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关键词： 院内制剂   柏苓化浊丸   网络药理学   炎症性精液不液化症   炎症因子  

摘要： 本研究以国医大师林天东研制的院内制剂柏苓化浊丸为研究对象,运用网络药理学方法探究院内制剂柏苓化浊丸治疗炎症性精液不液化症可能的作用机制。通过TCMSP数据库,从院内制剂柏苓化浊丸中筛选得到79个有效活性成分,551个疾病基因靶点,与前列腺炎相关疾病共同存有113个不重复相交集的靶点基因。院内制剂柏苓化浊丸主要分清浊,清湿热,其活性成涉及的核心靶点参与了介导免疫反应,通过与不同类别的细胞受体结合激活,控制包括基因转录、免疫反应、细胞粘附、细胞周期进程、细胞凋亡、迁移和转化在内的生物活性进程。因此,院内制剂柏苓化浊丸的网络药理学分析可为进一步深入研究柏苓化浊丸作用机理提供理论基础和科学依据,助推基于院内制剂柏苓化浊丸的创新药物开发。

关键词： 网络药理学   中医药   研究方法   数据质量   网络靶标   中药重定位   中药处方优化   中药质量控制  

摘要： 网络药理学是一门用于阐释疾病和药物之间分子网络的交叉学科,其“多成分—多靶点—多疾病”的宏微观相结合的研究模式与中医整体观一致,有助于促进中医药的现代化发展。由于网络药理学的研究路径固化、研究结果“同质化”、数据质量良莠不齐、技术方法选择存在专业壁垒,致其发展正陷入停滞不前的困境中。为了解决这些困境,需要采取一系列措施。首先,需要创新研究路径,拓展网络药理学的应用领域,如中药质量控制、中药重定位、不良反应预测等,以发挥其更广泛的应用潜能。其次,需要提高数据质量,改善数据来源的准确性、数据处理的规范性、数据选择的精准性和保障数据的中医药特征,避免数据同质化现象。此外,应根据研究目的优化技术方法选择。最后希望通过加强跨学科合作,推动网络药理学在中医药领域的应用。

关键词： 网络药理学   小儿定喘颗粒   呼吸道合胞病毒   活性成分   靶点   作用机制  

摘要： [目的]本研究初步探究了小儿定喘颗粒抗呼吸道合胞病毒的药理作用,并通过网络药理学及生物信息学技术探讨小儿定喘颗粒治疗呼吸道合胞病毒肺炎(RSV)的作用机制。[方法]通过建立RSV感染的A549细胞模型以考察小儿定喘颗粒抗RSV的治疗效果;利用中药系统药理学数据库(TCMSP)获取小儿定喘颗粒的主要化学成分及作用靶点,利用Uniprot数据库对获取的作用靶点进行规范化处理;通过GeneCards及OMIM数据库获取RSV相关靶点;利用Venny 2.1.0绘图网站构建Venn图,得到小儿定喘颗粒与RSV的交集靶点;应用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过David数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用微生信网站绘制结果气泡图,相关结果采用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化及网络拓扑结构分析。使用分子对接及酶联免疫吸附实验对上述预测核心靶点进行验证。[结果]体外细胞实验表明小儿定喘颗粒对RSV诱导的细胞病变具有抑制作用,经过数据整理及分析共筛选出小儿定喘颗粒的主要化学成分194个,潜在作用靶点282个,其中涉及RSV靶点135个。“中药-成分-疾病靶点”网络显示,槲皮素、山柰酚、异鼠李素等是小儿定喘颗粒治疗RSV的主要活性成分,肿瘤坏死因子(TNF)、白蛋白(ALB)、白细胞介素-6(IL-6)、RAC-α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-1β(IL-1β)等是小儿定喘颗粒治疗RSV的核心靶点。通过GO功能富集分析得到822条生物进程条目,138条分子功能条目,89条细胞成分条目,KEGG富集分析发现核心靶点主要作用于TNF、IL-17、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)等信号通路,分子对接、酶联免疫吸附实验进一步验证了上述结果。[结论]初步揭示了小儿定喘颗粒可能通过多成分、多靶点和多通路发挥治疗RSV的作用,为拓宽其临床应用提供理论基础。

关键词： 网络药理学   分子对接   半枝莲   黄酮   肝细胞癌   增殖抑制  

摘要： 目的网络药理学方法探究半枝莲黄酮类成分治疗肝细胞癌的作用机制及分子对接技术验证。方法通过TCMSP、SwissTargetPrediction、OMIM、BioGPS等数据库筛选黄酮类成分、肝特异性靶点;构建肝特异性靶点蛋白互作网络、筛选核心模块和基因;进行肝特异性靶点生物通路富集分析;将黄酮类成分和核心蛋白靶点在SwissDock平台进行分子对接。结果黄酮类成分36个,肝特异性靶点135个,核心基因4个;关键生物通路均与肝细胞癌的增殖抑制相关。黄酮成分与核心靶点有较强的结合活性。结论半枝莲黄酮类成分抗肿瘤作用可能是通过多成分-多靶点阻滞肝癌细胞的有丝分裂G1/S细胞周期,抑制肝细胞癌增殖。

