信号通路的活化(P<0.05)。结论:人参皂苷Rg1对MM有潜在的治疗作用,能够调节RPMI 8226细胞的氧化应激、细胞凋亡和增殖,其作用机制涉及对NF-κB信号通路的调控。

关键词： 汉黄芩素   绿原酸   咳嗽变异性哮喘   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学与分子对接研究葛琳仪教授治疗咳嗽常用药对黄芩、蒲公英的主要活性成分汉黄芩素与绿原酸治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子机制。方法:利用SwissTargetPrediction、Super-PRED和SEA数据库筛选汉黄芩素和绿原酸的作用靶点,利用GenCards和OMIM数据库检索CVA作用靶点。取两者交集后构建“化合物–靶点–疾病”网络。构建蛋白质–蛋白质互作(PPI)网络筛选核心靶点。通过GO和KEGG富集分析,探索其作用的生物学途径和涉及的信号通路。通过分子对接验证黄芩素和绿原酸与核心靶点的结合能力,初步揭示其治疗CVA的机制。结果:检索得到汉黄芩素和绿原酸的作用靶点289个,CVA作用靶点1957个,交集靶点112个。PPI网络构建分析后筛选10个核心靶点:PTGS2、EGFR、PPARG、MMP9、HIF 1α、NFKB1、TLR4、CCND1、MMP2、CREB1。GO功能富集分析得到427个条目,KEGG通路富集分析获得127条信号通路,包括HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路和IL-17信号通路等。分子对接表明各组合对接结合能均在−5.0 kcal/mol以下,表明汉黄芩素和绿原酸与核心靶点能较好地结合。结论:汉黄芩素联合绿原酸通过多靶点和多通路治疗CVA,为研究汉黄芩素和绿原酸治疗CVA提供理论基础。Objective: To investigate the potential molecular mechanism of the main active ingredients of the combination of Scutellaria and Dandelion, wogonin and chlorogenic acid from the clinical experience of Professor Ge Linyi in the treatment of cough variant asthma (CVA) based on network pharmacology and molecular docking. Method: SwissTarget Prediction, Super PRED, and SEA databases were used to screen the targets of wogonin and chlorogenic acid, and GenCards and OMIM databases were used to search for CVA targets. Construct a “compound-target-disease” network by taking the intersection of these two clusters of gene targets. Constructing protein-protein interaction (PPI) network to screen core targets. Explore the biological pathways and signaling pathways involved in its action through GO and KEGG enrichment analysis. By molecular docking, the binding ability of wogonin and chlorogenic acid to core targets was verified, and their mechanism for treating CVA was preliminarily revealed. Result: 289 targets of wogonin and chlorogenic acid, 1957 targets of CVA, and 112 intersecting targets were retrieved. After constructing and analyzing the PPI network, 10 core targets were screened: PTGS2, EGFR, PPARG, MMP9, HIF 1α, NFKB1, TLR4, CCND1, MMP2, CREB1. GO functional enrichment analysis yielded 427 entries, while KEGG pathway enrichment analysis yielded 127 signaling pathways, including HIF-1 signaling pa

