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关键词： 肝癌   癌症   鸡血藤   网络药理学  

摘要： 本篇的研究旨在探讨以网络药理学的视角来理解鸡血藤中关键化学物质针对肝脏癌症的关键分子及其生物效应的过程。首先从TCMSP数据集中提取有关该植物的重要活性和目标蛋白质的信息,再使用UniPort库收集特定蛋白质所关联的目标基因。在Gene cards数据库、Drug bank数据库和OMIM数据库获取肝癌的对应靶点;根据String平台上的“中药-疾病”确定重要相互连接节点(PPI)后用CytoScape软件创建“中药-化合物-靶基因-疾病”可视化的多层次模型。再结合Metascape data base对所有已识别出的“医药-病人联合体”的核心位置做GO function annotation and KEGG enrichment analysis工作。共获得鸡血藤24个活性化合物及134个潜在靶点,获得肝癌相关度靶点1614个,得到中药-疾病共同靶点70个,其中主要作用于TP53、STAT3、AKT1、TNF、JUN等多个靶标。药物疾病共同靶点分别富集在24个GO基因功能与前20条KEGG信号通路。鸡血藤可能通过调糖尿病并发症中的AGE-RAGE、PI3K-AKT、HIF-1、Fox0、NF-kB等信号通路对肝癌发挥作用。

关键词： 奶牛子宫内膜炎   致病菌   EGCG   网络药理学   信号通路  

摘要： 为探究表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)对细菌性奶牛子宫内膜炎的治疗作用机制,本研究采用微量肉汤稀释法测定EGCG对4种牛子宫内膜炎致病菌(金黄色葡萄球菌、化脓隐秘杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌)标准株的最小抑菌浓度(MIC)、最小杀菌浓度(MBC),将各菌液稀释100倍后,采用微量结晶紫法测定EGCG对各菌的最小生物被膜(BF)抑制浓度(MBIC);基于网络药理学分析并筛选EGCG治疗奶牛子宫内膜炎的核心靶点,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路的富集分析,采用AutoDock Tool软件进行EGCG与核心靶点的分子对接验证。结果显示:EGCG对4种子宫内膜炎相关致病菌均有一定的抗菌活性,其中对革兰氏阳性菌的抗菌作用较强;EGCG在1 MIC~2 MIC的浓度范围内均能有效抑制4株标准株BF的形成。通过网络药理学筛选出肿瘤坏死因子(TNF)和基质金属蛋白酶9 (MMP9)等为EGCG治疗子宫内膜炎的核心靶点;GO分析结果显示含胶原的细胞外基质通路可能是EGCG治疗子宫内膜炎的主要通路之一;KEGG富集分析显示转化生长因子-β (TGF-β)、分泌抵抗、雌激素等信号通路在EGCG治疗奶牛子宫内膜炎的机制中发挥关键作用;分子对接验证试验结果显示EGCG可与上述核心靶点稳定结合。上述结果表明EGCG对4种奶牛子宫内膜炎致病菌表现出抗菌活性和抑制其BF形成的作用,初步揭示了EGCG治疗奶牛子宫内膜炎的可能作用靶点及其作用机制,本研究为EGCG在奶牛生产中的临床应用提供了科学依据。

