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关键词： 温经汤   子宫内膜异位症   肠道菌群失调   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学探讨温经汤治疗子宫内膜异位症合并肠道菌群失调的作用机制。方法通过TCMSP、HERB等数据库筛选出温经汤有效活性成分及相应靶点,Genecards、OMIM、CTD数据库获取子宫内膜异位症、肠道菌群失调的相关靶点,Venny平台获取活性成分与疾病的交集靶点,STRING数据库构建相关网络图,利用Cytoscape中Cytohubba、CytoNCA算法进行活性成分和核心靶点的筛选,利用R语言进行GO和KEGG富集分析,最后Cytoscape软件进行可视化。结果从温经汤中筛选出209个活性成分,包括槲皮素、山柰酚、异鼠李素、儿茶素等;与疾病交集靶点共91个,其中IL6、TNF、IL1B、ESR1、NFKB1、PTGS2、MMP9等为关键靶点;通过富集得到2171个GO生物功能和147条KEGG通路,其中主要包括炎症反应、雌激素代谢和脂质代谢过程,NF-κB通路为关键通路。结论温经汤可能通过槲皮素、山柰酚、异鼠李素、β-谷甾醇、丹皮酚等有效成分作用于ALB、IL6、TNF、IL1B、PPARG、ESR1、PTGS2、NFKB1、MMP9、EGFR、CTNNB1、CYP19A1等关键靶点,通过调节肠道菌群结构,调控机体炎症反应、脂质代谢等途径来发挥保护肠屏障功能,改善炎症环境,调节雌激素水平等作用,从而达到治疗EMs合并肠道菌群失调的效果。

关键词： 参苓白术颗粒   特异性皮炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学、分子对接和实验验证探讨参苓白术颗粒治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的作用机制。方法通过TCMSP、Genecards数据库查询参苓白术颗粒中药成分与疾病靶点,将二者交集基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路功能富集。构建“药物—疾病—通路”网络,筛选核心活性成分和核心靶点,分子对接对其进行可视化。设置5、10、20、40μmol/L浓度梯度的槲皮素,CCK-8法检测其对肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和干扰素-γ(interferon-gamma,IFN-γ)共刺激的HaCaT细胞活力的影响,筛选最佳给药浓度。Western blot法检测Jun原癌激酶(Jun kinase,JUN)/半胱天冬蛋白酶-3(cysteinyl aspartate specific proteinase-3,caspase-3)/前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2)蛋白表达水平。结果参苓白术颗粒治疗AD的主要通路有IL-17、TNF信号通路,其可能是通过核心活性成分槲皮素、木犀草素和山柰酚与核心靶点PTGS2、RXRA、RELA发挥治疗作用。CCK-8结果表明,HaCaT细胞生长受到抑制,其中槲皮素浓度在40μmol/L时,对细胞的抑制率约为50%。Western blot结果表明,40μmol/L槲皮素干预后,JUN和PTGS2蛋白表达水平升高,caspase-3蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论参苓白术颗粒核心活性成分槲皮素可能通过降低caspase-3的表达水平,升高JUN和PTGS2的表达水平,发挥对皮肤组织的保护作用。

