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关键词： 菊花   炎症   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学和分子对接验证方法探讨菊花抗炎的作用机制.先从TCMSP数据库筛选17个菊花活性成分和109个对应靶点,再从GeneCards、NCBI、OMIM和DisGeNET数据库筛选出2492个炎症靶点;然后将菊花活性成分靶点和炎症靶点取交集得到菊花抗炎的潜在靶点;再通过构建潜在靶点PPI网络并进行拓扑分析得到菊花抗炎的核心靶点;并利用DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析后,利用Cytoscape 3.9.1软件构建“活性成分-核心靶点-通路”网络并进行拓扑分析,得到菊花抗炎的关键成分和关键靶点;最后运用AutoDock Vina对菊花抗炎的关键成分和关键靶点进行分子对接验证,根据对接结合能利用Origin软件绘制热图,分析结合能大小.结果表明,基于网络药理学,共筛选到菊花抗炎潜在靶点56个;再经PPI网络拓扑分析得到菊花抗炎的核心靶点21个;核心靶点经富集分析及“活性成分-核心靶点-通路”网络拓扑分析,最终得到菊花抗炎的9个关键成分和9个关键靶点;分子对接验证结果显示,菊花抗炎的关键活性成分和关键靶点结合良好,构象稳定.

关键词： 鼠妇   癌性疼痛   网络药理学   实验验证   PI3K-Akt信号通路  

摘要： 目的利用网络药理学与动物实验探索鼠妇治疗癌性疼痛的作用机制。方法通过检索中国知网、万方数据知识服务平台和Pub Med数据库中相关文献获取鼠妇的化学成分,检索时间为建库至2023年12月。利用Pub Chem获得各成分的SMILES结构后,进一步利用Swiss ADME进行筛选,继由Swiss Target Prediction平台预测药物作用靶点;由Gene Cards数据库构建癌性疼痛疾病靶点库,并与鼠妇药物靶点进行映射;构建“药物-成分-共有靶点”和蛋白质-蛋白质相互作用网络,用Cytoscape软件进行网络拓扑分析和可视化;利用R包cluster Profiler对靶点和基因进行KEGG通路富集分析。选取清洁级健康雄性C57BL/6小鼠40只,6~8周龄,体重为20~25 g。其中10只设为假手术组,30只造模。采用胫骨内肺癌细胞注射构建癌痛模型。造模成功后按照随机数字表法将其分为模型组、高剂量组(200 mg/kg)组、低剂量组(50 mg/kg),各10只。Western blot法检测所筛选关键靶点的蛋白表达。结果共筛选得到483个鼠妇靶点,2940个癌性疼痛靶点,260个药物-疾病共有靶点。白蛋白、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3、EGFR、SRC、MAPK1和ESR1被筛选为关键基因,这些靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路。模型组小鼠脊髓中IL-6、VEGFA、MAPK3和MAPK1蛋白表达水平高于假手术组,差异有统计学意义(P<0.05)。高剂量组脊髓中IL-6、MAPK3、VEGFA和MAPK1蛋白表达水平低于模型组,差异有统计学意义(P<0.05),低剂量组脊髓中IL-6、MAPK3和MAPK1蛋白表达水平低于模型组,VEGFA蛋白表达水平高于模型组,差异有统计学意义(P<0.05)。高剂量组脊髓中IL-6、VEGFA、MAPK1和MAPK3蛋白表达水平低于低剂量组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论鼠妇对癌性疼痛的小鼠的镇痛效应,其机制可能与抑制IL-6、MAPK3、VEGFA和MAPK1表达的异常增加,调节调控PI3k/Akt信号通路有关。

