课程文献中心 更多>>

关键词： 浙贝母   瓜蒌   慢性阻塞性肺病   心脏衰竭   系统药理学  

摘要： 基于GEO数据库挖掘慢性阻塞性肺疾病(COPD)和心力衰竭(HF)关联靶点,检索浙贝母、瓜蒌化学成分及靶点,以获得其调控COPD并发HF潜在靶点,挖掘靶点功能及通路注释分析,构建组织特异性蛋白相互作用(PPI)网络。浙贝母-瓜蒌影响COPD并发HF进展共涉及靶点227个,包括表达上调基因153个,表达下调基因74个;网络拓扑学分析显示PPI网络平均介数为0.4,平均度值为1.83,关键靶点包括RPS23、SNU13、NOL6、ELAVL1、NCL等;细胞组分定位于内膜系统、核内体和细胞外囊泡;生物学过程涉及囊泡介导的运输、基于微管的运动、细胞内蛋白质运输等;信号通路涉及MAPK信号传导途径;MCODE分析发现Cluster 1涉及TKT、ENO1、NCL、KIF1B等,参与调控驱动蛋白、雌激素的高尔基体运输;Cluster 2涉及SIN3B、PHF20、CTBP1、XPNPEP1等,参与调控组蛋白反应;心耳、左心室、肺的组织特异性PPI网络提示浙贝母-瓜蒌配伍可能通过调控ELAVL1-ENO1-NCL轴影响COPD并发HF进展;分子对接表明其“宽胸散结”主要活性成分瓜蒌酸、“化痰散结”主要成分贝母新碱与ELAVL1、ENO1、NCL蛋白质靶标的结合高度稳定,且贝母新碱与靶蛋白结合力强于瓜蒌酸,体现两者配伍后先治肺再调心,相须为用以实现心肺共治的作用特点。

关键词： 网络药理学   分子对接   陈皮   非小细胞肺癌  

摘要： 目的利用网络药理学方法研究陈皮治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获得陈皮的有效活性成分和其可能靶向靶点。使用GeneCards、OMIM、Therapeutic Target数据库和GEO数据库对筛选出来的靶点进行功能分析。使用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析。然后用Cytoscape3.9.1将构建的"药物-成分-靶点"网络以及基因本体(GO)富集分析结果和KEGG通路进行可视化,构建陈皮成分-NSCLC靶点-通路网络,筛选出关键靶点并使用分子对接进行验证。最后使用细胞实验验证陈皮的有效成分柚皮素在体外是否可以抑制NSCLC的分裂。结果共获得陈皮5个有效成分的96个靶点,45个交集靶点,其中BCL2、TP53、AKT1、JUN、CASP3等为核心靶点。GO富集分析共得到423个显著富集的词条(P<0.01),KEGG通路富集分析筛选得到152条信号通路(P<0.01)。陈皮可能以GSK3B、CASP9、JUN、PTGS2、PPARG等为关键靶点调控雌激素信号通路、IL17信号通路、脂质与动脉粥样硬化和TNF信号通路等发挥作用。分子对接结果提示,结合能均<-1.2 Kcal/mol,对接结果良好。细胞实验验证陈皮的有效成分柚皮素在体外可以抑制NSCLC细胞的增殖。结论初步从活性成分、基因靶点和信号通路等方面验证了陈皮对NSCLC的作用机制,为临床用药提供依据。

关键词： 急性髓系白血病   蒲公英   桑叶   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,在症状映射(SymMap)数据库、人类基因数据库(GeneCards)、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索AML相关基因和蛋白靶点。对AML相关基因和蒲公英-桑叶靶基因进行比较,确定富集基因,并进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件根据靶点信息构建药物-有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用CytoNCA插件筛选出核心基因,通过AutoDock软件进行分子对接验证。结果:对数据库检索结果进行筛选后得到39种有效成分,收集蒲公英-桑叶与AML的共同靶点148个。GO功能富集分析主要涉及细胞因子介导的信号传导途径、激酶活性正向调节和氧化应激反应等。KEGG信号通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK/STAT)信号通路等。拓扑分析得到信号转导和转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组人表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、原癌基因MYC、肿瘤蛋白P53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、肉瘤基因SRC、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、连环蛋白B1(CTNNB1)、磷酸肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、白细胞介素6(IL-6)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)等核心靶点。分子对接,结合亲和力最高的配对结果为蒲公英萜醇(taraxerol)与MYC(-8.74 kcal·mol^(-1)),槲皮素(quercetin)、kaemfprol、木犀草素(luteolin)和artemetin与各个靶点均有很好的结合亲和力。结论:蒲公英-桑叶主要活性成分quercetin、taraxerol、kaemfprol、luteolin和artemetin可能通过调控AKT1、STAT3、HSP90AA1、IL-6和MAPK1发挥抗AML的作用,对PI3K-AKT信号通路的调节是蒲公英-桑叶发挥抗AML作用的重要机制。

