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关键词： 半枝莲   白花蛇舌草   银屑病   网络药理学  

摘要： 目的:通过网络药理学探究半枝莲-白花蛇舌草对银屑病产生治疗作用的活性成分、作用靶点、相关通路等作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对半枝莲-白花蛇舌草进行检索,得到活性化合物及对应靶点,通过UniProt转换为对应基因名,通过GeneCards和TTD这两个数据库整合去重得到最终的银屑病疾病靶点。用Cytoscape 3.9.1构建“半枝莲-白花蛇舌草-活性成分-作用靶点”网络图,通过Venny 2.1.0得到半枝莲-白花蛇舌草与银屑病的交集靶点。通过STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,从DAVID数据库中得到基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析结果。利用AutoDock 1.5.6软件进行分子对接分析。结果:本研究得到半枝莲-白花蛇舌草主要通过槲皮素、木犀草素等重要活性成分作用于苏氨酸/丝氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、血管内皮生长因子(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)等关键靶点发挥治疗银屑病的作用。参与银屑病治疗的通路主要包括癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路等156条KEGG通路。分子对接结果表明主要活性成分与核心靶点蛋白有良好的结合活性。结论:半枝莲-白花蛇舌草可通过多个成分、靶点及通路达到治疗银屑病的目的,其作用机制与抑制炎症反应等方面有关。

关键词： 网络药理学   健脾温阳方   原发性早泄   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学分析健脾温阳方治疗原发性早泄(PPE)的潜在作用机制。方法使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)平台采集健脾温阳方中所有药物的化学活性成分,包括对应的主要目标靶点;使用在Genecards数据库、Drugbank数据库采集PPE的有关作用目标靶点;将有效成分靶点和病痛靶点取交集,获取和有效成分和病痛相联系的交集靶点,绘制韦恩图;使用Cytoscape软件将交集最终结果绘图设计成“活性成分-靶点”网络分布图;使用STRING数据库绘制蛋白质相互作用(PPI)网络分布图;使用注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)展开基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)研究分析。结果网络药理学结果显示,健脾温阳方治疗PPE的关键化学成分为槲皮素,靶点基因为Jun、MAPK3、MAPK1、ESR1、FOS等,关键通路是PI3KAkt信号通路和cAMP信号通路。结论利用网络药理学方法探究健脾温阳方在PPE治疗过程中的主要作用机制和共同作用靶点等,为揭示其化学活性有效成分提供了理论参考依据。

关键词： 草苁蓉   抗衰老   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 通过网络药理学和分子对接探讨草苁蓉抗衰老的活性成分、关键靶点及潜在分子机制,为草苁蓉抗衰老的开发提供依据.使用TCMSP和HERB数据库获得草苁蓉的活性成分和靶点;通过OMIM、GeneCards、DisGeNET数据库获取与衰老相关靶点;运用Venny 2.1.0平台获得交集靶点;采用STRING平台和Cytoscape 3.9.1软件制作PPI网络;运用DAVID数据库和微生信在线平台对交集靶点进行GO和KEGG分析;运用Openbabel、Autodock、PyMOL等软件,PLIP等平台进行分子对接验证和可视化处理.从草苁蓉中筛选得到活性成分30个,成分靶点436个,与衰老相关靶点1814个;成分-疾病交集靶点共215个.GO和KEGG分析发现,草苁蓉的抗衰老作用涉及了对细胞凋亡的负反馈、对药物的反应等多个生物学过程,交集靶点主要富集在癌症、PI3K-AKT信号传导、MAPK信号传导等20条核心通路上;分子对接结果表明,草苁蓉中的齐墩果酸、3-表齐墩果酸和草苁蓉纳拉苷与关键靶点GAPDH、AKT1、IL6具有良好的结合潜能.草苁蓉通过齐墩果酸、3-表齐墩果酸和草苁蓉纳拉苷等成分,作用于GAPDH、AKT1、IL6等关键靶点,参与PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等多种途径,发挥RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性,细胞凋亡的负反馈,对药物的反应等作用,从而发挥抗衰老的作用.

