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关键词： 和皮饮   特应性皮炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术分析和皮饮治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的主要成分、核心靶点和信号通路,阐述其相关作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台和BATMAN-TCM数据库筛选和皮饮的活性成分及靶点;通过Gene Cards数据库获取与特应性皮炎相关的病原基因,筛选药物与疾病作用的交集靶点。运用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点”作用网络。通过STRING数据库构建蛋白–蛋白相互作用(PPI)网络;运用R软件对作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果研究发现和皮饮中有102个活性成分,其有473个靶点。特应性皮炎的靶点有953个。药物和疾病的共有靶点89个。PPI网络拓扑分析发现和皮饮治疗特应性皮炎的核心靶点是TNF、IL6、IL1B、MMP9、PTGS2等;GO富集分析发现主要有细胞因子活性、受体配体活性、细胞因子受体结合、信号受体激活剂活性等;KEGG通路富集分析发现和皮饮主要涉及TNF信号通路、IL-17信号通路、C型凝集素受体信号通路等。结论和皮饮可能通过组方中槲皮素、木犀草素、山柰酚、豆甾醇、川陈皮素等主要成分,调控TNF信号通路、IL-17信号通路和C型凝集素受体信号等信号通路,发挥治疗特应性皮炎的作用。

关键词： 麝香   麝香酮   药理学作用   活性成分  

摘要： 目的 为麝香酮相关药物的研发提供参考。方法 采用计算机检索中国知网、万方、维普、PubMed等数据库中2011年1月至2024年7月的相关文献,总结麝香酮在中枢神经系统、心血管系统、生殖系统等的药理学作用及其用于相关疾病治疗的应用现状。结果与结论 麝香酮是麝香的主要活性物质,具有抗炎、抗肿瘤、抗氧化、抗惊厥、抗抑郁多种药理作用,在中枢神经系统、心血管系统、生殖系统等发挥重要作用,可作为治疗缺血性脑卒中、阿尔兹海默病、创伤性脑损伤、心肌梗死、癌症等疾病的潜在药物,其药用价值和市场前景较大。

关键词： 五参汤   慢性心力衰竭   网络药理学   分子对接   实验验证   小鼠  

摘要： 目的基于网络药理学、分子对接和动物实验验证探讨五参汤治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法利用TCMSP数据库获取五参汤药物中的活性成分。通过SwissTargetPrediction平台及OMIM、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库得到五参汤成分及慢性心力衰竭的基因靶点,二者交集靶点为五参汤治疗慢性心力衰竭的潜在靶点。由Cytoscape数据库得到核心靶点,将核心靶点再次计算后筛选得到重要靶点,并构建“药物-成分-核心靶点”网络及靶点蛋白互作网络(PPI)。以重要靶点在R软件上进行GO及KEGG富集分析。随后采用分子对接验证主要活性成分与关键通路的靶点的结合水平,并在此基础上进行实验验证。采用小鼠心肌梗死致慢性心力衰竭模型,利用B超、HE、Masson及Western Blot验证实验结果。结果共收集到有效药物成分63种,成分相关靶点768个和疾病靶点12933个,二者交集共706个靶点。在Cytoscape中计算得到核心靶点137个,其中重要靶点为28个。PPI提示STAT3、Caspase-3、Bcl2为治疗过程的关键靶点。GO及KEGG分析显示五参汤治疗慢性心力衰竭可能通过小分子代谢、激素反应、碳水化合物代谢和氧化应激反应来实现,这些进程可能与AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路以及HIF-1通路有关。B超、HE、MASSON结果示,与模型组相比,给药组不同程度地缓解了小鼠的心功能障碍及炎症浸润和纤维化等病理改变。Western Blot结果显示五参汤能逆转STAT3、HIF1A、Caspase-3的高表达(P<0.05,P<0.01,P<0.001)以及Bcl2的低表达(P<0.05),从而使慢性心力衰竭得到改善。结论五参汤可能通过抑制HIF1A、STAT3、Caspase-3的蛋白表达,同时增加Bcl2的蛋白表达,实现对HIF-1通路及凋亡相关信号的调控发挥对慢性心力衰竭的治疗作用。

