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关键词： 心肌缺血再灌注损伤   天香丹   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术研究天香丹改善心肌缺血再灌注损伤的药效物质基础和分子作用机制。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)并查阅文献获得天香丹中4味中药的主要活性成分,并将与活性成分相联系的靶基因借助UniProt数据库翻译成相应基因。于PubChem数据库得到红景天、新塔花活性成分的详细信息,可以在TCMSP平台上找到该活性物质的靶基因,就使用TCMSP的结果,否则使用SwissTargetPrediction平台得到预测靶基因;利用GeneCards、OMIM、DISGENET和TTD数据库得到疾病相关靶点,对活性成分靶点与疾病靶点取交集后采用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;选择与本课题相关的通路cAMP、mTOR、核转录因子-κB(NF-κB)使用mapper工具构建KEGG通路图。最后通过AutoDock Vina软件对关键靶点和化合物进行分子对接。结果筛选出新塔花、红景天、丹参、降香针对心肌缺血再灌注损伤的128个活性成分和386个潜在作用靶点。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络拓扑分析发现白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)的含量、白细胞介素-1β(IL-1β)等是天香丹治疗心肌缺血再灌注损伤的关键靶点。GO功能分析发现天香丹生物过程主要集中在RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、基因表达的正向调控、凋亡过程的负调控、对外源刺激的反应等多个方面;KEGG信号富集分析结果显示主要涉及血脂与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGERAGE信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡、IL-17信号通路、前列腺癌、HIF-1信号通路、cAMP信号通路、NF-κB信号通路、mTOR信号通路等。分子对接结果显示活性物质与靶点蛋白之间存在较强的结合力,其中槲皮素与TNF的结合力最强。结论天香丹治疗心肌缺血再灌注损伤具有多成分、多靶点、多通路相互协同的特点,为今后天香丹的临床应用提供了理论基础和参考。

关键词： 氧化应激   黄芪   家兔   网络药理学   分子对接  

摘要： 本研究基于网络药理学和分子对接技术探索黄芪对家兔抗氧化应激的物质基础及作用机制。通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)等数据库收集黄芪有效成分及相关靶点,结合疾病相关数据库挖掘氧化应激潜在靶点,采用靶点数据构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用Autodock软件将度值前3的核心靶点与相应成分进行分子对接,验证对接活性。结果表明,黄芪提高家兔抗氧化应激的主要活性成分共20个,对应470个潜在靶点,其中山奈酚、9,10-二甲氧基紫檀-3-O-β-D-葡萄糖苷、黄芪紫檀烷是黄芪抑制家兔氧化应激的关键成分。核心靶点共69个,筛选度值前10的核心靶点为白蛋白(ALB)、表皮生长因子受体(EGFR)、胰岛素(INS)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体1(ESR1)、原癌基因(JUN)、原癌酪氨酸蛋白激酶(SRC)、细胞周期素D2(CCND2)、细胞周期蛋白依赖激酶4(CDK4)和细胞周期蛋白依赖激酶2(CDK2)。GO功能和KEGG通路富集分析显示,靶点作用包含生物过程62条、细胞组分15条和分子功能39条,参与癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、病毒致癌通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等代谢通路。分子对接结果显示,核心靶点与相应黄芪成分的结合能均小于0 kJ/mol,表明黄芪与核心靶点自发结合。综上所述,本研究筛选了黄芪提高家兔抗氧化应激能力的主要成分及作用靶点,并探究其分子调控机制,为黄芪作为抗氧化功能饲料添加剂的应用提供了参考依据。

关键词： 溃愈灵膏   糖尿病足   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨溃愈灵膏治疗糖尿病足的可能作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)数据库获取溃愈灵膏药物活性成分和作用靶点,通过人类基因数据库(Gene Cards)和人类孟德尔遗传数据在线系统(OMIM)数据库收集糖尿病足的疾病相关靶点,将药物活性成分作用靶点与疾病相关靶点相映射,获得的交集靶点即为溃愈灵膏治疗糖尿病足的潜在作用靶点。使用Cyto Scape 3.8.0软件进行“活性成分-交集靶点”网络构建,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,分析后筛选出核心靶点,利用R 4.2.1软件对交集靶点进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析。结果:筛选得到99个活性成分及364个潜在作用靶点;获得槲皮素、山达海松酸、异海松酸、积雪草酸、山柰酚等核心活性成分;丝裂原活化蛋白激酶1(Mitogen-Activated Protein Kinases 1,MAPK1)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)等核心靶点;共筛选得到信号通路170条,获得磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol3-kinases,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、MAPK信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End Product Receptor,RAGE)信号通路等关键通路。结论:溃愈灵膏可能通过槲皮素、山达海松酸、异海松酸等活性成分,作用于MAPK1、AKT1、EGFR、ESR1等潜在核心靶点,调控PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路等关键通路治疗糖尿病足。

