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关键词： 消瘰丸   甲状腺结节   网络药理学   靶点   信号通路  

摘要： 目的 基于网络药理学探究消瘰丸治疗甲状腺结节的潜在作用机制。方法 运用多个数据库检索并筛选出消瘰丸活性成分,将筛选出的消瘰丸活性成分导入Swiss Target Prediction数据库筛选出药物靶点。在Gene Cards、Omim和Therapeutic Target Database数据库上检索并筛选出甲状腺结节疾病靶点,运用Venny软件将药物靶点和疾病靶点进行交集,得到消瘰丸治疗甲状腺结节的潜在作用靶点。将药物与疾病的交集靶点导入String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,运用Sytoscape软件进行可视化及拓扑分析,筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对交集靶点进行GO与KEGG富集分析。结果 共筛选出药物靶点359个,疾病靶点3652个,交集靶点185个。PPI网络分析得到消瘰丸治疗甲状腺结节的核心靶点有AKT1、TP53、BCL-2、SRC、EGFR等。GO富集分析结果显示,潜在治疗靶点主要参与了蛋白质磷酸化、凋亡的负调控、对异源性刺激的反应和信号传导等生物过程;KEGG富集分析结果显示,消瘰丸治疗甲状腺结节涉及到的通路主要包括癌症通路、甲状腺激素通路、PI3K-Akt通路、化学致癌-受体激活通路等。结论 消瘰丸的多种活性成分能够通过多靶点、多通路协同作用,对甲状腺结节起到治疗作用,其机制可能涉及到癌症通路、甲状腺激素通路、PI3K-Akt通路、化学致癌-受体激活通路等信号通路的调控。

关键词： 抽动障碍   网络药理学   中药   研究进展   儿童  

摘要： 随着社会的发展及环境的影响,近年来,抽动障碍的发病率呈逐年增长趋势,成为目前临床中较为常见的儿科疾病之一。西医针对抽动障碍的治疗,主要以多巴胺类、中枢性α2受体激动剂等药物为主,同时配合心理治疗,具有一定的疗效,但其不良反应使部分儿童不能耐受。中医药立足于整体观念和辨证论治,在抽动障碍的防治中安全性和疗效都具有更明显的优势。中药中单味药、药对和复方都具有多靶点、多通路的调节作用,其与现代理论网络药理学的核心思想一致,所以,网络药理学方法正逐渐地被中医药研究其作用机制所接纳及采用。本文就网络药理学在中药治疗抽动障碍作用机制的相关研究应用进展进行综述,以及对研究中存在的问题进行阐述,以期为网络药理学在中药治疗抽动障碍研究的应用提供参考。

关键词： 白芷方   偏头痛   动物模型   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及体外实验验证,探讨白芷方(BZD)治疗偏头痛潜在机制及初步药效作用。方法:构建硝酸甘油致大鼠偏头痛模型,评价白芷方治疗偏头痛活性。通过在线数据库和文献检索收集复方活性成分、作用靶点和偏头痛相关疾病靶点,构建蛋白质相互作用网络(PPI),并利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,使用Cytoscape软件构建“活性成分-核心靶点-通路”网络;最后通过AutoDock软件将关键活性成分和关键潜在靶点进行分子对接,并进行可视化分析。结果:与模型组相比,白芷方可升高大鼠血清超氧化物歧化酶(SOD)水平,降低丙二醛(MDA)、一氧化氮(NO)水平;升高血浆内皮素(ET)水平,降低血浆降钙素基因相关肽(CGRP)水平;同时升高脑匀浆肾上腺素(EPI)、去甲肾上腺素(NE)、5-羟色胺(5-HT)水平,并且都存在显著性差异(P<0.01)。网络药理学结果显示,白芷方中天麻素、阿魏酸、欧前胡素、藁本内酯等20个关键活性成分通过作用于PTGS2、RELA、JUN、MMP9、TNF等关键潜在靶点,调控206个GO项目和109条信号通路发挥干预偏头痛的作用。分子对接结果表明,白芷方关键活性成分与靶点对接结果良好。结论:初步探讨了白芷方对偏头痛的药效作用和潜在机制,为临床应用白芷方治疗偏头痛提供新的理论依据。

