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关键词： 大补肝汤   广泛性焦虑症   网络药理学   分子对接   多通路  

摘要： 基于网络药理学、分子对接和动物实验探讨大补肝汤治疗广泛性焦虑症(generalized anxiety disorder, GAD)的作用机制。通过网络药理学和分子对接获得大补肝汤治疗GAD的可能靶点和相关信号通路。建立GAD大鼠模型,随机分组后相应药物灌胃,连续干预28 d后检测各组大鼠焦虑状态,并检测大鼠海马病理改变,采用酶联免疫吸附法(ELISA)、蛋白免疫印迹法(Western blot)检测相关蛋白表达水平。初步筛选共得到大补肝汤中化合物65种,作用靶点403个,GAD疾病靶点7 398个,“药物-疾病”共有靶点279个,蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络关键节点为丝氨酸和苏氨酸激酶1(Akt1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、白细胞介素(interleukin, IL)-6、细胞肿瘤抗原p53(tumor protein 53,TP53)、IL-1β等;基因本体论(Gene Ontology, GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析显示,PI3K-Akt信号通路是最主要途径。分子对接显示,药物核心成分与对应关键靶点均具有较好的结合活性。动物实验显示,大补肝汤可有效改善大鼠焦虑行为,增加大鼠在高架十字迷宫中开臂端运动距离及总距离、进入明箱次数及停留时间、进入旷场中央时间百分比及次数。苏木精-伊红(HE)染色、尼氏染色显示,大鼠海马神经细胞数量增加,排列紧密,细胞体损坏改善,细胞中尼氏体增加,海马组织中TNF-α、IL-6、IL-1β表达下降,TP53、磷酸化丝氨酸和苏氨酸激酶1(p-Akt1)、磷酸化磷脂酰肌醇3-激酶(p-PI3K)表达上升,其机制可能与激活PI3K-Akt信号通路、抑制炎症反应有关。结果表明,大补肝汤对GAD起到很好的治疗调控作用,体现了中药复方整体作用和多靶点、多通路的特点。同时,初步探讨了大补肝汤治疗GAD可能通过激活PI3K-Akt信号通路,抑制炎症反应、抗细胞凋亡,从而改善GAD状态,为大补肝汤的临床应用提供实验数据支持。

关键词： 千金藤素   类风湿关节炎   网络药理学   作用机制   抗炎  

摘要： 目的:本研究通过网络药理学筛选千金藤素(CEP)治疗类风湿性关节炎(RA)的相关靶点并探索其潜在作用机制。方法:首先,使用Swiss Target Prediction和DrugBank数据库预测CEP潜在的作用靶点,使用Disgenet数据库、Gene Cards数据库和NCBI数据库获取RA相关靶点。然后使用Venny2.1筛选CEP潜在的作用靶点和RA相关靶点交集。将共有靶点导入STRING数据库获得PPI网络。使用Cytoscape对PPI网络进行可视化并筛选关键基因。使用DAVID数据库对关键基因进行GO和KEGG富集分析。结果:筛选出CEP潜在的作用靶点101个,RA相关靶点共2196个。筛选出56个共有基因和7个关键基因:JAK2、PRKCB、SRC、MTOR、AKT1、PI3K、EGFR。对关键基因进行GO和KEGG富集分析,GO分析的BP富集于表皮生长因子受体信号通路、蛋白激酶B信号的正调节,巨自噬的负调节、一氧化氮生物合成过程的正调节和细胞周期蛋白依赖性蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性的正调节等;CC富集于细胞质中;MF富集于蛋白激酶活性、激酶活性、ATP结合、蛋白激酶C结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性以及蛋白激酶结合。KEGG主要富集于抗癌通路、抗炎通路和抗病毒途径。结论:本研究简要分析了千金藤素抗RA的潜在靶点和潜在作用机制,为进一步探索千金藤素抗RA的潜在保护机制提供了理论依据。