关键词： 参兰颗粒   主动脉弓缩窄   心力衰竭   网络药理学  

摘要： [目的]通过网络药理学及动物实验探究参兰颗粒(SLG)防治心力衰竭(HF)的作用机制。[方法]借助TCMSP、GeneCards、BATMAN等数据库筛选SLG防治HF的活性成分及相关靶点制作韦恩图,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作网络(PPI)及“药物-成分-作用靶点”网络,通过R-studio对作用靶点进行GO和KEGG富集分析。采用主动脉弓缩窄法构建C57BL/6小鼠HF模型,分为假手术组、模型组、SLG低剂量组、高剂量组、卡托普利组,连续给药4周后,超声心动图检测各组小鼠的射血分数(EF)、短袖缩窄分数(FS)、左室舒张末期内径(LVIDd)、左室收缩末期内径(LVIDs);酶联免疫吸附法(ELISA)检测血清中前体脑钠肽(NT-proBNP)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、肿瘤坏死因子α(TNF-α)的含量;苏木精-伊红(HE)染色观察心肌病理损伤;马松染色(Masson)观察心肌纤维化程度;WGA染色观察心肌细胞的肥大情况;qPCR检测丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)、核因子-κB(NF-κB)、IL-1β的mRNA表达水平;蛋白免疫印迹法(Western blot)检测胞内磷脂酰肌醇激酶(PI3K)、p-PI3K、p-AKT、AKT、p-NF-κB、NF-κB的蛋白表达。[结果]从SLG中筛选出84个有效成分,其治疗HF的核心靶点有IL-6、AKT1、STAT3、IL-1β等,GO分析共得到2841个条目,发现其潜在靶点可以作用于脂多糖反应、活性氧代谢、血管直径的调节等生物过程,KEGG结果显示SLG治疗HF相关通路有PI3K/AKT信号通路、肿瘤坏死信号通路、NF-κB信号通路等。动物实验结果显示,与模型组相比,SLG各剂量组显著降低模型小鼠的EF、FS(P<0.01),减小LVIDd、LVIDs(P<0.05或P<0.01),提高血清中NT-proBNP、IL-6、IL-1β、TNF-α的含量(P<0.05或P<0.01),减少心肌胶原纤维容积百分比(P<0.01)及减小心肌细胞平均横截面面积(P<0.05或P<0.01),降低IL-1β、AKT、NF-κB的mRNA的表达水平(P<0.05或P<0.01),降低p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT、p-NFκB/NF-κB蛋白的比值(P<0.01)。[结论]SLG可能通过介导PI3K/AKT/NF-κB信号通路调控心脏炎症水平进而发挥对压力负荷HF小鼠的心脏保护作用。

关键词： 温胆汤   网络药理学   分子对接   槲皮素  

摘要： 利用网络药理学及分子模拟对接的研究方法探讨温胆汤防治心肌缺血的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库与相应论文获取温胆汤组方(半夏、陈皮、生姜、茯苓、远志、枳实、甘草、大枣)的有效成分及对应的靶蛋白;使用GeneCard、OMIM、DrugBank数据库筛选出与心肌缺血密切相关的作用靶点。运用CytoScape软件构建中药-组分-靶点网络图,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。利用R语言包对中药-疾病交集靶点使用基因本体(GO)功能生物功能分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 温胆汤防治心肌缺血的核心药物成分是槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇等;核心靶点有细胞肿瘤抗原(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)等;温胆汤主要通过这些信号通路进行对心肌缺血的治疗:癌症的途径、脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)等;分子模拟对接结果示,温胆汤中前五位活性成分与关键基因能进行较好的结合。结论 温胆汤中草药药物活性成分可能主要通过TP53、IL-6、AKT1、TNF等靶点作用于多种通路来发挥治疗心肌缺血的作用。

关键词： 网络药理学   川芎   脊髓缺血再灌注损伤   分子对接  

摘要： 目的利用网络药理学方法和分子对接技术探讨川芎治疗脊髓缺血再灌注损伤(SCII)的分子靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索获得川芎的活性成分和作用靶点。在GeneCards数据库和OMIM数据库以“spinal cord ischemia-reperfusion injury”为关键词检索获得疾病相关靶点。利用VENNY2.1找出川芎作用靶点和疾病靶点的交集靶点。通过Cytoscape3.7.2构建药物-关键化学成分-疾病靶点网络图,利用String数据库和Cytoscape3.7.2绘制靶点蛋白互作网络图并进行拓扑分析,找出关键靶点蛋白。利用Metascape数据库对川芎治疗SCII的靶点进行GO和KEGG富集分析。采用AutoDock4.2和PyMol进行核心成分和靶点对接以及可视化处理。结果筛选得到川芎的活性成分7个,其对应靶点25个,疾病靶点726个,川芎治疗SCII作用靶点13个,对应活性成分5个。网络拓扑分析得到关键核心靶点PTGS2、PPARG、MAPK14、NR3C1;GO富集分析得到13个富集条目,主要为炎症调节和趋化性调节;KEGG富集分析获得5个有显著差异的通路,主要通路为VEGF信号通路,通过促血管生成、抗炎、抗氧化等发挥作用。分子对接结果显示,川芎治疗SCII的重要活性成分杨梅酮与核心靶点PTGS2、PPARG、MAPK14、NR3C1有良好的结合力。结论通过网络药理学和分子对接分析,探析了川芎通过多成分、多靶点、多途径治疗SCII。