关键词： 数据挖掘   高血压   左室舒张功能减退   网络药理   中医传承辅助平台  

摘要： 分析总结中医药治疗高血压合并左室舒张功能减退的用药规律及药对“丹参-茯苓”的作用机制。方法 检索2023年6月1日前发表在PubMed、中国生物医学文献服务系统、维普、万方、中国知网数据库文献,纳入高血压合并左室舒张功能减退的中医药临床治疗文献且经过随机数对照实验验证明确有效,对其频次、四气五味和归经进行统计分析,并采用 SPSS Statistics 对中药进行聚类分析,SPSS Modeler进行关联网络分析等,筛选出关键药对。从TCMSP数据库获取核心药对的活性成分、靶点,从GeneCards、OMIM数据库收集高血压合并LVDD的疾病靶点;应用Venny软件获取中药活性化合物作用靶点与疾病的交集靶点;运用Cytoscape软件进行网络拓扑学分析,构造“中药成分-靶点-疾病”网络图。通过String平台、Bioconductor软件进行PPI、GO、KEGG通路分析,并通过微生信平台进行可视化显示。结果 共筛选出丹参-茯苓潜在活性成分16个,有效作用靶点183个。通过Venn图获得76个药物疾病共同靶点,PPI网络发现IL6、AKT1、VEGFA、CCL2、MMP9、NOS3、PTGS2等可能是“丹参-茯苓”治疗高血压合并LVDD的关键靶点。GO分析共包含4048条富集结果,其中生物过程3450条,分子功能369条,细胞组成229条。KEGG通路分析发现225个条目。分子对接筛选得到与靶点有结合潜力的化合物。结论 丹参-茯苓通过木犀草素、丹参二酮、鼠尾草酚酮等潜在药效成分协同作用于多个靶点,通过化学致癌-受体激活通路、内分泌抵抗信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路等多个通路,参与血管舒缩、血管内皮功能、炎症反应、糖脂代谢、氧化应激等发挥治疗高血压合并LVDD的作用,初步揭示了丹参-茯苓通过多成分、多靶点多通路发挥作用的机制。

关键词： 心力衰竭   生脉饮   网络药理学   生物信息学   活性成分   分子机制  

摘要： 目的:运用网络药理学和生物信息学方法,探究生脉饮(党参方)治疗慢性心力衰竭(CHF)的活性成分、作用靶点和分子通路,阐明生脉饮(党参方)治疗CHF的分子机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及BATMAN-TCM平台获取生脉饮(党参方)有效活性成分及化合物潜在靶点,检索GeneCards、治疗靶点数据库(TTD)、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;将化合物与疾病交集靶点通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,采用Cytoscape软件获得生脉饮(党参方)作用于CHF的关键化合物和核心靶点,使用R语言软件包进行基因本体(GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析并可视化,在基因表达综合数据库(GEO)下载CHF基因表达芯片,经过R语言软件包处理后验证核心靶点基因差异表达情况,最后,使用Autodock软件将有效成分和核心靶点进行分子对接再次验证,并将结果可视化展示。结果:共筛选得到35个有效化学成分、120个潜在靶点,获得菠菜甾醇、11-羟基兰金断肠草碱、α菠菜甾醇、邻苯二甲酸二异辛酯、黄豆黄素、去氧哈林通碱等有效成分,丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)等核心靶点,关键通路包括氧化应激、酪氨酸磷酸化修饰、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)等。GEO芯片验证结果显示核心靶点在健康组与疾病组之间差异表达明显。分子对接结果显示生脉饮(党参方)关键有效成分与核心靶点整体结合较好。结论:生脉饮(党参方)可能通过AKT1、SRC、EGFR、热休克蛋白(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)等多靶点和PI3K/AKT信号通路改善心肌重塑、抑制细胞凋亡、调节雌激素、抗脂质及动脉粥样硬化等作用改善CHF。

关键词： 中草药   网络药理学   绝经后骨质疏松症   围绝经期  

摘要： 目的结合网络药理学及实验探究益癸方汤防治绝经后骨质疏松症的作用及机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台等数据库搜索方剂中主要成分及靶点,利用GeneCard、Drugbank筛选疾病靶点,再使用Cytoscape 3.7.1进行药物-疾病靶点网格的构建,最后进行基因本体论及京都基因与基因组百科全书分析。采用随机数字表法将25只大鼠分为假手术组、模型组、益癸方汤组、戊酸雌二醇组、益癸方汤+戊酸雌二醇组,每组5只。除假手术组以外,其余组采用去卵巢手术法造模。术后1个月开始给药,益癸方汤组给予10 mL/(kg·d)益癸方汤灌胃,戊酸雌二醇组给予0.21 mg/(kg·d)戊酸雌二醇灌胃,益癸方汤+戊酸雌二醇组给予益癸方汤10 mL/(kg·d)+戊酸雌二醇0.21 mg/(kg·d)灌胃,模型组及假手术组给予10 mL/(kg·d)蒸馏水灌胃。给药12周后,注射2%戊巴比妥钠麻醉后取主动脉血,颈椎脱臼法处死大鼠后取左右股骨组织。采用微型计算机断层扫描分析大鼠股骨骨微细结构,包括骨体积分数(BV/TV)、骨小梁厚度(***)、骨小梁数量、骨小梁间隔;采用ELISA法检测血清Ⅰ型前胶原N端前肽(PINP)、抗酒石酸酸性磷酸酶5b、雌二醇(E2)、卵泡刺激素(FSH)水平;采用Western blot法检测大鼠股骨组织中信号传导和转录激活因子3(STAT3)、Janus激酶(JAK)、蛋白激酶B(Akt)蛋白表达。结果结合网络药理学分析益癸方汤中可能含有槲皮素、木犀草素、丹参酮、柚皮素、谷甾醇等活性成分。核心靶点包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3、Akt1、TNF等,涉及MAPK、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt等信号通路。动物实验结果显示,与模型组比较,益癸方汤组、戊酸雌二醇组、益癸方汤+戊酸雌二醇组大鼠股骨组织BV/TV、***升高,血清中PINP、E2水平升高,FSH水平降低,STAT3、JAK、Akt蛋白表达水平降低,差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论益癸方汤可能通过下调PI3K/Akt、JAK/STAT信号通路调控炎症、细胞凋亡等防治绝经后骨质疏松症。

