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关键词： 金丹附延颗粒   慢性盆腔炎   网络药理   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨金丹附延颗粒的主要成分和其治疗慢性盆腔炎的作用靶点与途径。方法使用TCMSP、PubChem和Swiss Target Prediction等数据库找到有效成分和作用靶点后,借助Cytoscape 3.10.1软件绘制“药物-成分-靶点”和关键靶点的PPI网络图,再找出Degree值靠前的重要成分和关键靶点进行分子对接。结果本研究得到了63个有效成分,慢性盆腔炎和化合物的交集靶点58个。选取Degree值大于平均值的靶点作为核心靶点,得到20个核心靶点。利用Cytocsape 3.10.1绘制成分-靶点PPI网络图,找出Degree值为前20的有效成分和核心靶点。筛选出排名前三的成分Mairin、Hyndarin、Dihydrochelerythrine和排名前四核心靶点TNF、IL6、AKT1、IL1B,并进行分子对接,得到的分子结合能均在-4以下,说明靶点与药物分子间有良好的结合活性。结论金丹附延颗粒对治疗慢性盆腔炎有很好的治疗效果,作用途径与炎症反应有关。

关键词： 流感病毒   固表防感加减方   免疫功能抑制   网络药理学  

摘要： 目的:运用网络药理学方法探讨固表防感加减方调节免疫抑制小鼠防御A型流感病毒的作用靶点及信号通路,并通过免疫抑制小鼠模型进行关键靶点验证。方法:利用TCMSP数据库检索固表防感加减方药物的有效成分,利用GeneCard、OMIM、PharmGkb数据库获得有效成分预防流感的潜在靶点,取其交集靶点;运用STRING11.5数据库制作蛋白质-蛋白质相互作用网络,分析并找到核心靶点;利用Cytoscape3.8.1构建中药-成分-疾病靶点网络,并进行GO富集分析和KEGG富集分析。腹腔注射环磷酰胺构建免疫功能抑制小鼠模型,设置正常组、模型对照组、固表防感加减方组、奥司他韦组,随后预防性给药,第4天进行流感病毒干预,药物灌胃治疗7 d后,通过小鼠脾脏指数、HE染色、RT-qPCR、免疫组化法验证关键靶点。结果:固表防感加减方中5味中药共含82个活性成分,IL-6、TNF-α、IL-2等72个药物与疾病的共同靶点,主要涉及IL-17、TNF及AGE-RAGE信号通路等。固表防感加减方可以提高脾脏指数,显著降低小鼠脾组织中IL-6及TNF-α的mRNA和蛋白表达(P<0.05或P<0.01)。结论:固表防感加减方可能通过IL-6和TNF-α等靶点调控机体免疫功能,从而预防流感病毒感染。

关键词： 抽动障碍   白芍-柴胡   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学方法及分子对接技术研究“白芍-柴胡”药对治疗儿童抽动障碍(TD)的有效成分、靶点、信号通路和作用机制。方法:利用TCMSP数据库筛选出“白芍-柴胡”药对的有效成分及相关靶点,利用GeneCards、OMIM、DruGBank和TTD等数据库获取与儿童TD相关的疾病靶点。利用STRING数据库和CytoScape 3.7.2软件构建药物-疾病靶点网络,并进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。通过分子对接技术对核心靶点和相关化合物进行验证,计算结合能,初步验证“白芍-柴胡”药对治疗儿童TD的作用机制。结果:“白芍-柴胡”药对治疗儿童TD的核心靶点为Akt1、IL-6、TNF、IL-1β,核心成分为槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇。生物学通路主要作用于PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示,核心成分与核心靶点具有较好的结合活性。结论:“白芍-柴胡”药对具有多成分、多靶点、多途径的特点,为其在儿童TD后续研究和临床应用提供启示。

