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关键词： 苦苣菜   急性肝损伤   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的 基于网络药理学及多种中药、基因数据库综合分析苦苣菜治疗急性肝损伤的作用机制。方法 通过超高效液相色谱-质谱数据、TCMSP及HERB获取苦苣菜主要活性成分,借助Swiss Target Prediction获取活性成分潜在靶点;使用Cytoscape3.9.1构建苦苣菜活性成分-靶点网络;通过Genecard、OMIM获取急性肝损伤靶点;利用微生信平台获取药物与疾病共同靶点并制作Venn图;运用STRING构建PPI网络并筛选核心靶点;利用DAVID进行GO、KEGG富集分析,利用微生信平台、Adobe Illustrator 2022对结果可视化分析。结果 从苦苣菜中筛选出21种活性成分,其相关靶点与急性肝损伤靶点相交集85个靶点,最终获得22个关键靶点;主要富集于338条生物学过程、51条细胞组成、103条分子功能,调控131条急性肝损伤相关信号通路。结论 苦苣菜可能通过TNF、TP53等关键靶点调控癌症等信号通路,为研究苦苣菜治疗急性肝损伤及后续新药研发提供依据。

关键词： 图数据模型   机器学习   网络药理学   腰椎间盘突出症   中医药  

摘要： 目的挖掘治疗腰椎间盘突出症常用中药,并探讨这些药物的作用机制,为新药开发和临床治疗腰椎间盘突出症提供指导。方法基于课题收集的名老中医治疗腰椎间盘突出症的临床病例,以Python语言调用相关包将机器学习算法模型的结果构建药物网络图;基于图数据模型在药物网络图上进行药物重要性判定,然后使用TCMSP与BATMAN数据库获取重要药物信息,使用DisGeNET、GeneCards与OMIM获取疾病信息,并对交集靶点进行后续研究。使用STRING、GO与KEGG数据库进行蛋白互作分析与富集分析,以了解其潜在治疗机制。结果本研究纳入476例符合要求的病例,共得到高频药物40味,高频药对81对。基于高频药对构建药物网络图,进行步长为7的无回退随机游走,共获得42503924条路径图。以每味药物作为起点,从所有路径中寻找基于每个起点的最短路径,共获得86条最短路径图,并基于最短路径图获得常用药物9个;根据网络药理学预测出常用药物活性成分共258个,与疾病的交集靶点基因共58个,GO分析共获得2324个条目,KEGG通路研究共获得144条具有统计学意义的相关途径。结论名老中医治疗腰椎间盘突出症主要从补肝益肾、祛风除湿、活血化瘀三方面组方,具有多方位、多靶点的特点。根据网络药理学预测结果,常用药物治疗腰椎间盘突出症的主要机制为炎症相关机制与脂质代谢相关机制。

关键词： 慢性心力衰竭   桂枝汤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:使用网络药理学和分子对接技术研究探究桂枝汤对慢性心力衰竭的治疗机制。方法:通过BATMAN-TCM数据库筛选桂枝汤的主要有效成分和相应的靶点,利用GeneCards和DisGENET数据库确定慢性心力衰竭相关的靶基因。使用Venny平台进行中药和疾病的共同基因筛选。借助Cytoscape 3.7.2软件进行可视化处理并建立“疾病-药物-成分-靶点网络”关系图谱,以确定其中核心有效成分。运用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图谱,挑选其核心靶点。运用DAVID数据库,进行基因本体(GO)功能分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,利用Autodock软件进行核心成分和靶点的分子对接。结果:筛选出215个桂枝汤相关有效成分,共有1873个非重复的药物靶点。同时,确定了2426个与慢性心力衰竭相关的疾病靶点,其中599个为“中药-疾病”交集基因。在“中药-疾病-有效成分-靶点”网络图中,核心有效成分包括姜酮、菖蒲酮、桦木醇、鬼伞素和壬酸。PPI网络分析得出核心靶点为AKT1、INS、IL-6、TNF和TP53。GO富集分析表明桂枝汤可能通过调节肌肉系统过程、血液循环和药物反应等途径治疗慢性心力衰竭。KEGG富集分析结果提示桂枝汤的治疗有效性可能与HIF-1信号通路、cAMP信号通路、FoxO信号通路和钙信号通路等相关。分子对接结果显示,结合能绝对值排名前三的成分分别为:桦木醇和AKT1(-5.7kcal/mol)、姜酮和IL-6(-5.5kcal/mol)、桦木醇和IL-6(-5.4kcal/mol)。结论:桂枝汤的作用机制可能涉及姜酮、桦木醇、菖蒲酮、壬酸、鬼伞素等有效成分,这些成分可能通过调节HIF-1信号通路、FoxO信号通路、cAMP信号通路、钙信号通路等多条信号通路,从而影响AKT1、IL6等相关靶点,以治疗慢性心力衰竭。