关键词： 反流性食管炎   胃溃疡   乌贝散   异病同治   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:探讨乌贝散异病同治反流性食管炎(RE)与胃溃疡(GU)的分子机制。方法:运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、HERB数据库、SymMap数据库、BATMAN-TCM数据库筛选乌贝散的主要活性成分及靶点;利用GeneCards、OMIM数据库获取2种疾病相关靶点,取交集获取药物与疾病的共有靶点;将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白互作网络,利用Cytoscape 3.10.1软件进行可视化处理并获取关键靶点。利用DAVID数据库对共有靶点进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并构建有效成分-交集靶点-通路网络图,并对关键靶点及主要活性成分进行分子对接验证。结果:共获得乌贝散治疗RE与GU的活性成分20个,其中主要活性成分为槲皮素、天竺葵素与β-谷甾醇等;RE与GU交集疾病靶点730个,乌贝散与疾病的交集靶点共92个。乌贝散治疗RE与GU的关键靶点有S非受体酪氨酸激酶(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)等。富集分析提示,乌贝散能够通过MAP激酶活性的正调控、细胞增殖的正调控、细胞凋亡过程的负调控、对外源性刺激的反应等生物过程,对癌症途径、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B (PI3K-AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等进行调控。分子对接显示,关键靶点(SRC、EGFR、AKT1)与主要活性成分(槲皮素、天竺葵素与β-谷甾醇)之间能自由结合,且β-谷甾醇与SRC结合活性最强。结论:乌贝散中槲皮素、天竺葵素与β-谷甾醇等成分能够作用于SRC、EGFR、AKT1等靶点,调控癌症途径、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性通路等发挥异病同治RE与GU的作用。

关键词： 三化汤   便秘   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的 基于网络药理学方法研究三化汤治疗便秘的潜在作用机制。方法 利用TCMSP筛选出三化汤的活性成分,通过Cytoscape 3.9.1软件构建药物“药物-成分”网络;利用Genecards检索便秘的相关靶点,利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。通过Metascape平台分析“药物-成分-靶点”及其参与的生物过程和通路。结果 三化汤的主要活性成分为柚皮素、木犀草素、芦荟大黄素、欧前胡素、新橙皮苷等;核心靶点有ATK1、TP53、IL-6、TNF、CASP3等;生物学通路主要作用于PI3K-AKT信号通路、AMPK信号通路以及NF-κB通路等。结论 初步揭示了三化汤治疗便秘的多成分、多靶点、多通路的作用机制,可为三化汤的临床利用开发提供基础。

关键词： 网络药理学   梅花草提取物   有效化合物   脑胶质瘤   PI3K/Akt信号通路   线粒体代谢  

摘要： 目的运用网络药理学技术结合细胞及动物实验探讨梅花草提取物抑制脑胶质瘤恶性增殖的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选梅花草的有效化合物,使用OMIM、Genecards、Pubchem等数据库预测梅花草有效化合物对脑胶质瘤的潜在作用靶点,应用Cytoscape 3.9.1和STRING 11.5数据库构建化合物-靶点网络、蛋白质互作(PPI),筛选出核心基因,运用DAVID 6.8数据库对靶点进行基因本体(GO)的富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的通路富集分析,并在细胞和动物水平评价相关信号通路和表型变化。结果梅花草含有14个靶点活性成分,包括Celahin B、Isoboonein、槲皮素(Quercetin)、山奈酚(Kaempferol)、没食子酸、Mussaenin A、金丝桃苷、山奈酚-3-O-β-芸香糖苷(Nicotiflorin)、山奈酚3-O-葡萄糖苷(Astragalin)、槲皮素3-O-葡萄糖苷(Isoquercitrin)、槲皮素7-O-葡萄糖苷(Quercimeritrin)、山奈酚-7-O-葡萄糖苷(Kaempferol 7-O-glucoside)、槲皮素-3,7-二-O-葡萄糖苷(Quercetin 3,7-diglucoside)、皂苷(Saponin),化合物对应的靶点338个;通过韦恩图将梅花草有效化合物与肿瘤相关的334个关键靶点基因利用DAVID在线分析工具进行肿瘤相关靶点的GO与KEGG分析。GO分析结果表明,梅花草提取物抗脑肿瘤的作用机制可能与炎症状态、缺氧反应、细胞增殖与凋亡等有关;KEGG分析结果发现梅花草有效化合物作用的靶点基因与PI3K/AKT、MAPK、TNF、HIF-1α等抗肿瘤信号通路息息相关,并在细胞及动物水平获得肿瘤的抑制表型和线粒体相关PI3K/AKT关键信号通路的验证。结论梅花草提取物显著抑制脑胶质瘤细胞的恶性生长,呈现浓度依赖性,其发挥作用可能与PI3K/AKT、线粒体代谢等信号通路有关。