关键词： 宫颈高危型人乳头状瘤病毒感染   柴胡   白芍   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:采用数据挖掘方法发掘中医药治疗宫颈高危型人乳头状瘤病毒(HPV)感染的核心药对,通过网络药理学方法明确核心药对的作用机制。方法:检索中国知网、万方数据库及维普数据库获取相关文献,筛选核心药对。从中药系统药理学数据库与分析平台检索核心药对相关活性成分及靶点;通过人类孟德尔遗传综合数据库、GeneCards数据库等查询疾病相关靶点;通过Cytoscape 3.9.1软件构建核心靶点网络;基于DAVID数据库对靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果:共纳入文献216篇,方剂209首,中药194味,得到核心药对柴胡-白芍。筛选出柴胡的活性成分共15个、靶点433个,白芍的活性成分9个、靶点161个,两者靶点合并去重后为297个;与疾病的交集靶点116个。柴胡-白芍治疗宫颈高危型HPV感染的作用核心靶点包括蛋白激酶B(Akt)1、肿瘤坏死因子、白细胞介素6和过氧化物酶体增殖物激活受体-γ等;作用机制主要通过癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶-Akt信号通路等发挥;涉及的生物学过程主要包括基因表达的正调控、凋亡过程的负调控等。结论:本研究验证了柴胡-白芍可通过多靶点、多通路参与炎症反应与免疫调控,从而达到治疗宫颈高危型HPV病毒感染的效果。

关键词： 橙皮苷   口腔鳞状细胞癌   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:探究橙皮苷对人舌鳞状细胞癌Tca-8113细胞的抑制作用并探索其作用机制。方法:用不同浓度橙皮苷体外培养人舌鳞状细胞癌Tca-8113细胞。MTT实验检测细胞增殖活性;流式细胞术检测细胞凋亡。网络药理学预测橙皮苷作用于Tca-8113细胞的潜在靶点;构建蛋白质蛋白质互作网络(PPI);进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。Q-PCR检测不同浓度橙皮苷对Tca-8113细胞相关mRNA表达水平的影响;分子对接预测橙皮苷与核心靶点的结合能,评分函数来判断结合能强弱。结果:橙皮苷对Tca-8113细胞显示浓度依赖性增殖抑制和促凋亡作用(P<0.05);KEGG富集分析橙皮苷调控口腔鳞状细胞癌涉及的关键基因靶点可能与PI3K-Akt、MAPK和Ras等信号通路有关;Q-PCR结果显示MAPK8、HSP90AA1和MAPK1(ERK2)的mRNA表达水平差异具有统计学意义(P<0.05);分子对接结果显示橙皮苷与MAPK1(ERK2)结合力最强。结论:橙皮苷可能通过调控Ras/Raf/MEK/ERK信号通路抑制Tca-8113细胞增殖并促进凋亡。

关键词： 阿尔茨海默病   老年性聋   经典名方   六味地黄丸   网络药理学   分子对接   作用机制   中药研究  

摘要： 目的借助网络药理学和分子对接的方法探讨六味地黄丸异病同治老年性聋和阿尔茨海默病(AD)的共同分子机制,并采用细胞实验进行验证。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、成分靶点数据库(SwissADME)获取六味地黄丸有效成分,并结合基因和化学物质相互作用预测数据库(STITCH)获取作用靶点。利用人类基因综合数据库(Genecard)、人类疾病相关基因与突变位点信息数据库(DisGeNET)获取老年性聋和AD靶点。使用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络,借助蛋白互作网络分析数据库(STRING)构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,获取核心靶点。利用富集分析数据平台(Metascape)对共有靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用AutoDock Vina 1.1.2软件对核心靶点与相关成分进行分子对接。采用过氧化氢(H2O2)致PC12细胞氧化损伤模型,观察六味地黄丸的作用。采用细胞计数(CCK-8)法观察细胞存活率,活性氧(ROS)检测试剂盒检测ROS水平,酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-6(IL-6)水平,Western blot法检测基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、蛋白激酶B(AKT)、磷酸化-蛋白激酶B(p-AKT)蛋白表达。结果共获得六味地黄丸有效成分86种,主要来自薯蓣皂素、视黄醇、丹皮酚、软脂酸等化合物,六味地黄丸防治老年性聋和AD共有靶点49个,核心靶点为AKT1、TNF、IL-6、MMP-9等。GO分析表明这些共有靶点主要参与对氧化应激的反应、对脂多糖的反应等生物进程。KEGG通路分析显示,共有靶点主要涉及缺氧诱导因子-1(HIF-1)、核因子-κB(NF-κB)等信号通路。分子对接结果显示,TNF-α、IL-6、AKT1、MMP-9与相关成分均存在结合可能。细胞实验结果发现,六味地黄丸含药血清可以增强细胞存活率,降低细胞ROS、TNF-α、IL-6水平,增加MMP-9蛋白表达水平,降低p-AKT蛋白表达水平。结论六味地黄丸异病同治老年性聋和AD具有物质基础,其共同的分子机制,可能是通过薯蓣皂素、视黄醇、丹皮酚等多种成分,作用于AKT、TNF-α、IL-6、MMP-9等核心靶点,抑制炎症反应和氧化应激,减少神经元死亡。

