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关键词： 臭灵丹   网络药理学   炎症   分子对接   LC-MS分析  

摘要： 基于LC-MS和网络药理学对臭灵丹乙酸乙酯部位(ethyl acetate fraction of Laggerae Herba,ELH)进行成分和靶点通路分析,并通过LPS(lipopolysaccharides,LPS)诱导RAW 264.7炎症模型探讨ELH抗炎的作用机制。通过Griess实验,比较臭灵丹不同萃取部位的抗炎活性;利用LC-MS对ELH的化学成分进行分析;基于网络药理学预测和筛选ELH发挥抗炎的核心成分,靶基因和主要通路,并用分子对接和蛋白免疫印迹(Western blot)对靶点和通路进行验证。Griess实验结果表明,ELH可显著抑制LPS诱导的RAW 264.7细胞释放NO,抑制率达103.07%,是臭灵丹发挥抗炎作用的活性部位;LC-MS分析得到ELH中23个化学成分,包括21个倍半萜,1个黄酮,1个有机酸体;基于4个数据库,获得66个共同靶点;蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)分析发现获得白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等degree值大于40的6个核心靶点;GO、KEGG富集分析发现,核心靶点可能通过PI3K-Akt、IL-17、NF-κB和TNF等信号通路发挥抗炎作用;分子对接结果显示23个化学成分与核心靶点具有良好的结合能力;Western blot实验结果显示ELH处理后Akt的磷酸化水平和NF-κB表达显著下降(P<0.05)。综上,ELH能抑制AKT磷酸化,在一定程度上抑制LPS诱导的RAW 264.7细胞中NF-κB信号通路的激活,从而发挥抗炎作用。

关键词： 痰瘀病机   山慈菇-莪术   胃癌前病变   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的通过网络药理学与分子对接技术,在“痰瘀”病机理论下,探究化痰消瘀法典型代表药对山慈菇-莪术治疗胃癌前病变(PLGC)的作用靶点及有效活性成分,进一步探讨其潜在作用机制。方法本研究通过TCMSP、TCMID及BANTMAN-TCM数据库并结合文献研究获取山慈菇-莪术的主要活性成分及其对应靶点,利用UniProt数据库查询靶点蛋白对应的人类基因;同时,通过OMIM、TTD、Genecards检索PLGC疾病靶点,映射至山慈菇-莪术药对活性成分靶点基因,构建山慈菇-莪术药对活性成分-靶点网络,再针对山慈菇-莪术与PLGC的交集靶点,构建蛋白相互作用网络(PPI),构建“药物-共同靶点-疾病”网络图,进而通过Metascape数据库进行GO与KEGG富集分析。最后采用AutoDock软件对重要活性成分和关键靶点进行分子对接验证试验。结果共检索出14个活性成分,筛选得到山慈菇-莪术药对靶点230个,PLGC相关靶点1232个,药物-疾病交集靶点42个,重要活性成分包括2-甲氧基-9,10-二氢菲-4,5-二醇、β-谷甾醇、莪术二酮等,关键靶点有JUN、PIK3R1、ESR1、CASP3等;GO富集分析共获得560个相关条目,KEGG通路共112条,涉及癌症通路、IL-17、MicroRNAs、NOD样受体、Wnt等信号通路;分子对接结果显示重要活性成分和关键靶点之间具有较好的结合活性。结论“痰瘀”病机理论下,化痰消瘀法代表药对山慈菇-莪术可能通过多成分、多靶点、多途径参与调控肿瘤细胞增殖与凋亡等多种生理过程,发挥其对PLGC的重要干预作用,为后续开展实验研究以进一步阐释其作用机制提供了科学依据。