关键词： 冠心病   焦虑抑郁   加味柴胡桂枝汤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学及分子对接探寻加味柴胡桂枝汤治疗冠心病伴焦虑抑郁的作用机制。方法利用TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库筛选加味柴胡桂枝汤的药物活性成分及对应靶点,GeneCards、DisGeNet、OMIM、TTD数据库筛选冠心病、焦虑、抑郁疾病靶点,EVenn平台交互映射得到药物-疾病交集靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-核心靶点-疾病互作网络,交集靶点导入STRING数据库获取PPI网络并进行网络拓扑分析,Metascape平台进行GO、KEGG富集分析,微生信平台可视化处理;分别选取排名前5位药物靶点及交集靶点于CB-DOCK2平台进行分子对接并绘制热图。结果共得到加味柴胡桂枝汤活性成分296个,排名前10位的活性成分依次是槲皮素、山柰酚、豆甾醇、木犀草素、异鼠李素、黄芩素、5-甲基-7-甲氧基异黄酮、芒柄花黄素、乌药碱、毛蕊异黄酮,对应唯一靶点225个;共得到冠心病、焦虑、抑郁疾病交集靶点3465个,经EVenn平台分析得到药物-疾病交集靶点157个,前10位的靶点包括VEGFA、ALB、CASP3、Akt1、JUN、IL-6、IL-1β、PTGS2、MMP-9、EGF。GO分析共得到2214个条目,其中生物学过程1897条,细胞成分117条,分子功能200条。KEGG富集分析共得到信号通路205个,主要涉及脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路等。结论加味柴胡桂枝汤治疗冠心病伴焦虑抑郁的机制可能与调控脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、NF-κB信号通路等相关。

关键词： 高尿酸血症   水蛭   网络药理学   RNA-seq  

摘要： 目的 基于网络药理学和转录组学的方法,结合动物实验验证,探究菲牛蛭冻干粉(Poecilobdella manillensis lyophilizedpowder,以下简称SZ)抗高尿酸血症(hyperuricemia, HUA)的多靶点作用机制。方法利用Symmap、SwissTargetPrediction、Pharmmapper数据库,获得SZ潜在活性成分以及对应的靶点;通过Gene Cards和OMIM数据库获得HUA相关靶点;取交集映射得到SZ和HUA的共同靶点,利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物成分-疾病靶点相互作用网络,结合STRING数据库构建蛋白相互作用网络并筛选核心靶点;使用DAVID数据库对交集靶点进行GO生物功能注释和KEGG通路富集分析。采用氧嗪酸钾联合高嘌呤饮食构建HUA小鼠模型,通过生化指标检测、ELISA法探究SZ对HUA小鼠的影响,qRT-PCR法验证RNA-Seq及网络药理学富集分析结果。结果 网络药理学分析表明SZ中有11种主要生物活性物质,72种潜在靶点参与治疗HUA,涉及多种生物过程和不同的信号通路。实验表明,SZ通过抑制黄嘌呤氧化酶活性,显著降低了HUA小鼠的血清尿酸、肌酐和尿素氮水平。SZ还降低了URAT1水平,同时提高了ABCG2的水平。RNA测序分析发现,模型组与治疗组、对照组与模型组和对照组与治疗组分别有112、536和107个差异表达基因。qRT-PCR结果表明,SZ下调了Th17细胞分化相关的基因以及IL-17和PI3K/Akt信号通路上基因mRNA的表达。结论 SZ具有降尿酸作用,其作用机制可能是抑制肝脏黄嘌呤氧化酶活性,下调URAT1水平,上调ABCG2水平,影响Th17细胞的分化,进而影响IL-17信号通路,从而减轻炎症反应。

关键词： 中国药理学会   弋矶山医院   皖南医学院   定量药理学   治疗学   中国临床药理学   专项基金  

摘要： 《中国临床药理学与治疗学》是由中国科学技术协会主管、中国药理学会主办、皖南医学院弋矶山医院承办的国家级学术性月刊(ISSN 1009-2501,CN 34-1026/R),创刊于1996年6月,创刊人是全国著名定量药理学家孙瑞元教授,现任主编为国家杰出青年基金获得者复旦大学特聘教授黄志力。本刊于2001年获得中国科学技术协会专项基金资助,2003年入选“中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)”,2011年被中国科学引文数据库核心版(CSCD)收录,现为北大中文核心期刊、中国科学引文数据库(CSCD)核心库期刊、中国科技论文统计源期刊。