关键词： 胃食管反流病   述达格-4   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:以蒙医理论对蒙药述达格-4的认识为依据,通过网络药理学和分子对接技术探讨述达格-4治疗胃食管反流病的作用靶点及其可能的作用机制。方法:通过TCMSP数据库及文献搜集述达格-4的有效活性成分及对应的靶蛋白,通过Uniprot数据库将其转化成相应的基因名称;通过GeneCard、OMIM、DrugBank数据库中预测胃食管反流病的作用靶点;通过Venny 2.1.0获取交集靶点;STRING数据库获取蛋白质相互作用(PPI)网络后导入Cytoscape 3.9.1软件获取核心靶点;利用Metascape数据库,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析;在微生信在线平台进行绘制GO富集分析柱状图、KEGG通路富集气泡图;Cytoscape 3.9.1软件构建“药材-活性成分-靶点”及“关键活性成分-核心靶点-通路”网络;Autodock对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果:通过限制口服吸收利用度(OB)、药物相似性(DL)的数值,共筛选出23种活性成分,作用于TNF,EGFR,PTGS2,PPARG和CCND1等关键靶点。通过调节PI3K-Ak、细胞衰老等信号通路治疗胃食管反流。分子对接显示,活性成分与核心靶点具有较好的结合活性,其中谷甾醇与核心靶点结合的最好。结论:本研究初步揭示了述达格-4中的活性成分高良姜素、山奈素、谷甾醇等能作用于多个靶点和调控多条通路来抑制炎症反应,对胃食管反流可能具有治疗作用。

关键词： 路路通-桂枝   乳腺癌   免疫调节   网络药理学   免疫浸润  

摘要： 目的利用网络药理学和免疫浸润探讨路路通-桂枝作用于乳腺癌(Breast cancer,BC)免疫调节的作用机制。方法分别利用TCMSP、GeneCards等数据库获得路路通-桂枝的有效成分及靶点、BC以及免疫调节的相关基因。通过Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络图,同时使用STING网站构建蛋白相互作用信息图(PPI)。使用DA VID数据库对交集基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并通过分子对接预测活性成分与关键靶点的结合活性,使用GEPIA、TIMER数据库对核心靶标进行表达和免疫浸润分析。结果共获得11个活性成分,药物-疾病共同靶蛋白23个。PPI显示,前4位关键靶点为JUN、ESR1、CASP3、HSP90AA1。突出活性成分为beta-sitosterol。KEGG富集结果表明,p53信号通路是其关键的信号通路。分子对接结果表明关键成分与关键靶点具有良好的结合活性。这些结果在mRNA表达水平、生存曲线和免疫浸润方面得到了进一步验证。结论路路通-桂枝通过多成分、多靶点、多途径的方式发挥免疫调节治疗BC的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供了理论依据。

关键词： 新医科   BOPPPS教学模式   中西医临床医学   本科教学   药理学   教学改革  

摘要： 目的探讨BOPPPS教学模式在药理学课程教学中的应用效果。方法以重庆医科大学中西医临床医学本科专业2020级(125人,对照组)和2021级(106人,观察组)全体学生为研究对象,以2018年科学出版社出版的《药理学(第二版)》“第24章甲状腺激素及抗甲状腺药”为教学内容。观察组学生采用BOPPPS教学模式(包括导入、提出学习目标、前测、开展参与式学习、后测、总结6个阶段),对照组采用传统教学模式。教学结束后通过理论考试和问卷调查综合评价教学效果。结果观察组学生理论考试成绩为(62.17±15.75)分,明显高于对照组的(56.59±16.46)分(P<0.05);观察组、对照组学生分别以60~<65分(22人,20.75%)及<40分(25人,20.00%)者居多;观察组学生在教学模式、启发式教学、教学效果3个方面教学质量和学习效果各方面的自我评价得分均明显高于对照组(P<0.05)。结论BOPPPS教学模式以学习成果为导向,利于提高学生学习效果,促进其思维能力和创新能力的培养,更贴合“新医科”人才培养的需要。

关键词： 鬼针草   肝炎炎症   网络药理学  

摘要： 目的通过网络药理学探讨鬼针草治疗肝炎炎症的作用机制。方法用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选鬼针草靶点基因;OMIM、Genecards数据库查找肝炎炎症靶点;韦恩在线绘图工具获得共同靶点。利用Cytoscape3.9.1软件以及String数据库构建药物-活性成分-潜在靶点网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并进行基因本体(GO)生物过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出鬼针草6个活性成分和175个潜在靶点,628个肝炎炎症疾病相关靶点,药物与疾病共有60个交集靶点。鬼针草可能通过调节AKT1、TNFRSF1A、IL2等核心靶点,干预IL-17信号通路、TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路等相关信号通路,从而达到治疗肝炎炎症的作用。结论鬼针草通过多成分、多靶点、多通路对肝炎炎症具有一定的调控作用。