课程文献中心 更多>>

关键词： 知柏地黄丸   特发性中枢性性早熟   网络药理学   半柔性分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟(ICPP)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献研究挖掘知柏地黄丸中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,通过全球蛋白质资源(UniProt)数据库对靶点蛋白进行校正。在GeneCards、在线孟德尔遗传(OMIM)、DisGeNET数据库中获得ICPP的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.9.1软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析获取中药核心成分,利用STRING数据库构建蛋白互作网络并导入Cytoscape 3.9.1软件中筛选出核心靶点。利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;利用AutoDockTools和AutoDock Vina脚本将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到知柏地黄丸复方中活性成分114个,相关靶点233个,ICPP疾病靶点1628个,交集靶点111个。复方核心成分包括槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素、豆甾醇等22个,核心靶点包括AKT1、FOS、ESR1、IL6、EGFR等14个。GO分析结果显示,交集靶点与基因表达的正向调节、DNA诱导转录的正向调节、RNA聚合酶2启动子转录正调节、突触后膜的组成、蛋白激酶结合等相关,KEGG分析结果主要涉及到AGE-RAGE信号通路、癌症通路、内分泌抵抗、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示,核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论:知柏地黄丸治疗ICPP具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究知柏地黄丸治疗ICPP的作用机制奠定了基础。

关键词： 网络药理学   疫病   《广瘟疫论》   《温热暑疫全书》   作用机制  

摘要： 目的:基于数据挖掘和网络药理学方法,探究《广瘟疫论》及《温热暑疫全书》中治疗疫病处方的组方特点,并以新型冠状病毒肺炎(NCP)为例,探讨其作用机制,为现代临床研究疫病提供思路。方法:收集《广瘟疫论》及《温热暑疫全书》中治疗疫病以祛邪为主的方剂,借助古今医案云平台V2.35,采用统计、关联、聚类及复杂网络分析等模块,对药物配伍规律进行数据挖掘,获得核心组方;再借助生物信息平台,如TCMSP、GeneCards、Cytoscape3.9.1、String、DAVID等进行成分检索、靶点构建、核心基因及通路分析等。结果:(1)共收集77首治疗方,包括109味中药,其药性多属寒、微寒,药味以苦、甘为主,主要归经为肺、脾、胃经;关联分析得到共现度高的药物组合为:黄芩-甘草,生姜-甘草,黄连-黄芩,枣-生姜等;聚类分析得到2种不同功用的聚类组合,通过四类模块分析出3味药物的核心组方:黄连-黄芩-甘草。(2)生信分析(网络药理学)得到核心组方42个有效活性成分,作用于NCP有34个靶标;得到GO富集分析结果 216个和KEGG通路90条(P<0.05)。结论:《广瘟疫论》及《温热暑疫全书》治疗疫病的核心组方包括黄芩、黄连、甘草,其活性成分借助CASP3、RELA、IL6、HIF1A、FOS、VEGFA等靶点,通过癌症信号、脂类等通路减轻炎症损伤、调控细胞及因子来达到治疗作用。

关键词： 非酒精性脂肪肝炎   沙生蜡菊   体外实验   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 本研究采用体外试验和网络药理学方法,探究沙生蜡菊醇提物治疗非酒精性脂肪肝炎(Nonalcoholic steatohepatitis,NASH)的药效学基础和作用机制。用游离脂肪酸诱导HepG2细胞建立体外NASH模型,用不同浓度沙生蜡菊醇提物进行干预,发现其对于NASH细胞模型的脂质沉积有较好的改善作用;在体外进行了沙生蜡菊醇提物的油脂吸附试验和对脂肪酶活性影响试验,发现沙生蜡菊醇提物具有较好油脂吸附能力和抑制脂肪酶活性的能力,说明沙生蜡菊在体外有良好的降脂活性。在上述基础上,利用CNKI、万方数据库、Pubmed等数据库查找沙生蜡菊相关靶点,GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank平台查找非酒精性脂肪肝炎相关蛋白,得到潜在活性成分33个,与NASH相关靶点88个;通过蛋白-蛋白互作分析得到核心靶点,选取排名靠前的10个,通过GO和KEGG富集分析及靶点-通路网络图表明,沙生蜡菊中主要活性成分通过多途径和多靶点的方式发挥治疗NASH的作用机制,其可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、胰岛素抵抗通路、化学致癌-多活性氧通路、脂肪细胞因子信号通路、HIF-1信号通路等相关。利用AutoDockTools 1.5.7软件对核心靶点和核心成分进行分子对接,结果表明均具有较好的结合能。总之,本研究初步探讨了沙生蜡菊醇提物治疗NASH的“活性成分-靶点-通路”作用机制,为进一步验证其作用机制提供了参考,也为沙生蜡菊治疗NASH提供了理论依据。

