课程文献中心 更多>>

关键词： 固肾泄浊和络方   糖尿病肾病   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接技术探讨固肾泄浊和络方治疗糖尿病肾病作用机制。方法检索TCMSP、TCMID数据库收集固肾泄浊和络方药物活性成分及其对应靶点,检索DrugBank、OMIM、GeneCards及TTD数据库筛选糖尿病肾病疾病靶点,取交集绘制韦恩图;利用Cytoscape3.9.1软件绘制“药物-活性成分-靶点”网络;借助STRING数据库构建药物-疾病-共同靶点蛋白相互作用(PPI)网络。在Metascape平台对交集靶点进行GO功能及KEGG富集分析;运用AutoDock Vina 1.1.2软件对核心活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果筛选得到药物活性成分164个,对应靶点285个,疾病靶点882个,交集靶点116个;GO和KEGG富集分析分别获取到2821个条目和185条通路。分子对接结果表明,固肾泄浊和络方中槲皮素、木犀草素、山柰酚等核心成分与TNF、AKT1、IL6、VEGFA等核心靶点结合活性较好。结论本研究通过网络药理学和分子对接技术探讨固肾泄浊和络方治疗糖尿病肾病的作用机制,发现该方药物中槲皮素、木犀草素、山柰酚等核心活性成分可能通过AGE-RAGE、PI3K-Akt、MAPK等信号通路作用于TNF、AKT1、IL6、VEGFA等核心靶点,从而发挥抗炎、抗氧化、抗纤维化、改善血流动力学、调控细胞增殖和凋亡等作用。

关键词： 网络药理学   黄精   增强免疫   有效成分   靶点   RAW264.7细胞   作用机制  

摘要： 目的:探究黄精增强免疫功能的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集黄精活性成分,通过SwissTargetPrediction数据库获得对应靶点基因。使用GeneCards、DrugBank数据库筛选免疫抑制(IS)相关靶点基因,并通过Venny数据库获得与黄精靶点基因的交集基因。使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape软件构建“黄精-有效成分-靶基因-免疫抑制”网络,利用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用分子对接对有效成分和靶点进行验证。体外细胞试验采用脂多糖(LPS)诱导的RAW264.7细胞模型,通过MTT法检测不同浓度黄精提取物对细胞的毒性反应;采用Griess法检测黄精提取物对细胞中一氧化氮(NO)的影响。结果:经过筛选,ESR1、SRC、IGF1R、PTGS1、PTGS2等均参与了多个关键生物过程和关键通路。GO富集表明,细胞活化、炎症反应、细胞对应激的反应等为主要生物过程;KEGG富集表明,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、AMPK、核因子κB信号通路等是关键通路。分子对接结果显示有效成分与核心靶点对接结果良好。体外试验结果显示,与LPS组比较,50,200,800μg/mL的黄精提取物组RAW264.7细胞中NO生成量均显著降低(均P<0.01)。结论:本研究初步预测了黄精增强免疫功能的ESR1、SRC等作用靶点和AMPK、核因子κB等信号通路,并结合Griess法表明黄精可通过调控炎症模型RAW264.7细胞NO的释放来发挥免疫作用。

关键词： 双虎肿痛宁酊剂   入血成分   血清药物化学   网络药理学  

摘要： 目的 基于超高效液相-四极杆飞行时间串联质谱联用技术(UPLC-Q-TOF-MS/MS)方法定性鉴定双虎肿痛宁酊剂的入血药效成分,并结合网络药理学探究其抗炎镇痛的潜在作用机制。方法 通过对比含药血清、空白血清的色谱图,并结合PubChem、HMDB、MassBank数据库二级谱图及对照品裂解信息,分析鉴定双虎肿痛宁酊剂的入血成分。借助相关数据库对入血成分、疾病进行靶点收集筛选,运用Cytoscape软件进行网络可视化处理;对共有靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 在给药血清中初步鉴定出阿魏酸、新乌头碱、次乌头碱、4-羟基肉桂酸、甲芬那酸5个原形成分;涉及白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路,改善、调节疼痛和炎症反应等过程,发挥药理作用。结论 本实验通过结合UPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学的方法明确了双虎肿痛宁酊剂的入血成分,初步阐明了双虎肿痛宁酊剂抗炎镇痛的作用机制,为临床应用提供了参考。