关键词： 生物类似药   药物经济学   消化系统疾病   免疫系统疾病   原研药   单克隆抗体   治疗学   恶性肿瘤  

摘要： “生物类似药研发与临床个体化使用最新进展”专栏,生物类似药是指在质量、安全性和有效性方面与已获注册的原研药具有相似性的治疗用生物制品。目前,生物类似药的研发呈飞速发展的态势,全球在研或已上市生物类似药数量近千,其中,单克隆抗体约占50%。与原研药(参照药)相比,生物类似药因其药物经济学优势受到广泛关注。作为原研药的有效替代品,生物类似药为恶性肿瘤、免疫系统疾病、内分泌与代谢疾病、消化系统疾病等临床治疗提供了新的选择,有助于改善医疗可及性与连续性,降低患者个人治疗费用与医保支出。

关键词： 复方龙血竭胶囊   心绞痛   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的采用网络药理学研究复方龙血竭胶囊治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库并结合国内外文献调研获取复方龙血竭胶囊组成药材龙血竭、三七、冰片的主要化学成分。通过DrugBank、SwissTargetPrediction数据库获取复方龙血竭胶囊化学成分的作用靶点。利用GeneCards、OMIM和TTD数据库检索“angina pectoris”相关靶点,得到复方龙血竭胶囊和心绞痛交集靶点。应用STRING数据库Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白相互作用(PPI)网络及“复方龙血竭胶囊-活性成分-关键作用靶点”网络,并对该网络进行拓扑学分析。利用R软件对复方龙血竭胶囊的交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果复方龙血竭胶囊包含活性成分107个,对应靶标568个,其中与心绞痛相关的共同靶标基因有50个;涉及1033个生物过程,62个分子功能,39个细胞组成,13条信号通路。结论复方龙血竭胶囊可通过IL6、TNF、VEGFA、NOS3等多靶点,调节低氧诱导因子1(HIF-1)、NF-κB信号通路、MAPK信号通路、PI3K/AKT信号通路、钙信号通路等多途径发挥治疗心绞痛的作用。

关键词： 冠心病   焦虑   抑郁   双心疾病   参七解郁方   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学与分子对接法研究参七解郁方治疗双心疾病的潜在有效成分和作用通路。方法通过中药系统药理学数据库分析平台TCMSP和TCMID数据库查找该方所用药物的活性成分以及作用靶标,在Gene Cards数据库下载双心疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建参七解郁方与双心疾病共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI);绘制“活性成分-靶点-通路”网络图;采用Auto Dock Tools工具进一步对接药物活性成分及可能作用的靶点。结果参七解郁方有89个主要活性成分,56个主要靶点,与30个信号通路有关。将度值大于5的前7个活性成分的分子配体与前5个靶点进行分子对接,结果显示活性成分与靶点分子对接能力均较好。结论参七解郁方通过多成分、多靶点、多通路参与双心疾病的治疗。

关键词： 慢性乙型肝炎   五灵胶囊   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学方法和分子对接技术探究五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库检索五灵胶囊的活性成分及作用靶点;通过OMIM和GeneCards数据库获取慢性乙型肝炎的相关靶点。筛选出药物与疾病的交集靶点,通过Cytoscape 3.7.2和STRING数据库分别构建“药物-活性成分-靶点”及蛋白相互作用网络并筛选出关键活性成分与核心靶点。运用DAVID数据库进行基因本体论功能富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(KEGG),利用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果共获得五灵胶囊活性成分102个,药物与疾病的交集靶点133个。其中,五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的关键活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚、丹参酮ⅡA、异鼠李素等;核心靶点为胱天蛋白酶3(CASP3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、TP53、白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子(EGF)等。GO富集分析涉及433个生物学过程,40个细胞组分,80个分子功能。KEGG富集分析涉及白细胞介素-17(IL-17)信号通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物-晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等145条信号通路。分子对接显示关键活性成分与核心靶点之间有良好的结合活性。结论五灵胶囊可以通过多成分、多靶点、多途径发挥对慢性乙型肝炎的治疗作用,相关结果为后续研究和临床应用提供依据。