关键词： 系统药理学   白芍   赤芍   成分   差异  

摘要： 目的:基于系统药理学研究白芍和赤芍的差异性。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台筛选白芍和赤芍的有效成分,采用Swiss Target Prediction和相似性集成方法数据库录入并获取有效成分作用靶标蛋白,采用Uniprot数据库将靶标蛋白名称转换为基因Symbol;采用Cytoscape 3.6.1软件构建白芍、赤芍有效化合物与靶标蛋白的可视化网络,进行生物拓扑学分析;采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,对靶标PPI进行分析;将靶标基因导入DAVID数据库,采用基因本体(gene ontology,GO)、京都基因和基因组数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行通路富集分析。结果:收集到白芍化合物85个,筛选出有效化合物13个;赤芍化合物119个,筛选出有效化合物29个。白芍和赤芍分别获得靶标279个和309个,剔除共有化学成分后,白芍和赤芍独有成分的作用靶标分别为199个和256个,其中共有靶标91个。有效化合物-靶标蛋白网络分析显示,成分之间存在较多协同作用。两者关键靶标蛋白体现出差异性和相似性。PPI网络差异化分析发现,排名前二十的靶标中,白芍和赤芍仅有热休克蛋白90α家族成员A和雄激素受体为共同靶标,其他均为差异靶标。在GO富集分析中,白芍和赤芍对氮的代谢均排在首位;在KEGG通路富集分析中,白芍和赤芍均对Toll样受体信号通路(hsa04620)有影响。对部分靶点进行初步验证,赤芍对环氧合酶1、环氧合酶2、转录中介因子2的mRNA表达有抑制作用;白芍仅对环氧合酶2的mRNA表达有抑制作用。结论:白芍和赤芍具有部分共同的药效物质基础,但存在一定差异性;差异成分存在约1/2的共有作用靶标,表现出较大共性,故无法仅从化学成分全面理解两者差异;药物有效成分之间存在协同作用;两者在调节关键蛋白靶标和网络方面差异较大,故临床作为两药使用具有科学道理。

关键词： 肺癌   石斛   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学及分子对接技术筛选石斛的有效活性成分及其潜在靶点,揭示石斛抗肺癌的作用机制。方法:采用BATMAN-TCM数据库筛选石斛活性成分及其对应的潜在靶点;在GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库中筛选肺癌相关基因;利用Venny2.1获取活性成分靶点与肺癌靶点的交集;使用Cytoscape 3.7.2软件对数据进行可视化处理,得到石斛活性成分-靶点-肺癌网络图;通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,运用Metascape对潜在靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用Vina软件完成分子对接并评估蛋白结合的稳定性,得到3D结合模型;利用UALCAN、Kaplan-Meier Plotter数据库对核心靶基因的表达及预后进行分析。结果:筛选得到60个潜在作用靶点,与15217个肺癌相关靶点取交集,得到57个共同作用靶点。GO功能富集分析显示石斛抗肺癌调控的生物过程主要集中在离子转运、信号转导活化、钙离子浓度调控上。KEGG信号通路富集分析提示石斛参与调控钙信号通路、cAMP信号通路、脂肪酸代谢、PPAR信号通路及癌症途径等多条通路。通过蛋白互作分析得到4个核心基因,分别为大麻素受体-1基因(CNR1)、糖皮质激素受体基因(NR3C1)、肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内过氧化物合酶2基因(PTGS2)。分子对接进一步验证了石斛有效活性成分(石斛菲醌、齿叶黄皮素、24-羟基-11-脱氧甘草次酸)与以上4个核心基因的结合稳定性。CNR1、NR3C1、PTGS2在肺癌组织及癌旁组织中的表达均存在显著差异。生存分析结果显示CNR1、NR3C1、PTGS2高表达组总体生存期(OS)均长于低表达组。结论:石斛活性成分可能主要通过作用于CNR1、NR3C1、TNF、PTGS2基因调控机体细胞周期蛋白和激酶的表达水平,或抑制炎症因子的产生和释放,从而发挥抗肺癌作用。

关键词： 溃疡性结肠炎   网络药理学   黄柏   白头翁  

摘要： 目的采用网络药理学方法和分子对接探索黄柏-白头翁治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄柏-白头翁活性成分及作用靶点;借助GeneCards、Disgenet数据库,检索疾病相关基因;借助Uniprot数据库对相关基因标准化,运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图,采用STRING数据分析蛋白相互作用(PPI),应用Metascape数据库针对关键靶基因进行GO与KEGG富集分析,并使用AutoDock和Pymol将核心有效成分槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇与关键靶标实施分子对接。结果黄柏-白头翁药对共筛选出48种活性成分,潜在的药物靶标211个,与UC的交集靶点101个。其中槲皮素与UC交集基因数目89个、异鼠李素18个、β-谷甾醇15个。黄柏-白头翁药对与UC交集的核心靶点53个,重点作用于TNF、IL6、AKT1、IL1B等基因,涉及IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路和TNF信号通路。结论黄柏-白头翁治疗UC的作用或许与其通过槲皮素、异鼠李素和β-谷甾醇等活性成分调节多种炎症和免疫相关信号通路存在关联。