关键词： 支气管哮喘   麻黄   半夏   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用中药现代研究方法探讨中药对药“麻黄-半夏”治疗支气管哮喘的机制。方法:通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、DisGeNET及GeneCards检索“麻黄-半夏”的活性成分及作用靶点和支气管哮喘疾病靶点;利用STRING 11.0数据库获得蛋白相互作用(PPI)网络;通过MetaScape软件进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得到“麻黄-半夏”对支气管哮喘的潜在作用通路;采用AutoDockTools、PyMOL软件将主要的活性成分与核心靶点进行对接。结果:从“麻黄-半夏”中筛选得到35个活性成分,241个靶点,其中涉及支气管哮喘作用靶点110个,最终筛选出9个核心化合物和7个核心靶点。KEGG分析提示,“麻黄-半夏”可能通过磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、白细胞介素(IL)-17、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路发挥对支气管哮喘的治疗作用,分子对接验证亦显示靶点与成分的结合活性均较好。结论:“麻黄-半夏”治疗支气管哮喘具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,预测“麻黄-半夏”可通过减少血管内皮增生、抑制平滑肌细胞增殖、减轻炎症反应等治疗支气管哮喘,可为后续深入试验研究及其临床应用提供思路及方法。

关键词： 龟龄集胶囊   少弱精子症   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接技术探索龟龄集胶囊治疗少弱精子症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药靶点数据库(BATMAN-TCM)和网络药理学研究数据库(STITCH)收集龟龄集胶囊的活性成分并预测其作用靶点,同时从基因综合数据库(GeneCards)、疾病相关基因数据库(DisGENET)、遗传药理学与药物基因组学数据库(PharmGkb)中获取少弱精子症的基因靶点,将药物成分靶点与疾病靶点进行映射,找出交集基因,并建立“药物-成分-作用靶点”网络。运用蛋白质相互作用数据库(STRING)筛选出共同靶点,制作蛋白质-蛋白质相互作用网络,使用作图软件Cytoscape绘制药物-有效成分-靶点-疾病网络图,然后将药物-疾病交集基因上传至生物数据在线分析软件DAVID,对龟龄集胶囊治疗少弱精子症的靶蛋白在生物过程、细胞组分和分子功能中的角色进行注释,并进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。选择基因本体论(GO)功能中的生物过程、细胞组分、分子功能的前10项,以及与少弱精子症相关的20条KEGG通路(P<0.01),作为龟龄集胶囊治疗少弱精子症的主要信号通路,并探讨其可能的作用机制。结果:通过筛选,发现龟龄集胶囊治疗少弱精子症的潜在靶点有134个,主要涉及的通路包括脂质与动脉粥样硬化、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1信号通路、叉头框蛋白O(Forkhead Box Protein O,FoxO)信号通路等。分子对接结果显示,药物核心成分与核心蛋白结合良好。结论:龟龄集胶囊治疗少弱精子症体现了中成药治疗疾病的整体性,具有多通路、多成分、多靶点的特点,其有效成分包括槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇,通过作用于肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)等蛋白调控磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、HIF-1、FoxO等信号通路,从而改善精液质量,达到治疗少弱精子症的目的。