关键词： 桑椹   糖尿病肾病   网络药理学   分子对接   基因本体论  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接方法探讨桑椹治疗糖尿病肾病潜在作用机制。方法检索TCMSP数据库获取桑椹活性成分及作用靶点,检索DisGeNET、DrugBank、GeneCards、TTD数据库获取糖尿病肾病相关靶点,将两者靶点的交集作为桑椹治疗糖尿病肾病的“关联基因”;使用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,使用DAVID软件进行GO功能和KEGG富集分析;使用Discovery Studio2019软件进行分子对接。结果共得到桑椹活性成分91个,“关联基因”81个。GO功能富集结果显示,“关联基因”主要涉及转录正调控、基因表达正调控等生物过程,细胞外区域、细胞质、质膜等细胞成分,发挥蛋白质结合、DNA结合等分子功能,参与糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物及其受体通路、肿瘤坏死因子通路等;PPI分析及KEGG通路分析筛选出TNF、IL1B、IL6、VEGFA等13个关键基因。分子对接结果显示,关键基因的蛋白结构与活性成分结合情况良好。结论桑椹可调节炎症反应、糖代谢、细胞凋亡等过程,能够多成分、多靶点、多通路治疗糖尿病肾病。

关键词： 白藜芦醇   类风湿性关节炎   分子动力学   磷脂酰肌醇3-激酶   蛋白激酶B1   促分裂原活化蛋白激酶  

摘要： 目的通过网络药理学、分子动力学模拟探讨白藜芦醇对类风湿性关节炎的治疗作用及潜在机制,并进行实验验证。方法使用TCMSP、Batman-TCM、SwissTarget Prediction数据库预测白藜芦醇的作用靶点;使用GeneCards和OMIM数据库预测类风湿性关节炎的潜在治疗靶点;使用STRING和Cytoscape3.8.0构建蛋白相互作用(PPI)网络,并进行MCC分析、MCODE分析、基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,对KEGG通路和靶点之间绘制网络图;使用分子对接和分子动力学模拟方法对核心靶点与白藜芦醇进行模拟;构建类风湿性关节炎大鼠模型,Western blotting法检测p-磷脂酰肌醇3-激酶(p-PI3K)、p-蛋白激酶B1(p-Akt1)和p-细胞外信号调节激酶(p-ERK)1/2的表达水平。结果白藜芦醇有310个靶点,与类风湿性关节炎有207个交集靶点,MCC分析发现Akt1、PIK3CA、PIK3CB、促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)1、MAPK3、信号传导与转录激活因子3(STAT3)是其中核心基因。GO和KEGG富集分析发现,癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物–晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、细胞凋亡和PI3K/Akt信号通路可能是白藜芦醇影响类风湿性关节炎的关键通路;分子对接和分子动力学模拟也发现Akt1、PIK3CA和MAPK1与白藜芦醇之间有很强的结合能力。动物实验发现,与对照组相比,模型组大鼠关节炎指数明显增加,而给予白藜芦醇后大鼠的关节炎指数明显下降;p-PI3K、p-AKT表达明显上升,p-ERK1/2的表达明显下降(P<0.05、0.01)。结论白藜芦醇能改善类风湿性关节炎大鼠的关节炎指数,并可能通过Akt1、PIK3CA和MAPK1等靶点和PI3K/Akt信号通路来发挥关键治疗作用。