关键词： 系统性红斑狼疮   数据挖掘   关联规则   网络药理学   富集分析  

摘要： 目的:基于数据挖掘分析中医药治疗系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)的用药规律并筛选核心药对,通过网络药理学方法和分子对接技术探讨核心药对治疗SLE的作用机制。方法:收集2012年6月—2022年12月在安徽中医药大学第一附属医院风湿病科住院治疗的SLE患者的资料进行分析,共获得472名患者的完整处方,运用Excel 2016对用药规律进行统计分析,通过IBM SPSS Modeler 18.0软件对中药进行关联规则分析;通过TCMSP数据库检索药物活性成分和靶点,以“systemic lupus erythematosus”为关键词,检索DrugBank、GeneCards、TTD、OMIM数据库获取疾病相关靶点,构建药物-疾病交集靶点韦恩图;采用Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用网络图和“药物-活性成分-靶点”网络图,通过Hubba插件获得药物治疗SLE的核心靶点;通过Metascape数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析及京都基因及基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)通路富集分析;利用AutoDock 4.2.6软件对核心靶点与主要成分进行分子对接,通过PyMOL 2.5.2进行可视化分析。结果:SLE患者益气健脾化湿(茯苓、山药、黄芪等)及滋阴清热(知母、青蒿、地骨皮等)中药使用频次较高,甘味药、寒性药以及归肝、脾、肾经的中药使用频次较高。知母-黄柏组合具有较高的支持度(41.31%)和置信度(71.79%),可能在SLE的治疗中发挥重要作用。网络药理学结果表明,知母-黄柏共有34个活性成分,97个潜在作用靶点,该药对治疗SLE的5个核心靶点包括肿瘤坏死因子(tumornecrosis factor,TNF)、蛋白激酶B(protein kinase B,Akt1)、白细胞介素-6(interleukin 6,IL-6)、白细胞介素-1β(interleukin1β,IL-1β)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示,知母-黄柏组合治疗SLE与平滑肌适应、发热、丝氨酸蛋白酶抑制剂复合物等生物过程以及IL-17、TNF、MAPK等信号通路密切相关。分子对接显示核心靶点和活性成分具有良好的对接活性。结论:中医药治疗SLE以益气健脾化湿、滋阴清热药物为主,知母-黄柏是治疗SLE的关键药对,可能通过多成分、多靶点、多通路发挥对SLE的治疗作用。

关键词： 四妙勇安汤   银屑病   网络药理学   机制  

摘要： 目的基于网络药理学方法探讨四妙勇安汤治疗银屑病的物质基础和作用机制。方法通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)获取四妙勇安汤的有效成分和靶点,利用GeneCards数据库检索银屑病的有关靶点,运用Jvenn在线作图工具平台绘制韦恩图,得到药物与疾病共同靶点。应用String数据库绘制蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,将PPI网络导入Cytoscape3.8.2,进行拓扑结构分析,筛选核心靶点,构建活性成分-靶点网络图。通过GO和KEGG对核心靶点进行富集分析。结果共筛选出四妙勇安汤274个药物活性成分,353个作用靶点,银屑病相关靶点1364个,交集靶点136个。主要活性成分有槲皮素、熊果酸、山柰酚等;核心靶点包括AKT1、TP53、IL6等;GO功能富集分析得到356个条目,BP主要富集于细菌来源分子的反应,多肽反应,蛋白质磷酸化正调控等;KEGG通路富集分析得到165条相关信号通路,包括血脂与动脉粥样硬化,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂抵抗,癌症发病途径等通路。结论四妙勇安汤通过槲皮素、山柰酚、芹黄素等高黄酮类成分,作用于AKT1、TP53、IL6等靶点,调控血脂与动脉粥样硬化,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂抵抗,癌症发病途径等通路,发挥调节炎症、血脂、免疫微环境等药理作用治疗银屑病。