关键词： 姜黄素   小檗碱   药物性肝损伤   网络药理学   对乙酰氨基酚  

摘要： 目的将体内实验与网络药理学相结合,初步探讨姜黄素(curcumin,CUR)联合小檗碱(berberine,BBR)改善药物性肝损伤(drug-induced liver injury,DILI)的潜在作用机制。方法建立对乙酰氨基酚(acetaminophen,APAP)诱导DILI动物模型,检测小鼠血清丙氨酸转氨酶(alanine aminotransferase,ALT)与天冬氨酸转氨酶(aspartate aminotransferase,AST)水平。应用网络药理学方法搜集CUR、BBR、DILI相关靶点,通过韦恩映射筛选交集靶点,构建CUR-BBR-DILI蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interactions,PPI)网络,进而进行基因本体(gene ontology,GO)功能与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果体内实验结果显示CUR联合BBR可显著减少小鼠血清ALT与AST水平,优于单独给药;网络药理学实验结果显示PharmMapper数据库共搜集到CUR相关靶点291个、BBR相关靶点208个;Genecards数据库共搜集到DILI相关靶点904个;Venny2.1.0数据库共筛选出77个交集靶点;GO与KEGG分析分别得到52条基因功能和20条信号通路,可能与两药合用改善DILI有关;PPI网络中度值排名前10的核心靶点有9个富集在PI3K/AKT信号通路,依次为SRC、EGFR、HSP90AA1、IGF1、HRAS、MAPK14、ESR1、CASP3、PTK2。结论CUR联合BBR可能通过多靶点和多途径的方式协同改善DILI,为阐明两药合用抗DILI的作用机制研究提供理论依据。

关键词： 瓜蒌薤白半夏汤   心绞痛   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学及分子对接技术探索瓜蒌薤白半夏汤治疗心绞痛的作用机制。方法:使用TCMSP数据库收集瓜蒌薤白半夏汤的有效成分,通过Uniprot数据库匹配有效成分的基因名称。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库以及DisGeNET数据库中获取疾病相关靶点,绘制韦恩图,找到药物和疾病的共有靶点。在Cytoscape 3.7.1中构建“药物-有效成分-靶点网络”。使用STRING数据库对共有靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析。通过Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。分子对接所需的配体与受体文件从PubMed数据库和PDB数据库下载,借助CB-DOCK进行分子对接验证。结果:瓜蒌薤白半夏汤治疗心绞痛的有效成分可能为黄芩素、柚皮素和槲皮素,涉及的核心靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、白细胞介素-6 (Interleukin-6,IL-6),主要涉及的信号通路有癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路等。分子对接结果显示各成分与靶点的对接结果良好。结论:本研究通过网络药理学与分子对接技术初步揭示了瓜蒌薤白半夏汤治疗心绞痛的潜在化合物与作用机制,为进一步探索治疗心绞痛的潜在药物提供了新思路。

关键词： 中药   补骨脂   药理作用   研究进展  

摘要： 补骨脂Psoralea corilyfolia L.是一种常用的重要中药材,主要治疗骨质疏松症,是诸多中医的处方成分。根据现代药理学研究,补骨脂中分离鉴定出30余种化学成分,如香豆素类、黄酮类、单萜酚类、苯并呋喃类等,共同实现补骨脂的作用发挥。大量的体内及体外实验研究表明补骨脂具有广泛的药理作用,包括抗菌、抗肿瘤、抗病毒、抗氧化、抗骨质疏松、增加皮肤色素及增强机体免疫功能等作用。补骨脂中有少部分的化学成分进行了检测,指明补骨脂的潜在药理活性和临床应用价值仍需继续研究。补骨脂还可通过影响肝再生、氧化应激、胆汁酸平衡和线粒体功能障碍等途径引起肝毒性,伴随补骨脂及其复方制剂用药过程中引起肝毒性的报道日益增多,补骨脂的肝毒性也受到广泛关注。查阅国内外相关文献,从补骨脂的药理作用和毒性着手,综述该中药的研究方向和应用前景,以期为资源综合利用和进一步研究提供理论指导。