关键词： 2型糖尿病   灵芝   网络药理学   NF-kappaB binding通路   分子对接  

摘要： 目的应用网络药理学方法探讨灵芝在改善2型糖尿病(T2DM)中的作用机制。方法通过TCMSP筛选灵芝化学成分,使用SWISS Target Prediction导入主要成分的SMILE name获取单个基因名;结合DisGeNET和GeneCards获取疾病基因;利用Venn数据库筛选出交集靶点;在微生信平台构建活性成分和疾病靶点网络;利用STRING和Cytoscape数据库构建PPI网络;使用DAVID数据库进行GO和KEGG功能富集分析;使用AutoDock数据库进行分子对接。结果灵芝和2型糖尿病的共同靶点有146个;PPI网络包含灵芝和2型糖尿病共同目标有146个节点和2201条“边”;筛选出灵芝5个活性成分及与T2DM相关靶点146个;重要活性成分包括Methyl lucidenate F、环氧灵芝醇A、赤灵芝酸E、赤芝酮A、Methyl lucidenate Q,核心靶点包括PGR、PTPN1、NR3C2等;KEGG主要通路富集于卵母细胞减数分裂、NF-kappa B信号通路、长寿调节途径等;分子对接结果显示,化合物和重要靶位之间具有很强的融合作用。结论本研究进一步发现了灵芝中含有Methyl lucidenate F、环氧灵芝醇A、赤紫芝酸e、赤芝酸A、Methyl lucidenate Q等活性成分,为灵芝治疗2型糖尿病的核心组分,通过控制关键治疗靶点NR3C2和HSD11B2,影响NF-kappaB binding信息通路,从而达到改善2型糖尿病的效果。

关键词： 网络药理学   沉香   睡眠障碍   焦虑  

摘要： 目的用网络药理学探讨沉香在睡眠障碍及焦虑疾病中的作用机制。方法在Tcmsp和Herb数据库中搜索并下载沉香对应的小分子化合物的数据,然后从Herb数据库中搜索并下载小分子化合物对应的靶基因及睡眠障碍和焦虑(sleep disorders and anxiety)对应的靶基因,并用Cytoscape构建药物-成分-靶点-疾病网络。基于Gene Ontology(GO)数据库、KEGG Pathway Database生物化学通路的数据库,对候选基因进行功能富集分析,用STRING进行蛋白质之间交互作用关系(protein-protein interaction,PPI)分析。结果筛选得到沉香的小分子化合物112个,获得其相对应的靶点,自Herb数据库中搜索得到睡眠障碍及焦虑对应点基因831个,得到成分与疾病关键靶点82个。其中zoomaric acid,6,7-dimethoxy-2-(27-phenylethyl)chromone,acetic acid可能是沉香治疗睡眠障碍及焦虑的重要成分;SRC、CTNNB1、TNF、PPARG、FOS等基因可能是沉香治疗睡眠障碍及焦虑的重要潜在靶点。GO富集分析结果显示,靶点涉及1279个生物过程条目、97个细胞成分条目、123个分子功能条目。KEGG共富集到116条通路,主要涉及癌症通路、多巴胺能突触、脂质与动脉粥样硬化、乳腺癌等关键通路。结论沉香中的zoomaric acid,6,7-dimethoxy-2-(27-phenylethyl)chromone,acetic acid可能是治疗焦虑及睡眠障碍的成分,活性成分可能通过作用于SRC、CTNNB1、TNF、PPARG、FOS靶点发挥治疗焦虑及睡眠障碍的作用。