关键词： 玉屏风散   系统药理学   慢性阻塞性肺疾病   分子机制  

摘要： 目的:基于系统药理学和分子对接技术探索玉屏风散(Yupingfeng Powder,YPFP)干预慢性阻塞性肺疾病(Chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的活性化合物和重要途径。方法:通过中药系统药理数据库TCSMP和ETCM检索YPFP的作用靶点,通过GeneCard检索慢阻肺(COPD)疾病靶点。药物靶点网络构建主要利用Cytoscape进行,利用GO注释和KEGG信号通路进行生物过程富集和注释以发掘干预COPD的生物过程。结果:YPFP靶点一共得到882个,COPD的靶点一共得到60个。通过构建玉屏风散-COPD蛋白质互作网络,可以发现核心靶点有:INS、ALB、AKT1、IL6、TNF、TP53、VEGFA、CXCL8、EGFR、MAPK1、EGF、MYC、SRC、CASP3、MAPK8、IL10、IL1B、MMP9、JUN、TLR4。GO注释和KEGG富集分析可以得到生物过程主要有炎症反应、对缺氧的反应、对脂多糖的反应、细胞对脂多糖的反应、氧化还原过程、免疫反应等;信号通路主要有精氨酸生物合成、类固醇激素的合成、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代谢、炎性肠病(IBD)、产生IgA的肠道免疫网络等。结论:本研究发现YPFP干预COPD的潜在药效充分,具有多靶点、多通路特点,药物中有效成分能直接作用于关键靶点。

关键词： 益气养阴化浊通络方   糖尿病肾病   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的:通过网络药理学技术探究益气养阴化浊通络方治疗糖尿病肾病的分子机制。方法:通过TCMSP数据库获取益气养阴化浊通络方相关药物靶点,GeneCard、OMIM及PharmGkb数据库获取糖尿病肾病相关靶点。Venny R软件获取益气养阴化浊通络方治疗糖尿病肾病的潜在靶点,Cytoscape 3.8.0软件构建药物-有效成分-靶点-疾病网络图。对潜在靶点进行PPI互作网络分析、GO功能及KEGG通路富集分析。结果:共获取益气养阴化浊通络方有效成分66个,有效靶点254个,糖尿病肾病相关靶点4755个,取交集后获取潜在靶点179个。PPI分析获取核心靶点MAPK3、TP53、MAPK1、HSP90AA1、JUN、AKT1、RELA、MAPK14等;GO功能富集分析体现在对氧化应激的反应、细胞对化学压力的反应、对外来刺激的反应、对活性氧的反应等;细胞组分多在膜筏、膜微域、转录调节因子、复合囊泡腔等;分子功能多在DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶II特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性、配体激活的转录因子活性等;KEGG通路富集分析多在糖尿病并发症中的脂质与动脉粥样硬化、年龄-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、前列腺癌、乙肝、人巨细胞病毒感染、化学致癌-受体激活及流体切应力与动脉粥样硬化等通路。结论:通过网络药理学技术探究益气养阴化浊通络方治疗糖尿病肾病的作用机制,为后续相关研究提供理论依据和数据支撑。