关键词： 网络药理学   分子对接   灵芝   鸡   免疫  

摘要： 为探究灵芝增强鸡免疫功能的作用机制,通过TCMSP等数据库获得鸡免疫功能相关基因与灵芝主要有效成分靶点,并利用Cytoscape 3.10.0软件可视化分析灵芝-靶点-免疫蛋白质互作网络(PPI),进而通过David数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用AutoDock软件进行分子对接验证关键有效成分与关键靶点的结合活性。结果显示:共获得灵芝有效成分42个,包括环氧灵芝醇B、赤芝孢子内酯B、灵芝醛B等10个关键有效成分,免疫相关基因332个。PPI包括白细胞介素-6 (IL-6)、白细胞介素-1β (IL-1β)、非受体酪氨酸激酶(SRC)等7个关键靶点。GO功能富集分析涉及生物过程23个、细胞组分22个以及分子功能23个;KEGG通路富集分析获得11条相关信号通路。分子对接的最小结合能均小于-20.9 kJ/mol,表明对接结果良好。研究表明,灵芝增强鸡免疫功能的关键有效成分为10个,关键靶点为7个,相关信号通路为11条,研究结果可为灵芝作为饲料添加剂的应用提供参考。

关键词： 桑菊饮   急性肺损伤   网络药理学   分子对接   木犀草素   大鼠  

摘要： 目的:基于网络药理学和动物实验探讨桑菊饮治疗急性肺损伤(acute lung injury,ALI)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台检索桑菊饮的化学成分,并通过《中华人民共和国药典》加以补充。利用Swiss Target Prediction数据库获取桑菊饮的靶点,GeneCards数据库获取ALI的靶点,并借助Venny平台得到两者的交集靶点。通过Cytoscape软件构建“疾病-中药-活性成分-靶点”网络,经过拓扑分析筛选桑菊饮治疗ALI的关键成分。采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选桑菊饮治疗ALI的核心靶点。通过Metascape网站进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,最后进行分子对接验证。18只Wistar大鼠随机分为空白组、模型组、桑菊饮组(4 g·kg^(-1)),每组6只。桑菊饮组大鼠灌胃相应药物,空白组和模型组大鼠给予等体积生理盐水,连续5 d。末次灌胃后2 h,除空白组外,其他大鼠经气管插管注射脂多糖(5 mg·kg^(-1))以复制ALI模型。采用ELISA法检测大鼠肺组织白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)含量。结果:桑菊饮活性成分171个,作用靶点505个。ALI疾病靶点8 053个,两者的交集靶点447个。桑菊饮治疗ALI的关键成分主要包括木犀草素、槲皮素、桦木酸等。桑菊饮治疗ALI的核心靶点主要包括RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alpha serine/threonine protein kinase,AKT1)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、细胞凋亡调节剂Bcl-2(apoptosis regulator Bcl-2,BCL2)等。GO分析结果主要涉及磷酸化、激素反应、氧化还原酶活性等。KEGG通路主要包括Th17细胞分化、JAK-STAT信号通路、AMPK信号通路等。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点具有较强的结合活性。ELISA结果显示,与空白组比较,模型组大鼠肺组织IL-6、MDA、TNF-α含量升高(P<0.01),SOD含量降低(P<0.01);与模型组比较,桑菊饮组大鼠肺组织IL-6、MDA、TNF-α含量降低(P<0.01),SOD含量升高(P<0.01)。结论:桑菊饮可通过多成分、多通路、多靶点发挥治疗ALI的作用,其作用机制可能与减轻炎症反应与氧化损伤有关。

关键词： 姜栀子   栀子炭   差异功效   UPLC-Q-TOF-MS   网络药理学  

摘要： 目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS)和网络药理学探讨姜栀子及栀子炭功效改变的物质基础及作用机制。方法:采用UPLC-Q-TOF-MS分析鉴定姜栀子和栀子炭中的化学成分,通过与文献质谱数据对比分析,对姜栀子和栀子炭中的化学成分进行鉴定。运用网络药理学方法构建不同栀子炮制品产生不同功效的“有效成分-靶点-通路”,通过网络节点度值筛选栀子不同炮制品产生不同功效的核心成分和关键靶点。结果:与生栀子相比,姜栀子与栀子炭中的成分数量均发生减少,其中生栀子共鉴定出42个化合物,姜栀子共鉴定出39个化合物,栀子炭中共鉴定出26个化合物。网络药理学预测姜栀子止呕的作用机制主要涉及PI3K-Akt、Rap1、Ras、C型凝集素受体、催乳素、ErbB等信号通路。栀子炭止血的作用机制主要涉及AGE-RAGE,磷脂酶D、鞘脂、Rapl、松弛素、Fc epsilon RI、ErbB、C型凝集素受体、TNF、VEGF等多条信号通路。结论:姜栀子和栀子炭均可通过多成分、多靶点、多通路的综合作用其功效发生改变,该研究可为栀子炮制品临床应用奠定科学基础。