关键词： 成果导向教育   大规模开放式网络课程   中药药理学   在线教学模式  

摘要： 中药药理学课程作为中药学类的专业必修课,目前鲜见针对“我要学”教学理念的在线课程教学模式。成果导向教育(OBE)理念是一种以学生为基础,摆脱仅仅“灌输”知识而进行定制培养的教学手段。OBE使中药药理学教学更加灵活与多样化,能解决学生知识记忆不透、应用不深入、兴趣不足的问题。该论文通过在线平台为载体运用OBE理念构建以巩固知识网络体系和提升知识运用能力为目标的中药药理学课程在线教学模式,完善中药药理学“我要学”的教学方法,为中药药理学课程在线教学模式与中药学职业教育提供参考。

关键词： 白头翁汤   腹泻型   肠易激综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学与分子对接方式探究白头翁汤(PD)治疗腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的潜在机制。方法:从数据库TCMSP中检索并收集方药的活性成分与靶点。从数据库TTD、DisGeNET、GenCards、OMIM获取IBS-D的关联靶点后,通过Venny 2.1站点获取PD与疾病的共有靶点,通过Cytoscape软件及数据库STRING构建成分和预测靶点间蛋白互作网络(PPI)图,并提取核心靶点,在数据库Metascape中对核心靶点行GO、KEGG功能富集分析,然后构建“药材活性成分-核心靶点-作用通路”关联图,取部分核心成分与核心靶点进行分子对接。结果:组方含52种活性成分,作用靶点700个,疾病靶点1938个,组方与疾病交集靶点248个,核心靶点40个;富集出GO生物过程1207条、分子功能73条、细胞组分72条以及165条KEGG通路;PD治疗IBS-D的核心活性成分槲皮素、苦楝酮、异鼠李素等与核心靶点中AKT1、TNF、EGFR等可自发结合,并具有较好结合能力。结论:PD可通过多样的成分、靶点及通路对IBS-D疾病达到治疗作用,值得进一步实验验证,并为临床运用提供参考。

关键词： 丹栀逍遥散   酒精性肝病   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的通过网络药理学的方法,剖析丹栀逍遥散治疗酒精性肝病过程中的主要活性成分、相关作用靶点和通路,并分析其作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出丹栀逍遥散中各味中药的有效成分和作用靶点,在PubChem数据库和SwissTarget Prediction平台内预测其隐藏靶点,并通过UniProt数据库规范基因名称。利用GeneCards和OMIM数据库预测酒精性肝病的疾病靶点,将所获的丹栀逍遥散的成分靶点与酒精性肝病的靶点取交集后,构建药物-成分-基因-疾病网络。同时利用String数据库对交集靶点进行蛋白互作分析,并通过CytoscapeV3.9.0软件分别将其可视化。最后筛选出核心蛋白,通过Metascape平台进行GO和KEGG富集分析,并利用微生信平台将结果可视化。结果共获得191种丹栀逍遥散的活性成分,作用靶点426个,与酒精性肝病的交集靶点236个,核心蛋白47个。GO富集分析共得到307条结果,KEGG通路分析共得85条通路。结论丹栀逍遥散可能通过对AKT1、TNF、IL1B和IL6等靶点的作用,同时调节IL-17、VEGF等信号通路治疗酒精性肝病。

