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关键词： 凤尾草   分子对接   炎症性肠病   网络药理学   作用机制   信号通路  

摘要： 【目的】旨在通过网络药理学和分子对接的方法,研究凤尾草Pteris multifida Poir(.PMP)治疗动物炎症性肠病(IBD)的活性物质、分子靶点及作用机制,为后期研究凤尾草替代抗生素治疗动物IBD提供科学依据。【方法】通过TCMSP数据库检索凤尾草的有效化学成分和作用靶点,以“inflammatory bowel disease”为检索词通过GeneCards数据库检索疾病靶点,使用jvenn网站筛选出交集靶点。使用Cytoscape软件构建凤尾草治疗IBD的药物-有效成分-靶点网络图,并以凤尾草与IBD的交集靶点作为预测靶点,利用STRING数据库构建PPI蛋白互作网络,筛选出前6个核心靶点。通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析。利用AutoTools软件对活性物质与核心靶点进行对接,并使用PyMOL2.6可视化。【结果】凤尾草的活性成分共11种,利用TCMSP及Swiss Target Prediction等多个数据库得到活性成分对应靶点共计209个。PPI网络拓扑显示,凤尾草主要作用于AKT1、TNF、IL 6等多个靶点。GO分析结果显示其主要作用于对外源性刺激的反应、细胞外区等通路。KEGG通路分析表明其可能通过p53信号通路、癌症信号通路等信号通路共同发挥作用治疗IBD。分子对接结果显示,除芦丁外,凤尾草中关键活性成分槲皮素、芹菜素、邻苯二甲酸二丁酯和木犀草素与AKT1、TNF、IL6等核心靶点均表现出稳定的结合能力。【结论】研究结果初步预测了凤尾草主要通过木犀草素、槲皮素、芹菜素等多种活性成分,调控AKT1、TNF、IL6、INS、IL1B和TP53等关键靶点,共同调节p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等通路共同治疗IBD。

关键词： 护胃散   化疗性恶心和呕吐   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 目的利用网络药理学和分子对接技术探讨护胃散治疗化疗性恶心和呕吐(CINV)的关键靶点及通路,挖掘作用机制。方法通过TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选出护胃散活性成分,并通过SwissTargetPrediction预测靶点。运用OMIM、GeneCards、TTD数据库筛选CINV疾病基因,将筛选的药物靶点与疾病基因取交集,作为护胃散治疗CINV的潜在靶点。通过STRING数据库筛选结合Cytoscape3.7.2软件构建中药成分-CINV-靶点蛋白相互作用(PPI)网络图,采用Metascape数据库对交集靶点进行GO与KEGG富集分析,利用AutoDock Vina分子对接验证药物与靶点的结合力。结果共筛选出护胃散潜在靶点384个,CINV相关靶点413个,交点靶点基因109个。经Network Analyzer工具网络拓扑参数分析共获得10个核心靶点信息。GO富集分析共得到1173条相关条目,结果显示,生物过程主要与蛋白质磷酸化的正向调节、腺体发育和凋亡信号通路的调控有关;细胞组分主要涉及对氮化物的反应、细胞及其成分迁移正向调节、增殖负调节、凋亡信号通路的正向调节;分子功能包括蛋白结合、相同蛋白结合、酶结合、神经递质受体活性。KEGG信号通路共得到198条,富集程度最高通路为癌症通路、乙型肝炎等。分子对接结果表明,STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1、HSP90AA1与活性成分β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚、连翘苷、汉黄芩素及白桦脂酸结合能≤-5 kcal/mol,结合能力稳定。结论护胃散通过调节STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1、HSP90AA1等潜在靶点,参与癌症通路、细胞凋亡、细胞衰老等通路延缓细胞衰老凋亡及抗氧化来治疗CINV,多通路、多靶点地发挥药理作用。

关键词： 肝细胞癌   代谢组学   网络药理学   生物标志物  

摘要： 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是我国常见的恶性肿瘤之一,具有起病隐匿、进展快和预后差等特点。HCC的早筛早诊是提高肝癌患者治疗效果和生存率的关键,但目前HCC的特异性诊断和有效治疗策略仍然缺乏。网络药理学使HCC的治疗研究开启了“药物-基因-靶点-疾病”多层次网络构建的新模式,从整体、系统的角度去探索药物与疾病间的关联性。代谢组学是系统生物学的重要组成部分,它利用色谱、质谱、核磁共振等技术对机体所有低相对分子质量代谢产物进行定性和定量分析,发现潜在的代谢标志物、治疗靶点等并探讨其机制和价值。本文针对近年来代谢组学在HCC的早期筛查、诊断和中药网络药理学的研究现状和进展进行综述。