关键词： 苍术   溃疡性结肠炎   网络药理学   分子对接   PI3K/Akt  

摘要： 目的:基于网络药理学方法结合体内动物试验探究苍术抗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:(1)通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选出苍术的活性成分及其可能的作用靶点;通过GeneCards数据库检索溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)疾病的相关靶点;将上述靶点导入Venny 2.1中对苍术活性成分的作用靶点与UC的疾病靶点取交集,获得苍术抗UC的交集靶点;采用Cytoscape 3.7.1构建苍术抗UC的“苍术-活性成分-交集靶点”网络,分析其关键活性成分;将交集靶点导入STRING数据库,构建蛋白-蛋白互作网络图,筛选出核心靶点;将交集靶点导入Matescape数据库对其进行GO功能及KEGG富集分析,最后使用Maestro 11.1软件对关键活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接。(2)体内复制葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)诱导UC小鼠模型,将BALB/c小鼠通过随机数字表法分为空白组、模型组、苍术醇提物组(1110 mg·kg^(-1)·d^(-1))及阳性药组(柳氮磺吡啶,SASP,250 mg·kg^(–1)·d^(–1)),每组6只;灌胃给药(10 mL·kg^(-1)),每天1次,连续给药7 d,末次给药1 h后处死,并进行相关指标检测。结果:(1)苍术抗UC的活性成分有26个,苍术-UC交集靶点273个;KEGG富集分析显示主要涉及的信号通路有MAPK通路及PI3K/Akt等炎症通路;分子对接结果显示其关键活性成分与核心靶点蛋白之间具有较强的结合活性。(2)动物实验数据表明,苍术醇提物可明显增加UC小鼠的结肠长度、降低疾病活动指数评分,减缓UC小鼠结肠组织病变程度、增加杯状细胞的个数,抑制结肠组织中IL-1β、MMP-2、MMP-9等炎性介质的高表达,调控PI3K/Akt通路的激活。结论:该研究结合网络药理学及动物实验初步证实苍术可能通过作用于IL-1β等靶点、参与PI3K/Akt信号通路的调控改善UC小鼠结肠损伤,为深入研究苍术及其活性成分抗溃疡性结肠炎的作用机制提供实验依据和理论参考。

关键词： 网络   大专院校   药理学   教学改革  

摘要： 随着互联网和信息技术的不断普及,在大专院校中,“药理学”科教学也应当立足于互联网环境优化课程设置,创新教学方法以适应网络时代发展的需要。从现阶段“药理学”教学的现状来看,学科教学中依然存在一系列问题。因此,要抓住网络带来的新机遇,应对“药理学”教学面对的挑战,这样才能够丰富“药理学”科教学资源,并提高教学的有效性。