关键词： 溃疡性结肠炎   网络药理学   分子对接   加权基因共表达网络   葡萄籽多酚   作用机制  

摘要： 本试验旨在探究葡萄籽多酚缓解葡聚糖硫酸钠诱导的溃疡性结肠炎的机制。试验选用GEO数据库中的两个数据集,使用sva包对其进行整合后,通过加权基因共表达网络的方法鉴定与溃疡性结肠炎相关的基因模块,并利用基因本体论数据库和京都基因与基因组百科全书数据库对基因功能进行注释;使用液相色谱-质谱联用技术检测葡萄籽多酚主要成分,选取含量前10的成分,利用TCMSP、DrugBank、SwissTargetPrediction等数据库和靶点预测工具获取其作用的靶点,并与先前鉴定的溃疡性结肠炎相关模块的基因取交集,使用蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,得到葡萄籽多酚缓解溃疡性结肠炎的关键靶点;使用分子对接验证葡萄籽多酚主要成分与关键靶点的连接活性;利用Raw264.7细胞系,通过荧光定量PCR鉴定葡萄籽多酚对关键靶点基因的影响。结果表明,有3个基因模块与溃疡性结肠炎表型高度相关,且模块内的基因主要与炎症反应、细胞周期和代谢、细胞的趋化等功能相关;葡萄籽多酚的主要成分分别为儿茶素、表儿茶素、原花青素B2、刺柄芒花素等,这些成分作用的靶点基因与溃疡性结肠炎相关模块的基因有15个相同,而在这15个基因中,前列腺素内过氧化物合酶2、基质金属酶9、白介素-6、肿瘤坏死因子-α因为在网络中有最高的连接度而被认为是关键靶点;葡萄籽多酚含量最高的10个成分与这4个靶点均具有良好的连接活性,荧光定量PCR也证明了葡萄籽多酚能影响这4个靶点基因的表达。综上,葡萄籽多酚最有可能通过影响前列腺素内过氧化物合酶成2、基质金属酶9、白介素-6和肿瘤坏死因子-α来缓解溃疡性结肠炎。

关键词： 飞燕草素   结直肠癌   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的利用网络药理学方法对飞燕草素(Dp)抗结直肠癌(CRC)的分子机制进行初步探索。方法通过体外细胞实验研究Dp对SW480细胞的作用,采用CCK-8实验检测细胞增殖;Hoechst33258染色实验检测细胞凋亡;流式细胞仪检测细胞周期;划痕实验检测细胞迁移。基于网络药理学对Dp抗CRC可能的分子机制进行探讨,在数据库中确定Dp与CRC的相互作用;构建蛋白互作网络,筛选核心靶点;对调控网络中的关键基因进行富集分析,确定可能的作用通路,初步筛选出可能的分子机制。结果13μmol/L、15μmol/L、18μmol/L、20μmol/L的Dp在体外对CRC细胞SW480具有抑制增殖效应;15μmol/L、20μmol/L的Dp可诱导细胞凋亡;将细胞周期阻滞在S期;抑制细胞迁移能力。经分析发现,Dp靶点231个,CRC靶点9395个,药物-疾病共同靶点95个;药物-疾病-靶点互作网络图谱得出AKT1为潜在活性最大靶点;通过GO条目分析发现Dp抗CRC的生物学过程、细胞组分以及具有的分子功能,KEGG富集通路发现PI3K/AKT是Dp抗CRC其中一种可能的主要分子机制。结论Dp在体外对CRC SW480细胞具有增殖抑制效应,Dp可以通过多靶点多通路对CRC产生影响,AKT1可能是Dp抗CRC的最重要靶点,PI3K/AKT可能是Dp抗CRC的信号通路。

关键词： 动脉粥样硬化   脂必泰   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术,探讨中药脂必泰防治动脉粥样硬化的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库及结合文献,筛选脂必泰中各味药材的主要活性成分并预测其靶点。通过Genecards、OMIM、Drugbank、DisGENET数据库分别检索动脉粥样硬化的疾病基因,获取脂必泰活性成分与动脉粥样硬化的交集靶点并构建“成分-交集靶点”网络图。利用GO和KEGG数据库对交集靶点进行富集分析,最后通过分子对接技术进行验证。结果脂必泰中4味中药的主要有效成分包括槲皮素、木犀草素、熊果酸、豆甾醇、异鼠里素、表儿茶素、山奈酚;核心交集靶点为白介素-6(IL-6)、丝威原活化蛋白酸酶1(MAPK1)、信号转导和转录激活因子(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、核转录因子p65(RELA)等。GO及KEGG富集分析显示,潜在治疗靶点主要与信号受体激活物活性、DNA结合转录因子、受体配体活动有关,涉及晚期糖基化终产物及其受体、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、白介素-17、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接结果显示,木犀草素与MAPK1的结合活性最好。结论脂必泰通过多成分多靶点,调节炎症、脂质代谢、免疫等多条通路,发挥防治动脉粥样硬化的作用。