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关键词： 网络药理学   平阳益心饮   射血分数保留型心力衰竭   分子机制  

摘要： 目的基于网络药理学方法预测平阳益心饮治疗射血分数保留型心力衰竭(HFpEF)的潜在作用靶点与通路。方法依托HERB数据库和SwissTarget Prediction数据平台预测平阳益心饮成分靶点,通过OMIM、PhamGKB及GeneCards数据库获得HFpEF靶点,采用Venny 2.1.0对药物与疾病的靶点进行交集选取,采用Cytoscape构建“成分-疾病靶点”网络,进行蛋白互作网络(PPI),并通过网络拓扑分析得到平阳益心饮治疗HFpEF的核心靶点,并将核心靶点通过Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果通过网络药理学的方法,得到平阳益心饮治疗HFpEF的潜在靶点有524个,它们主要参与细胞对氮化合物的反应、系统进程调节、循环系统过程和磷酸化的正调控等生物过程;参与调控癌症相关通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路、脂质与动脉粥样硬化等235条通路。结论平阳益心饮可通过多成分、多靶点、多途径参与细胞凋亡、细胞增殖等,从而达成治疗HFpEF的目的。

关键词： 网络药理学   二甲双胍   乳腺癌   分子对接  

摘要： 目的研究从网络药理学角度分析二甲双胍治疗乳腺癌的潜在机制并通过细胞实验验证其对乳腺癌细胞抑制作用。方法利用Drugbank、Swiss Target Prediction、PharmMapper、TTD数据库获得二甲双胍潜在作用靶点,利用genecards、OMIM、TTD数据库查找与乳腺癌相关靶点,以二甲双胍活性成分和乳腺癌的靶点交集为研究对象,构建蛋白相互作用的网络图,并进行GO与KEGG富集分析,以揭示二甲双胍作用于乳腺癌的潜在机制。同时以MDA-MB-231细胞建立乳腺癌细胞模型,采用CCK8,划痕及transwell实验初步验证二甲双胍对于乳腺癌细胞的抑制作用。结果筛选出二甲双胍主要作用靶点有65个,乳腺癌疾病靶点9397个,药物-疾病共同靶点交集有49个,富集分析及分子对接显示二甲双胍与MMP9、HSP90AA1、IL2、CASP1,具有良好的结合能力。细胞实验显示二甲双胍能够明显抑制乳腺癌细胞活性。结论二甲双胍可能通过多靶点和多通路抑制乳腺癌细胞,为二甲双胍辅助治疗乳腺癌进一步研究提供理论依据。

关键词： 经典名方   二冬汤   活性成分   定量分析   网络药理学方法   2型糖尿病   超高效液相色谱-串联三重四级杆质谱法(UHPLC-QqQ-MS)  

摘要： 目的:建立二冬汤中活性成分含量测定的超高效液相色谱-串联三重四级杆质谱法(UHPLC-Qq Q-MS),并对该方进行抗胰岛素抵抗作用靶点和通路的预测。方法:采用ACQUITY UPLC BEH C18色谱柱(2.1 mm×100 mm,1.7μm),流动相0.1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)梯度洗脱(0~3 min,90%~87%A;3~6 min,87%~86%A;6~9 min,86%~83%A;9~11 min,83%~75%A;11~18 min,75%~70%A;18~19 min,70%~52%A;19~22 min,52%A;22~25 min,52%~5%A;25~27 min,5%~90%A;27~30 min,90%A);利用电喷雾离子源(ESI),多反应监测(MRM)模式,正、负离子模式检测其含量。在此基础上,运用网络药理学方法预测二冬汤发挥抗胰岛素抵抗作用的靶点和通路。结果:二冬汤中20个活性成分在一定质量浓度范围内线性关系良好,精密度、稳定性、重复性及加样回收率良好。含量测定结果显示,15批样品中高质量浓度的成分为黄芩素(1259.39~1635.78 mg·L^(-1))、黄芩苷(1078.37~1411.52 mg·L^(-1));中质量浓度的成分为知母皂苷BⅡ(245.10~604.89 mg·L^(-1))、芒果苷(148.59~217.04 mg·L^(-1))、槲皮素-3-O-葡萄糖醛酸苷(89.30~423.26 mg·L^(-1))、芦丁(46.91~1553.61 mg·L^(-1))、甘草酸(55.97~391.47 mg·L^(-1))、新芒果苷(37.45~127.03 mg·L^(-1))、荷叶碱(0.89~63.48 mg·L^(-1))、金丝桃苷(6.96~136.78 mg·L^(-1))、甘草苷(30.89~122.78 mg·L^(-1))、甘草素(26.64~110.67 mg·L^(-1))、原薯蓣皂苷(58.57~284.26 mg·L^(-1));低质量浓度的成分为伪原薯蓣皂苷(5.49~22.96 mg·L^(-1))、汉黄芩素(7.16~20.74 mg·L^(-1))、人参皂苷Rb1(7.31~23.87 mg·L^(-1))、人参皂苷Rg1(10.78~28.33 mg·L^(-1))、甲基麦冬黄烷酮A(0.74~1.67 mg·L^(-1))、人参皂苷Re(7.78~24.76 mg·L^(-1))、麦冬皂苷D(2.08~4.29 mg·L^(-1))。网络药理学结果表明,二冬汤发挥抗胰岛素抵抗作用机制可能与磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路有关。结论:建立的UHPLC-Qq Q-MS可为二冬汤复方制剂的开发奠定基础。网络药理学研究结果可为二冬汤治疗2型糖尿病的作用机制研究提供参考。