关键词： 新橙皮苷   创伤性脑损伤   网络药理学   分子对接   白细胞介素-6   肿瘤坏死因子-α  

摘要： 目的探讨新橙皮苷治疗对创伤性脑损伤大鼠的影响其潜在机制。方法借助TCMSP、PharmMapper、OMIM、GeneCards等数据库并结合文献资料补充,获取药物、疾病相关靶点,通过STRING数据库构建新橙皮苷治疗与创伤性脑损伤疾病靶点蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析,筛选得到核心靶点,基于DAVID数据库进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Autodock Vina软件模拟新橙皮苷与关键靶点蛋白可能的对接结果。通过Feeney’s法构建SD大鼠创伤性脑损伤模型,造模后进行改良大鼠神经功能缺损严重程度评分(mNSS);通过尼氏染色观察神经元病理学改变,利用TUNEL染色观察神经元凋亡情况,ELISA法测定脑组织损伤灶炎症因子白细胞介素(IL)-6、IL-1β、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)表达水平,qRT-PCR法检测脑组织损伤灶血管内皮生长因子(VEGF)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、蛋白激酶B1(Akt1)mRNA表达水平。结果共获取得到药物–疾病交集靶点85个,筛选得到核心靶点10个,主要包括基质金属蛋白酶9(MMP9)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)8、IL-6、SRC、TNF、Akt1等。通过KEGG通路分析结果显示,关键靶点可能集中在VEGF信号通路、TNF通路、Rap1信号通路等信号通路。新橙皮苷与核心靶点MMP9、EGFR、MAPK8、IL-6、TNF、Akt1等均有较好的亲和力。动物实验发现,新橙皮苷治疗改善了创伤性脑损伤大鼠的神经功能,减少神经细胞损伤,抑制细胞凋亡(P<0.05),新橙皮苷治疗使大鼠脑组织中炎症因子IL-6、IL-1β、TNF-α表达水平明显下调(P<0.05),VEGF、SRC、Akt1mRNA表达水平显著上调(P<0.05)。结论新橙皮苷可能作用于MAPK8、IL-6、SRC、TNF、Akt1等核心靶点,通过VEGF信号通路、TNF通路等多条信号通路发挥治疗创伤性脑损伤的作用,具有多靶点、多通路的特点。

关键词： 银杏叶   肥胖症   网络药理学   动物实验  

摘要： 目的 基于网络药理学及动物实验探讨银杏叶干预肥胖症的潜在作用机制。方法 运用TCMSP数据库检索银杏叶活性成分及其靶点,Gene Cards及TCMSP数据库获取肥胖症相关靶点,将活性成分作用靶点与肥胖症相关靶点进行映射,筛选出银杏叶与肥胖症的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络。运用String数据库构建靶点蛋白之间相互作用网络(PPI),并进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后通过分子对接、肥胖犬模型进行验证。结果 共得到27种活性成分,108个银杏叶与肥胖症相交靶点。槲皮素、木犀草素、山柰酚等核心活性成分与肥胖症关系密切。TNF、Akt1、IL-6、PPARG等53个靶点为银杏叶治疗肥胖症的潜在核心靶点,主要富集于GO生物过程(BP)和KEGG通路中的TNF、癌症等信号通路。槲皮素、木犀草素、山柰酚能与TNF、Akt1、IL-6、PPARG靶点稳定结合。银杏叶干预后,肥胖犬体质量、血脂及血清TNF-α、IL-6水平降低(P<0.05),脂肪组织PPARγ、Akt1、TNF-α、IL-6 mRNA表达降低(P<0.05),PPARγ及Akt1磷酸化水平降低(P<0.05)。结论 银杏叶可能通过槲皮素、木犀草素、山柰酚等活性成分作用于PPARG、Akt1、TNF、IL-6等靶点,调节多条信号通路来治疗肥胖症。

关键词： 四至丸   关键靶标   信号通路   膝骨关节炎   网络药理学  

摘要： 以网络药理学方法为基础,分析四至丸治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取药物的活性组分,利用PubChem数据库、Swiss Target Predictio数据库预测潜在靶标;用Genecards数据库、OMIM数据库、DisGeNET数据库搜寻“knee osteoarthritis”KOA靶标,绘制韦恩图,得到四至丸与KOA交汇靶标;基于STRING数据库构建药物与疾病共同靶标的蛋白互作(PPI)网络,获得关键靶标信息;利用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶标”网络;利用DAVID数据库对药物及疾病靶标进行GO(gene ontology)分析、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果 通过TCMSP检索共获取药物活性成分42个,药物靶点538个,作用于KOA的潜在靶标162个,关键靶标有28个,GO功能富集分析显示四至丸参与炎症应答、胞质钙离子浓度的正调节、蛋白激酶B的正向调节等生物过程,涉及AGE-RAGE、细胞凋亡、HIF-1、破骨细胞的分化、TNF、PI3K-Akt等165条信号通路。结论 使用网络药理学研究方法,初步探明四至丸调控炎症、保护关节软骨从而治疗KOA的潜在机制。