关键词： 芦荟大黄素   Ⅱ型糖尿病   网络药理学   分子对接  

摘要： 该文通过网络药理学结合分子对接的技术研究了芦荟大黄素改善Ⅱ型糖尿病的作用机制。利用数据库平台筛选出芦荟大黄素的潜在靶点和改善治疗Ⅱ型糖尿病的相关靶点,将二者取交集获得芦荟大黄素改善Ⅱ型糖尿病的潜在靶点;构建共同靶点间的蛋白互作网络,并对共同靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过筛选主要通路并构建“芦荟大黄素-Ⅱ型糖尿病-通路”网络图,对芦荟大黄素与通路及各通路所富集的靶点间的联系进行可视化分析,通过分子对接,研究芦荟大黄素与关键靶点的结合机制。结果表明,芦荟大黄素具有63个改善治疗Ⅱ型糖尿病的相关靶点,并根据蛋白互作网络筛选出AKT1、PIK3CA、HRAS和MAPK8等22个核心靶点,这些靶点主要富集在PI3K/AKT和胰岛素抵抗等信号通路,芦荟大黄素主要通过氢键、范德华力和π-π相互作用等分子间作用力与靶点结合,从而调控靶点的表达,改善Ⅱ型糖尿病。

关键词： 七味参地颗粒   慢性肾小球肾炎   网络药理学   铁死亡   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学和在体实验从铁死亡途径探究七味参地颗粒治疗慢性肾小球肾炎(CGN)的有效性及作用机制。方法运用GeneCards、OMIM、DrugBank数据库筛选CGN相关疾病靶点,TCMSP、HERB、BATMAN-TCM数据库筛选七味参地颗粒有效成分和靶标,FerrDb数据库筛选铁死亡相关靶点,利用Cytoscape软件构建了活性成分-作用靶点和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,使用R语言进行GO富集和KEGG通路分析,采用AutoDockTools 1.5.7进行分子对接分析,采用Western blot技术检测CGN小鼠肾脏组织中PPARA、MAPK14、HRAS和PTGS2的表达。结果筛选出1896个CGN疾病靶点,564个铁死亡靶点,33种七味参地颗粒药物活性成分,对应405个靶标,三者交集靶点共17个。采用MCODE,Degree,MCC,DMNC,MNC,EPC,EcCentricity,Closeness,Radiality,BottleNeck 10种算法筛选出PPARA、MAPK14、HRAS及PTGS2这4个核心靶蛋白,分子对接结果显示七味参地颗粒药物活性成分与核心靶蛋白均有良好的结合能力,动物实验结果表明七味参地颗粒可逆转4个核心靶蛋白的表达。结论七味参地颗粒可能通过调控PPARA、MAPK14、HRAS及PTGS2从铁死亡途径发挥治疗CGN的作用。

关键词： 补肾活血方   多囊卵巢综合征   胰岛素抵抗   PI3K/Akt信号通路   网络药理学   动物实验  

摘要： 目的基于网络药理学及动物实验探讨补肾活血方治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法通过TCMSP、GeneCards、OMIM、CTD数据库获取疾病靶点,构建PPI网络、“药材-成分-靶点”网络,对关键靶点进行GO、KEGG分析,并对关键活性成分与靶点进行分子对接。通过动物实验验证补肾活血方对多囊卵巢综合征的作用靶点。结果网络药理学表明,补肾活血方的关键成分为槲皮素、山柰酚、谷甾醇、异补骨脂查耳酮、阿魏酸,治疗多囊卵巢综合征的关键靶点为EGFR、SRC、JUN,主要通过PI3K/Akt、MAPK、Rap1、Ras、Ca^(2+)等信号通路发挥作用。动物实验表明,与模型组比较,补肾活血方能降低胰岛素水平,增加各级卵泡数和黄体数,降低LH、T水平,升高E2、FSH水平,改善卵巢组织病理形态,颗粒细胞层数变多且规则排列,升高卵巢组织PI3K、p-Akt/Akt蛋白表达。结论补肾活血方具有多成分、多靶点、多途径特性,可能通过PI3K/Akt信号通路改善胰岛素抵抗治疗多囊卵巢综合征。

关键词： 西洋参-红花   早期糖尿病肾病   网络药理学   分子对接   细胞实验   晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路   炎症介质  