关键词： 脑瘫   数据挖掘   网络药理学   规律   王雪峰教授  

摘要： 目的运用数据挖掘和网络药理学技术探究王雪峰教授运用中药治疗小儿脑瘫的用药规律和潜在作用机制。方法通过Excel、OriginPro 2021、IBM SPSS Modeler 18.0等软件整合王雪峰教授近年临床医案,对其进行数据挖掘,总结核心处方及用药规律;将核心处方通过BATMAN-TCM、GeneCards、OMIM、TTD等数据库提取核心药物和疾病的潜在基因靶点,通过Venny 2.1.0提取交集基因,其结果依次进行蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)分析,基因本体分析以及信号通路富集分析,最后通过Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络。结果共纳入临床医案97则,涉及辨证论治处方97个,中药126味,其中21味高频中药,性味以温、甘、辛为主,主要归脾、肝、肺经;聚类分析得到5个有效聚类群;关联分析得到113条关联规则,并总结出王雪峰教授治疗脑瘫的核心处方为“白芍-甘草-大枣-黄芪-桂枝-茯苓”;核心处方有效活性成分158个,涉及基因靶点621个,疾病靶点974个,药物与疾病交集靶点67个;PPI网络分析共得到67个节点,304条边,平均节点度值9.07;基因本体(gene ontology,GO)分析中涉及生物过程(biological process,BP)229条,细胞组成(cellular component,CC)57条,分子功能(molecular function,MF)59条。京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析出71条信号通路;复杂网络分析共有793个节点,2107条边,度值阈值为5.314,平均度值2.03。茯苓酸B(Poricoic Acid B)、芍药内酯苷(Albiflorin)以及乳酸菌素(Lactiflorin)可能是治疗脑瘫发挥关键作用的活性成分。结论王雪峰教授治疗脑瘫从肝脾论治,以补虚扶正、和血通痹为治疗大法,选用黄芪桂枝五物汤为底方临证加减疗效确切,有理可依,有据可循。

关键词： 黄褐斑   黄精   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接探讨黄精治疗黄褐斑的作用机制。方法:检索中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选黄精有关活性成分,利用SwissTargetPrediction预测有效成分作用靶点。通过GeneCard、Drugbank数据库收集黄褐斑相关的疾病靶点,并通过韦恩图对有效成分靶点和疾病靶点进行交集,获得黄精治疗黄褐斑的潜在有效靶点。绘制活性成分与潜在有效靶点的网络图,利用Cytoscape软件分析每个活性成分在治疗黄褐斑中的重要性。将黄精和疾病的交集靶点利用STRING数据库进行蛋白互作分析,筛选出黄精治疗黄褐斑的关键靶点。通过David数据库将交集靶点进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并深度挖掘黄精主要活性成分及作用靶点;通过分子对接验证活性成分和作用靶点蛋白之间的分子结合能。结果:共筛选出黄精活性成分12个,黄精治疗黄褐斑靶点327个。黄精治疗黄褐斑的核心活性成分有(2R)-7-羟基-2-(4-羟苯基)-4-苯丙二氢呋喃、甘草素、4,5-二羟基黄酮、黄芩素、谷甾醇、西伯利亚蓼苷A、中华蓼素1、β-谷甾醇等,核心靶点为细胞周期蛋白A2 (CCNA2)、细胞周期蛋白A1 (CCNA1)、细胞周期蛋白B1 (CCNB1)、细胞周期蛋白E1 (CCNE1)、细胞周期蛋白依赖性激酶2 (CDK2)、极光激酶A (AURKA)。黄精治疗黄褐斑的通路主要富集于孕酮介导的卵母细胞成熟、细胞衰老、乙型肝炎、癌症通路等信号通路。分子对接发现活性成分和治疗靶点具有较强的结合力。结论:黄精可能通过(2R)-7-羟基-2-(4-羟苯基)-4-苯丙二氢呋喃、甘草素、4,5-二羟基黄酮等成分作用于CCNA2、CCNE1、CDK2、CCNA1、CCNA1等靶点,通过调节孕酮介导的卵母细胞成熟、细胞衰老、乙型肝炎等相关信号通路治疗黄褐斑。

