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关键词： 白藜芦醇   口腔鳞状细胞癌   网络药理学   分子对接   Src酪氨酸激酶   表皮生长因子受体   雌激素受体基因1   磷脂酰肌醇三激酶/蛋白激酶B信号通路  

摘要： 目的通过网络药理学及分子对接等生物学信息方法,探讨白藜芦醇治疗口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)的分子机制,为白藜芦醇治疗OSCC的临床应用提供参考。方法利用Swiss Target Prediction(http://***)、SEA数据库(http://***)、Pharm mapper数据库(http://***)检索获得白藜芦醇的相关靶点,以DISGENET(***)、OMIM(https://***)、GeneCards(https://***)数据库筛选OSCC疾病靶点,取药物与疾病靶点的交集,再采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-疾病-靶点-通路”网络,String数据库构建靶蛋白相互作用网络,采用DAVID数据库对关键蛋白进行富集分析,最后通过AutoDock及PyMOL对关键蛋白进行分子对接验证,结合富集分析和分子对接结果预测白藜芦醇治疗OSCC可能的分子作用机制;细胞水平采用Western blot检测不同浓度(50、100μmol/L)白藜芦醇对OSCC细胞株HSC-3细胞Src酪氨酸激酶(Src tyro-sine kinase,SRC)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、雌激素受体基因1(estrogen receptor gene 1,ESR1)及磷脂酰肌醇三激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase/protein kinase B,PI3K/AKT)信号通路蛋白表达的影响。结果数据库得到白藜芦醇药物靶点243个,OSCC疾病靶点6094个,将药物与疾病的靶点进行交集获得116个潜在靶点,潜在靶点主要集中参与体内蛋白质自磷酸化、肽基酪氨酸磷酸化、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等生物过程,干预PI3K/AKT信号通路发挥抗OSCC的作用。分子对接结果表明白藜芦醇与EGFR、ESR1、SRC等OSCC关键靶点具有较好的结合活性。细胞实验结果表明,白藜芦醇药物干预以剂量依赖的方式抑制了HSC-3细胞中SRC、EGFR、ESR1及p-PI3K和p-AKT的蛋白表达。结论白藜芦醇对OSCC细胞SRC、EGFR、ESR1、p-PI3K、p-AKT靶点具有抑制作用。

关键词： 马甲子   白桦脂酸   结肠炎相关结直肠癌   网络药理学   分子对接   癌胚抗原   信号转导和转录激活子3  

摘要： 目的:研究马甲子(Paliurus ramosissimus,PR)对结肠炎相关结直肠癌(colitis-associated colorectal cancer,CAC)前期病变的干预作用,探索作用机制。方法:采用基因功能注解(GO)、基因数据库(KEGG)富集分析和分子对接等方法,分析马甲子提取物中主要药效成分白桦脂酸干预CAC前期病变的潜在靶点和通路;采用腹腔注射氧化偶氮甲烷(Azoxymethane,AOM)及经饮水摄入葡聚糖硫酸钠(Dextran sulfate sodium,DSS)对小鼠进行循环处理方式,建立实验性CAC前期病变小鼠模型,连续42 d灌胃给予马甲子提取物205、820 mg/kg,观察其对小鼠模型疾病活动指数(DAI)、结直肠组织病理等的影响,ELISA法检测血清中癌胚抗原(CEA)、白介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量,q RT-PCR法检测结直肠组织中信号转导和转录激活子3(Stat3)m RNA表达。结果:网络药理学研究筛选出157个白桦脂酸干预CAC的潜在作用靶点,对激素的反应、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、细胞迁移的正向调节、等874个生物过程,激酶结合、蛋白激酶活性等75个分子功能,膜筏、谷氨酸能突触等37个细胞组分,涉及的主要通路有癌症通路、癌症中的蛋白聚糖、脂质和动脉粥样硬化、前列腺癌、JAK-STAT信号通路;白桦脂酸与IL-1β、STAT3等靶点亲和力均<-5 kcal/mol。与正常对照组比较,模型对照组小鼠死亡率明显增高(P<0.05),脾脏指数及组织病理评分显著升高(P<0.01),异型增生等提示癌前病变,血清中CEA、IL-1β、TNF-α含量显著升高(P<0.01),Stat3 m RNA的表达显著上调(P<0.01);与模型对照组比较,马甲子提取物820 mg/kg组组织病理评分明显降低(P<0.05),血清中CEA、IL-1β、TNF-α含量显著降低(P<0.01),Stat3 m RNA的表达显著下调(P<0.01)。结论:马甲子提取物经口给药可抑制AOM/DSS所致实验性CAC癌前病变,其作用机制与炎症抑制及下调STAT3等有关。