关键词： 癃清胶囊   临床研究   尿路感染   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的通过临床研究和网络药理学探析癃清胶囊抗尿路感染的疗效和机制。方法选取西医确诊为单纯性尿路感染,且中医辨证为下焦湿热证的女性患者60例,将其随机分为对照组和试验组,每组30例。2组在均给予头孢克洛口服治疗基础上,试验组口服癃清胶囊,对照组口服癃清胶囊模拟剂。治疗7 d后,比较2组临床症状评分、生活质量评分、单项症状消失时间、总有效率及安全性指标。利用TCMSP和Swiss Target Prediction数据库获取癃清胶囊的活性成分及潜在作用靶点,通过GeneCards数据库获取尿路感染的相关靶点,筛选共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络;通过STRING数据库构建PPI网络并通过DAVID数据库进行KEGG和GO分析。结果与对照组相比,试验组尿急症状评分、生活质量评分及单项症状消失时间均降低(P均<0.05),治疗总有效率提高(P<0.05)。网络药理学结果显示槲皮素、山柰酚等是癃清胶囊抗尿路感染的主要有效成分,SRC、PIK3R1、HSP90AA1等基因为其抗尿路感染的核心靶点,且主要富集在癌症相关通路、MAPK等信号通路上。结论癃清胶囊可能通过癌症相关通路等信号通路发挥抗尿路感染作用,可改善尿频、尿急、尿痛等症状,提高生活质量。

关键词： 四逆散   抑郁症   代谢组学   网络药理学   UPLC-Q-TOF-MS/MS  

摘要： 目的:初步探讨中药复方四逆散治疗抑郁症的作用机制。方法:采用UPLC-Q-TOF-MS/MS对四逆散的化学成分进行系统鉴定;利用SwissTargetPrediction、PubChem数据库筛选出四逆散抗抑郁的成分作用靶点,DisGeNET数据库筛选出抑郁症疾病靶点,并结合Venny工具软件筛选出四逆散抗抑郁的交集靶点,通过STRING数据平台构建靶点基因间PPI网络,利用Cytoscape筛选出四逆散抗抑郁的核心基因,Metascape平台对交集基因进行GO和KEGG富集分析,预测四逆散抗抑郁所涉及的潜在信号通路;采用慢性不可预知温和刺激(chronic unpredictable mild stress,CUMS)方法制备抑郁模型,将60只雄性SD大鼠按体质量大小随机分组为空白组、模型组、四逆散组(3.17 g·kg^(–1))和氟西汀组(1.58 mg·kg^(–1)),每组15只,除空白组外,其余大鼠进行CUMS造模。造模6周后,对各组大鼠进行行为学评价;采用免疫荧光对大鼠海马区进行吲哚胺2,3-双加氧酶1(indoleamine 2,3-dioxygenase 1,IDO 1)、离子钙结合适配器分子1(ionized calcium binding adapter molecule 1,IBA 1)检测;采用非靶向代谢组学对各组大鼠血清进行分析。结果:液质联用分析共鉴定出61个化学成分;结合网络药理学分析,得到535个成分靶点、1479个疾病靶点和205个交集靶点,其中包括AKT1、TP53、TNF、IL6等21个核心靶点,主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、Ras、PI3K-Akt等信号通路;行为学结果发现,与空白组相比,模型组大鼠蔗糖偏好降低、旷场箱中静止时间增加、活动总次数减少以及运动总路程减少(均为P<0.05),四逆散给药后能显著改善抑郁样行为(均为P<0.05);免疫荧光结果发现,与空白组相比,IDO 1与IBA 1的荧光强度均显著升高(P<0.05),经过四逆散给药后均明显回转(P<0.05);血清代谢组学筛选出19个差异代谢物,包括L-酪氨酸、花生四烯酸等,主要富集到苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成以及花生四烯酸代谢、鞘脂代谢等10条代谢通路。结论:该研究基于网络药理学与非靶向代谢组学技术,初步预测到诺米林、甘草次酸、7,4-二羟基黄酮等为四逆散抗抑郁的主要化学成分,涉及MAPK、Ras、PI3K-Akt等信号通路,并挖掘19个差异代谢物和10条代谢通路,可进一步为经典复方四逆散抗抑郁的临床应用提供现代科学依据。