关键词： 白藜芦醇   妊娠高血压   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术预测白藜芦醇预防妊娠高血压的作用机制。方法利用Pharm Mapper、TCMSP和Swiss Target Prediction数据库获得白藜芦醇相关靶点。妊娠高血压相关靶点在GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库中检索。利用Cytoscape3.7.1软件构建“白藜芦醇-妊娠高血压-信号”的关联网络。核心靶点通过DAVID进行GO和KEGG分析。运用Autodock软件对关键靶点与白藜芦进行分子对接。结果筛选出白藜芦醇与妊娠高血压85个交集靶点,排名前10的靶点依次为IL-6、VEGFA、TP53、EGFR、ESR1、CASP3、PTGS2、STAT3、CTNNB1、PPARG。10个核心靶点蛋白与白藜芦醇的结合良好。富集显著性较高的通路主要有脂质与动脉粥样硬化、蛋白聚糖肿瘤通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、内分泌抵抗、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论白藜芦醇可能通过调控IL-6、VEGFA和EGFR等关键基因,从而干预AGE-RAGE和内分泌抵抗信号传递途径,实现对妊娠高血压的预防作用。

关键词： 羌活   靶点   网络药理学   优效化合物  

摘要： 运用网络药理学分析羌活的药理作用机制。通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选羌活优效化合物,使用BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction、STITCH网络服务器预测成分靶点,应用Cytoscape 3.9.1、String 11.5数据库等构建化合物-靶点网络、蛋白质间相互作用(PPI)网络,筛选出核心基因,运用DAVID 6.8数据库对靶点进行基因本体功能分析。共筛选出羌活的优效化合物15个,包括羌活酚、白芷乙素、去甲呋喃羽叶芸香素、异欧前胡素、6′-O-反式阿魏酰基紫花前胡苷等。化合物靶点有170个,包括COX7B、COX4I1、MT-CO1等,主要涉及对药物的反应、外源代谢过程及对外源刺激的反应等生物过程,为羌活优效化合物的发现及其药理作用机制的探索奠定了基础。

关键词： 胃荣汤   慢性萎缩性胃炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:本文拟通过网络药理学及分子对接技术,揭示胃荣汤治疗慢性萎缩性胃炎(Chronic Atrophic Gastritis,CAG)的机制和靶点。方法:采用TCMSP、BAT-MAN和HERB数据库搜索胃荣汤的主要成分及作用靶点;采用DisGeNET和Genecards数据库搜索CAG靶点,取药物靶点及疾病靶点的交集;运用Cytoscape3.7.1软件绘出“中药-核心成分-靶点-疾病”网络图;交集靶点导入String数据库进行PPI;通过David数据库对交集靶点进行GO和KEGG分析;通过分子对接技术对核心成分、靶点进行佐证。结果:实验表明胃荣汤和慢性萎缩性胃炎疾病的交集靶点总共86个。GO和KEGG表明,胃荣汤主要通过调控PI3K-AKT、MAPK等信号通路治疗慢性萎缩性胃炎;分子对接表明Quercetin、Luteolin、Kaempferol、Baicalein、Nicotinic acid与TP53、AKT1、TNF、IL-6、BCL-2结合稳定。结论:胃荣汤可通过多靶点、多成分、多途径的方式参与治疗CAG。

关键词： 运脾化湿清肺汤   特应性皮炎   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的作用机制。方法:运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system,TCMNPAS)v1.0获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点。运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。通过Cytoscape 3.8.0软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络、“药物-靶点-通路”网络。最后,通过TCMNPAS数据库进行分子对接验证。结果:运脾化湿清肺汤活性成分243个、作用靶点344个。AD疾病靶点145个,两者的交集靶点15个。针对PPI网络进行拓扑分析,筛选得到4个核心靶点,即白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、CXC基序趋化因子配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)。GO功能分析主要涉及对病毒、细菌、脂多糖的应答及细胞因子受体结合、转录因子结合等。KEGG通路55条,主要涉及TNF信号通路、叉头框蛋白O(forkhead box protein O,FoxO)信号通路、低氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)信号通路等。分子对接表明核心成分与活性靶点具有较好的亲和性和结合能力。结论:运脾化湿清肺汤可能通过三甲氧基黄酮、陈皮素、孕烷醇酮等活性成分作用于IL-6、TNF、CXCL8、MAPK1等靶点,调控TNF、FoxO、HIF-1等信号通路从而达到治疗AD的目的。