关键词： 柴胡注射液   发热   网络药理   分子对接   PTGS2   TP53  

摘要： 目的采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液(CI)退热作用的潜在机制。方法使用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库(OMMI)数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。

关键词： 莲子   慢性肠炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学与分子对接的方法,分析莲子治疗慢性肠炎的作用机制。方法从BATMAN-TCM、TCMSP数据库中筛选莲子的有效成分及作用靶点,从GeneCards、Drugbank数据库中获取慢性肠炎的潜在靶点,取二者的交集作为研究对象,在Cytoscape中构建莲子与慢性肠炎的互作网络。使用STRING数据库构建PPI网络和MCODE模块,并使用DAVID数据库和Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG富集分析。通过AutoDuck vina及PyMOL软件对靶基因和对应的活性化合物进行分子对接和可视化分析。结果莲子中关键有效成分与慢性肠炎的交集靶点一共58个,通过GO富集分析显示,这些基因主要富集在肠道电压门控钠离子通道与神经突触后膜,并参与了突触后膜电位的调节和钠离子跨膜转运的生物过程。KEGG富集分析显示,交集靶点富集的最主要的通路是肠神经活性配体-受体通路。分子对接结果显示,靶基因和对应的活性化合物具有较好的结合活性。结论莲子通过升高肠道乙酰胆碱酯酶活性、调节肠道5-羟色胺水平、抑制胆碱能受体在肠道中的表达,主要通过肠道电压门控钠离子信号通路和肠神经活性配体-受体通路发挥对慢性肠炎的治疗作用。

关键词： 药理学   学科融合   知识图谱   教学改革  

摘要： 药理学课程是护理学专业的必修课程,是基础医学与临床医学,医学与药学之间的桥梁课。药理学课程知识涉及生理学、生物化学、微生物学等多门基础医学课程的知识,在教学中发现,学生对先修的基础医学课程知识有遗忘,不能与药理学知识建立联系。因此,本文旨在以药理学课程为纽带,挖掘与各基础医学课程知识的前后关联关系,形成学科知识点融合网络,借助于学习通知识图谱信息技术,实施教学方法改革,帮助学生搭建起学科之间的桥梁,建立由点至线到面的知识网络。

关键词： 丹参   乳腺癌   网络药理学   分子对接   木犀草素   隐丹参酮   二氢丹参酮Ⅰ   丹参酮ⅡA  

摘要： 目的应用网络药理学和分子对接的方法探索丹参治疗乳腺癌的作用靶点及分子机制。方法由TCMSP数据库检索丹参的活性成分,由GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选乳腺癌的作用靶点,使用Cytoscape软件构建“成分–疾病–靶点”网络图。由STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,再由AutoDock Vina软件完成活性成分与核心靶点的分子对接验证,计算结合能,最终通过PyMol软件将对接结果可视化。结果筛选出丹参成分的对应靶点114个,疾病靶点2488个,得到共同靶点67个。富集分析表明共同靶点主要参与RNA转录、基因表达、细胞增殖与凋亡等生物过程,包括大分子复合物、细胞核、细胞质等细胞组分,具有酶结合、蛋白质结合、蛋白磷酸酶结合等分子功能,参与癌症通路、前列腺癌、脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。分子对接结果表明,木犀草素、隐丹参酮、二氢丹参酮Ⅰ、丹参酮ⅡA与关键靶点Akt1、肿瘤抑制基因(TP53)、表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)的分子对接结合能均小于−5 kJ/mol。结论木犀草素、隐丹参酮、二氢丹参酮Ⅰ、丹参酮ⅡA是中药丹参的主要成分,通过AKT1、TP53、EGFR、TNF、CASP3、VEGFA等关键靶点,调节癌症通路、PI3K/Akt信号通路等发挥抗乳腺癌的作用。