关键词： 川楝子   网络药理学   肝癌   机制  

摘要： 基于网络药理学研究方法,利用SymMap数据库获得川楝子治疗肝癌的化学成分及靶点基因,从GeneCards数据库获取疾病靶点基因,将川楝子和肝癌的交集靶点导入GeneMANIA数据库获得靶点互作关系,并进行GO和KEGG通路富集分析,结合关键靶点基因在肝癌组织中的表达与预后的相关性分析,筛选到槲皮素等6种主要活性成分,TP53、AKT1、IGF2、CDKN2A等主要靶点,癌症通路、癌症中蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路、乙肝和大肠癌通路等主要调控路径,揭示了川楝子治疗肝癌的机制具有多成分、多靶点和多通路的性质,从整体上为川楝子治疗肝癌提供参考。

关键词： 槲皮素   哮喘   网络药理学   信号通路   分子机制  

摘要： 目的通过网络药理学技术研究槲皮素(quercetin,QU)治疗哮喘潜在靶点和作用机制。方法利用OMIM、Disgenet、Genecards数据库以“asthma”为关键词进行检索,获得哮喘相关靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-活性成分-作用靶点”的网络;采用STRING数据平台构建PPI网络并使用Cytoscape软件对其进行拓扑学分析;确定关键基因和进行富集分析。结果筛选64个共同靶点,其中ALB、AKT1、MMP9、EGFR和CASP3等被确定为关键基因。关键基因GO富集到BP共计1170条,与炎症反应的调节、平滑肌细胞增殖、细胞对化学应激的反应等方面。KEEG富集到108条通路,关键靶点主要集中在IL-17信号通路和PI3K-Akt信号通路等。结论QU通过调节炎症反应和细胞增殖等发挥防治作用,体现出其多靶点和多通路特点,为进一步揭示其抗哮喘作用机制提供新思路。

关键词： 麝香保心丸   2型糖尿病   冠心病   异病同治   网络药理学  

摘要： 目的 基于网络药理学方法研究麝香保心丸“异病同治”2型糖尿病(T2DM)和冠心病(CHD)的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药成分数据库(TCMID)、中医药百科全书数据库(ETCM)和BATMAN-TCM数据库筛选麝香保心丸中七味中药的化学成分和作用靶点,利用DisGeNET和GeneCards数据库获取与CHD和T2DM相关的疾病靶点。运用Cytoscape3.8.2软件构建“药物-成分-靶点”网络图,利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络图,利用DAVID在线数据库对麝香保心丸治疗T2DM和CHD的共同作用靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析。结果 共筛选出麝香保心丸治疗T2DM和CHD的潜在活性成分101个,对应229个靶点。网络分析结果表明,麝香保心丸治疗T2DM和CHD的共同主要成分可能是鹅去氧胆酸、熊去氧胆酸、肉桂醛、胆汁酸、肉桂酸及人参皂苷类成分。通路富集分析结果显示,麝香保心丸“异病同治”T2DM和CHD的作用机制可能与抑制炎症反应和氧化应激有关。结论 麝香保心丸可通过多成分、多靶点、多途径发挥“异病同治”T2DM和CHD的作用,为麝香保心丸的临床应用及进一步研究提供理论基础。

关键词： 清眩润目饮   干眼症   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:应用网络药理学和分子对接方法深入研究清眩润目饮治疗干眼症(Dry Eye Disease, DED)的作用机制。方法:首先,利用TCMSP、UniProt数据库收集清眩润目饮的活性成分及相关靶点,通过Cytoscape 3.9.1软件进行可视化,检索GeneCards与OMIM数据库获取DED的相关靶点。然后,借助venny 2.1平台绘制韦恩图,利用STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape进行可视化分析。将靶点信息导入Metascape数据库,进行后续的GO功能和KEGG通路富集分析,通过微生信平台进行可视化。最后使用AutoDock进行分子对接。结果:共获得清眩润目饮活性成分204个,对应靶点574个,DED相关靶点2621个,得到294个交集靶点;网络分析的结果显示TNF、IL-6、TP53、JUN、STAT3和AKT1为清眩润目饮治疗DED的核心靶点,槲皮素、山柰酚、木犀草素、维生素和腺苷为关键活性成分。共富集得到827条GO条目,154条KEGG通路。分子对接结果表明2种核心活性成分与TP53和AKT1均有较好结合活性。结论:清眩润目饮可能通过槲皮素、山柰酚、木犀草素、维生素和腺苷等核心活性成分作用于TP53、AKT1等核心靶点治疗DED,为清眩润目饮治疗DED提供理论依据。