关键词： 雷公藤多苷   睾丸损伤   网络药理学   雷酚萜醇   苯代南蛇碱   雷公藤对醌A  

摘要： 目的应用网络药理学方法对雷公藤多苷引起睾丸损伤机制进行研究,探讨潜在靶点和作用机制,并进行动物实验验证,为后续该药物的合理使用提供新的研究策略。方法依托文献查询和TCMSP、GeneCards、OMIM、Metascape数据库挖掘雷公藤多苷中有效成分信息,挑选主要药物活性成分及与睾丸损伤相关性靶点,构建蛋白相互作用(PPI)网络。使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)基因注释及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析,并进行分子对接和动物实验验证。结果共筛选出雷公藤多苷18个活性成分,其中雷酚萜醇、苯代南蛇碱、雷公藤对醌A等为主要活性成分;雌激素受体1(ESR1)、表皮生长因子受体(EGFR)等为核心靶点;KEGG富集分析雷公藤多苷活性成分作用于睾丸损伤的通路主要涉及癌症信号通路、cAMP信号通路、Ras信号通路等;网络药理学与分子对接结果分析显示呋喃南蛇碱与蛋白激酶B1(Akt1)结合良好,雷公藤对醌A与肿瘤坏死因子(TNF)结合良好,苯代南蛇碱与ESR1结合良好;动物实验中雷公藤多苷组ESR1、EGFR m RNA表达水平显著升高(P<0.05)。结论雷公藤多苷致睾丸损伤的机制可能与核心靶点ESR1、EGFR等密切相关。

关键词： 半夏厚朴汤   慢性咽炎   网络药理学   分子机制   靶点  

摘要： 目的:基于网络药理学方法探究半夏厚朴汤治疗慢性咽炎的作用机制。方法:通过TCMSP (中药系统药理学技术平台)数据库获取“半夏”、“厚朴”、“紫苏”、“茯苓”和“生姜”的主要化学成分,根据ADME筛选出其活性成分及作用靶点,并上传Cytoscape 3.7.2软件构建“药物–成分–靶点网络”。同时通过Gencards、OMIM和DRUGBANK数据库获取慢性咽炎的主要靶点,用在线数据分析作图网站制作Venn图,并将所得交集靶点导入Cytoscape 3.8.2构建“药物–有效成分–靶点–疾病”网络。然后运用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,结果导入Cytoscape软件3.8.2进行网络拓扑分析。最后利用Matescape数据库对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析,采用Cytoscape3.8.2构建“靶点–通路”网络。结果:筛选出半夏厚朴汤有效化学成分44个,对应靶点157个,慢性咽炎靶点1288个,半夏厚朴汤慢性咽炎交集靶点85个。分析得半夏厚朴汤治疗慢性咽炎的重要活性成分主要是木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩、宽松、卡维定、桉油醇、黄芩苷、塞雷维甾醇,TP53、AKT1、JUN、CASP3、TNF、EGFR、IL6等。GO功能富集分析得到2479项结果,其中BP 2249项,MF 129项、CC 101项。KEGG通路分析得到177条信号通路。结论:半夏厚朴汤治疗慢性咽炎的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为治疗慢性咽炎提供了网络药理学依据。Objective: Based on the method of network pharmacology to explore the mechanism of Banxia Houpu decoction in the treatment of chronic pharyngitis. Methods: The main chemical components of Pinellia pinellia, Magnolia officinalis, Perilla, Poria cocos and ginger were obtained from TCMSP database, and the active components and target sites were selected based on ADME, and the drug-composition-target network was constructed by uploaded Cytoscape 3.7.2 software. Meanwhile, major targets of chronic pharyngitis were obtained from Gencards, OMIM and DRUGBANK databases, and Venn diagram was prepared using online data analysis and mapping website. The obtained intersection targets were imported into Cytoscape 3.8.2 to build a “drug-activity-target-disease” network. Then the STRING database is used to draw the PPI network. The results were imported into Cytoscape software 3.8.2 for network topology analysis. Finally, GO function and KEGG pathway enrichment analysis were conducted on the intersection target using Matescape database, and Cytoscape3.8.2 was used to construct the “target-pathway” network. Results: 44 effective chemical components of Pinxia Houpu decoction were screened, 157 corresponding targets, 1288 chronic pharyngitis targets, 85 chronic pharyngitis intersection targets of Pinxia Houpu decoction. Analysis showed that the main ac