关键词： 子宫平滑肌肉瘤   扶正祛瘀药对   网络药理学   细胞增殖   细胞凋亡  

摘要： 目的:运用网络药理学研究扶正祛瘀药对——黄芪-党参-三棱-莪术治疗子宫平滑肌肉瘤(uLMS)的作用机制,以期为uLMS的治疗和研究提供思路。方法:在TCMSP数据库中检索药物有效成分及作用靶点,基于GeneCards、OMIM、PharmGkb、DrugBank数据库收集疾病相关靶点,取两者靶点交集得到扶正祛瘀药对治疗uLMS的作用靶点。运用Cytoscape软件构建“化合物-靶点”网络,在STRING平台构建蛋白互作网络,并使用Cytoscape软件对蛋白互作网络进行拓扑分析得到核心基因。运用R语言对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件将核心基因与活性成分进行分子对接验证。采用CCK-8实验、TUNEL、流式细胞术以及实时荧光定量PCR实验,对网络药理学预测结果进行验证。结果:网络药理学筛选出扶正祛瘀药对治疗uLMS的有效成分35个,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等。作用于疾病的靶点为110个,拓扑分析得到12个核心基因,涉及TP53、AKT1、JUN、MYC等。GO富集分析共涉及生物过程2 162条,细胞组分42个,分子功能152条。KEGG富集分析筛选得到165条与u LMS相关通路。扶正祛瘀药对可能通过细胞凋亡、氧化反应、脂多糖应答等生物学过程治疗uLMS,涉及脂质与动脉粥样硬化、PI3K-AKT等信号通路。分子对接核心靶点与配体化合物能够展现出较好的亲和力。体外实验结果表明扶正祛瘀药对能降低uLMS细胞活力,促进uLMS细胞凋亡,抑制uLMS细胞中AKT1 mRNA、TP53 mRNA表达。结论:扶正祛瘀药对可以通过抑制uLMS细胞的活力、促进凋亡来发挥抗uLMS作用,其机制与TP53、AKT1等核心靶点有关。

关键词： 四君子汤   阿尔兹海默症   网络药理学   氧化应激  

摘要： 目的利用网络药理学和实验验证四君子汤治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索四君子汤的有效成分及相关靶点,采用DisGeNET和GeneCards数据库搜集AD靶点。采用String数据库建立其共有靶点蛋白互作(PPI)网络,并运用Cytoscape软件绘制“药物-活性成分-作用靶点-疾病”网络。采用DAVID对关键靶点进行基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)富集分析。取24只3月龄SPF级APP/PS1双转基因雄性小鼠随机分为模型组和低、高剂量四君子汤实验组,另取8只C57BL/6小鼠作为阴性对照组。低、高剂量实验组连续灌胃四个月。采用Morris水迷宫实验检测小鼠记忆能力和空间探索能力,采用相关试剂盒检测超氧化物歧化酶(SOD)、乙酰胆碱酯酶(AChE)、丙二醛(MDA)等氧化应激指标水平,电镜检测脑组织病理学变化。结果最终筛选出四君子汤128个有效成分,并得到与AD共有靶点49个,其中以AKT1、Caspase-3(Casp3)、TNF等为核心靶点,与PI3K-Akt信号通路密切相关。动物实验证实,动物实验可改善小鼠认知功能,病理结果显示四君子汤能减轻其中线粒体损伤,生化指标显示四君子汤可提高小鼠脑内AChE水平,降低SOD、MDA水平。结论四君子汤可以减轻APP/PS1引起的小鼠认知功能改变、脑内病理变化及生化指标的变化,为进一步阐释其物质基础和机制提供依据。

关键词： LC-MS   炙甘草汤   心律失常   离子通道   网络药理学  

摘要： 目的 采用液相色谱-质谱联用技术(LC-MS)鉴定炙甘草汤化学成分,并结合网络药理学分析探讨炙甘草汤抗快速性心律失常的作用机制.方法 应用LC-MS获取炙甘草汤化学成分,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissTargetPrediction、PubChem、PharmMapper等数据库及文献筛选有效成分并预测靶点,使用GeneCards、OMIM、PharmGKB等数据库获取成分靶点,取交集得到潜在治疗靶点,并通过String数据库、Cytoscape 3.7.1软件、Metascape数据库完成蛋白相互作用(PPI)网络绘制、KEGG通路富集分析及GO功能分析,并构建药物-活性成分-潜在靶点-疾病网络图等.结果 LC-MS共检测出601个成分,筛选后获得有效成分305个,得到潜在治疗靶点240个,进一步筛选出左旋千金藤啶碱、光甘草定等5个关键成分和17个关键靶点基因,KEGG富集分析结果显示信号通路主要涉及钙离子、cAMP、MAPK信号通路等.结论 炙甘草汤抗快速性心律失常具有多成分、多靶点、多通路的特点,通过干预调节离子通道、抗炎症反应及内皮损伤、抗氧化应激过程等多方面发挥作用.