关键词： 姜黄素   2型糖尿病   网络药理学   孟德尔随机化  

摘要： 目的:通过网络药理学与孟德尔随机化的结合探讨姜黄素治疗2型糖尿病的药理学机制。方法:姜黄素的药物靶点通过pharmapper数据库、Swiss Target Prediction数据库获得,2型糖尿病的疾病靶点通过GeneCards数据库获得,将药物靶点与疾病靶点进行合并以获得潜在的治疗靶点,蛋白质之间相互作用(PPI)数据从String数据库中获得,通过R语言对治疗靶点进行GO与KEGG分析,通过IEU OPEN GWAS Project数据库获得暴露数据与结局数据的相关信息,并通过语言进行孟德尔随机化分析。结果:姜黄素的药物靶点预测到了111个,2型糖尿病的疾病靶点有921个,治疗靶点有27个,对这些治疗靶点KEGG分析发现主要通路为凋亡信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等,核心治疗靶点为CASP3、MMP2、SIRT1等。结论:姜黄素通过多靶点、多通路、多生物学过程对2型糖尿病起到治疗作用,这与中医学核心观念相一致。Objective: To explore the pharmacological mechanism of curcumin in the treatment of type 2 diabetes through the combination of network pharmacology and Mendel randomization. Methods: The drug targets of curcumin were obtained from pharmapper database and Swiss Target Prediction database, the disease targets of type 2 diabetes were obtained from GeneCards database, the drug targets and disease targets were combined to obtain potential therapeutic targets, the protein-protein interaction (PPI) data was obtained from String database, the treatment targets were analyzed by GO and KEGG through R language, the relevant information of exposure data and outcome data was obtained through IEU OPEN GWAS Project database, and Mendelian randomization analysis was conducted through language. Results: 111 drug targets were predicted for curcumin, 921 disease targets for type 2 diabetes, and 27 therapeutic targets. KEGG analysis of these therapeutic targets found that the main pathways were apoptosis signaling pathway, TNF signaling pathway, IL-17 signaling pathway, and the core therapeutic targets were CASP3, MMP2, SIRT1, etc. Conclusion: Curcumin plays a therapeutic role in type 2 diabetes through multiple targets, multiple pathways and multiple biological processes, which is consistent with the core concept of traditional Chinese medicine.

关键词： 钩藤   热性惊厥   网络药理学   分子对接   生物碱   钩藤碱   异钩藤碱   毛钩藤碱   N-甲基-D-天冬氨酸受体  

摘要： 目的通过网络药理学与分子对接技术探究钩藤Uncaria rhynchophylla治疗热性惊厥的作用机制,并进行实验验证。方法通过TCMSP与BATMAN-TCM数据库检索钩藤活性成分及相关作用靶点,用TCMSP、PubChem数据库和SwissADME平台对活性成分进行筛选;通过Gene Cards数据库和OMIM数据库提取热性惊厥疾病靶点,经Uniprot数据库进行蛋白-基因symbol转换;药物靶点与疾病靶点取交集绘制Venn图,通过STRING数据库绘制蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-活性成分-关键靶点-疾病”网络,采用DAVID v6.8在线分析平台对关键靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape 3.7.2软件将富集分析结果可视化并将分析所得关键化合物及靶点进行分子对接。通过免疫组化、Western blotting及脑片膜片钳技术对钩藤的作用机制进行验证。结果得到钩藤活性成分29个,活性成分对应靶点297个,活性成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点81个。KEGG通路富集分析结果显示,钩藤治疗热性惊厥主要作用于神经元配体-受体相互作用、尼古丁成瘾、环磷酸腺苷信号通路。GO功能富集分析结果显示,尼古丁反应、质膜和细胞外配体门控离子通道活性显著性最大。免疫组化及Western blotting结果显示,钩藤显著抑制热性惊厥模型乳鼠脑组织中N-甲基-D-天冬氨酸受体2A(N-methyl-D-aspartic acid receptor 2A,NMDAR2A)、N-甲基-D-天冬氨酸受体2B(N-methyl-D-aspartic acid receptor 2B,NMDAR2B)的表达(P<0.05、0.01、0.001)。脑片膜片钳实验结果显示,钩藤对海马CA1区锥体神经元NMDA受体诱发兴奋性突触后电流(NMDA receptor evoked excitatory postsynaptic currents,e EPSCNMDA)具有抑制作用。结论通过网络药理学及分子对接技术发现了钩藤治疗热性惊厥的活性成分及作用靶点,通过免疫组化、Western blotting及膜片钳技术证实了钩藤对NMDAR的抑制作用,为进一步研究钩藤治疗热性惊厥的作用机制、药物研发等提供理论基础。