关键词： 网络药理学   酸枣仁复方   抑郁症   炎症因子  

摘要： 目的 通过网络药理学技术预测酸枣仁复方(Ziziphi spinosae semen formula, ZSSF)对于抑郁症的关键作用靶点,并通过利血平诱导的抑郁斑马鱼模型验证酸枣仁复方治疗抑郁症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索酸枣仁复方的药物作用靶点,利用UniProt数据库对靶点名称进行校正。采用GeneCards、OMIM、NCBI数据库检索抑郁症相关靶点,并对3个数据库的靶点结果进行汇总去比重。利用STRING数据库预测了交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)信息,利用Metascape数据库构建进行富集研究,并利用微生信对KEGG和GO的富集结果实现了可视化。通过利血平诱导的斑马鱼抑郁模型进行行为学实验和RT-qPCR实验,验证酸枣仁复方对抑郁症的治疗作用。结果 筛选出抑郁症与酸枣仁复方的交集靶点188个,蛋白质-蛋白质相互作用结果显示,酸枣仁复方抗抑郁主要作用于肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、血清白细胞介素2(IL-2)、血清白细胞介素6(IL-6)、血清白细胞介素1β(IL-1β)、血清白细胞介素10(IL-10)等靶点,KEGG通路富集分析表明,酸枣仁复方通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、cGMP-PKG信号通路等多种信号通路发挥其治疗抑郁症的作用。动物实验结果显示,与利血平组相比,酸枣仁复方高、中、低剂量组斑马鱼在声光刺激下的运动距离显著延长(P<0.05),运动速度显著增快(P<0.01)。RT-qPCR结果显示,与利血平组相比,酸枣仁复方高、中、低剂量给药组斑马鱼脑组织中TNF-α、IL-2、IL-6、IL-1β、IL-10 mRNA表达水平上调(P<0.001)。结论 酸枣仁复方通过多成分、多靶点发挥抗抑郁作用,且其抗抑郁作用可能与抑制炎症因子的表达有关。

关键词： 霍山石斛   肝损伤   网络药理学   IκB激酶(IKK)   PI3K/Akt/NF-κB信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学、分子对接及体内实验方法探讨霍山石斛对肝损伤的治疗作用及其机制。方法运用中国学术期刊全文数据库(CNKI)、PubChem等数据库获取霍山石斛成分,通过GeneCards数据库筛选肝损伤相关基因,将成分靶点与疾病基因交集后构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,Cytoscape构建“药物-化合物-靶点”网络图,利用AutoDock Tools对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。构建乙醇诱导的肝损伤小鼠模型,通过观察肝脏病理学改变,试剂盒法测定血清中天冬氨酸氨基转移酶(AST)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)及白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,通过实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)检测酒精性肝损伤小鼠肝脏中相关基因的表达,考察霍山石斛对酒精性肝损伤小鼠的影响。结果筛选出霍山石斛中33个活性成分,与肝损伤共有靶点224个,包含AKT1、EGFR、SRC等,涉及癌症途径、PI3K/Akt通路等。体内实验结果显示,霍山石斛水提物能够缓解小鼠酒精性肝损伤,并极显著降低AST、ALT和TNF-α、IL-6水平(P<0.01),极显著下调IκB激酶(IKK)、核因子-κB(NF-κB)、蛋白激酶B(Akt)mRNA表达水平(P<0.01)。结论网络药理学分析及动物实验结果,初步证明霍山石斛水提物可以通过下调Akt、IKK、NF-κB mRNA表达水平,影响NF-κB信号通路上游,参与酒精性肝损伤通路中炎症反应的调控,提示霍山石斛具有改善酒精性肝病的潜在作用,为揭示霍山石斛治疗肝损伤作用机制提供参考。