关键词： 消渴   胰岛素抵抗   白术   枳实   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的基于网络药理学探讨白术、枳实改善胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法从中药数据库获取白术、枳实的主要活性成分及靶点,通过疾病数据库获取IR靶点,取交集。对二者交集靶点进行蛋白质互作(PPI)分析,构筑PPI网络;进行富集分析,构建“成分-IR靶点-通路”网络;最后进行分子对接验证。结果白术-枳实改善IR的主要活性成分为木犀草素、川陈皮素、柚皮素等,核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)等;分子对接验证显示,大部分核心靶点与主要活性成分的结合活性较好。白术、枳实改善IR的生物学过程包括激素应答、细胞对脂质的反应、调节炎症反应等,作用于内分泌抵抗、HIF-1、AMPK等信号通路,功能主要为调节糖脂代谢等。结论白术、枳实可能通过木犀草素、川陈皮素等活性物质对AMPK、NF-κB等信号通路发挥调节作用,初步揭示了二者多成分、多靶点、多通路改善IR的作用机制。

关键词： 网络药理学   五虎汤   中药入血成分   RSV   儿童哮喘   NOD样受体信号通路  

摘要： 探讨五虎汤治疗呼吸道合胞病毒(RSV)诱发哮喘的效应物质及作用机制。使用超高效液相串联高分辨质谱仪确定五虎汤的入血成分;借助数据库对入血成分作用于哮喘的靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及基因本体论(GO)功能分析。同时将靶点蛋白及代谢物-靶点-通路等信息导入STRING数据库,构建蛋白互作网络,明确五虎汤核心成分及关键通路。体内实验部分使用RSV联合鸡卵清蛋白(OVA)建立哮喘模型,通过肺功能、苏木精-伊红(HE)染色、酶联免疫吸附测定(ELISA)法、蛋白免疫印迹法及免疫组织化学法验证五虎汤对RSV诱导哮喘小鼠的干预作用。结果显示,五虎汤入血成分以黄酮类、苯丙素类、木脂素类、萜类等化合物为主,作用于儿童哮喘的核心成分有(-)-表没食子儿茶素、山柰素、异甘草素、香叶木素、桦木酸、熊果酸、瑞香素、七叶素等,钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等是其靶点主要作用通路。体内实验结果表明,五虎汤能够改善肺功能指标,下调白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-17((IL-17)及肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,并且能够降低肺组织中NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NLRP3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、核因子-κB亚基1(NFKB1)等蛋白的表达,减轻中性粒细胞炎症浸润及肺淤血。结果表明,五虎汤通过多组分、多靶点、多途径的协同作用干预病毒诱发哮喘,体内实验证明其能抑制NOD样受体信号通路的激活,减轻哮喘小鼠气道炎症与气道损伤。

关键词： 加味逍遥丸   网络药理学   分子对接   作用机制   围绝经期综合征  

摘要： 目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨加味逍遥丸治疗围绝经期综合征的作用机制。方法通过TCMSP数据库收集加味逍遥丸组方药物的活性成分,检索GeneCards、OMIM、PharmGKB及DrugBank数据库获得围绝经期综合征相关靶点,使用R4.0.2软件程序包将药物活性成分与疾病靶点取交集作为关键靶点,上传至STRING平台构建蛋白相互作用网络;使用R4.0.2软件程序包进行GO及KEGG通路富集分析;应用Cytoscape3.9.1软件构建中药-活性成分-靶点网络,使用CytoNCA插件进行网络拓扑分析;运用AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。结果 加味逍遥丸治疗围绝经期综合征的主要活性成分共127种,包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、β-谷甾醇、甘草查尔酮A、豆甾醇、柚皮素、芒柄花黄素等;核心靶点包括PTGS2、ESR1、AR、NOS2、PPARG、NCOA2、SCN5A、ADRB2等;GO富集结果包括对外源性刺激的反应、对氧化应激的反应、腺体发育等,KEGG富集分析主要涉及PI3K/Akt、脂质和动脉粥样硬化、AGE-RAGE、MAPK等信号通路;分子对接显示,核心靶点与主要活性成分对接活性较强。结论 加味逍遥丸可通过多成分、多靶点、多通路治疗围绝经期综合征。