关键词： 脓毒症心功能障碍   红花   网络药理学   信号通路  

摘要： 目的 基于网络药理学探讨红花治疗脓毒症心功能障碍(sepsis induced myocardial dysfunction,SIMD)的机制。方法 检索中药系统药理学平台(traditional chinese medicines systems pharmacology platform,TCMSP)、Swiss Target Prediction数据库,获得红花的有效成分和靶点;检索Genecards、OMIM数据库获取SIMD的相关基因,利用Jvenn平台分析得到重复靶点。运用String数据库和Cytoscape 3.10.1软件构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络。通过DAVID软件对治疗SIMD的核心靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 药物靶点与疾病靶点交集后获得64个靶点,64个基因靶点对应10个活性成分,核心靶点有肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6)、白细胞介素-1β(interleukin-1β)等。GO富集分析显示,红花参与的生物过程主要为RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;KEGG富集分析显示,红花治疗SIMD的信号通路主要富集在癌症信号通路、脂质代谢等信号通路。结论 红花可通过多途径、多成分、多靶点治疗SIMD,为进一步研究红花的疗效奠定了基础。

关键词： 非酒精性脂肪性肝病   脂康饮   网络药理学   分子对接   分子动力学  

摘要： 目的:探究脂康饮治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP和HERB数据库获得脂康饮的活性成分,通过SwissTargetPrediction平台预测脂康饮作用靶点,GeneCards、Dis-GeNET数据库收集疾病靶点,取药物和疾病靶点交集作用为脂康饮治疗NAFLD的潜在靶点。通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用DAVID数据平台进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,AutoDock软件进行分子对接、Gromacs 2020.6_GPU软件进行分子动力学模拟验证。结果:获得脂康饮的有效成分140种,治疗NAFLD的作用靶点269个,PPI网络核心蛋白为白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG),GO功能富集分析结果显示,生物过程(BP)主要包括RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的调控、信号转导等,细胞组成(CC)包括胞质溶胶、细胞质等,分子功能(MF)涉及蛋白激酶活性、酶结合等,主要信号通路为糖脂代谢通路、炎症与氧化应激通路、肿瘤通路等。分子对接发现活性成分泽泻醇B及泽泻醇B乙酸酯、ω-羟基大黄素-8-甲醚、木犀草素、柚皮素与靶点基因编码蛋白之间的结合良好,为脂康饮治疗NAFLD的主要成分。分子动力学模拟结果表明泽泻醇B与TNF、PPARG易形成稳定复合物,为脂康饮治疗NAFLD的主要成分。结论:脂康饮主要通过调节糖脂代谢、减轻肝脏炎症及氧化应激、抑制肿瘤通路治疗NAFLD,为研究脂康饮的作用机制提供了新的研究思路。

关键词： 血府逐瘀胶囊   网络药理学   质量标志物   芍药苷   阿魏酸   甘草苷   甘草酸   苦杏仁苷  

摘要： 血府逐瘀胶囊(Xuefu Zhuyu Capsule,XZC)是一种传统中药制剂,具有活血化瘀、舒筋活络的作用。在临床实践中被广泛用于治疗瘀血相关疾病。此外XZC还具有一定的抗炎和抗氧化活性。通过对近年来XZC中所含化学成分及其药理作用进行总结,基于中药质量标志物(quality marker,Q-Marker)核心理论,应用网络药理学方法分析预测XZC的Q-Marker。结果表明芍药苷、阿魏酸、甘草苷、甘草酸、苦杏仁苷可作为XZC的Q-Marker,为XZC的后续研究提供质量控制参考。

关键词： 刺五加   急性痛风性关节炎的治疗方法   网络药理学研究   作用机制  

摘要： 本研究旨在利用网络药理学方法探讨刺五加治疗急性痛风性关节炎(acute gouty arthritis,AGA)的作用机制。方法 首先通过文献检索获得刺五加的主要化学成分,然后利用Pubchem有机小分子数据库检索这些化学成分的SMILES结构式和2D结构,并通过SwissADME数据库进行筛选以确定符合标准的化学成分。接着,将这些化学成分上传至Swiss Target Prediction数据库,预测药物活性靶点。通过Gencards和OMIM获取AGA疾病相关的靶点,然后利用R软件绘制韦恩图,确定刺五加活性成分与AGA的共同靶点。在此基础上,利用String平台构建药物疾病共同靶点的蛋白互作网络,并使用R软件对PPI网络中的关键蛋白进行可视化、GO生物功能分析和KEGG通路富集分析。最后,采用Cytoscape3.7.2软件构建了“药物-活性成分-靶点-AGA”网络。结果 通过文献检索,获得了4个刺五加活性成分及238个相关靶点;通过GeneCards和OMIM数据库,获取了1091个AGA潜在靶点。将药物成分作用靶点与AGA相关靶点映射后,得到了刺五加治疗AGA的靶点共计54个。GO生物功能富集分析得到76个条目,KEGG通路富集分析获得114个信号通路。结论 本研究结果表明,刺五加可能通过Pluviatolide、刺五加苷C、槲皮素、芝麻素等活性成分调控AKT1、SRC、EGFR、VEGFA、HSP90AA1等靶点基因的表达,进而调控蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路、前列腺癌、黏着斑等生物学通路,从而发挥治疗AGA的作用。这为进一步开展刺五加治疗急性痛风性关节炎作用机制研究提供了新的思路和方法。 。

