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关键词： 高效液相色谱-串联四级杆轨道阱质谱   网络药理学   裸花紫珠颗粒   咽炎   作用机制  

摘要： 目的基于高效液相色谱-串联四级杆轨道阱质谱(HPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS)方法和网络药理学初步探究裸花紫珠颗粒治疗咽炎的活性成分及潜在作用机制。方法采用HPLCQ-Exactive Orbitrap-MS技术分析鉴定裸花紫珠颗粒的主要化学成分,将已定性化合物录入TCMSP、HERB、Swiss Target数据库筛选成分靶点。以“咽炎”为检索词在GeneCards、DisGeNET、Drugbank等数据库中检索疾病相应靶点。裸花紫珠颗粒化学成分对应的靶点与疾病靶点取交集绘制韦恩图,进而运用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-化合物-靶点网络进行可视化,通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制气泡图进行可视化。结果裸花紫珠颗粒共鉴定出18种主要化学成分。数据库筛选出155个化学成分相应靶点,2319个咽炎相应靶点,取交集得76个相应靶点,根据网络拓扑参数判断关键靶点38个。关键靶点涉及丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤抑制蛋白P53(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)和血管内皮生长因子A(VEGFA)等。GO功能富集分析得到条目269个(P<0.01),KEGG通路富集分析筛选得到116条信号通路。结论裸花紫珠颗粒中的化合物能通过多成分、多靶点、多通路防治咽炎,其分子机制与Akt1、TNF、TP53、IL-6和VEGFA等靶点及芹菜素、木犀草素、咖啡酸等成分相关,涉及TNF通路、白细胞介素-17(IL-17)通路、磷脂酰肌醇激酶(PI3K)-Akt通路、核因子κB(NF-κB)通路、toll样受体通路和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路、癌症通路及多糖蛋白和凋亡等信号通路。为后续多靶点药物研发、分子生物学实验及相关临床研究奠定理论基础。

关键词： 茯苓   胃癌   新型冠状病毒   网络药理  

摘要： 目的探索茯苓治疗胃癌合并新型冠状病毒感染的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取茯苓活性成分及靶点,规范并去重;检索GeneCards数据库获取新型冠状病毒靶点及胃癌靶点,构建二者关联的可视化网络;以STRING数据库及Cytoscape 3.9.1构建可视化蛋白相互作用网络;以Metascape数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果获得茯苓有效活性成分15个,潜在治疗靶点29个,关键靶点包括ESR1、TNF、ACE、APP等,涉及内分泌抵抗、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症中的蛋白糖等多条信号通路。结论茯苓对胃癌合并新型冠状病毒感染的疗效,是多成分、多靶点、多通路协同作用的结果。

关键词： 柴胡桂枝汤   胆管癌   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学探究柴胡桂枝汤治疗胆管癌的主要活性成分及潜在的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选出柴胡桂枝汤中的有效成分及对应的靶点蛋白,与Uniprot数据库中人类基因名称匹配后对作用靶点规范化处理;基于Genecard、Disgenet等数据库筛选出胆管癌疾病靶点,并与中药靶点蛋白匹配得到共同靶点;将共同靶点信息导入String数据平台进行PPI网络分析,并通过Metascape数据平台完成GO功能注释和KEGG富集。结果获取柴胡桂枝汤治疗胆管癌的96个有效靶点,其中核心靶点8个。GO注释共得出1784条目,KEGG富集通路为179条。结论柴胡桂枝汤可能通过各种癌症信号通路、内分泌抵抗、EGFR TKI耐药性、铂耐药性、IL-17信号通路、p53信号通路等途径发挥治疗作用,为胆管癌的诊治提供了参考依据。

关键词： 刺梨黄酮   溃疡性结肠炎   网络药理学   分子对接   花生四烯酸代谢  

摘要： 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨刺梨黄酮干预溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心成分和作用机制。用乙醇-纤维素酶法提取刺梨黄酮,并采用液相色谱-质谱法鉴定刺梨黄酮提取物主要的化学成分,然后通过分析平台筛选得到刺梨黄酮中34个活性成分和146个干预溃疡性结肠炎作用的靶点,构建“刺梨黄酮-活性成分-交集靶点-溃疡性结肠炎”网络。基因本体通路分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析结果显示,刺梨黄酮干预UC主要涉及花生四烯酸代谢通路、核因子κB信号通路、癌症通路等信号通路;对网络筛选的主要活性成分和关键靶点做分子对接,对接能均小于-6.0kcal/mol,显示刺梨黄酮筛选的核心活性成分和治疗UC的关键靶点有较强的亲和能力,说明网络分析结果可靠。动物实验结果显示刺梨黄酮干预可有效缓解小鼠体质量下降与结肠组织病变,并可显著抑制模型组炎症因子肿瘤坏死因子α、白细胞介素-1β和白细胞介素-6的表达(P<0.05),且Westernblot结果显示刺梨黄酮可有效地抑制花生四烯酸代谢通路的关键靶点蛋白环氧合酶-2和5-脂氧合酶的表达。综上,刺梨黄酮通过多成分-多靶点-多通路协同作用干预UC,研究结果可为刺梨功能性食品的开发与利用提供理论依据。