关键词： 补肾启智方   血管性痴呆   铁死亡   网络药理学   分子对接   HIF-1α/SLC7A11/GPX4信号通路   大鼠  

摘要： 目的:采用网络药理学方法和分子对接技术并结合体内实验,分析并验证补肾启智方调控海马神经元铁死亡改善血管性痴呆(vascular dementia,VD)认知功能的作用机制。方法:在TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、ETCM数据库筛选补肾启智方的活性成分及其作用靶点;在GeneCards数据库、OMIM数据库、DisGeNET数据库筛选血管性痴呆的潜在靶点;在FerrDB数据库筛选铁死亡的相关靶点,以上所有靶点均经Uniprot数据库规范,并在微生信-免费在线绘制韦恩图——Venn Diagrams网站获得三者的交集靶点。采用Cytoscape 3.9.1软件绘制“补肾启智方药物-活性成分-潜在靶点”网络、“补肾启智方-血管性痴呆-铁死亡靶点”的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并进行拓扑学分析以获得核心成分与核心靶点;在DAVID数据库进行交集靶点的基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。采用AutoDock 4软件进行分子对接,并利用PyMol 2.5软件对分子对接结果进行可视化分析。通过动物实验验证关键靶点及信号通路。将32只SD雄性大鼠随机分为假手术组、模型组、补肾启智方高剂量组(14.4 g·kg^(-1))、补肾启智方低剂量组(3.6 g·kg^(-1)),每组8只。除假手术组外,其余大鼠采用双侧颈总动脉永久结扎(2-vessel occlusion,2-VO)法建立血管性痴呆模型。采用Morris水迷宫实验评估大鼠的空间学习与记忆能力;Western blot法检测大鼠海马组织中缺氧诱导因子1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)、细胞溶质载体家族7成员11(solute carrier family 7 member 11,SLC7A11)、谷胱甘肽过氧化物酶4(glutathione peroxidase 4,GPX4)的蛋白表达;生化法检测大鼠海马组织中丙二醛(malondialdehyde,MDA)、谷胱甘肽(glutathione,GSH)水平。结果:筛选得到补肾启智方调控海马神经元铁死亡治疗VD的活性成分40种,有效靶点30个,核心成分是槲皮素、茉莉酮、马兜铃酮,核心靶点是肿瘤蛋白P53(tumor protein P53,TP53)、核因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,MTOR)、HIF-1α;GO功能富集分析结果显示,补肾启智方可能通过改善细胞对过氧化氢、缺氧、氧化应激的反应及促进血管生成等方面治疗VD,KEGG通路富集分析表明,其可能通过调控缺氧诱导因子1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)信号通路、细胞衰老、活性氧、叉头盒蛋白O(forkhead box protein O,FoxO)信号通路、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)信号通路等治疗VD。经补肾启智方干预后,VD大鼠的空间学习与记忆能力得到改善,海马组织MDA表达降低(P<0.01)、GSH水平升高(P<0.01),HIF-1α与铁死亡核心调控蛋白SLC7A11和GPX4蛋白表达水平显著升高(P<0.01,P<0.05,P<0.01)。结论:补肾启智方可通过多成分、多靶点改善VD认知功能,其关键机制可能与激活HIF-1α/SLC7A11/GPX4信号通路、抑制海马神经元铁死亡相关。

关键词： 黄蜀葵花   碘对比剂所致急性肾损伤   网络药理学   分子对接   中药   靶点   信号通路  

摘要： 目的探讨黄蜀葵花防治碘对比剂所致急性肾损伤(CI-AKI)的药效物质和作用机制。方法根据中药系统药理数据库及已发表文献收集并筛选出黄蜀葵花有效活性成分及药物作用靶点,运用疾病靶点数据库筛选CI-AKI相关靶点,并获取药物与疾病交集靶点。利用CytoscaPe 3.9.1软件构建黄蜀葵花活性成分-靶点网络、蛋白相互作用(PPI)网络。使用R语言进行基因本体论(GO)生物过程分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用AutoDock Vina1.1.2软件对活性成分与CI-AKI相关疾病靶点进行分子对接验证结合活性。结果黄蜀葵花活性成分中5-羟基-7,8,4’-三甲氧基黄酮、槲皮素、9,12-二烯十八酸等活性成分对于CI-AKI治疗有较强的靶向作用,核心靶点包括IL-6、AKT1、SRC、EGFR、MAPK3、ESR1等。GO及KEGG富集分析显示,黄蜀葵花活性成分参与多种生物学过程及通路的调控,主要涉磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用等。分子对接结果显示黄蜀葵花多种活性成分与疾病靶点具有较好地对接能力,预测结果具有一定的可靠性。结论黄蜀葵花中多种活性成分可能通过调控炎症、氧化应激、糖脂代谢、抗纤维化、新生血管生成、免疫应答等多条通路发挥治疗CI-AKI的作用。