关键词： 百芦御感汤   新型冠状病毒感染   作用机制   网络药理学   信号通路  

摘要： 目的探讨百芦御感汤调控新型冠状病毒感染的作用机制。方法通过相关数据库分别获取百芦御感汤药物作用靶点及新型冠状病毒感染对应靶点;运用Venny2.1.0在线分析工具获得二者的共有靶点,并将其导入String数据库,进行蛋白相互作用(PPI)分析。使用Cytoscape 3.7.2软件建立百芦御感汤调控新型冠状病毒感染的可视化网络;同时使用DAVID数据库对上述共有靶点进行功能富集分析,并通过分子对接技术对网络预测结果进行验证。结果共获得作用靶点305个,其中IL-6,JAK1,MAPK3,STAT3等为关键调控基因。富集分析结果显示,百芦御感汤干预新型冠状病毒感染作用靶点主要涉及PI3K-Akt,JAK-STAT等信号通路。分子对接结果显示,百芦御感汤君药中多种成分与3CL蛋白酶及BCL-2分子均有良好的结合性能。结论百芦御感汤能对多个经典的炎症相关信号通路进行调控,并能与冠状病毒主蛋白酶(3CL)产生直接作用,推测百芦御感汤可能通过抑制病毒复制及介导炎症免疫途径共同发挥干预新型冠状病毒感染的作用。

关键词： 中药   网络药理学   分子对接   犊牛腹泻   作用机制  

摘要： 该文通过TCMSP数据库对附子的主要化学成分进行筛选并确定其主要成分的潜在靶点,于GeneCard和Dis-GeNET查找犊牛腹泻的相关靶点取交集,得到附子防治奶牛子宫内膜炎的关键靶点,并构建蛋白互作(PPI)网络;通过DAVDE数据库对核心靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析;通过AutoDock软件对分子和靶点对接,并运用Py MOL对分子结果进行可视化处理。结果表明:从该中药复方中筛选出有效活性成分主要包括石防风素、苯甲酰萘普林、新糖尿酸B、 11,14-二十碳二烯酸等,这些药物成分主要作用靶点426个,犊牛腹泻的相关靶点1330个。附子防治奶牛乳房炎有136个预测靶点,主要包括白细胞介素6、胱天蛋白酶3、表皮生长因子受体、核激素受体、基质金属蛋白激酶9等。对上述136个靶点进行富集分析,发现与炎症反应、血管内皮生长因子、 ERK1和ERK2级联的正调控等生物过程;一氧化氮合酶活性、类固醇的结合、锌离子结合等细胞组分;细胞外基质、胞浆和细胞核等分子功能,以及PI3K-Akt信号通路、内分泌失调、 TNF信号通路、 IL-17信号通路和癌症等通路相关。分子对接结果表明复方双黄连主要活性成分Deltoin和Benzoylnapelline均与关键靶点IL-6、CASP3具有良好的连接活性。可见,附子可通过多成分、多靶点和多通路共同来防治大肠杆菌引起的犊牛腹泻。

关键词： 白英   风湿性关节炎   靶点   网络药理   分子对接  

摘要： 以网络药理学和分子对接相结合的综合策略为基础,阐明白英治疗风湿性关节炎的有效成分及其可能的作用机制。首先从文献中提取白英中的相关化合物,通过Gene Cards、Dis Ge NET和OMIM数据库获得RA相关靶标,构建中药-化合物-靶标网络和蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,以预测白英可能存在的关键药物靶点并确定药物靶点与化合物之间的主要结合位点及相互作用力,然后利用对接技术对预测的候选靶点进行了分析,最后用白英乙酸乙酯萃取物干预人类风湿关节炎滑膜成纤维细胞模型(MH7A)进行体外验证。最终筛选出41个潜在活性化合物和126个交叉药理靶标;GO富集分析显示,基因表达的阳性调节、对缺氧的反应和凋亡过程与白英治疗RA机制密切相关;KEGG通路分析表明TNF信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路与白英干预RA有关,其作用的关键靶点可能是AKT1、TP53、VEGR、CASP3、TNF和IL6等;分子对接分析表明,白英中薯蓣皂苷元、士的宁、澳洲边茄碱、苦茄碱、澳洲茄胺和熊果酸等活性成分与STAT3、JUN、MAPK1、TNF、TP53、IL6、MAPK8、IL1B、MMP1和MMP3等靶点具有良好的结合能力,提示白英中可通过调节多种信号通路和靶点从而对RA起到干预和治疗作用。体外实验表明白英乙酸乙酯萃取物可以抑制MH7A细胞增殖,并显著降低MH7A细胞炎症因子TNF-α,IL-17,IL-1β和IL-6的分泌。该研究增加了中药白英及其有效成分抗RA药理作用的新认识,也为相关研究提供了新方向和新思路的参考。