关键词： 人参   阿尔茨海默症   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学与分子对接技术探究人参治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选人参的活性成分,用PubChem数据库对人参活性成分进行筛选,得到人参活性成分的靶点。通过GeNET数据库和GeneCards数据库提取阿尔茨海默病发病机制相关的靶点,将两个数据库得到的靶点取交集绘制Venn图,得到最终的疾病靶点,并与人参主要成分靶点进行映射,得到药物–疾病互作靶点。通过String数据库绘制蛋白质–蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,使用Cytoscape软件构建药物–疾病互作靶点网络,采用DAVID v6.8在线分析平台对关键靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件将富集分析结果可视化并将分析所得关键化合物及靶点进行分子对接。利用孟德尔随机化分析调查互作靶点与阿尔茨海默病之间潜在的因果关系;结果:筛选出人参的活性成分有8个,活性成分对应靶点361个,活性成分靶点与疾病靶点取交集得到最终靶点121个。GO功能富集分析结果显示,人参可通过多靶点–多通路作用于阿尔茨海默病。KEGG通路富集分析结果显示,人参治疗阿尔茨海默病主要包括神经活性配体–受体的相互作用、Ras、MAPK信号通路以及多种细胞凋亡通路。结论:通过网络药理学及分子对接技术揭示了人参治疗阿尔茨海默病的关键成分及作用靶点,这些发现为深入的研究人参的药理作用及开发新型阿尔茨海默病治疗药物奠定了理论基础。Objective: To explore the mechanism of ginseng in the treatment of Alzheimer’s disease (AD) through network pharmacology and molecular docking technology. Methods: The active components of ginseng were screened by the TCMSP database and screened by the PubChem database to get the target of ginseng active components. Targets related to the pathogenesis of Alzheimer’s disease were extracted from the GeNET database and GeneCards database, and the targets obtained from the two databases were intersected to draw a Venn diagram to obtain the final disease targets, and the targets of ginseng main components were mapped to obtain drug-disease interaction targets. The protein-protein interaction (PPI) network was mapped using the String database, and the drug-disease interaction target network was constructed using Cytoscape software. The gene ontology (GO) function and the Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) pathway concentration analysis were conducted using the DAVID v6.8 online analysis platform. The results of the enrichment analysis were visualized by Cytoscape software and the key compounds and targets obtained from the analysis were interlinked. Mendelian randomization analysis was used to investigate the potential causal relationsh

关键词： 益血生胶囊   缺铁性贫血   网络药理学   分子对接   炎症   氧化应激  

摘要： 目的基于网络药理学、分子对接及动物实验对中药复方益血生胶囊治疗缺铁性贫血(iron deficiency anemia,IDA)的作用机制进行探讨。方法通过检索相关文献并应用在线数据库获取益血生胶囊及IDA的潜在靶点,构建“活性成分-交集靶点”网络图及蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并利用Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心基因;采用Metascape数据平台进行GO和KEGG通路富集分析;通过分子对接技术对获得的关键活性成分和核心靶点进行验证分析;建立IDA小鼠模型,进行血常规指标及血浆中铁浓度检测,酶联免疫吸附测定(ELISA)法对网络药理学预测出的核心靶点进行验证,结合结肠病理组织切片及氧化应激指标考察明确益血生胶囊对IDA小鼠的治疗效果。结果共筛选出益血生胶囊治疗IDA的5种关键活性成分,10个核心靶点;GO功能富集分析结果主要涉及细胞激活和炎症反应等生物学过程,KEGG通路富集得到20条主要通路,包括癌症通路和JAK-STAT信号通路等;分子对接显示关键活性成分与核心靶点具有良好的结合能力;动物实验显示,益血生胶囊可以显著改善IDA小鼠血常规指标异常以及结肠组织损伤和炎症,上调血浆中铁浓度、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor,TNF-α)、血管内皮生长因子(VEGF-A)、信号转导与转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription STAT3)及总抗氧化能力(total antioxidant capacity,T-AOC)水平(P<0.01),下调丙二醛(malonaldehyde,MDA)水平(P<0.05)。结论本研究揭示了益血生胶囊通过多成分、多靶点、多通路协同发挥治疗IDA的作用机制,初步验证了益血生胶囊可能通过调控炎症及氧化应激水平对IDA发挥治疗作用,为益血生胶囊抗IDA作用机制的深入研究提供理论依据。