关键词： 脊柱压缩性骨折   大补元煎方   网络药理学   骨折愈合   机制研究  

摘要： 目的:通过网络药理学方法探讨大补元煎方促进脊柱压缩骨折愈合的机制。方法:在TCMSP数据库和SwissADME在线平台中筛选大补元煎方的化学成分,并通过Uniprot数据库转换成基因蛋白。在Gene-Cards、TTD和DisGeNET等数据库中筛选出“Compression fracture of spinal”的相关靶点。使用Venny 2.1得到药物和疾病共有基因,利用STRING和Cytoscape 3.8.2构建PPI(protein-protein interaction,PPI)网络图并通过网络拓扑分析获得关键蛋白靶点。使用Cytoscape 3.8.2的CytoHubb插件中的MCC(maximal clique centrality,MCC)算法筛选出核心基因和核心成分。使用Metascape在线平台进行基因本体论富集分析GO(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路功能富集分析。使用R软件对GO及KEGG富集结果绘制条形图及气泡图。使用Cytoscape 3.8.2构建大补元煎方治疗脊柱压缩骨折的通路-基因网络图。结果:大补元煎方中的中药有效活性成分共124个,潜在作用靶点271个,脊柱压缩性骨折相关作用靶点875个,交集基因剔除游离节点77个,核心基因有10个,核心活性成分有7个。GO分析结果显示:炎症反应、细菌反应、血管发育、细胞囊、细胞外基质、膜筏、受体调节活性、转录因子结合、细胞因子受体结合等排名靠前;KEGG分析结果显示,骨折愈合关键基因有:丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase1,MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase1,MAPK3)转化生长因子β1(transforming growth factor-β,TGF-β1)、白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)等;关键通路有:MAPK、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT signal pathway,PI3K-AKT)、低氧诱导因子1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)等信号通路。结论:大补元煎方的核心活性成分通过调控细胞因子、生长因子和转录因子,如MAPK1、MAPK3、TGF-β1、IL-6等因子激活MAPK、PI3K-AKT、HIF-1等信号通路,调节细胞的生成与凋亡,促进新血管生成、成骨细胞的分化,抑制炎症反应、破骨细胞的生成,调整破骨细胞与成骨细胞之间代谢稳态平衡来促进骨折愈合。

关键词： 保儿宁颗粒   呼吸道感染   网络药理学   凋亡  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接探讨保儿宁颗粒治疗呼吸道感染的作用机制.方法:通过TCMSP、HERB数据库筛选保儿宁颗粒的成分和靶点,Genecards、OMIM数据库筛选呼吸道感染作用靶点,STRING数据库构建保儿宁颗粒、呼吸道感染、凋亡的蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书(通路)富集分析,采用分子对接技术对主要活性成分与核心靶点进行分子对接.结果:保儿宁颗粒中有 58 个有效成分,并获得 122 个保儿宁颗粒-呼吸道感染-凋亡的交集靶点.结论:保儿宁颗粒治疗呼吸道感染可能与抗炎、抗氧化、抑制凋亡的作用机制有关,主要涉及多成分(槲皮素、毛蕊异黄酮、山柰酚、豆甾醇和β-谷甾醇)、多靶点(CASP3、BAX、TNF、IL6和IL1β的核心靶点)、多通路(TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17 信号通路、HIF-1 信号通路和凋亡等信号通路).

关键词： 网络药理学   分子对接   二仙汤   绝经后骨质疏松   焦虑   异病同治  

摘要： 本研究拟探讨二仙汤“异病同治”绝经后骨质疏松（PMOP）和焦虑的潜在分子机制。首先，基于TCMSP平台检索二仙汤化学成分和相应靶点，基于GeneCards等数据库搜集PMOP和焦虑疾病靶点，将疾病靶点与化学成分相应靶点取交集获取二仙汤治疗PMOP和焦虑的交集靶点。然后，基于Cytoscape软件构建“中药-成分-靶点”网络，基于String平台构建交集靶点的蛋白互作网络，基于R软件进行GO功能和KEGG通路富集分析，最后对网络药理学结果进行分子对接验证。本研究共获得二仙汤治疗PMOP和焦虑的交集靶点117个，筛选出木犀草素等5种关键成分， AKT1等8个核心靶点。GO功能富集分析共获得2397个条目，主要涉及氧化应激等因素； KEGG通路富集分析共获得173条通路，包括磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶（PI3K-Akt）等。通过分子对接初步验证了以上结果。本研究揭示了二仙汤关键成分木犀草素等可作用于AKT1等核心靶点，通过调控PI3K-Akt等信号通路，发挥“异病同治”PMOP和焦虑的作用。