关键词： 桂枝汤   冻伤   网络药理学   蛋白模块分析   层次聚类凝聚算法  

摘要： 目的基于网络药理学和蛋白模块分析理论探究桂枝汤防治冻伤的关键靶点及关键模块,并阐述其作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选出满足条件(OB≥30%和DL≥0.18)的桂枝汤中药材活性化合物,通过BATMAN数据库预测所得活性成分的靶点。通过CTD、GeneCards、OMIM三大疾病数据库查找冻伤相关基因,并利用UniProt数据库对靶点进行标准化。通过String数据库对桂枝汤与冻伤的共有靶点进行GO和KEGG通路富集分析。借助Cytoscape3.7.0软件对桂枝汤“药材-活性化合物-靶点-通路”进行加权网络构建,获取关键靶点。再运用层次聚类凝聚算法对蛋白相互作用网络进行模块化分析,结合关键靶点筛选关键模块,并对各个模块进行富集分析。结果在五味中药里共筛选出146种符合要求的化合物,预测得到602个桂枝汤成分的药物靶点、744个冻伤的疾病靶点,取交集后得到45个靶点。构建“活性化合物-靶点-通路”加权网络筛选出关键靶点15个,主要包括TNF、PTGS2、IL1B等,得到关键蛋白模块一、二、三和四。其中,聚类模块一主要与肿瘤坏死因子信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、花生四烯酸的新陈代谢有关,此类通路均作用于血管内皮细胞;聚类模块二主要与炎症反应的调节和凝血系统的调节有关;聚类模块三主要与氧化代谢反应及产热有关;聚类模块四主要与外界因子的刺激调节有关。结论桂枝汤可以通过干预皮肤血管内皮细胞、炎症反应、凝血与血栓的形成、氧化代谢反应及产热等相关的生物过程发挥防治冻伤的作用。

关键词： 血府逐瘀口服液   抗血栓药物   血栓   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 为揭示血府逐瘀口服液治疗血栓类疾病的机理,挖掘血府逐瘀口服液中抗血栓有效成分。通过TCMSP数据库检索血府逐瘀口服液中的化学成分或成分靶点;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络得到核心靶点;通过Cytoscape构建“成分-靶点”网络图,并进行拓扑分析和对核心靶点进行GO和KEGG富集分析,预测血府逐瘀口服液抗血栓的作用机制;根据Degree值排名将关键的成分和作用靶点进行分子对接。通过网络拓扑分析筛选得到81个核心靶点,如TNF、ALB、AKT1等;GO富集分析中生物过程(BP)共304条,分子功能(MF)共72条,细胞组成(CC)共41条,通路富集得到凝血级联反应、TNF等80条信号通路;分子对接结果显示,Sainfuran、Xambioona和7-Methoxy-2-methyl isoflavone与靶点蛋白ESR1、F2、IL-2、KDR、MET、MMP3均有较好的亲和力。该研究为血府逐瘀口服液在抗血栓应用方面提供参考。

关键词： 布鲁氏杆菌性脊柱炎   柴胡桂枝汤   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:采用网络药理学方法研究柴胡桂枝汤治疗布鲁氏杆菌性脊柱炎的作用机制,为运用经方治疗布鲁氏杆菌性脊柱炎提供新的思路。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集柴胡桂枝汤中9味中药的主要作用靶点和化合物,在Uniport数据库中匹配化合物靶点基因,并运用Cytoscape 3.9.1构建中药-化合物-基因网络图。在GeneCards和Drugbank数据库获取布鲁氏杆菌病的相关靶点,在STRING数据库中构建核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络。使用David数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过微生信在线工具作图。最后,利用AutoDock、Pymol等软件对柴胡桂枝汤中药-化合物-基因网络图中度值较高的活性成分与潜在靶点进行分子对接及可视化处理。结果:筛选到柴胡桂枝汤中槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等170种主要化学成分,以及前列腺素氧化环化酶(Prostaglandin-endoperoxide Synthase,PTGS)2、热休克蛋白90α家族B类成员1(HSP90AB1)、PTGS1等290个潜在靶点。GO功能富集分析共得到271条富集结果,KEGG通路富集分析共得到85条通路。柴胡桂枝汤主要参与百日咳、脂质与动脉粥样硬化通路、白细胞介素-17通路、核因子-κB信号通路等信号通路的调控,与感染性疾病、免疫应答与免疫失调、氧化应激、炎症反应密切相关。结论:研究初步表明了柴胡桂枝汤通过多成分、多靶点、多通路对布鲁氏杆菌性脊柱炎进行治疗。