课程文献中心 更多>>

关键词： 黄连上清丸   UPLC-Q Exactive Orbitrap-HRMS   网络药理学   抗炎   解热   莲心季铵碱   大黄素   氧化小檗碱  

摘要： 目的 基于超高效液相色谱串联四极杆静电场轨道阱质谱(UPLC-Q Exactive Orbitrap-HRMS)技术、网络药理学和分子对接探究黄连上清丸解热抗炎的活性成分及其作用机制。方法 根据质谱信息、对照品裂解规律及参考文献资料对黄连上清丸中的化学成分进行指认;利用SwissADME数据库筛选黄连上清丸中的成药性成分,PharmMapper数据库获取成药性成分相关作用靶点;利用Gene cards和Disgenet数据库筛选解热、炎症相关靶点;对得到的成分作用靶点与疾病相关靶点取交集,获得黄连上清丸发挥解热抗炎作用的潜在靶点,采用Cytoscape 3.10.1软件构建“成分-靶点-疾病-复方”网络,分析活性成分;将共有靶点导入STRING网站,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,分析关键靶点;通过微生信网站对关键靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;将活性成分与关键靶点进行分子对接验证;通过建立HPLC指纹图谱,控制黄连上清丸的质量。结果 从黄连上清丸中共鉴定144个化合物,其中黄酮类58个、生物碱类17个、环烯醚萜类7个、木脂素类4个、色原酮类8个、蒽醌类7个、香豆素类2个、皂苷类5个、有机酸类5个、酚酸类7个、苯丙素类9个、苯乙醇苷类4个、糖类2个、内酯类1个,以及其他类8个。黄连上清丸发挥解热抗炎作用的潜在作用靶点有218个,涉及2 036个生物过程、119个细胞组分、281个分子功能和155条信号通路。筛选得到莲心季铵碱、甘草宁G、大黄素、氧化小檗碱、甘草素、大黄素甲醚、花椒毒酚、粘毛黄芩素Ⅲ等12个潜在活性成分,胰岛素(INS)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、热休克蛋白HSP 90-α(HSP90AA1)、基质金属蛋白酶-9(MMP9)等10个关键靶蛋白,以及Ras信号通路、叉头框蛋白O信号通路、Rap1信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等信号通路。12个潜在活性成分与关键靶点有较强的结合活性。建立的指纹图谱可指认黄连上清丸中的8个活性成分。结论 黄连上清丸可能是通过莲心季铵碱、甘草宁G、大黄素、氧化小檗碱、甘草素、大黄素甲醚等活性成分,作用于INS、AKT1、EGFR、HSP90AA1、MMP9等关键靶点,通过Ras信号通路、叉头框蛋白O信号通路、Rap1信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等信号通路,发挥解热抗炎作用。

关键词： 雄黄   用药规律   数据挖掘   网络药理学   减毒机制  

摘要： 目的基于数据挖掘技术和网络药理学方法探索雄黄的配伍规律,总结分析其配伍减毒机制,为雄黄的安全应用提供参考。方法基于《中医方剂大辞典》检索含有雄黄的方剂,数据挖掘分析雄黄的配伍规律。采用网络药理学方法,分析高频药对配伍减毒机制。结果数据挖掘纳入标准的雄黄方剂共1288首,涉及药物939种。使用频次≥68的药物共有30味,其中出现频次较高的中药为朱砂、麝香、牛黄、甘草、全蝎、乳香、大黄等。雄黄肝肾毒性靶点主要为GSR、NOS2、NOS3、MAOA、MAOB等。甘草、人参、钩藤、大黄为雄黄高频配伍减毒药物,与雄黄肝肾毒性靶点取交集,筛选出甘草交集靶点14个,人参交集靶点35个,钩藤交集靶点24个,大黄交集靶点18个,涉及MAOA、MAOB、GSR、NOS1、TUBB等,关键信号通路主要包括一氧化氮代谢等过程。结论该研究阐明了雄黄的配伍规律和减毒机制,为雄黄的临床应用和配伍研究提供理论基础。