关键词： 中药复方   阿尔茨海默病   网络药理学   信号通路   分子机制   研究进展  

摘要： 近年来,随着人口老龄化不断加重,阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的患病率逐年上升。AD在中医学称老年痴呆,是一种以进行性认知功能障碍和行为损害为特征的中枢神经系统退行性病变,临床主要表现为记忆障碍、失语、失用、失认,以及视空间机能障碍、人格行为改变和执行功能障碍。目前西药无法有效阻止疾病进展,且存在不良反应及耐药问题,而中药复方在治疗AD方面具有疗效显著、不良反应小等明显优势。网络药理学因其整体性、系统性与中医整体观念相契合,有助于阐释中药复方通过多靶点、多通路防治AD的作用机制,目前已在中医药研究领域广泛应用。该文详细综述了网络药理学近5年来中药复方治疗AD的研究进展,为中药复方防治AD的分子机制研究提供新思路、新策略和新方法。

关键词： 糖尿病心肌病   网络药理学   黄芩   心肌细胞   纤维化  

摘要： [目的]探讨黄芩有效成分在改善糖尿病心肌病(DCM)纤维化中的作用及机制。[方法]通过TCMSP数据库及小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)挖掘黄芩有效成分及所对应的靶点,利用GeneCards、Disgenet、UniProt、OMIM数据库收集并筛选DCM相关的疾病基因靶点,获取交集基因后导入String 11.5数据库中,构建药物-疾病蛋白互作网络图,利用Cytoscape 3.9.1软件对关键靶点网络进行可视化。运用Metascape在线平台挖掘黄芩有效成分抗DCM的分子靶点,并通过KEGG数据库绘制通路图。H9c2和AC16心肌细胞经5.5 mmol/L D-葡萄糖刺激为正常糖对照组,以35 mmol/L D-葡萄糖刺激为高糖组,以10μmol/L黄芩苷进行干预,采用RT-qPCR检测转化生长因子β1(TGF-β1)、胶原蛋白Ⅰ(COLⅠ)和胶原蛋白Ⅲ(COLⅢ)的mRNA表达水平,Western blot检测Smad2/3、p-Smad2/3、COLⅠ和COLⅢ的蛋白表达水平,ELISA测定上清中TGF-β1水平。[结果]通过上述平台共检索得到包括黄芩苷在内的33个有效成分、441个核心靶点和1884个DCM疾病基因,取交集后得到黄芩治疗DCM的150个核心基因,经String-PPI得到药物疾病基因间相互作用的TGF-β1、TP53、MMP-9及IL-6等基因;KEGG富集到MAPK、PI3K/Akt等信号通路。体外实验显示,高糖刺激H9c2和AC16心肌细胞导致TGF-β1、COLⅠ、COLⅢmRNA表达水平、p-Smad2/3、COLⅠ、COLⅢ蛋白表达水平上调及显著增加上清中TGF-β1含量,黄芩苷显著减弱其表达。[结论]黄芩多活性成分通过多靶点发挥抗DCM作用,其中活性成分黄芩苷通过抑制TGF-β1/Smad信号改善高糖诱导的心肌细胞纤维化而在DCM中发挥保护作用。

关键词： 罗布麻   PTSD   作用机制   网络药理学  

摘要： 基于网络药理学和分子对接研究罗布麻对创伤性应激障碍( Post-traumatic stress disorder,PTSD)机制。方法 通过数据库检索文献获取罗布麻活性成份、作用靶点、PTSD相关靶点,采用String数据库构建蛋白网络,Cytoscape 3.9.1软件构建成份—靶点—疾病网络,metascape生物信息软件进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果 共得到了6种活性成份和95个靶点,TNF、ALB、AKT1、IL6、TP53、CASP3、PTGS2、BCL2、IFNG、MMP9。结论 GO功能富集分析得到分子功能功能条目,主要涉及蛋白激酶结合、丝氨酸水解酶活性、膜筏、分泌颗粒腔、神经元细胞体、异生刺激的反应、磷酸化的正向调节、对激素的反应、炎症反应的调节等方面;KEGG通路富集分析分别对95个潜在靶点进行KEGG功能富集分析,筛选P值排名靠前的20条信号通路进行分析,罗布麻叶防治PTSD主要涉及脂质和动脉粥样硬化、癌症的通路、NF-κB信号通路等通路。