关键词： 健脾渗湿方   高尿酸血症   网络药理学   分子对接   代谢   免疫   炎症  

摘要： 目的运用网络药理学方法和和分子对接技术探讨健脾渗湿方(Jianpi Shenshi Formula)治疗高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)的潜在作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN以及TCM-ID结合文献检索,筛选健脾渗湿方的活性成分,再通过SwissTargetPrediction获取成分对应的靶点。使用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-成分”网络,分析获取健脾渗湿方的主要活性成分。通过GeneCards、OMIM以及disgenet数据库获取高尿酸血症的相关靶点。将健脾渗湿方和高尿酸血症的交集靶点导入STRING数据库中进行蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络分析,通过CytoHubba插件筛选网络hub靶点;同时使用R4.2.2软件对交集靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。运用CB-DOCK 2对hub靶点和主要成分进行分子对接。结果共筛选得到健脾渗湿方90个活性成分,其中槲皮素、山柰酚、木犀草素、豆甾醇、亚油酸乙酯等是主要活性成分,成分对应的837个靶点中有64个靶点与疾病相关靶点相交,其中CASP3、IL1B、IL6、PPARG、SIRT1、MAPK3、TNF、STAT3、TGFβ1、PTGS2、XDH等是hub靶点。潜在作用靶点主要富集在炎症、代谢、环境、细胞过程、生物系统及疾病等相关信号通路。结论健脾渗湿方可能通过槲皮素、山柰酚、木犀草素、豆甾醇、亚油酸乙酯等多种活性成分,对高尿酸血症相关的疾病信号通路(包括肿瘤、感染性疾病、代谢性疾病、心血管疾病等)以及代谢、免疫、炎症等生物学通路进行调节,发挥抑制尿酸生成和/或增加尿酸排泄、抗炎以及改善相关并发症的作用。

关键词： 网络药理学   蟾蜍灵   胃癌   增殖   迁移   凋亡  

摘要： 本研究基于网络药理学、分子对接和细胞实验探究蟾蜍灵治疗胃癌的作用机制。利用PubChem和PharmMapper数据库检索蟾蜍灵的药物靶点;GeneCards数据库收集胃癌的相关靶点,运用Venny软件和STRING数据库构建药物与疾病共同靶点的PPI网络图,通过DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路分析。利用Cytoscape3.9.0软件进行可视化并筛选核心靶点,通过GIEPA数据库、Kaplan-Meier方法、AutoDock和PyMOL软件分析核心靶点分别与胃癌和蟾蜍灵之间的关系。最后通过细胞实验对网络药理学预测的靶点和信号通路进行实验验证。网络药理学筛选到蟾蜍灵的药物靶点285个,胃癌相关的疾病靶点909个,蟾蜍灵与胃癌的交集靶点91个,结合PPI网络度值排名、胃癌患者中表达水平以及患者生存预后相关性筛选2个核心靶点为HSP90AA1和SRC。KEGG富集分析蟾蜍灵治疗胃癌可能与PI3K-Akt、FoxO、Ras和MAPK信号通路有关。生存分析结果显示,HSP90AA1和SRC mRNA在胃癌组织中表达显著上调,且其高表达的患者总生存期显著低于低表达组。分子对接结果显示,蟾蜍灵与核心靶点具有较好的结合力。细胞实验结果表明,与对照组相比,蟾蜍灵处理胃癌细胞MGC-803后,细胞的增殖、迁移能力均下降,而细胞凋亡数增加。MGC-803细胞中HSP90AA1、SRC、Bcl-2、p-AKT和FoxO1蛋白表达水平显著下调,Bax蛋白的表达显著上调。综上所述,蟾蜍灵可能通过调控HSP90AA1和SRC核心蛋白及Akt/FoxO1信号通路发挥治疗胃癌的作用。

关键词： 下肢动脉硬化闭塞症   网络药理学   土茯苓  

摘要： 目的:基于网络药理学分析土茯苓治疗下肢动脉硬化闭塞症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台(The Traditional Chinese Medicine Database Analysis Platform, TCMSP)获取土茯苓的主要活性成分。以TCMSP预测的活性成分为基础,通过UniProt数据库转换获取作用靶点;从GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET以及DrugBank数据库检索获得ASO相关疾病靶点;取交集获得土茯苓与ASO的共同靶点;STRING数据库对共同靶点进行蛋白–蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction Network, PPI)分析、Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络;采用Metascape平台对核心靶点进行GO富集分析与KEGG信号通路富集分析,并利用微生信在线绘图平台进行可视化处理。结果:从土茯苓中筛选得到15种活性成分及194个作用靶点,与相关靶点取交集,得到124个共同靶点;土茯苓治疗的有效活性成分有β-谷甾醇、柚皮素、豆甾醇、花旗松素、槲皮素、薯蓣皂素、新落新妇苷等。糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质和动脉粥样硬化、TNF信号通路等通路可能为下肢动脉硬化闭塞症的潜在核心信号通路。结论:土茯苓治疗ASO具有多成分、多靶点、多通路的特点,这为其后续实验和临床研究提供了理论基础。