关键词： 脊柱炎,强直性   三妙丸   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学探究三妙丸对强直性脊柱炎的作用机制,并使用分子对接技术进一步分析相关有效成份及核心靶点。方法中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三妙丸有效成份及作用靶点,使用人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、遗传药理学与药物基因组学数据库(PharmGKB)、疗效靶点数据库(TTD)、药物数据库(DrugBank)数据库检索疾病相关靶点,使用Perl语言进行归类数据分析,R语言绘制Venn图,分析出三妙丸作用于强直性脊柱炎的靶点。蛋白质相互作用数据库(STRING)网络平台检索靶蛋白之间相互关系,并导出PPI网络图,使用Cytoscape软件将药物有效成份及疾病相关靶点网络关系可视化。使用Bioconductor数据,R语言进行数据分析并绘制相关柱状图、气泡图、通路图。使用PubChem数据库、PDB数据库受体、配体信息,通过AutoDockTools进行分子对接、打分。结果检索出三妙丸中共44个有效成份,其中25个有效成份与强直性脊柱炎相关联;三妙丸中有效成份作用靶点203个,强直性脊柱炎相关靶点2200个,相关联靶点71个。基因本体富集分析(GO)及京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)分析,三妙丸通过白细胞介素-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、辅助性T细胞17细胞分化信号通路、破骨细胞分化信号通路、核因子-kappaβ信号通路治疗强直性脊柱炎。三妙丸有多种有效成份作用于强直性脊柱炎核心靶点环氧合酶2(COX2)、基质金属蛋白酶(MMP9),预测有效成份吴茱萸次碱、槲皮素、黄芩黄素可对COX2、MMP9靶点发挥作用。结论三妙丸治疗强直性脊柱炎是多靶点、多途径和多重机制。吴茱萸次碱可能是作用于COX2、MMP9靶点治疗强直性脊柱炎的新机制。

关键词： 卵巢癌   铂类药物耐药   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的探索中药在逆转卵巢癌铂耐药中的作用机制和潜在中药。方法通过GeneCards数据库筛选卵巢癌铂耐药潜在靶点,通过TCMSP数据库映射出可干预靶点的化合物及中药。利用Cytoscape软件构建潜在靶点—候选化合物—中药网络,进行拓扑分析和富集分析,分析潜在靶点、候选化合物和中药之间的关系,通过分子对接验证候选化合物与潜在靶点的相互作用,并分析中药的性味归经功效。结果获得逆转卵巢癌铂耐药潜在靶点111个,候选化合物235个,中药75种,发现皂素、玫瑰树碱、丹参酮、隐丹参酮、β-谷甾醇、苦参碱等化合物与PGR、AR、MAPK14、TNF、CASP3等靶点具有较强相关性,可进一步研究其抗卵巢癌铂耐药的作用。挖掘出多数中药以苦寒为主,归经于肝经和肺经。结论研究探索了中药逆转卵巢癌铂耐药中的作用机制和潜在中药,为中药临床应用和开发利用提供参考。

关键词： 口腔黏膜下纤维化   网络药理学   红花   牛膝  

摘要： 目的联合使用网络药理学和分子对接技术探究红花-牛膝的有效成分作用于口腔黏膜下纤维化(OSF)的治疗靶点。方法通过网络药理学方法获得“红花”“牛膝”的有效成分及作用靶点,以及OSF的疾病靶点。利用STRING平台构建蛋白互作PPI网络图;对关键活性成分与核心靶点进行分子对接分析,并对交集靶点进行了GO和KEGG富集分析。结果发现红花-牛膝作用于OSF的主要活性成分为木犀草素、黄芩苷、黄连素和黄连碱等;主要核心靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、低氧诱导因子1α(HIF-1α)等;主要涉及癌症中的蛋白多糖、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白介素-17(IL-17)、C型凝集素受体等信号通路。分子对接结果亦表明活性分子与靶点基因均具备良好的结合力。结论本研究结果提示红花-牛膝可能通过多活性成分、多靶点以及多种信号通路来治疗OSF。

关键词： 胃癌   青蒿素   网络药理学   分子对接   实验验证  

摘要： 目的:利用网络药理学和实验验证探究青蒿素抗胃癌的潜在作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和疾病靶点数据库筛选青蒿素的作用靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-疾病-靶点”网络图,利用String数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络图。DAVIDA数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,最终构建活性成分-靶点-关键通路网络。利用AutoDock Vina进行分子对接并计算结合亲和力。使用GEPIA和HPA等数据库分析核心靶点的mRNA和蛋白表达水平。结果:通过网络分析最终得到ABCB1、HSP90AA1、VEGFA三个核心靶点。功能富集分析显示,这些靶点基因通过PI3K-Akt信号通路对胃癌发挥良好的治疗效果。体外实验验证了青蒿素对胃癌细胞增殖和迁移的抑制作用,并且发现青蒿素能够下调核心靶基因ABCB1、HSP90AA1、VEGFA的表达,可能和PI3K-Akt信号通路有关。结论:本研究阐明了青蒿素在抗胃癌中的潜在靶点和分子机制,为传统中药治疗胃癌提供了新的思路和线索。