摘要： 目的:通过网络药理学、分子对接技术及细胞实验探讨西洋参-红花有效成分治疗早期糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得西洋参-红花活性成分的干扰靶点,再与GeneCards、TTD等数据库中早期DN基因靶点相映射即为交集靶点。采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,运用Cytoscape 3.8.2软件筛选出核心靶点;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,运用Cytoscape 3.8.2软件进行“有效成分-关键靶点-通路-疾病”网络图展示;通过Autodock Tools软件进行分子对接,采用MTT法检测有效成分对脂多糖(LPS)诱导的人肾小球系膜细胞(HMC)活性,利用酶联免疫吸附试验检测有效成分对炎症介质的影响。结果:得到西洋参-红花治疗早期DN的活性成分有24个,对应的药物靶点207个,其中72个和早期DN相关。网络拓扑参数分析得出了肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、IL-1β等15个关键靶点,KEGG通路分析筛选出晚期糖基化终末产物(AGE)-AGE受体(RAGE)、TNF、低氧诱导因子-1(HIF-1)、IL-17、核因子κB等20个信号通路;分子对接表明IL-6与槲皮素、木犀草素、黄芩素、人参皂苷rh2稳定结合。细胞实验得出西洋参-红花活性成分槲皮素、木犀草素、黄芩素能显著抑制IL-6、TNF-α和IL-1β表达。结论:本研究初步证实西洋参-红花有效成分能有效抑制早期DN炎症,对肾脏具有保护作用,为后期深入研究提供了依据。

关键词： 疏风活络丸   网络药理学   类风湿性关节炎  

摘要： 目的:探索疏风活络丸治疗类风湿性关节炎的可能机制。方法:通过TCMSP及相关文献收集疏风活络丸中的化合物,建立化学成分数据库。使用SwissTargetPrediction和PharmMapper数据库检索其作用靶点,并与DisGeNET和GeneCards数据库中的类风湿性关节炎相关靶点进行对比。基于获得的交集靶点构建PPI网络并进行拓扑分析。进行GO和KEGG功能富集分析,并构建“化合物-靶点-通路”网络。小鼠40只,采用随机数字表法分为对照组、阳性对照组(地塞米松1.2896 mg·kg^(-1))、疏风活络丸低剂量组(422.5 mg·kg^(-1))及高剂量组(845 mg·kg^(-1))。连续灌胃给药4 d后,采用醋酸扭体法观察其镇痛作用。1周后,再次连续灌胃给药4 d,采用二甲苯致耳廓肿胀法观察其抗炎作用。测量耳片厚度和质量评价小鼠耳廓肿胀度。HE染色评估耳廓的病理组织学改变。ELISA试剂盒检测血清IL-1β、IL-6及TNF-α水平。免疫组化染色检测耳组织中IL-1β、IL-6及TNF-α的表达水平。免疫荧光染色检测耳组织中PI3K、AKT及MAPK的表达水平。结果:疏风活络丸中共检索出1352个化学组分,经筛选确定活性组分为184个。疏风活络丸入血成分的作用靶点为1514个,而类风湿性关节炎相关靶点为5211个,共有靶点为858个。PPI网络分析显示,核心靶点为291个,最为核心的包括TNF、CTNNB1、EGFR等。GO和KEGG分析显示,核心靶点主要涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等信号通路。与对照组相比,疏风活络丸低、高剂量对乙酸诱导的内脏疼痛感受均具有显著的抑制作用(P<0.01)。疏风活络丸高剂量显著减轻耳廓肿胀小鼠的肿胀度(P<0.05)。耳廓肿胀小鼠耳组织真皮层增厚紊乱,中性粒细胞聚集,疏风活络丸高剂量减少小鼠右耳中性粒细胞数量,真皮层细胞排列较整齐。耳廓肿胀小鼠血清IL-1β、IL-6及TNF-α水平未发生变化(P>0.05),疏风活络丸低、高剂量未影响小鼠血清IL-1β、IL-6及TNF-α水平(P>0.05)。疏风活络丸低、高剂量显著降低小鼠耳组织中升高的IL-1β和IL-6的表达(P<0.05)。疏风活络丸显著降低小鼠耳组织中升高的PI3K、AKT及MAPK的表达(P<0.05)。结论:疏风活络丸可能通过影响PI3K-Akt、MAPK、Ras等信号通路,实现对类风湿性关节炎的治疗作用。体现中药复方通过“多成分-多靶点-多途径”治疗疾病的特点。

关键词： 黄连   网络药理学   前列腺癌  

摘要： 目的通过网络药理学方法,探索黄连在前列腺癌治疗中的潜在价值。方法采用TCMSP数据库解析黄连的有效化学成分及其靶基因,GeneCards和OMIM数据库检索前列腺癌相关基因,交集上述基因集后,获得黄连治疗前列腺癌潜在基因。对潜在治疗基因进行功能富集分析以及蛋白质-蛋白质相互作用网络分析。结果获得黄连治疗前列腺癌潜在基因139个。功能富集分析提示,黄连主要通过白介素相关通路发挥作用。蛋白质-蛋白质相互作用网络提示,IL6、IL1B、JUN、CASP3、ESR1、PTGS2、HIF1A、MMP9、MYC、PPARG是黄连治疗前列腺癌机制中的重要环节。结论黄连具有治疗前列腺癌的潜在价值。