关键词： 喘证   慢性心力衰竭   金匮肾气丸   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学探讨金匮肾气丸治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法借助数据库获取金匮肾气丸与慢性心力衰竭(CHF)的交集基因,利用Cytoscape 3.8.0软件构建中药化合物-靶点网络及蛋白与蛋白互作(PPI)网络,筛选关键靶点进行基因本体论(GO)和京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果获得金匮肾气丸与CHF的交集靶点190个,得到槲皮素、山柰酚等关键化合物。PPI分析筛选得到核心基因21个,并构建调控网络。GO分析得出生物过程2316条,主要与氧化应激等密切相关。KEGG分析获得相关信号通路178条,主要涉及高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)、白细胞介素-17(IL-17)、转化生长因子(TNF)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。结论金匮肾气丸主要通过多成分、多靶点、多途径作用机制治疗CHF,值得进一步研究探讨。

关键词： 网络药理学   苗药弩药   膝骨性关节炎  

摘要： 目的:运用网络药理学及实验研究苗药弩药治疗膝骨性关节炎的潜在的作用机制。方法:通过TCMSP、CNKI、BATMAN-TCM等数据库筛选弩药方潜在活性成分及作用靶点。检索OMIM、Drug bank、TDD及Genecards数据库获取膝骨性关节炎潜在作用靶点,进一步获取弩药方治疗膝骨性关节炎的潜在靶点。采用String数据库结合Cytoscape3.9.2绘制PPI网络。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行GO及KEGG富集分析。采用RT-qPCR检测关节软骨中caspase-9 mRNA的表达。结果:共筛选得到38个活性成分,疾病与潜在活性成分共有143个交集靶点,其中包括ALB、AKT1、VEGFA、JUN、STAT3、MMP9等核心靶点;涉及的主要通路包括肿瘤通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等,弩药可显著降低关节软骨中caspase-9 mRNA的表达。结论:进一步阐明苗医弩药治疗膝骨性关节炎的潜在作用靶点及通路,有利于了解其作用机制,为后续相关研究奠定了基础。

关键词： 鼻炎,变应性   鼻敏康颗粒   网络药理学   分子对接   实验验证  

摘要： 目的借助网络药理学方法并结合动物实验预测鼻敏康颗粒治疗变应性鼻炎的分子机制。方法借助TCMSP、OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank、PharmGKB数据库筛选鼻敏康颗粒的活性成分靶点及变应性鼻炎靶点;运用R语言软件对药物和疾病靶点映射取交集;采用Cytoscape 3.8.0软件、STRING数据库构建交集靶点PPI网络,并进行网络拓扑学分析;利用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并对主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。将32只大鼠按随机数字表法分为空白组8只和造模组24只。造模组大鼠经卵清蛋白诱导建立变应性鼻炎模型。将造模成功的24只SD大鼠按随机数字表法分为模型组、西药组、鼻敏康颗粒组,每组8只。西药组灌胃氯雷他定药液1 mg/kg,鼻敏康颗粒组灌胃鼻敏康颗粒药液4.1 g/kg,空白组与模型组大鼠灌胃等体积的生理盐水,1次/d,连续2周。观察并记录30 min各组大鼠鼻炎症状,采用HE染色观察大鼠鼻黏膜病理改变,ELISA法检测大鼠血清中IL-17、IL-6水平,Western blot法测定大鼠鼻黏膜组织中TNF、STAT3蛋白表达。结果预测到鼻敏康颗粒治疗变应性鼻炎靶点41个,PPI网络拓扑学分析得到TNF、STAT3等核心靶点,GO生物过程涉及药物反应、炎症反应、细胞因子反应等,KEGG通路主要富集于Th17细胞分化、脂质和动脉粥样硬化、IL-17、Toll样受体等通路。分子对接结果显示,主要活性成分与关键靶点结合活性良好。动物实验表明,鼻敏康颗粒可改善变应性鼻炎大鼠鼻炎症状,下调血清IL-17、IL-6表达,抑制TNF-α、STAT3蛋白表达。结论鼻敏康颗粒可通过多个活性成分、多靶点、多通路治疗变应性鼻炎,其机制可能与调控Th17细胞分化通路相关蛋白有关。