关键词： 参芪扶正注射液   COPD   网络药理学   分子对接  

摘要： 参芪扶正注射液(SFI)是一种由黄芪(黄芪,HQ)和党参(党参,DS)组成的传统中药注射液,我们通过网络药理学和分子对接分析研究了SFI治疗慢性阻塞性肺病(COPD)的潜在机制和分子靶点。首先,我们在多个数据库中检索和筛选了SFI的潜在生物活性化合物和相应的COPD相关靶基因。随后,使用Cytoscape 3.9.1和STRING分析并构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,以获得关键靶基因。随后,为了确定与SFI相关的潜在信号通路,研究人员进行了GO和KEGG富集研究,并进行了分子对接分析以验证结果。通过网络药理学分析,共获得65种活性成分(DS35种,HQ 30种)和233个关键靶点。其中,前五大生物活性成分(槲皮素、芹菜素、大豆异黄酮、山柰酚和木犀草素)和前五大靶点(TP53、AKT1、EP300、MAPK1和JUN)在分子对接分析中表现出良好的亲和力和稳定的结合力,结合能≤–5.0kcal/mol。这些研究结果表明,SFI可通过多种化合物和多种途径对慢性阻塞性肺病发挥治疗作用。此外,本研究还为SFI作为慢性阻塞性肺疾病的辅助治疗药物进一步应用于临床提供了药理学依据和参考。

关键词： 辛夷散   经典名方   网络药理学   分子对接   过敏性鼻炎  

摘要： 目的利用网络药理学和分子对接技术研究古代经典名方辛夷散用于过敏性鼻炎防治的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库检索经典名方辛夷散的活性成分并确定作用靶点,通过GeneCards Database、Online Mendelian Inheritance in Man数据库查询与过敏性鼻炎有关的分子靶点,获取两个数据库交集靶点基因。通过Search tool for the retrival of interacting genes/proteins数据库构建上述交集靶点的蛋白质相互作用网络,并导入Cytoscape 3.7.1软件中将分析结果可视化,进一步根据拓扑学数据筛选关键靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。运用AutoDockTools1.5.6软件将活性化合物与核心靶点蛋白进行分子对接。结果筛选得到辛夷散活性化合物184个,相关靶点224个,辛夷散与过敏性鼻炎共同的靶点104个。利用拓扑学筛选得到17个关键靶点,主要包括IL-6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA等。GO功能富集分析表明辛夷散治疗过敏性鼻炎可能涉及脂多糖的反应、细胞对有机环状化合物反应、氧化应激反应等1780条生物过程。KEGG通路结果显示主要参与IL-17信号通路、HIF-1信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示方中主要活性成分山奈酚、维斯体素、柚皮素、β-谷甾醇、芒柄花黄素等与IL-6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA等均能实现自发结合。结论经典名方辛夷散可能通过多成分、多靶点及多种通路治疗过敏性鼻炎,为深入研究辛夷散的作用机制提供了理论参考。

关键词： 焦虑症   参芪五味子   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学和分子对接技术探索参芪五味子抗焦虑(AD)的作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选参芪五味子主要的活性成分,通过TCMSP数据库和SymMap数据库获取其活性成分对应的靶点,利用Cytoscape将药物-有效成分-靶点关系网络进行可视化展示。利用TTD、OMIM、NCBI、Drugbank、GeneCards数据库直接获取焦虑的潜在靶点。基于String数据库构建潜在靶点的相互作用图,利用Cytoscape工具得到关键的靶蛋白。基因本体(GO)富集分析和东京基因组百科全书(KEGG)信号通路分析获取参芪五味子抗焦虑的关键靶点及信号通路。利用AutodockTools软件对关键有效成分和关键靶点蛋白进行分子对接并计算得出其结合能,通过PyMol软件将分子对接结果进行可视化处理。结果参芪五味子中63个有效成分可通过69个靶点作用于焦虑症。其中以槲皮素、木犀草素、豆甾醇为主要的药物活性成分,丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)蛋白和白介素-6(IL-6)蛋白为关键靶蛋白。分子对接技术验证了这些关键活性成分和关键靶蛋白之间具有良好的结合能力。参芪五味子主要通过调节Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、癌症通路等发挥治疗焦虑症的作用。结论参芪五味子可能是通过调节AKT1、IL-6等相关靶点,调控炎性反应、细胞凋亡等过程,发挥抗焦虑的作用。

关键词： 小儿止哮平喘颗粒   网络药理学   儿童哮喘   PI3K-Akt信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学及动物实验验证探究小儿止哮平喘颗粒治疗儿童哮喘的潜在作用机制。方法检索TCMSP、BATMAN-TCM、UniProt数据库并筛选小儿止哮平喘颗粒的药物活性成分及其相关靶点,利用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库筛选儿童哮喘疾病靶点,将二者交集靶点通过STRING数据库获取靶点蛋白相互作用(PPI)关系,并导入Cytoscape3.8.0软件构建PPI网络,通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,得出潜在作用通路。制备卵清蛋白致敏幼龄小鼠哮喘模型,予不同浓度小儿止哮平喘颗粒进行干预,通过HE染色和PAS染色评估组织病理学改变,通过Western blot验证网络药理学预测结果。结果筛选得到小儿止哮平喘颗粒活性成分154种,涉及儿童哮喘作用靶点283个。KEGG通路富集分析显示,交集靶点富集度高的信号通路有PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等。活性成分-靶点-信号通路网络拓扑分析获得13个关键靶点。动物实验表明,小儿止哮平喘颗粒可明显改善卵清蛋白诱导的气道炎症和杯状细胞增生,并显著下调PI3K-Akt信号通路关键蛋白表达(P<0.05)。结论小儿止哮平喘颗粒治疗儿童哮喘通过多途径、多靶点发挥临床效用,其中PI3K-Akt信号通路可能是关键分子机制。