关键词： 药学   专业型硕士   高等药理学   案例库  

摘要： 目的构建我院专业硕士研究生的高等药理学课程案例库。方法通过探讨高等药理学课程案例库的建设意义,构建策略和构建内容,依托学院教师的自身研究经历进行撰写构建并应用到实际的教学。结果通过该案例库的建设与应用,提高了教师的高等药理学授课质量,开阔了我院专业硕士研究生的科研视野,增强其学习主动性。结论高等药理学案例库为助力实现培养应用型药学人才的目标,推动药学专业学位硕士研究生教育的进一步发展提供支持。

关键词： 甲状腺肿瘤   芹菜素   网络药理学  

摘要： 目的:应用网络药理学方法探究芹菜素治疗甲状腺癌的潜在靶点。方法:通过HIT、Binding Datebase、SEA、STITCH、PharmMapper筛选出芹菜素的靶点。挖掘TTD、DrugBank、CTD、DisGeNET数据库中与甲状腺癌的相关靶点。采用STRING数据库和Cytoscape3.2.1识别并筛选出芹菜素作用于甲状腺癌的关键基因。使用DAVID数据库对关键基因进行GO富集及KEGG信号通路富集分析。最后运用Kaplan-Meier Plotter数据库分析关键基因的预后。结果:纳入研究芹菜素175个靶点,甲状腺癌168个靶点。共同作用的靶点有37个。利用网络拓扑分析最终筛选出32个关键基因。芹菜素治疗甲状腺癌主要涉及HIF-1信号通路、癌症通路等通路。最后筛选出8个基因的表达与甲状腺癌患者生存预后相关。结论:ALB、CCNA2、CCND1、CYP2C19、TERT、TTR、BCL2、CBR1可能是芹菜素治疗甲状腺癌的潜在靶点。

关键词： 壮医药   痔病   肛肠疾病   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学联合分子对接技术,探究壮药痔科熏洗剂治疗痔病的潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、disgent数据库、GeneCards数据库等检索壮药痔科熏洗剂及痔病的相关靶点,导入String数据库中构建蛋白互作网络。利用Metascape数据库分析筛选相关通路,最后采用AutoDock软件和pymol软件进行分子对接及可视化。结果 获得壮药痔科熏洗剂对应靶点938个,壮药痔科熏洗剂与痔病交集基因54个;KEGG分析发现治疗痔病主要涉及钙离子信号通路、肿瘤坏死因子等相关通路。分子对接显示主要活性成分与关键靶点均具有良好的对接活性。结论 揭示了壮药可通过多靶点、多途径、多成分的方法对痔病发挥治疗作用,为壮医药治疗痔病的药物研发及临床应用提供理论基础。

关键词： 网络药理学   灯盏细辛   糖尿病肾病   作用机制  

摘要： 利用网络药理学研究中草药灯盏细辛治疗糖尿病肾病(Diabetic Nephropathy,DN)的作用机制。通过TCMSP平台、ETCM数据库、PubChem数据库筛选出灯盏细辛的有效活性成分及作用靶点;利用DisGenet及GeneCards获取与DN相关靶点基因;筛选灯盏细辛活性成分作用靶点与疾病靶点的共同靶点基因。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络图;借助STRING在线数据库构建蛋白互作(PPI)网络图,使用Cytoscape 3.9.1软件插件ClueGo对共同靶点进行KEGG及GO分析,筛选出潜在的信号通路,并分析其作用机制。通过筛选得到灯盏细辛的有效活性成分9个,其作用于DN的靶点为79个。GO富集分析结果示,灯盏细辛-糖尿病肾病交集基因的生物功能主要涉及跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路正调控、细胞增殖、细胞凋亡过程的负调控等生物学过程。KEGG通路富集结果显示,交集基因主要分布在PI3K-AKT信号通路上。灯盏细辛的作用机制呈现多成分、多靶点、多通路的特点,本研究从药理作用及网络药理学两个方面研究灯盏细辛治疗DN的作用机制,有利于更加深入全面地了解灯盏细辛的药用价值,为其开发和利用提供理论参考。