关键词： 网络药理学   分子对接   动物实验   酒精性肝病   党参-茯苓   细胞自噬  

摘要： 目的研究党参-茯苓治疗酒精性肝病的潜在机制。方法利用TCMSP、Swiss Target Prediction获得党参茯苓有效成分及作用靶点;OMMI、DisGeNET、GeneCards数据库获取酒精性肝病(alcoholic liver disease,ALD)疾病靶点;STRING数据库构建PPI网络;使用Bioconductor软件进行GO、KEGG通路富集分析。Cytoscape3.7.1软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络,筛选关键靶点进行分子对接;通过实验验证党参茯苓对ALD大鼠的作用。结果剔除重复的靶点,获得36个化学成分和529个潜在作用靶点。GO富集分析,得到了生物过程2245条、细胞组成74条和分子功能相关125个。KEGG富集分析涉及了159个信号通路,其中包括PI3K-Akt、MAPK和AGE-RAGE信号通路。分子对接结果显示,AKT1、MMP9等靶点可能是党参-茯苓治疗ALD的关键靶点。实验表明,党参-茯苓能改善ALD大鼠肝细胞炎症水平,降低ALD大鼠TC、TG、AST、ALT、GGT水平,PCR检测得出党参-茯苓可降低PI3K、AKT表达,电镜结果显示党参-茯苓影响细胞自噬,促进自噬溶酶体生成。结论初步揭示党参-茯苓可能是通过影响AKT、TNF和MAPK的表达,减轻炎性细胞浸润,推测党参-茯苓可能通过PI3K-Akt信号通路影响自噬,从而治疗ALD,并通过PCR检测初步验证,为深入探索党参-茯苓药对治疗ALD提供依据。

关键词： 网络药理学   苓桂术甘汤   慢性心力衰竭   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学方法筛选苓桂术甘汤的活性成分及核心靶标,进一步探讨其防治慢性心力衰竭(Chronic Heart Failure,CHF)潜在分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苓桂术甘汤的活性成分,并预测活性成分作用靶点,采用GeneCards数据库筛选CHF的疾病靶点,运用R语言软件筛选药物与疾病的共同靶点,应用Cytoscape3.7.2软件构建药物活性成分-疾病靶点相互作用网络,应用STRING 11.0构建共同靶点蛋白质相互作用网络,并用Cytoscape3.7.2对蛋白质-蛋白质相互作用网络进行拓扑分析,R语言软件对共同靶点进行基因本体论富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时应用Cytoscape 3.7.2软件构建KEGG通路与富集蛋白的相互作用关系网络。结果:获得苓桂术甘汤有效生物活性成分95个,与CHF相关的靶点有72个,这些靶点主要涉及对营养水平的反应、对脂多糖的反应、循环系统中的血管过程、对活性氧的反应等生物学过程,并主要富集在糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子等信号通路上,富集核心靶点蛋白主要有丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)1、MAPK14、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、基质金属蛋白酶9、血管内皮生长因子A等。结论:苓桂术甘汤防治CHF具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,并推测了其治疗CHF的潜在作用机制,为进一步研究其治疗CHF的药效物质基础提供一定的理论依据。

关键词： 中国药理学会   弋矶山医院   皖南医学院   定量药理学   治疗学   中国临床药理学   特聘教授  

摘要： 《中国临床药理学与治疗学》是由中国科学技术协会主管、中国药理学会主办、皖南医学院弋矶山医院承办的国家级学术性月刊(ISSN 1009-2501,CN 34-1026/R),创刊于1996年6月,创刊人是全国著名定量药理学家孙瑞元教授,现任主编为国家杰出青年基金获得者复旦大学特聘教授黄志力。