关键词： 不换金正气散   网络药理学   新型冠状病毒感染   分子对接   2019-nCoV 3CL水解酶  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接法探讨不换金正气散治疗新型冠状病毒(2019-nCoV)感染的活性成分。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得不换金正气散中药物相关的成分和作用靶点,通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;运用Cytoscape(3.6.0)构建“药物-化学成分-靶点”网络;DAVID进行基因本体论功能富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(KEGG)。使用Autodock Vina(1.1.2)软件对不换金正气散核心化学成分与2019-nCoV 3CL水解酶进行分子对接验证。结果共获得有116个活性化学成分,对应150个靶点,主要涉及槲皮素、山奈酚、葛花苷元等化学成分。DAVID分析主要涉及多个生物学过程,KEGG通路涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、甲型流感、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山奈酚、葛花苷元等主要化合物与2019-nCoV 3CL水解酶的结合能均与参照药物相近。结论初步预测了不换金正气散干预新型冠状病毒感染(COVID-19)的化学成分可与2019-nCoV 3CL水解酶结合,作用雌激素受体1(ESR1)、过氧化物酶体增殖物激活的受体γ(PPARG)、前列腺素G/H合酶1(PTGS1)等靶点,多通路协同干预,对COVID-19具有潜在治疗作用。

关键词： 网络药理学   肾间质纤维化   铁死亡   作用机制   苏黄泻浊丸  

摘要： 目的:基于网络药理学探究苏黄泻浊丸治疗肾间质纤维化(Renal Interstitial Fibrosis,RIF)及调控铁死亡的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、STRING、OMIM、Gene Cards、DisGeNet等筛选苏黄泻浊丸的中药活性成分及RIF关联靶标,借助Cytoscape 3.6.0软件构建苏黄泻浊丸活性成分-RIF靶标网络,结合STRING数据库构建方药与RIF关联靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用FerrDb数据库获取铁死亡调控基因,最终获取公共靶标基因,构建苏黄泻浊丸活性成分-RIF、铁死亡共同靶标网络,结合STRING数据库构建共同靶蛋白相互作用网络;利用DAVID数据库进行KEGG通路富集分析。结果:筛选出药物活性成分102个,与RIF关联的靶基因177个,经基因本体论(GO)、KEGG分析,苏黄泻浊丸治疗RIF的生物过程与RNA聚合酶Ⅱ促进转录的正调控、转录因子活性、序列特异性DNA结合等有关,通过调节脂质与动脉粥样硬化、白细胞介素(Interleukin,IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、辅助性T细胞17(T Helper Cells 17,Th17)细胞分化、细胞衰老发挥作用。调控铁死亡共同基因有34个,可能参与IL-17信号通路、缺氧诱导因子-1(Hypoxia Inducible Factor-1,HIF-1)信号通路、ErbB信号通路、脂质代谢、Th17细胞分化、C型凝集素受体信号通路、TNF信号通路等。结论:本研究预测了苏黄泻浊丸治疗RIF及其调控铁死亡的主要化合物、靶标及通路,为后续深入研究苏黄泻浊丸治疗RIF的作用机制提供理论参考。

关键词： 痛风性关节炎   栀黄止痛颗粒   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术研究栀黄止痛颗粒治疗痛风性关节炎(GA)的科学原理及作用机制。方法通过HERB数据库查找栀黄止痛颗粒的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库进行靶点名称规范及转化,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库总结GA相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,利用Cytoscape3.8.0软件生成“药物-活性成分-靶点网络”,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络,使用Cytoscape进行拓扑分析,获得核心基因;运用Metascape网页、R软件构建的数据包对核心基因进行基因本体(GO)功能和基因组数据库(KEGG)通路富集分析,最后选取核心靶点与药物活性成分进行分子对接验证。结果筛选出栀黄止痛颗粒活性成分88种,作用靶点212个;GA疾病靶点312个,疾病与药物交集靶点43个。GO富集分析共包含56条富集通路,其中生物过程4条、分子功能21条、细胞组成31条;KEGG通路富集分析得到133条通路,涉及脂质和动脉粥样硬化、IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、流体剪切应用与动脉粥样硬化等通路。分子对接结果表明药物主要活性成分与核心基因之间能相互结合并有较好的亲和力。结论栀黄止痛颗粒是通过多成分、多靶点、多途径对GA产生药理作用,这为探索该方剂药效药理作用机制建立了基础。