关键词： 巴芪灵猫方   网络药理学   分子对接   慢性乙型肝炎   作用机制  

摘要： 目的:利用网络药理学结合实验验证探究巴芪灵猫方治疗慢性乙型肝炎(CHB)的关键靶点及分子作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、SwissTargetPrediction、PharmMapper数据库查找并补充巴芪灵猫方的作用靶点;运用OMIM、Drugbank、DisgenNet、Genecards、TTD数据库搜索CHB的疾病靶点。将巴芪灵猫方的药物靶点和CHB的疾病靶点取交集,得到280个疾病治疗的潜在靶点并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,找到药物发挥作用的潜在通路。通过STRING数据库找出靶点之间的相互作用并使用CytoHubba计算出平均度(degree)排名前6的核心靶点。使用CytoNCA按照中介中心性(BC)、接近中心性(CC)、度中心性(DC)、特征向量中心性(EC)、网络中心性(NC)、局部边连通性(LAC)筛选出30个核心靶点后,使之与相应的单体相互作用,找出degree排名前6的有效单体化合物。并使用AutoDock Vina软件对核心靶点和有效单体进行分子对接。在HepG2.2.15细胞系上研究巴芪灵猫方药物血清提取物对e抗原(HBeAg)、乙肝表面抗原(HBsAg)和乙型肝炎病毒(HBV)DNA的抑制率,并通过Western blot检测核心靶点和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路活化水平。结果:TCMSP、SwissTargetPrediction、PharmMapper数据库中得到710个作用靶点,OMIM、Drugbank、DisgenNet、Genecards、TTD数据库中得到2228个CHB相关靶点,二者取交集后共得到280个交集靶点,degree前6的核心靶点为磷脂酰肌醇3激酶调控亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚单位α(PIK3CA)、生长因子受体结合蛋白2(GRB2)、酪氨酸蛋白磷酸酶非受体11型(PTPN11)、表皮生长因子受体(EGFR)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC),重要单体化合物为芒柄花黄素、β-谷甾醇、槲皮素、异鼠李素、山柰酚、木犀草素。分子对接结果显示,单体与核心靶点均有较强的相互作用。体外实验验证巴芪灵猫方对HBeAg、HBsAg和HBV DNA具有抑制作用;Western blot结果表明巴芪灵猫方能显著下调细胞p-PI3K、p-Akt的蛋白水平,而PI3K、Akt蛋白表达量无明显变化。结论:巴芪灵猫方具有抗HBV的作用,而且可能通过调控PI3K-Akt信号通路发挥抗HBV的作用。

关键词： 蒙药   梅花草   肝损伤   网络药理   分子对接  

摘要： 目的:应用网络药理学和分子对接技术探究蒙药梅花草治疗肝损伤的作用机制,为梅花草的进一步研究与应用提供参考依据。方法:基于TCMSP和Swiss Target Prediction数据库筛选蒙药梅花草的活性成分及靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查找肝损伤的相关靶点,再将梅花草活性成分靶点与疾病靶点映射,采用Cytoscape 3.8.0绘制PPI网络构建图,并进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,进一步构建活性成分-靶点-信号通路网路图,最后运用AutoDock软件将蒙药梅花草主要活性成分与肝损伤核心靶点进行分子对接。结果:通过筛选得到梅花草活性成分28个;药物与疾病共同作用靶点751个;蛋白互作用网络中核心靶点为TP53(肿瘤蛋白P53)、SRC(酪氨酸蛋白激酶)、HSP90AA1(蛋白质编码基因)、AKT1(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶)、MAPK3(丝裂原活化蛋白激酶3)、STAT3(信号转导子和转录激活子3)、CTNNB1(β-连环蛋白)、MAPK1(丝裂原激活的蛋白激酶1)、EGFR(人表皮生长因子受体)、EP300(E1A结合蛋白P300)等。分子对接结合能均<-7kcal/mol,表明药物活性成分与靶点蛋白对接效果良好,与网络药理预测结果相符。结论:蒙药梅花草以多成分、多靶点、多通路的复杂形式发挥治疗肝损伤的作用,TP53、AKT1、MAPK1、MAPK3等可能参与其中。

关键词： 麝香通心滴丸   超高效液相色谱   质量一致性评价   指纹图谱   网络药理学  

摘要： 目的基于指纹图谱及网络药理学,开展质控成分及其功能关联分析的麝香通心滴丸质量一致性评价研究。方法采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)联用法及对照品比对鉴定麝香通心滴丸的药效成分,并通过超高效液相色谱建立指纹图谱,开展各批样品一致性及差异分析。采用网络药理学方法探讨麝香通心滴丸的药效成分治疗冠心病的作用机制。结果鉴定出麝香通心滴丸的组分有原儿茶醛、丹酚酸B、丹酚酸A、蟾毒它灵、蟾毒灵、酯蟾毒配基、华蟾酥毒基、人参皂苷Re、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rd,建立了超高效液相色谱指纹图谱。聚类分析及主成分分析结果显示,10批样品可聚分为两类,即保质期以内的S1、S2、S3、S4四批样品聚分为一类,其余在保质期以外的样品聚为一类,两类样品共有峰含量差异较大。正交偏最小二乘判别分析结果显示,丹酚酸B、原儿茶醛、蟾毒它灵、蟾毒灵是引起组间差异的主要成分。网络药理学结果显示,蟾毒它灵、蟾毒灵、华蟾酥毒基、酯蟾毒配基、丹酚酸A、丹酚酸B、人参皂苷Re、人参皂苷Rg1及人参皂苷Rd为麝香通心滴丸治疗冠心病的重要成分,其作用机制与酪氨酸激酶受体(ErbB)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、叉头框蛋白O(FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路等有关。结论UPLC-Q-TOF-MS/MS技术能对麝香通心滴丸进行化学成分分析及质量控制,可为麝香通心滴丸质量一致性评价及质量监管的重点关注指标选择提供依据。蟾毒它灵、蟾毒灵、华蟾酥毒基、酯蟾毒配基、丹酚酸A、丹酚酸B、人参皂苷Re、人参皂苷Rg1及人参皂苷Rd为麝香通心滴丸质控及功效成分,其能通过ErbB、VEGF、FoxO、PI3K/Akt等信号通路发挥治疗冠心病的作用。