关键词： 葫芦茶   质谱   网络药理学   质量标志物  

摘要： 目的:解析葫芦茶化学成分,结合网络药理学探讨其潜在质量标志物(Q-Marker),填补葫芦茶质谱分析及网络药理学分析研究空白。方法:采用UPLC-MS/MS对葫芦茶的化学成分进行定性分析,基于类药五原则筛选有效成分,查找其作用靶点及其涉及的信号通路,应用网络药理学构建“成分-靶点”网络及靶点相互作用网络,并进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因组百科全书(KEGG)通路富集,筛选质量标志物。结果:UPLC-MS/MS定性鉴别出葫芦茶中的18个化学成分,筛选后得到10个成分符合类药五原则及符合网络药理学分析条件,通过网络药理学分析得出与清热解毒、利水消积功效相关的通路为Hepatitis B、Kaposi sarcoma-associated herpesvirus、Human T-cell leukemia virus 1 infection、Hepatitis C、Human cytomegalovirus infection、AGE-RAGE signaling pathway in diabetic、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis。进一步分析得出葫芦茶的Q-Marker为桑黄素(Quercetin)、山柰酚-3-O-β-D-吡喃葡萄糖苷(Kaempferol 3-O-D-galactoside)、RoseosideⅡ(Roseoside A)、百蕊草素Ⅰ(Kaempferol-3-glucorhamnoside)、葫芦茶苷(Tadehaginoside)。结论:通过UPLC-MS/MS鉴别出葫芦茶的成分,结合网络药理学查找出葫芦茶清热解毒及利水消积的通路,进一步探讨出葫芦茶的Q-Marker。

关键词： 沙棘   网络药理学   酒精性肝损伤  

摘要： 目的:基于网络药理学预测沙棘治疗酒精性肝损伤(Alcohol Liver Injury)的作用机制,并通过建立斑马鱼酒精性肝损伤动物模型来验证沙棘治疗酒精性肝损伤的功效。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、Uniprot数据库收集有效成分及其作用靶标,Venny2.1寻找交集靶点。通过GeneCards及OMIM数据库收集和筛选疾病靶点,STRING v12.0数据库进行PPI网络分析,PDB及PubChem进行蛋白质结构及小分子结构确认。通过Cytoscape(Version 3.9.1)软件网络图构建沙棘治疗酒精性肝损伤关联网络。利用Metascape数据库对共有靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Gene,KEGG)数据库通路富集分析。通过斑马鱼实验进行功能验证:选取受精后3 d(3 dpf)野生型AB品系斑马鱼,正常组喂养于正常饲养用水,其余各组饲养于2%的无水乙醇溶液中建立酒精性肝损伤模型。沙棘组给予不同浓度的沙棘溶液,28℃处理2 d后,确定沙棘对酒精性肝损伤模型斑马鱼的最大耐受浓度(MTC)剂量,并根据MTC结果进行下一步给药,测定样品肝保护功效评价表型实验结果。结果:筛选后得到沙棘活性成分33个,主要包括槲皮素、花葵素、儿茶酸等;治疗酒精性肝损伤的潜在靶点1434个,主要包括ADH1C、CTNNB1、TGFB1等。调控这些核心靶点的信号通路主要富集在Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis、PI3K-Akt signaling pathway等多条信号通路中。动物实验结果显示:与模型组相比,沙棘可显著降低酒精性肝损伤模型斑马鱼肝脏不透明值(P<0.01),改善肝脏和卵黄囊肿大(P<0.01),下调AST和ALT的活力值(P<0.001),改善肝细胞核肿大,减少肝组织脂肪空泡样变性的功效。结论:沙棘可改善酒精性肝损伤,其机制可能与改善脂肪酸氧化、细胞代谢和抑制细胞凋亡有关。