关键词： 复方木鸡颗粒   肝癌   网络药理学   生物信息学   分子对接   作用机制  

摘要： 利用网络药理学和生物信息学方法揭示复方木鸡颗粒治疗肝癌的作用机制。通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库分别获取复方木鸡颗粒的活性成分以及相关靶点;在GEO数据库筛选肝癌的相关靶点;利用Venny 2.1在线平台获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物–成分–靶点–疾病网络;用STRING数据库构建PPI网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;利用Kaplan Meier-Plotter数据库对关键基因的表达量及预后关联性进行分析;运用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接验证。复方木鸡颗粒中共获得37个活性成分,筛选出57个共有靶点,涉及生物过程98条、细胞成分17条、分子功能37条,介导15条信号通路。生存期分析结果显示,ESR1、CYP3A4、G6PD基因的表达量与肝癌患者的生存期具有相关性。分子对接表明筛选的6个活性成分与6个关键靶点蛋白之间具有较好的结合能力。复方木鸡颗粒中的大豆皂苷C、柚皮素、β-谷固醇、汉黄芩素等活性成分可以作用于ESR1、CYP3A4、G6PD等靶点,可能通过P53、戊糖磷酸途径、MAPK等信号通路发挥治疗肝癌的作用。

关键词： 儿童   肺炎支原体肺炎   麻黄化瘀汤   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学的方法探究麻杏化瘀汤主要成分治疗儿童肺炎支原体肺炎(MPP)的可能分子机制。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中检索并提取麻杏化瘀汤的有效活性成分及相关作用靶点;在疾病靶点筛选数据库Genecards和OMIM中筛选出儿童MPP的相关基因,与药物作用靶点取交集,筛选出麻杏化瘀汤治疗儿童MPP的潜在靶点,并构建药物-化学成分-关键靶点网络图;采用STRING数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用(PPI)网络;对关键靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyotoencyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果筛选出麻杏化瘀汤有效活性成分共126个,药物靶点与疾病靶点的交集靶点共78个。GO富集得到了632个条目,包括生物过程497个、分子功能91个、细胞组分44个。KEGG富集分析得到相关通路134个,主要与胞内磷脂酰肌醇激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、T细胞17(Th17)细胞分化有关。结论本研究基于网络药理学筛选出了麻杏化瘀汤治疗儿童MPP的关键作用靶点和信号通路,这些靶点、通路与儿童MPP密切相关,各个通路、靶点之间相互联系、影响,产生协同效应,从侧面证实了麻杏化瘀汤治疗儿童MPP的复杂机制。

关键词： 蒙药   胡日查-6   变应性鼻炎   网络药理学   动物实验  

摘要： 目的基于网络药理学及动物实验探讨蒙药胡日查-6治疗变应性鼻炎(allergic rhinitis,AR)的作用机制。方法从TCMSP数据库和文献获得胡日查-6的化合物及靶点,OMIM、TTD、Disgenet和GeneCards数据库搜索AR相关靶点,后将胡日查-6靶点与AR靶点取交集,构建“化合物—交集靶点”网络,选择关键化合物并应用STRING数据库绘制PPI蛋白互做网络进行核心靶点的筛选。使用R语言对交集靶点进行基因本体富集(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,借助AutoDockVina软件对关键化合物及靶点进行分子对接验证。构建AR豚鼠模型,以胡日查-6治疗6周后,对豚鼠鼻部症状进行行为学评分,取鼻黏膜组织进行HE染色观察病理改变,ELISA检测豚鼠血清IL-4、IFN-γ水平。结果筛选出胡日查-6治疗AR的可能靶点为107个,胡日查-6治疗AR相关的化合物30个,槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、奎宁等为关键化合物,核心靶点为VEGFA、STAT3、IL-1B、IL-6、ALB等。KEGG通路分析主要涉及TNF、IL-17、Toll样受体和HIF-1等多条信号通路,分子对接显示关键化合物与核心靶点之间具有较强的结合能力。动物实验表明,胡日查-6能够有效减轻豚鼠鼻部症状,改善鼻黏膜病理改变,降低豚鼠血清中IL-4水平,提高IFN-γ水平。结论胡日查-6通过多靶点、多通路治疗AR,并可能通过参与炎症反应减轻鼻黏膜组织炎性浸润、缓解AR。