关键词： 网络药理学   姜黄素   非小细胞肺癌   分子对接   细胞增殖   细胞凋亡  

摘要： 目的利用网络药理学、分子对接技术探究姜黄素在非小细胞肺癌治疗中的潜在作用机制,并进行体外实验验证。方法利用PubChem和Swiss Target Prediction数据库筛选姜黄素的药物靶点;在GeneCards数据库中获得非小细胞肺癌的疾病靶点。利用韦恩在线分析软件获得药物和疾病的交集基因,通过STRING网站和Cytoscape软件将交集基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析,根据节点的度值筛选核心靶点。运用DAVID数据库对潜在作用靶点进行了基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。通过AutoDock等软件将姜黄素和核心靶点进行分子对接,并通过Pymol软件对结果进行可视化分析。体外培养非小细胞肺癌A549细胞,将不同浓度(0、20、40μmol·L^(-1))的姜黄素作用于A549细胞,通过MTT实验、克隆形成实验、划痕、Transwell实验和DAPI染色实验检测姜黄素对非小细胞肺癌A549细胞增殖、迁移和凋亡的影响,通过Western blotting法检测姜黄素对核心靶点丝氨酸和苏氨酸激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、热休克蛋白(HSP90AA1)、非受体酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导及转录激活蛋白3(STAT3)以及酪氨酸蛋白激酶/STAT3(JAK/STAT3)信号通路相关蛋白表达水平的影响。结果基于网络药理学,筛选获得姜黄素治疗非小细胞肺癌的潜在作用靶点159个。按照节点的度值筛选出前5位的核心靶点为:AKT1、MAPK1、Hsp90AA1、SRC和STAT3。GO富集结果显示,姜黄素治疗非小细胞肺癌涉及多个生物过程,如信号转导、启动子转录、蛋白质磷酸化、JAKSTAT级联反应信号转导途径和细胞凋亡。并通过KEGG富集筛出多个信号通路,如癌症信号通路、趋化因子信号通路、催乳素信号通路、AGE-RAGE信号通路和JAK-STAT信号通路等。分子对接显示:姜黄素与核心靶点AKT1、Hsp90AA1、SRC和STAT3的结合能均小于-20.9 kJ·mol^(-1),说明姜黄素可能通过以上靶点治疗非小细胞肺癌。细胞实验结果显示,姜黄素抑制A549细胞的增殖能力、迁移能力并促进细胞凋亡,同时发现姜黄素处理A549细胞后,细胞中AKT1、MAPK1、SRC、STAT3和JAK2蛋白的表达下调,但HSP90AA1蛋白的表达没有变化。结论姜黄素可能通过多靶点、多信号通路在治疗非小细胞肺癌过程中发挥重要作用,姜黄素可能通过抑制JAK2/STAT3信号通路的表达影响非小细胞肺癌的增殖、迁移和凋亡。

关键词： Alcoholic liver fibrosis   Chaihu-Astragalus   Network pharmacology   Molecular docking  

摘要： The present study aimed to analyze the potential mechanism of action of Chaihu-Astragalus in treating alcoholic liver fibrosis using network pharmacology and molecular docking *** initially screened the active ingredients and targets of Chaihu-Astragalus through the TCMSP ***,we identified disease-related targets associated with alcoholic liver fibrosis via the GeneCards database,subsequently obtaining the intersection targets of Chaihu-Astragalus for treating alcoholic liver *** Cytoscape software,we constructed a“drug-active ingredient-intersection target”network and evaluated the network’s major active *** intersection targets were then subjected to protein-protein interaction network analysis using the STRING database to identify possible core *** functional and KEGG pathway enrichment analyses were conducted using the DAVID *** docking verification of key active ingredients and core targets was performed using Schrödinger software and the Maestro *** identified 26 active ingredients and 180 potential targets(intersection targets).Key active compounds,such as quercetin,kaempferol,prickly mangosteen,isorhamnetin,and Areapillin,were *** targets were also identified,including AKT1,TP53,JUN,TNF,and *** analyses revealed that potential targets were mainly associated with PI3K-Akt,TNF,MAPK,and other signaling ***-Astragalus acted on multiple targets such as AKT1,TP53,and JUN primarily through various active ingredients like quercetin and ***,it affected treating alcoholic liver fibrosis through multiple signaling pathways,such as PI3K-Akt,TNF,and *** demonstrated characteristics of being multi-component,multi-target,and multi-pathway in its approach.