关键词： 2型糖尿病   葛根芩连汤   黄芩-黄连药对   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的 基于网络药理学及分子对接技术探讨黄芩-黄连药对防治2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集黄芩-黄连药对的有效成分及对应靶点,借助Perl脚本及UniProt数据库对所得成分及靶点进行分析、整理;从Drugbank数据库、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、遗传药理学与药物基因组学数据库(PharmGKB)、疗效药靶数据库(TTD)中收集T2DM相关靶点,绘制韦恩图得药物作用于疾病的交集靶点,并利用Cytoscape 3.8.0软件中的CytoNCA插件筛选核心靶点;对交集靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;最后使用Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。结果 共筛选出黄芩-黄连药对有效成分50个,其中黄连14个,黄芩36个,相关靶点201个,与T2DM 425个靶点取交集得到交集靶点37个;通过“活性成分-靶点”相互作用网络共筛选出关键成分6个(豆甾醇、β-谷甾醇、汉黄芩素、千层纸素、槲皮素、小檗碱),度值前5位的核心靶点为前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、白细胞介素1 B(IL1B)、细胞色素P450 1A1(CYP1A1)、趋势因子白细胞介素-8(CXCL8)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG);GO富集分析发现黄芩-黄连药对治疗T2DM的基因功能主要富集在血管径调节、肾上腺素能受体的活动蛋白连接、儿茶酚胺结合等过程;KEGG富集分析得到30条信号通路(P<0.05),主要涉及白细胞介素-17(IL-17)信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G(cGMP-PKG)信号通路、脂肪细胞的脂分解调节等。分子对接结果显示,槲皮素、汉黄芩素、千层纸素、豆甾醇与核心靶点PTGS2、CYP1A1、IL1B、PPARG、CXCL8具有良好的结合活性。结论 黄芩-黄连药对主要通过活性成分豆甾醇、β-谷甾醇、汉黄芩素、千层纸素、槲皮素及小檗碱作用于PTGS2、CYP1A1、IL1B、PPARG、CXCL8等靶点,改善血液循环,调节炎症细胞因子、脂肪细胞内脂肪分解,调控cGMP-PKG信号通路以及作用于胰岛素受体起协同效应,从而发挥防治T2DM的作用。

关键词： 槲皮素   宫腔黏连   网络药理学   分子对接   低氧诱导因子-1α   蛋白激酶B1   丝裂原活化蛋白激酶1  

摘要： 目的 利用网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的潜在作用机制。方法 在TCMSP数据库查找槲皮素的作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank和PharmGKB数据库,获取宫腔黏连的相关靶基因。取两者交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并根据拓扑参数分析得到核心靶点。利用Metascape平台及微生信平台对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用分子对接技术验证槲皮素与核心靶点之间的结合能力。结果 槲皮素与宫腔黏连的共同靶点有105个,其中核心靶点为低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、转录因子AP-1(JUN)等。槲皮素治疗宫腔黏连所涉及的主要生物学过程为对细菌源性反应、对脂多糖的反应、氧化应激及活性氧代谢过程等,关键通路为磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/Akt信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与HIF-1α分子对接效果最好。结论 槲皮素通过作用于HIF-1α、Akt1、MAPK1等关键靶点,参与PI3K/Akt、TNF、IL-17等信号通路的调控,抑制炎症反应及氧化应激,从而发挥治疗宫腔黏连的作用。

关键词： Erastin   肺癌   网络药理学   增殖   侵袭和迁移  

摘要： 目的本研究通过网络药理学分析小分子化合物Erastin治疗肺癌的生物学信息,并通过细胞实验进行体外验证。方法通过数据库筛选获取Erastin的主要靶点及肺癌的疾病作用靶点。经过韦恩(Venn)图解析获取Erastin和肺癌的共同靶点,然后构建蛋白-蛋白质相互作用(PPI)网络、活性成分-靶点网络及疾病-药物-活性成分-靶点网络。选择不同浓度Erastin干预小鼠Lewis肺癌细胞(LLC细胞),通过细胞增殖-毒性实验(CCK-8)检测细胞的增殖抑制率,四唑盐比色法(MTT)检测细胞的存活率,平板克隆检测细胞的增殖活力,Transwell实验和划痕实验分别检测LLC细胞的侵袭和迁移能力。结果筛选得到184个与Erastin活性成分关联的靶点,4197个与肺癌相关靶点,其中有98个共同靶点,这些靶标与蛋白质磷酸化、蛋白质结合、胞质密切相关。体外实验证实,随着Erastin浓度的增加,LLC细胞的增殖抑制率逐渐上升,存活率逐渐下降,迁移和侵袭的细胞数逐渐减少。结论Erastin对LLC细胞有明显的抑制作用,其作用可能与两者的多个共同靶点有关。