关键词： 网络药理学   分子对接   咳嗽变异性哮喘   麻干平喘制剂  

摘要： 目的利用网络药理学和分子对接技术探究麻干平喘制剂治疗咳嗽变异性哮喘的有效成分及其作用机制。方法在TCMSP、Herb数据库中查询麻干平喘制剂中各组成药物的活性成分,在GeneCards、OMIM数据库中对咳嗽变异性哮喘的疾病靶点进行搜索,筛选疾病与药物共同的靶点;使用Cytoscape软件绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络,String数据库构建疾病-药物互作蛋白网络图;运用R语言和Perl计算机程序语言实现GO以及KEGG富集分析,并对关键靶点进行分子对接验证。结果得到药物靶点124个,疾病靶点3383个,筛选出麻干平喘制剂治疗咳嗽变异性哮喘的有效靶点80个;由PPI分析得出作用力最强的蛋白包括AKT1、CASP3、JUN、ESR1等;有效的疗效机制可能与TNF信号通路、IL-17信号通路、Th1和Th2细胞分化、PI3K-Akt信号通路等通路有关。分子对接显示:核心化合物槲皮素、甘草查尔酮A、山柰酚、芒柄花黄素与PPARG、AKT1、JUN、CASP3、STAT3有良好的结合活性。结论麻干平喘制剂可通过多靶点、多途径发挥治疗咳嗽变异性哮喘的疗效作用,为麻干平喘制剂的临床开发以及应用提供了有力的理论依据。

关键词： 三草保肝汤   肝癌   网络药理   分子对接   AKT1   MAPK3  

摘要： 利用网络药理学和分子对接技术,研究三草保肝汤(SancaoBaogan decoction,SBD)治疗肝癌的物质基础及其可能的作用机制.利用TCMSP数据库获取SBD的药材成分信息;利用TCMSP、Swiss target prediction、GeneCards、OMIM数据库得到药物和肝癌靶点;R语言统计得到SBD和肝癌靶点的交集,交集导入STRING平台绘制PPI网络,筛选核心靶点;利用Cytoscape构建“三草保肝汤⁃活性成分⁃潜在靶点”和“关键靶点⁃活性成分”互作网络,筛选主要成分;利用Metascape数据库对共有靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;分子对接验证活性成分与靶点.Wersternblot实验验证三草保肝汤作用肝癌细胞的核心靶点.结果发现,SBD 4种主要活性成分为木犀草素、鞣花酸、山奈酚和槲皮素;SBD可通过多成分、多靶点、多通路发挥抗肝癌作用,其中,AKT1、MAPK3是抑制肝癌的重要靶点.

关键词： 网络药理学   分子对接   小柴胡汤   当归芍药散   桥本甲状腺炎  

摘要： 目的采用网络药理学和分子对接技术探讨小柴胡汤合当归芍药散治疗桥本甲状腺炎(Hashimoto’s thyroiditis,HT)的作用机制。方法通过中药系统药理学、TCMSP数据库筛选复方中13味中药主要活性成分及作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库筛选HT靶点;通过Cytoscape 3.9.1构建中药-成分-靶点网络图及蛋白互作网络图,筛选关键靶点;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体论、京都基因与基因组百科全书通路分析;通过AutoDock Vina进行分子对接,初步筛选并进一步验证复方核心化学成分。结果共获得复方中活性成分190个,主要包括槲皮素、木犀草素及山柰酚等;成分靶点292个,疾病靶点2132个,交集靶点171个,主要关键靶点为肿瘤蛋白p53、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)3及蛋白激酶B等;本复方可能通过调节MAPK、白介素-17以及肿瘤坏死因子等信号通路对HT发挥治疗作用。结论小柴胡汤合当归芍药散的复方核心成分可能为槲皮素、木犀草素、山柰酚及汉黄芩素,可能通过调节肿瘤相关信号通路对HT发挥治疗作用。