关键词： 帕金森病   苁蓉舒痉颗粒   网络药理学   分子对接   PRM   ASK1-JNK信号通路  

摘要： 目的结合网络药理学、分子对接与PRM蛋白相对定量分析探索苁蓉舒痉颗粒(Congrong Shujing granules,CSGs)治疗帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的作用机制。方法通过数据库获取CSGs的有效成分和PD的靶点。取药物与疾病的交集靶点,进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络的构建与分析,将交集靶点基因导入David数据库进行GO和KEGG富集分析,并将主要成分与关键靶点进行分子对接。将27只SD大鼠随机分为正常组9只、模型组9只和治疗组9只,于疗程d 1、7、14采用PRM蛋白相对定量分析法检测大鼠黑质纹状体关键靶蛋白特异性肽段表达量的变化情况。结果CSGs主要成分为丹参醛、黄芩素、槲皮素和山柰酚等;治疗PD最为关键的靶点为TP53、AKT1、EGFR、HSP90AA1和STAT3;KEGG分析主要富集:MAPK、PI3K-Akt和神经营养因子等信号通路。核心成分与核心靶点的分子对接表明,药物与靶点的结合具有较好活性。PRM分析发现ASK1、JNK1,JNK3目标肽段表达量各组间存在差异(P<0.05)。结论CSGs可通过ASK1-JNK信号通路,缓解内质网应激,抑制细胞凋亡,发挥神经保护作用。

关键词： 动脉粥样硬化   邓氏温胆汤   网络药理学   分子对接   基质金属蛋白酶9  

摘要： 目的:基于网络药理学、分子对接探讨邓氏温胆汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在分子机制及靶点,并进行实验验证。方法:从中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中获取邓氏温胆汤的活性成分及相应靶点。下载GSE28829和GSE4329,鉴定早期和晚期AS斑块之间的差异表达基因,并对差异表达基因进行富集分析。通过多种生物信息学算法确定AS的最佳候选基因,并与邓氏温胆汤相关靶点相交,从而确定关键治疗靶点。最后,通过分子对接和体内实验对关键基因进行验证。结果:共收集邓氏温胆汤中190个化合物和261个对应的治疗靶点,数据集中鉴定出81个差异表达基因,基质金属蛋白酶9(MMP9)被筛选为邓氏温胆汤治疗AS的关键靶点。此外,MMP9在动脉粥样硬化模型中表达水平显著升高,具有良好的诊断价值,且5种关键活性化合物与MMP9稳定结合。在体内,邓氏温胆汤可通过抑制斑块形成,减少载脂蛋白E基因敲除(ApoE^(-/-))小鼠泡沫细胞沉积和胶原纤维含量,减轻高脂饮食诱导的组织病理学损伤。免疫组化显示邓氏温胆汤能显著抑制MMP9的表达。结论:邓氏温胆汤能通过多种有效成分、治疗靶点及信号通路协同互作从而治疗AS,MMP9可能是一个关键的生物标志物和治疗靶点。

关键词： 聚精活血汤   弱精子症   网络药理学  

摘要： 目的:应用网络药理学探讨聚精活血汤治疗弱精子症的作用机制,为其临床应用提供新的研究思路。方法:通过网络药理学数据库TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction获得聚精活血汤组成药物的活性成分及靶点;由GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库中获得弱精子症相关靶点,将二者靶点取交集后获得共有靶点;利用DAVID数据库对共有靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用STRING在线数据库构建共有靶点蛋白互作网络(PPI)分析。结果:共筛选出201个聚精活血汤主要活性成分,包括谷甾醇(sitosterol)、豆甾醇(stigmasterol)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、木犀草素(luteolin)、丝氨酸蛋白酶等482个药物靶基因,726个疾病靶基因,取交集后得到65个共有靶基因,核心靶基因为TP53、IL6、TNF、CASP3、IL1B、MYC等;KEGG通路富集分析得到115个条目,主要为癌症通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:聚精活血汤通过多成分、多靶点、多通路协同调控并治疗弱精子症,为临床研究及应用提供依据。